兩位助手照巴斯德吩咐，天天接種一次新培養液，給雞注射一次，記錄雞的患病情況。
有一天，兩位助手決定去度假。他們把一瓶培養液放在碗櫃裏，鎖上實驗室就走了。過了一些日子，巴斯德和助手都回來了。張貝蘭取出碗櫃裏的雞霍亂菌培養液，給一隻雞注射了。
第二天，意外的事情出現了，這隻雞竟然沒有發病，仍然活蹦亂跳地活著。
兩個助手商量了這件事：看來那瓶培養液過期了，我們還是到雞場去要一隻病雞，重新培養新鮮雞霍亂菌吧。這件事可不能讓老師知道。他們知道老師嚴格認真，一絲不苟，這件事要是讓老師知道了，非吃一頓批評不可。他們決定“保密”。
他們製成了新鮮雞霍亂菌的培養液。第二天，他們用新製的培養液，給一些雞注射了。驚人的事情發生了，所有的雞都像往常一樣，得病死亡，隻有一隻例外！經過仔細核對，正是那隻注射過“無效”的過期培養液的雞。
“這是怎麼回事呢？”巴斯德問助手。
兩位助手低下了頭。張貝蘭把事情的經過如實地說了出來，請求老師處罰他們。
巴斯德沒說什麼，低頭沉思。他沒有責備他們，突然跳了起來，喊道：“我明白了，那隻雞有抵抗力，所以它沒有死亡。把這瓶培養液留下來，不能倒掉！”
巴斯德仔細地思考著過期的雞霍亂菌為什麼會使雞免疫——也就是不得病，有抵抗力。他想，除去培養時間長外，也許還有別的什麼原因。經過反複實驗和驗證，他發現，如果讓培養液長期暴露在空氣中，雞霍亂菌就會失去致病的能力，可是這種病菌卻能使雞得到免疫的能力。他把這種具有引起免疫力的細菌稱為“菌苗”，意思是說它和發了芽的種子很相像，是能長出一棵大樹來的。
從這裏開始，巴斯德又重新來研究炭疽杆菌。他用同樣的方法，想製出炭疽杆菌的菌苗，給牛羊預防炭疽病。可是，他失敗了。他仔細地思考著，為什麼對雞霍亂菌有效的辦法，對炭疽杆菌卻無效呢？除去時間的長短、與空氣接觸不接觸外，溫度是不是有關係呢？
巴斯德把培養箱的溫度提高到45℃，炭疽杆菌就變成孢子的樣子，這時候，它的抵抗力極高，雖然在滾開的水裏煮它，還能活十分鍾；如果是幹熱燒到100℃，還能活一小時；而放在幹燥的地方竟能活許多年，使牛羊得炭疽病。可是，如果把溫度調整到42°—43℃之間，它就不會變成孢子的樣子，而且危害牛羊的作用也減小了，可以做為菌苗給牛羊接種防病。他這樣做了十多次試驗，都證明能預防炭疽病。
巴斯德抓住一次偶然的事件，認真思考，敏銳觀察，周密實驗，終於取得了戰勝傳染病的劃時代成就——創立了免疫學！
攻克狂犬病
巴斯德是一個勇於創新、而又十分謙虛謹慎的科學家。他在研究工作中，不到十分有把握的時候，從不隨便宣布自己的研究結果。當有人要他講講他的研究成果，或者公開發表這些成果時，他總是說：“還不成熟。”
雖然這樣，巴斯德研究菌苗，用它來預防雞霍亂病和炭疽病的消息，還是傳出去了，因為他向法國科學院要求進行公開的試驗。反對他的人，相信這次試驗會失敗。其中，《獸醫雜誌》的記者洛辛諾爾宣稱：“我要把巴斯德拖出來獻醜。”
公開試驗是在梅侖的普耶堡農場進行的。除去洛辛諾爾外，還有一些記者、獸醫、牛羊業經營商，附近的農民也有不少趕來看熱鬧，團團圍住試驗場。這一天是1881年5月5日。
巴斯德把48隻羊分成兩批，各24隻。其中的一批，巴斯德給那24隻全注射了減毒炭疽菌苗，另二十四隻任其自然。巴斯德向大家宣布：5月17日和5月31日，他要先後兩次給這48隻羊，各注射等量的有毒炭疽菌苗。他向大家預言：今天注射過減毒菌苗的24隻羊將不會生病，而另24隻羊會患炭疽病死亡。
6月2日，是決定巴斯德預言是否能兌現的日子，也是決定巴斯德命運——不，是決定細菌免疫學命運的日子。結果呢？果然不出巴斯德所料，24隻接受預防注射的羊，全都活蹦歡跳，一點生病的樣子也沒有；而另24隻羊中，22隻已經死亡，2隻也奄奄一息，眼看就要死亡。巴斯德勝利了。洛辛諾爾擁抱巴斯德，向他祝賀說：“這真是醫藥史上最奇異的表演呀！”
巴斯德的發明，拯救了法國的畜牧業！
直到這時，巴斯德所有的研究工作，還沒有與人類的疾病發生聯係。
他想：我研究菌苗，總得為人類健康服務才行，不能光和酒、蠶兒、雞和牛羊打交道。
巴斯德從小對狂犬病的印象十分深刻。人被瘋狗咬了以後，經過一段時間，就發病了。病人先是發燒頭痛，隨後四肢抽搐，頭部和背部向後仰，牙關緊閉，最怕受刺激，尤其怕強的光線或者大的聲音，抽風不止，十分痛苦。最後，病人總是死亡。
巴斯德決定研究狂犬病。這時候，他已經是六十多歲的老人了，頭發斑白，行動不便。
按照慣例，研究傳染病，首先要找到致病微生物。這一次，巴斯德用盡過去的各種方法，都沒有找到它。後來才弄清了，狂犬病是病毒引起的疾病，在當時所用的那種顯微鏡下麵，是根本看不到病毒的。