學術上：二十餘年和歐美文化相接，科學早已編入國立學校的教科書內，卻直到如今，才有人認真聘請賽先生（陳獨秀先生稱科學為MrScience）到古舊的東方國來。同時“中國的印度文化”再生，托爾斯泰等崇拜東方文化說盛傳，歐美大戰後思想破產而向東方呼籲，重新引動了中國人的傲慢心。“西方文化與東方文化”，居然成了中國新思潮中的問題。於是這樣兩相矛盾的傾向，各自站在不明了的地位上，一會兒相攻擊，一會兒相調和，不論政治上，經濟上，學術上的思潮都沒有明確的意義，隻見亂哄哄的報章，雜誌，叢書的廣告運動，一步一步前進的現象卻不能否認，而思想紊亂搖蕩不定，也無可諱言。瞿秋白《餓鄉紀行》。《瞿秋白文粹》，太白文藝出版社，1995年版。
瞿秋白道出了一個事實：新文化運動並不像後人所理解的那樣，壁壘分明，陣線清晰，敵我雙方，你死我活。而是像一個大漩渦，一切新的、舊的、中的、洋的、香的、臭的、真的、偽的，全攪成一鍋雜錦粥，不斷地沸騰翻滾，互相作用，發酵變化。
文化是人類生存的基本需求，每個地方文化的不同，思維方式與行為模式的不同，與千萬年來孕育該族群的自然生存環境，息息相關；甚至與族群的生理與心理結構，也有著相須相成的關係。要打孔家店可以，要消滅孔家店就“難矣哉”了。中國獨尊儒術兩千年，也沒把墨子、老莊消滅掉。
陳獨秀把新文化運動稱為“文學革命”，是要用甲消滅乙；胡適把它稱為“文學改良”，是要用甲去改造乙。實際上，新文化運動是一場文化更新運動，是把一些從時代發展中產生的新元素，注入舊有的肌體中，把它重新激活，煥發出新的光與熱，並不是把舊肌體消滅掉。注入新元素過程，不僅是甲在改造乙，乙也在改造甲。舊肌體是不可能消滅的，如果沒有了氫，光剩下氧，無論如何變不出水來。
在一場波瀾壯闊的文化更新運動中，有些人走得快些，有些人走得慢些，有人要往東走，有人要往西走，有人說要丟棄這，有人說要保留那，就像在舞台上，一定要有不同的角色，有人演主角，有人跑龍套，有人唱紅臉，有人唱黑臉，才能構成一台戲。世界本來就是那麼複雜多樣的，新文化運動也是一個多聲部大合唱，缺了哪個聲部都不行。
“五四”精神有千種，“五四”結果隻一個
新文化運動與五四運動，雖然有內在的關聯，但並不是一回事。
五四運動不能說是新文化運動的必然結果，它是因外交問題、政治問題引發的一次“突發事件”。盡管二者的曆史文化基因大致相同，但“五四”顯然有著自己的血脈譜係，它是宋代太學生伏闕上書、明代東林黨人議政、清代公車上書這一知識分子傳統的延續，反映了民族主義與政府之間的衝突，而新文化運動則是發生在文化領域的新與舊之間的衝突。
當清末民初民族危機日益嚴重之時，無論是傳統意義上的士子，還是現代意義上的知識分子，在民族救亡問題上，他們走到了一起，就像兩個並行的輪子，共同支撐著這輛搖搖欲墜的車子。直到1919年，終於彙成一股巨流。
可以肯定，《新青年》開創了一種風氣，對五四運動起了直接與巨大的催化作用，從精神上、理論上，賦予了五四運動一種特殊的現代意義，使其有別於曆史上太學生伏闕上書和公車上書，使得“五四運動比較辛亥革命進了一步”（毛澤東語）。從這個意義上說，陳獨秀、李大釗、胡適等人與《新青年》，功不可沒。
後人煮酒論史，不是把陳獨秀稱作五四運動的總司令，就是把李大釗稱作總司令，如果僅指“精神領袖”而言，當之無愧，但並非說陳獨秀真的參與了五四運動的具體領導工作。事實上，他們都說不上是總司令。陳獨秀是《新青年》雜誌的總司令，是新文化運動的重要推手，但不能說是五四運動的總司令。
五四運動的主要組織者與領導者，幾乎都不是新青年同人，而是來自新潮社與國民雜誌社的學生。這兩個雜誌社，在新文化運動中，分屬不同的陣營。五四運動前，《國民》甚至連白話文都不肯接受，認為《新潮》的主張太過激烈；而《新潮》也覺得《國民》所倡導的國家觀過於狹隘，故不感興趣。段錫朋是國民雜誌社的靈魂人物，學潮期間，與羅家倫過從甚密，出則同輿，入則同席，晚上常擠在一起熬大鷹。段錫朋一有空就嘮叨他的“廬陵歐陽公的文章道德”，這並沒有妨礙他成為風雲一時的五四領袖。