本田親自前往他家，把設立財團的宗旨向他作了說明。下田武三聽完後，不禁豎起了大拇指：“本田先生，你真了不起，拿出這麼多錢來辦公益事業。行，我願意出任這個會長。”
過了幾天，本田又親臨下田寓所，鄭重其事地把聘書交到下田武三的手上。
本田財團每年都在世界各地設立學術研討會，同時設立“本田獎”，獎金為100萬日元，用來獎勵那些對科學有重大突出貢獻的科技工作者。本田在人生的暮年為社會散發著自己的餘熱。
讓董事變為職工
“我在公司經營順利的時候，根本就沒思考過哲學或宗教信仰之類的東西。但工作不順利、痛苦、煩惱的時候，才想到要掌握鞭策自己的東西。”本田說。
1960年3月，本田采納了藤澤的建議，把科研所從本田技研工業總公司中分離了出去，成為一個獨立的實體，這樣做的目的是為了實現公司的科研獨立。
當時，藤澤對本田說：“我有個想法，不知你同不同意？”“什麼想法，不妨直說。”本田說道。“我們公司以後要繼續研製高質量的賽車，參加世界大賽，為了開支方便，工作起來也更順暢，你看是不是把科研所從總公司中分出來比較好？”藤澤提議道。結果，本田什麼也沒說就答應了。
本田說：“其實科研工作就是一項嚐試失敗的工作。通常100個科研項目能夠有一兩個獲得成功，就已經非常了不起了。但這會給其他部門的人造成一種口實，他們會因為這些失敗而看不起搞科研的人。如果不改善這種情況，對於科研人員來說會產生很大的負麵影響。他們的自信心會受到打擊，這對於公司的發展是非常不利的。在這樣的環境下，科研所的員工就無法心無旁騖地搞研究。如果把它分離出去，成立一個獨立的公司，就可以保證科研工作的正常進行。所以，你這個建議是非常好的。”
就這樣，本田科研所成了一個專門從事技術研究、開發的機構，由本田親自負責。本田給員工們的印象一直是一個非常熱愛工作的人，就像上文中經常提到的他最喜歡穿著工作服在實驗室裏忙碌，員工很少會看見他有倦怠的時候。這對於科研所裏的人來說，是一種無形的激勵。
把科研機構從生產部門中分離出來，這就確保了科研、開發機構的獨立性和連續性。在本田出版的《我的履曆書》中，他這樣寫道：“當一個大企業進入生產流通領域時，要非常注意發揮組織的集體作用，但科研所發揮的作用比集體作用更為重要。那麼，科研所的組織形式理所當然應與生產性公司有所區別。”
本田科研所獨立後不久，本田就成立了“股份有限公司本田技術研究所”。這是一個完全獨立的個體，各個研究人員之間不存在上下級的關係，所有人是平等的。在這裏，任何一個人都可以自由設想、自由試驗，充分發表自己的意見。如果他們有什麼好的建議，不需要經過任何手續就可以向本田當麵提出來。這是本田所希望看到的狀況。本田認為，隻有這樣才能保證每一個人都暢所欲言。
在本田的精心管理之下，研究人員的積極性都被激發了出來。他們時不時都有新創意的建議、要求和項目提出來，因此，他們的發明創造開始逐漸多了起來。這些成果經過本田批準後，就可以立即投入生產。
隨著科研所的發明創造越來越多，科研所已經成為其他部門堅實的依靠。因為隻有科研所弄出了新東西，他們的工作才能進行下去，所以負責經營的藤澤總是會給本田打電話詢問研發情況，一時間，科研所成了所有人都寄予厚望的重要陣地。
研究所的收入和本田總公司的銷售額掛鉤，從銷售額中按一定比例向研究所支付資金。因此，研究所和本田技研工業總公司實際上是同一體的兩個組成部分，本田技研工業總公司負責向研究所提出科研課題，研究所則要解決生產部門提出的問題。如果總公司的銷售額下跌，那麼，研究所的收入也跟著下降，這就避免了像別的廠家的科研所和生產第一線脫節的問題。別的廠家因為科研所與銷售沒有利益關係，導致科研人員每天隻是穿著一套白大褂在實驗室裏優哉遊哉地做實驗，而不關心生產，最終延誤了新商品的開發。
