有一患嚴重腿病的病人，吃了幾天孫思邈開的湯藥並沒見效。配合吃湯藥，孫思邈又加上針灸，紮了幾天的針還是不見效。腿仍疼痛難受。孫思邈麵對病情未見好轉的病人，想著這些吃的藥和紮針所取的穴位在典籍上，都是有記載的，依此治病為何不見療效？是否還有沒被發現的治腿痛的新穴位？孫思邈一麵想一麵在患者腿上輕輕地掐。掐一處就問一問：是不是這兒疼？掐著掐著突然病人高聲地喊起來：“阿唷”。孫思邈加重掐又急忙問：“是不是這兒？”病人說：“阿——是這兒！”孫思邈就在此處紮了一針。說來也怪，病人的腿居然不痛了。
紮這一針的穴位，任何書上都沒記載。要記下這穴位就得先給它起個名。孫思邈想著剛才的情景：病人“阿——是”地說是這兒，就把這個穴位叫“阿是”穴。在阿是穴上紮針醫療，已被千餘年來無數用針灸治病的醫生所肯定。
孫思邈十分重視用針灸法醫療疾病，且造詣精深。他在理論上糾正了前代穴位混雜的現象，統一了穴位名稱，又繪製了針灸穴位的圖，發明了“以痛取穴”針刺治病的方法。在醫療技術上孫思邈也不斷創新。導尿術的發明創造人就是孫思邈。他首先使用蔥葉導尿（直到元代才改用羽毛管導尿）。至於法國醫生拿力敦發明用橡皮管導尿，那已是孫思邈之後1200年的事了。
孫思邈提出沒有小兒就不會有大人，婦女的病比男子的病難治十倍。他重視婦女，珍視小兒。主張把婦女、小兒病從內科中分離出來各自獨立成科，倡導婦、兒專科論治。這為我國醫學的發展揭開了嶄新的一頁。孫思邈對於新生兒應如何處理，如何選擇母乳，如何診治小兒雜病的論述，至今仍在很高的臨床實用價值。
孫思邈對醫藥的各個方麵都非常精通，常用綜合治療的辦法給人治病，療效特好，常常使病人“起死回生”。一天孫思邈進城要辦點事，見有出殯的。一老婆婆跟著棺材哭得非常傷心。棺材裏滲透出的血水滴了一路。孫思邈問老婆婆：“棺材盛殮的是您什麼人，是怎麼死的？”老婆婆傷心地告訴孫思邈：兒媳難產幾天，血流不止。孫子沒能生出來，兒媳就這樣死了。孫思邈又問：“死了多長時間了？老婆婆回答說死了半天了。孫思邈又仔細地察看了滴在地上的血，跟老婆婆說：“我能救活你的兒媳！”老婆婆疑惑地看著孫思邈。旁邊有人叫道：“他就是大名醫孫思邈”。老婆婆急忙要跪下給孫思邈叩頭。孫思邈一邊將老婆婆扶住，一邊叫人趕快開棺。“死者”臉上無一點血色。孫思邈仔細地切脈，感到偶爾還有非常微弱的跳動。孫思邈接著選好穴位，用特殊的撚針手法給“死者”紮針。說來也奇怪，沒一會功夫就看到“死者”的鼻子有點輕微的煽動，有了微弱的呼吸。過了一會“死者”的腹部也蠕動開了。隨著“哇——”的一聲嬰兒的哭啼，一個白胖胖的娃娃出世了。產婦吃力地睜開雙眼，又緊緊地閉上。孫思邈讓人趕快依方去買藥，給產婦喂下。不一會兒，產婦就完全清醒過來，含著淚，吃力地看著周圍的人。人們無不稱頌孫思邈一針救活了母子兩條性命，稱孫思邈是“神醫”。
孫思邈不慕名利，三次避詔，到太白山、終南山、峨眉山、五台山（孫思邈的老家，今稱藥王山）隱居數十年。他隱居在深山老林，養生、煉丹、行醫看病、鑽研典籍和醫術。為了訪求醫方，孫思邈不怕勞苦，不遠千裏萬裏，涉足大江南北去尋求。他的醫學知識和醫術達到至深至精，幽微絕妙的程度，為他成為“蒼生大醫”和著書立說奠下基石。
火藥是我國古代的四大發明之一，多說是在宋代，也有說是唐代。孫思邈也精於煉丹，他在《丹經》中，依據自己的煉丹活動，詳細地記錄了“硫磺伏火法”。這是我國早期的火藥配方和製法。火藥的發明，孫思邈是真正的先驅者！
孫思邈前後共有撰著23種。其中《千金翼方》和《千金要方》堪稱中國醫藥學的“百科全書”。孫思邈係統地總結了唐代以前，我國的醫藥成果。結合自己數十年行醫的臨床實踐的豐富經驗，於71歲時（唐永徽三年，公元652年）編成了《千金要方》30卷。之後，孫思邈又深感《千金要方》不足以全麵反映自己鑽研典籍、行醫看病的心得體會和新獲得的珍貴醫藥知識。又用了30年——到孫思邈逝世前一年，續編定了《千金翼方》30卷。用以補充《千金要方》的不足。《千金要方》中有合方、論5300多首，載醫方6500多個，共232門。《千金翼方》共189門，合方、論、法2900餘首。這兩部醫典在我國世代相傳。《千金要方》問世以來已刊刻近百版。至今仍是從事中醫藥的人必讀經典。兩書在國外（特別是在日本）也有較為廣泛的影響。