施灸方法是首先向病人說明施灸過程，安置體位，審定穴道，用75%酒精棉球消毒，然後用紅藥水或紫藥水作出標記。再用大蒜汁或凡士林等塗於施灸部位，以增加其粘附和刺激作用(不塗也可以)。用細艾絨做成麥粒大小(或稍大些)之圓錐形艾炷，放於穴位上，用線香從頂尖輕輕接觸點燃，使之均勻向下燃燒。第一壯燃至一半，知熱即用手指按滅，或快速提起；第二壯仍在原處，燃至大半，知大熱時即按滅；第三壯燃至將盡，知道特別痛時即迅速按滅，同時醫生可用左手拇、食、中三指按摩或輕叩穴位周圍，以減輕疼痛，經灸數次，然後再灸就不會太痛了，耐心灸至十餘次後，感覺一熱即過，卻無甚疼痛，連續施灸，不數日就能達化膿之目的，若不化膿，隻要這樣長期灸下去也同樣有效。因為這樣施灸痛苦較小，目前用的較多。
用這樣的灸法，初灸之後皮膚變黑，變硬結痂，下次再灸就在痂上施灸。如果化膿，可以按壓排出膿液再灸，若痂皮脫落，可以用敷料覆蓋，等結痂後再灸，或用艾絨燒灰敷上再灸。
灸瘡化膿，多屬無菌性的，不必顧慮，隻要潰瘍麵不彌漫擴大，仍可連續施灸。如果化膿過多，潰瘍不斷發展，膿汁由淡白稀薄變為黃綠色膿液，或疼痛流血，且有臭味者為繼發感染，可按外科方法常規處理，很快即可痊愈，一般灸瘡不加治療，經約30天左右可自愈。如果化膿麵積擴大時可用敷料保護，以防繼發感染。也有的灸後即貼淡膏藥保護瘡麵，每天換一次，數天後化膿。
化膿灸多用慢性頑固性疾病，如慢性支氣管炎、哮喘、慢性胃腸病、體質虛弱、發育不良等等，但麵部及關節部位不宜使用。
非化膿灸又叫“無瘢痕灸”，用麥粒大小之艾炷，按上述化膿灸的程序施灸，燒至覺痛時即去掉或壓滅，換炷再灸，每穴一般3～5壯一般灸至局部皮膚紅暈而不起泡為度。有時灸後起小水泡，但不化膿，不須處理，灸後不留瘢痕。若施灸較重，出現大水泡時，可用消毒針穿破放水，如需連續施灸，可在原處再灸。這種方法較方便，必須常灸，每次多灸幾穴，收效較好。也可用稍大(如底麵直徑1厘米大小)之艾炷點燃施灸，當艾炷燃到２／5或3／4而患者感到微有灼痛時，易炷再灸。非化膿灸適應證較廣，凡是灸法是適應證均用此施灸。
間接灸又稱為“隔物灸”，就是用藥物將艾炷與施灸腧穴部位的皮膚隔開，根據所隔的藥物不同而命名，如以生薑間隔者叫隔薑灸，用食鹽間隔者叫隔鹽灸，此外還有隔蒜灸，隔附子灸等，現將常用的幾種介紹如下：
隔薑灸是將鮮生薑切成厚約1～２分的薑片，用針點刺許多小孔，以便熱力傳導，上置蠶豆大或黃豆大的艾炷，點燃施灸，一般灸至病人覺熱，局部皮膚紅暈汗濕為度。在施灸過程中，灸過２～3壯後不時拿起薑片查看皮膚顏色，以免施灸過度發生水泡。如病人熱痛難忍時可移動薑片，亦可在薑片下墊紙片再灸。隔薑灸具有溫中散寒。宣散發表、通經活絡的作用，臨床上多用於寒痛腹瀉、泄瀉、寒濕痹痛、麵癱，以及外感表證等。
隔蒜灸用獨頭大蒜切成一分厚的薄片，用針穿刺數孔，放在穴位或腫塊上，上置艾炷點燃施灸，當艾炷燃盡時換炷再灸。也可用蒜搗成泥狀，敷於局部，在蒜泥上置艾炷施灸。艾炷如黃豆大，一般每穴可灸5～7次，隔蒜灸具有消腫化結，拔毒止痛，殺蟲的作用。臨床上多用瘰癘、癰疽瘡毒未潰之時，每日1～２次，初發可使之消散，化膿未潰者可加快速度，縮小範圍。
隔鹽灸多於臍窩部施灸。操作時先將紙片浸濕，鋪臍孔中，上用細食鹽填平，再放上艾炷施灸。也可在食鹽上放上薑片，再置艾炷施灸這樣可避免食鹽受火起爆，造成燙傷。灸至覺痛時換炷再灸，不拘次數，隔鹽灸具有回陽救逆、溫中散寒的作用。臨床上可用於急性腹痛瀉，痢疾，四肢厥冷，虛脫等。
間接灸的種類很多，除上述之外，還有胡椒灸、黃土灸、黃蠟灸等。在臨床上應用很少，這裏就不再介紹。
二、艾條灸
取純淨細軟的艾絨24克，平鋪在２6cm長，２0cm寬的細草紙上，將其卷成直徑約1.5cm的圓炷形艾條，要求卷緊，外裹以質地柔軟疏鬆而又堅韌的桑皮紙，用膠水或漿糊封口而成。也有在每條艾絨中摻入肉桂、幹薑、丁香、獨活、細辛、白芷、雄黃、蒼術、沒藥、乳香、川椒各等份的細末6克，則成為藥條。施灸的方法分溫和灸和雀啄灸。
艾條溫和灸：將艾條一端點燃，對準施灸部位，距離約0.5～1.0寸左右進行熏灸，使患者局部有溫熱感而無灼痛，一般每穴灸5～7分鍾，至皮膚稍呈紅暈為度。對昏厥、或局部知覺減退的患者和小兒等，醫者可將食、中指兩指，置於施灸部位兩側，這樣可以通過醫生手指的感覺來測知患者局部受熱程度，以便隨時調節施灸距離，掌握施灸時間，防止燙傷。