本田研究所所研究的問題全部是生產部門存在的問題，並且會按照要求作出正確的回答。因此，本田不無驕傲他說：“我們的研究所要比那些專門培養博士的研究所大不相同。”
1964年，本田技研工業總公司實行了一次大規模的機構改革。
一天晚上，本田對藤澤說：“藤澤老弟，我看最近要對公司進行一次大規模的機構改革。”
“啊？您有些什麼考慮？“藤澤有幾分感興趣，他知道眼前這位董事長是常有好點子的。
“我想實行董事製度。”本田興致勃勃他說，“以前，董事們都是分別兼任各部門的負責人，例如銷售部長、外國部長、資材部長，等等，這種製度十分不利於人才的培養。所以，我認為不要讓董事兼職，他們隻需做好自己的專職就好了。”藤澤問道：“董事不兼職，該做些什麼呢？”
本田說：“就讓他們去搞調查研究。他們要從公司的全局出發，去尋找公司存在的問題，並且對職工進行教育，決定經營方針，即負責‘發現、教育、決定’三大工作。我們要求他們要站得高、看得遠，從全局出發，考慮和處理問題。”
藤澤說：“這個想法確實非常好，但不知道這些董事是怎麼想的。萬一他們不同意呢？”本田笑了笑說道：“那隻是暫時的，他們總會想明白的。”
然而，事實上果然如藤澤想的那樣，董事新製度剛一公布，就引起了董事的強烈不滿。雖然員工們都感到很新鮮，但卻讓董事們十分鬱悶。他們私下裏議論道：“本田、藤澤在搞什麼鬼？這不是在剝奪我們的權力嗎？這樣的話，我們還怎麼開展工作呢？”
董事們當時的心境正如西田通弘在《世代相傳的經營》一書中所回憶的：“對我們這些隻有部長、廠長工作經驗的人來說，要重新懂得董事的作用是什麼，真是苦死我們了。”
董事們惶惶惑惑，被集中到一個大房間辦公。那裏擺放了4張大桌子，既沒有秘書也沒有董事的專用間。這是與眾不同，也是前所未有的一種陳設。
董事辦公室隻是“有名無實”，董事們平時不坐在那裏，而要下基層“重新學習”，技術員出身的到經銷部去，經銷部門出身的到生產第一線去了解情況、發現問題，為董事會議做準備。
其實，不讓董事兼職是一種“革命”。它不是從某一部門的利益出發，而是從公司全局的利益出發作出的決策。在當時，公司普遍認為設立董事新製度是在為“集體領導的體製”做準備，是“董事辦公室”的長遠戰略。毫無疑問，本田和藤澤是牽引本田技研工業總公司這一列車的兩個車頭，是本田總公司這一群山中兩座雄偉壯觀的高峰，他們總有一天要退下來的，那時很可能出現青黃不接的情況。
本田和藤澤深謀遠慮、高瞻遠矚，看清了這一點，所以及早采取了這一措施。他們的目的很明確，就是要進一步提高青年董事們的領導水平和領導藝術，會聚他們的集體智慧和力量，以便一旦本田、藤澤退居二線後，能夠有人勝任他們留下的工作重擔。
本田說：“董事要努力使自己具有能夠進行正確判斷事物的能力，並以自己的信念和決心去進行更高層次的決策。有關自己負責的部門，要從大局出發去把握問題，對未來的發展要有自己的見解，對完成任務要負責任。充分發揮各自專業知識和工作經驗的特長，站在共同利益的基礎上謀求相互理解。抓住一切機會努力鑽研業務，使自己具有一種魅力，使自己變成越來越受信賴的經營者。”
實施“董事辦公室”製度的同時，本田和藤澤指定河島喜好為臨時負責人，然後，兩人突然從董事辦公室中消失了。
從此之後，本田就很少在重要的場合露麵了。他認為，如果自己還是不能徹底放手的話，那些年輕的董事們就會對自己產生一種依賴心理。這會讓他們對自己不自信，無論做什麼事都縮手縮腳、畏首畏尾。這樣一來，就很難培養出能夠扛起公司大梁的人才來。
本田的想法是對的，他的“放手不管”給了那些年輕人足夠的發展空間，使得他們得到了很好的鍛煉。這就為日後新人接替本田的職位奠定了良好的基礎。
本田病逝
1991年7月末的一天，84歲高齡的本田因病被送進了東京順天堂大學附屬醫院。
