1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，葉企孫與之進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。同年8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。辭卻的公開理由是葉“覺得長期脫離教書，不合適”，“當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年”雲雲。但據葉的家人（侄女）說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是“跟傅斯年合不來”。[54]葉在中研院的助手何成鈞證實了這一說法，並謂：“葉企孫有東南大學（後並為中央大學）、清華大學與美國學術機構的人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個係統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲係統的人物，這個係統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬衝的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high-handed（霸道），不能跟他共事等話。據說傅斯年到了台灣也還是很high-handed，這是他本人性格決定的，是沒辦法改變的事。”[55]葉辭職後，由物理學家李書華出任中研院總幹事兼物理所所長，未久，李辭職，由物理學家薩本棟繼任。
1943年夏，日軍為殲滅國民黨中央軍主力，由湖北向常德進攻，戰火逼近長沙，桂林吃緊。迫於形勢，陳寅恪隻好再度攜家踏上艱難而漫長的逃亡之路，向四川境內進發。一路經宜山、金城江進入貴州境，再過獨山到都勻。原本就有病的唐筼不幸又染上了痢疾，艱難支撐到貴陽後，病情更加嚴重，腹瀉膿血，經月餘調養，複重新上路。此時陳寅恪又身染沉屙，隻得咬著牙關繼續奔波，一家人沿川黔公路又經過一個多月的跋涉，總算於11月底到達重慶，住進了姻親俞大維、陳新午夫婦家中。原清華研究院畢業生蔣天樞、藍文徵當時正在重慶夏壩複旦大學任教，聽說陳寅恪一家至渝，相約前往拜謁。陳氏夫婦皆重病在身，臥床不起，見弟子到來，強撐身體倚被而坐。藍文徵來時在街上僅買到三罐奶粉，陳寅恪見後愛不釋手，歎曰：“我就是缺乏這個，才會病成這個樣子嗬！”[56]
由於李莊地處偏僻，缺醫少藥，生活艱苦異常，對患病在身、雙目即將全部失明的陳寅恪而言，幾乎無法生存。此前陳寅恪已接到燕京大學聘書，在同俞大維夫婦協商後，陳氏決定赴條件稍好的成都燕京大學任教。於是，在1943年歲暮，身體稍有好轉的陳寅恪夫婦，攜家離開重慶，乘汽車沿川渝公路趕赴成都。許多年後，據李濟之子李光謨說：陳寅恪之女陳流求在給他的一封信中說，“寅恪先生全家由香港返回內地時，他原打算回到史語所工作（去李莊），後因得知李濟兩個愛女不幸夭折，說明當地醫療條件很差，陳先生擔心自己和家人身體無法適應，乃應燕京大學之聘去了成都。”[57]
陳寅恪原是奔李莊而來，最終卻舍李莊而去。自此，一代史學大師失去了李莊，李莊失去了這位三百年才得一見的大師。而史語所同人與陳寅恪之間的交往也如滾滾長江中遊走的魚，漸行漸遠，直至衝出三峽彙入大海的那一刻分道揚鑣，相忘於江湖。
注釋：
[1][2][9]浦薛鳳回憶錄（中）：太虛空裏一遊塵》，浦薛鳳著，黃山書社2009年出版。
[3]宗良圯《記陳寅恪先生》，載《談陳寅恪》，俞大維等著，台北：傳記文學出版社1978年出版。