巴斯德為了拯救法國蠶絲業，勇敢地擔負起了這個艱苦的任務。做為一個化學家，他隻與酒的發酵打過交道，與動物的疾病打交道，這還是第一次。
這一次，他還是依靠他的得力助手——顯微鏡。他把病蠶放在水中，然後把它磨成豆漿一樣的汁。當他取一滴病蠶的漿汁放在顯微鏡底下觀察時，他總能見到一粒粒微小的棕色顆粒，形狀是橢圓形的。
巴斯德斷定，就是這些小小的微生物，使蠶生病的。他還發現，不僅病蠶有這種微生物，就是產卵的雌蠶蛾也有。於是，巴斯德建議：凡是產完卵的蛾，都要檢查，發現有這種微生物的，應當把蠶蛾、蠶卵統統燒掉。
就這樣，巴斯德挽救了法國的蠶絲業，為他的國家帶來了巨大財富。
拯救牛羊
巴斯德在證明蠶生病是由微生物引起的之後，使他聯想到人生病。他越想越相信：那些很小的微生物，不僅使甜菜汁發酵，酒變酸，蠶生病，它很可能也是人生病的罪魁禍首。
巴斯德決心向微生物發動新的進攻。可是，不幸的事情發生了：在緊張研究蠶病的一年中，他的二女兒和父親相繼去世，他又累又急，突然患了偏癱——也就是半身不遂，左半身完全麻木，一點也不能動彈。
醫生告訴巴斯德，這種病是治不好的。可是，巴斯德頑強地與疾病鬥爭，堅持治療和鍛煉偏癱的肢體。奇跡終於出現，他複原了。堅強的意誌，使他從病床上爬起來，又回到了實驗室。
巴斯德對微生物與疾病的關係越來越感興趣了。開始，他隻想到人生病。後來，法國的羊群因炭疽病大量死亡，農民要求他救救他們的羊群，他這才轉向研究危害牛羊的炭疽病。這是一種十分厲害的傳染病，患病的牛羊，沒有一隻能活的。
巴斯德從病羊的血液中，找到了引起炭疽病的細菌——炭疽杆菌，並且用稀薄的炭疽杆菌液注射到羊的身體裏去，羊不舒服兩三天，就不會得炭疽病了。可是，當時反對細菌可以引起疾病這種說法的人卻說，不是炭疽杆菌引起牛羊的死亡，而是中了毒，是牛羊的血中有毒物。他們說：巴斯德把死羊的血注射到健康的羊體內，使羊生病不死，不是因為炭疽杆菌被殺死，而是因為血中的毒物被清除。
怎樣駁倒這種說法呢？巴斯德思考了很長時間，想出了一個很有說服力的實驗辦法。他取了一滴含有炭疽杆菌的死羊血液，放入一瓶五十毫升培養液的燒瓶中，幾個小時以後，杆菌已經大量繁殖；再從這一瓶含杆菌培養液中，取出一滴，放入另一燒瓶培養液中，繼續培養。
他這樣反複地做試驗，不怕麻煩，一氣重複了一百次。最後，他從這第一百瓶培養液中取出杆菌，注入健康的羊體內。這羊最後也死了，血液中也含有大量的炭疽杆菌。
反對巴斯德的人服輸了。因為羊得炭疽病要是毒素引起的，那這樣一次一次地反複轉移，毒素就像大海中的一滴糖水，早已找不到它的蹤影了。
巴斯德在證明微生物引起發酵，使酒變酸，使蠶兒患病，使牛羊死亡後指出：人類的許多疾病，也是細菌和其他微生物造成的。
預防雞瘟
五十歲以後，巴斯德把他的精力全部用來研究細菌。他經常思索著：我研究細菌，難道僅僅是為了證明它是人生病的罪魁禍首嗎？不，不僅僅是這樣，就像研究酒變酸和蠶死亡一樣，應該是為了製服致病的細菌，不讓它放肆害人。
怎樣製服致病的細菌呢？大約在巴斯德之前八年，英國的醫生琴納，發明了用牛痘接種的方法來預防天花。琴納寫了一本書，認為天花和牛痘是性質相近的疾病，所以種上牛痘的人，對天花就有了抵抗力。
巴斯德看琴納寫的這本書時，他正在研究炭疽病。他想：牛羊與蠶兒和酒不一樣，有病的酒可以不要，病蠶可以燒死，何況酒和牛奶等可以用加熱的方法消毒，防止變質。對有病的牛羊，人們總是想盡量把它們治好。問題的關鍵是怎樣預防牛羊得炭疽病呢？
有一種輕型的牛炭疽病——牛胸膜炎，也有人用它來接種，可是很不保險，牛在接種後，經常突然發病死亡。有沒有象種牛痘防天花那樣保險的方法呢？這是巴斯德一直在考慮的問題。
在這個時候，巴斯德被邀請去研究一種雞病——雞霍亂。患病的雞不吃食，整天無精打采，搭拉下腦袋和翅膀，眼睛閉著，拉稀，渾身出血，沒兩天就死了。
巴斯德從實踐中，已經摸索出一套研究動物傳染病的方法了。他的方法，最重要的是：把引起病的微生物找到，把它培養起來，讓它繁殖；然後用它注射到正常的動物身上，看它是不是會引起同樣的病；如果動物得病了，還得在它的身體內，找到同樣的微生物。
現在，巴斯德也用這種辦法來研究雞霍亂。他和助手把病雞的血放一滴在肉湯裏，再把它放在暖箱裏去培養；第二天的同一時間，取出一滴培養液，放到另一瓶新鮮培養液裏，再放在暖箱中繼續培養。與此同時，他們每天用新鮮培養液給雞接種，觀察雞霍亂病的情況。
這年夏天，巴斯德正在緊張研究雞霍亂的時候，接到家裏的來信，說是女兒已經訂婚，就要結婚了。老人多麼高興，決定回去給女兒辦婚事。他向助手盧赫和張貝蘭交代了工作以後，就回家去了。