①菌落總數（aerobic plate t）：食品檢樣經過處理，在一定條件下（如培養基、培養溫度和培養時間等）培養後，所得每克（g）或毫升（ml）檢樣中形成的微生物菌落總數。常用菌落形成單位（y-f units，CFU）表示。食品中菌落總數表明食品的清潔程度。
②大腸菌群（coliforms）：在一定培養條件下能發酵乳糖、產酸產氣的需氧和兼性厭氧革蘭陰性無芽孢杆菌。常用每100g或100ml食品中最可能數（most probable number，MPN）表示。食品中檢出大腸杆菌可提示該食品受到人或溫血動物糞便的汙染，進而可能受到腸道致病菌汙染。
（2）真菌及其毒素：真菌在自然界分布很廣，種類繁多，約有25萬餘種，幾乎無處不在。除少數醫學病原真菌外，大部分真菌對人體均屬非致病性真菌。與食品安全關係密切的真菌大部分屬於半知菌綱中的曲真菌屬、青真菌屬和鐮刀菌屬，這些真菌中的少數菌種或菌株能產生對人體有害的真菌毒素。
（3）寄生蟲：常見汙染食品的寄生蟲有旋毛蟲、絛蟲、吸蟲等。食用了被寄生蟲及其蟲卵汙染的食品引起的食源性疾病稱為食源性寄生蟲病。近年來食用生的食品機會越來越多，尤其是生食水產品和蔬菜，感染食源性寄生蟲病風險也隨之增加。除了傳統的旋毛蟲病、絛蟲病外，近年來華支睾吸蟲、肝吸蟲感染的報道增多。特別是2006年北京發生因食用加熱不徹底的或者生食福壽螺導致感染廣州管圓線蟲病。此寄生蟲可寄生在人的腦脊液中，引起頭痛、發熱、頸部強硬、麵神經癱瘓等症狀，嚴重者可致癡呆，甚至死亡。
（4）病毒：食品中的病毒主要來自於受感染的人和動物，包括鼠類和昆蟲。食品受汙染的原因可能直接取自於受感染的動物，或是因為受感染的人和動物之排泄物如糞、尿等的汙染。直接取自於受感染的動物的食品，如受口蹄疫病毒感染牛的牛肉或牛奶，病毒含量較高，而受到汙染的食品中病毒含量一般不高，往往每克食品僅有1~10個，甚至少於1個感染單位。
1）食品中常見的病毒。由於食品中病毒檢驗方法的限製，目前尚不清楚食品中究竟有多少種病毒。一般認為，食品中的病毒主要為腸道病毒，常見的有脊髓灰質炎病毒、柯薩基病毒、埃可病毒、諾瓦克樣病毒（Norwalk-like virus，NLVS）和肝炎病毒等。
2）食源性病毒疾病。近年報道的疾病有：1988年上海因食用不潔毛蚶引起的近30萬人的甲型肝炎暴發；1992~1994年間，在英格蘭和威爾士，27%的胃腸炎由諾瓦克樣病毒引起，其中食源性的感染占60%；1965~1983年間發生的60起與貝類有關的食源性疾病暴發的事件中，22起（37%）由諾瓦克樣病毒引起；1996和1997年分別有6起和12起與貝類有關的胃腸炎暴發，其中有13起是由牡蠣引起，而其中5起的病因是諾瓦克樣病毒。
①菌落總數（aerobic plate t）：食品檢樣經過處理，在一定條件下（如培養基、培養溫度和培養時間等）培養後，所得每克（g）或毫升（ml）檢樣中形成的微生物菌落總數。常用菌落形成單位（y-f units，CFU）表示。食品中菌落總數表明食品的清潔程度。
②大腸菌群（coliforms）：在一定培養條件下能發酵乳糖、產酸產氣的需氧和兼性厭氧革蘭陰性無芽孢杆菌。常用每100g或100ml食品中最可能數（most probable number，MPN）表示。食品中檢出大腸杆菌可提示該食品受到人或溫血動物糞便的汙染，進而可能受到腸道致病菌汙染。
（2）真菌及其毒素：真菌在自然界分布很廣，種類繁多，約有25萬餘種，幾乎無處不在。除少數醫學病原真菌外，大部分真菌對人體均屬非致病性真菌。與食品安全關係密切的真菌大部分屬於半知菌綱中的曲真菌屬、青真菌屬和鐮刀菌屬，這些真菌中的少數菌種或菌株能產生對人體有害的真菌毒素。
（3）寄生蟲：常見汙染食品的寄生蟲有旋毛蟲、絛蟲、吸蟲等。食用了被寄生蟲及其蟲卵汙染的食品引起的食源性疾病稱為食源性寄生蟲病。近年來食用生的食品機會越來越多，尤其是生食水產品和蔬菜，感染食源性寄生蟲病風險也隨之增加。除了傳統的旋毛蟲病、絛蟲病外，近年來華支睾吸蟲、肝吸蟲感染的報道增多。特別是2006年北京發生因食用加熱不徹底的或者生食福壽螺導致感染廣州管圓線蟲病。此寄生蟲可寄生在人的腦脊液中，引起頭痛、發熱、頸部強硬、麵神經癱瘓等症狀，嚴重者可致癡呆，甚至死亡。
（4）病毒：食品中的病毒主要來自於受感染的人和動物，包括鼠類和昆蟲。食品受汙染的原因可能直接取自於受感染的動物，或是因為受感染的人和動物之排泄物如糞、尿等的汙染。直接取自於受感染的動物的食品，如受口蹄疫病毒感染牛的牛肉或牛奶，病毒含量較高，而受到汙染的食品中病毒含量一般不高，往往每克食品僅有1~10個，甚至少於1個感染單位。
1）食品中常見的病毒。由於食品中病毒檢驗方法的限製，目前尚不清楚食品中究竟有多少種病毒。一般認為，食品中的病毒主要為腸道病毒，常見的有脊髓灰質炎病毒、柯薩基病毒、埃可病毒、諾瓦克樣病毒（Norwalk-like virus，NLVS）和肝炎病毒等。
2）食源性病毒疾病。近年報道的疾病有：1988年上海因食用不潔毛蚶引起的近30萬人的甲型肝炎暴發；1992~1994年間，在英格蘭和威爾士，27%的胃腸炎由諾瓦克樣病毒引起，其中食源性的感染占60%；1965~1983年間發生的60起與貝類有關的食源性疾病暴發的事件中，22起（37%）由諾瓦克樣病毒引起；1996和1997年分別有6起和12起與貝類有關的胃腸炎暴發，其中有13起是由牡蠣引起，而其中5起的病因是諾瓦克樣病毒。