自從入院以後，本田的身體狀況一天不如一天，隨後主治醫師經過會診後，決定給本田做手術。手術的日子定在了8月5日。
8月5日很快就到了，醫生將本田推進了手術室。此時對於本田來說，他將麵臨人生最重大的一次挑戰。倘若手術能夠成功，本田就又可以跟家人團聚了。但麵對死神的召喚，本田能否挺得住呢？
關心本田的人實在是太多了，一大早，手術室門前就擠滿了人，他們一個個神色緊張、表情嚴肅，甚至有些人在低聲哭泣。
兩個小時之後，手術室的門打開了，一位醫生走了出來，神色沮喪地對所有人說：“本田先生不行了。”一個倔強了一生的本田，就這樣離開了人世。
在日本，很多大企業都有這樣一個慣例：凡是公司的創始人或是社長、董事長逝世，都需要由公司出麵辦理喪禮，俗稱“社葬”。
本田公司當時的董事長一再征求本田妻子兒女的意見：“要不要給社長大人辦理‘社葬’？”但卻被本田的妻子拒絕了。她說：“先生生前說過，死後一切從簡，決不可辦理隆重的喪事，不要驚動任何人。我們還是尊重他的遺囑吧。”
就這樣，本田的家人隻給他辦了一個簡單的家庭式的葬禮。葬禮辦得十分低調、簡樸。
為了替故人本田答謝社會各界的大力支持，本田技研所在他去世一個月後，才分別在總公司和各工廠舉辦了“答謝會”。
會場陳列了本田生前的照片、創業時期的產品、賽車及汽車樣品，與會嘉賓各個都懷著無比崇敬的心情，前來緬懷這位偉人輝煌的一生。
本田的兒子博俊深有感觸地說：“父親去世後，我才知道他是一個多麼了不起的人。他從來不給別人添麻煩，他認為給別人添麻煩是對別人的侮辱、是自己的羞恥。他所留下的精神財富是他留給我們的最大遺產。”
不給別人添麻煩
本田曾對人說：“如果我們隻是那種給周邊地域帶來麻煩的產品製造商，那就應該馬上停業。”在他看來，要超越民族、超越國界，應該消除“那是別人可以理解的東西，這是隻有日本人才可以理解的東西”的這種界限。本田是在父親“不要隻會給別人造成麻煩”的教育下成長的。這個基本理念在本田經營中的社會責任方麵可見一斑。
本田在日本鈴鹿建設工廠時，一直貫徹著這樣一種方針，即重視當地對他們的反應，確認當地民眾是否對他們感到滿意。在海外開展業務時亦是如此，要考慮目標國的民眾是否接受他們。
在人才招聘中，本田公司采取了吸納當地的人才，並且讓當地優秀的人才擔任高層職務之類的措施；在開拓海外市場時，如在國內一樣，在充分理解當地人們感受的基礎上來建立其海外基地。本田的視野從來不局限於國內，而是立足國際，即使在海外，他們依然會考慮周邊近鄰的感受。這種經營理念，一直影響著本田的每一代繼任者。
本田十分注重奉獻社會，他認為隻有回報社會，才能獲得社會的信任。那麼到底如何做才算是回報社會呢？本田認為就是要講究信用，不給他人帶來麻煩。對於這一點，在當時除了本田以外，似乎很少有人注意到。
本田曾這樣說道：“對於那些隻要滿足公害對策（日本1967年頒布的《公害對策基本法》）就無法追求利益的企業則應當關門。”
在崎玉縣的和光工廠，本田對附近居民的不滿或者抱怨等都是不作任何辯解地進行改善。三重縣的鈴鹿工廠也是不依靠市裏已挖的井為其供水，“必要的東西自己想辦法”，本田公司自己挖井，自己築路。
另外，公司命令不準內部組建職工合作社，並向員工的家屬提議有什麼不便則依靠當地解決，缺什麼就在當地購買，做到讓當地的人們高興。這種精神一直貫穿到了本田產品的生產之中，“即便隻有一顆螺絲釘不合格，也會招致認為本田的產品不完整的指責。對於轉包商承擔生產的零部件，我們公司去進行檢查對他們是一種很大的侮辱，但必須得到他們的理解。為了生產出絕對的、有120%的自信的商品，我們隻能這樣。”
在他看來，99%的合格率可以被看作是優秀的合格率，但是剩下的1%的不合格的產品一旦落到顧客手上，就是把100%不合格的產品提供給了顧客。