陳獨秀回到上海，全身心投入到中國共產黨的工作中。最初陳獨秀反對中共加入共產國際，也不肯接受共產國際的盧布。但實際上，在他返回上海之前，上海方麵已接受了共產國際的資助。周佛海在談到活動經費來源時說：“不待說是盧布換成的鈔票。他們給我每月八十元大洋的生活費，此外還有點活動費。”陳獨秀認為革命者都應無報酬地為黨服務，領了錢就等於雇傭革命。他拍著桌子說：“我們有多大的能力幹多大的事，決不能讓任何人牽著鼻子走。我可以不幹這個書記，但中國共產黨決不能戴第三國際這頂大帽子。”《周佛海回憶錄》，台灣，躍升文化事業有限公司，1988年版。
10月4日，陳獨秀、楊明齋、包惠僧等人，在上海法租界漁陽裏2號的陳宅被捕。巡捕在他家裏搜出了《新青年》、《勞動界》、《共產黨》等刊物。胡適在北京聞訊，大吃一驚，連忙打電話給剛從歐洲回來的蔡元培，請他出麵設法營救，他在電話中，急得大罵“法國人真不要臉！”
馬林也在上海全力組織營救，利用共產國際的經費去打通關節，聘請律師。10月下旬，陳獨秀以判罰一百元結案。出獄後，陳獨秀的立場，發生了戲劇性的轉變，他一方麵正式辭去廣東教育委員會委員長一職，以示與資產階級政府一刀兩斷，並接受沈雁冰等人之請，在商務印書館當兼職編輯，一方麵與馬林達成了三點共識：
陳獨秀與馬林和諧地會談了兩次，一切問題都得到了適當的解決：1、全世界共運總部設在莫斯科，各國共產黨都是第三國際的一個支部。2、赤色職工國際與中共勞動組合書記部，是有經濟聯係的組織。中國勞動組合書記部的工作計劃及預算，每年都要赤色國際批準施行。3、中共中央不受第三國際的經濟支援，如有必要的開支，由勞動組合書記部調撥。包惠僧《回憶馬林》。《馬林在中國的有關資料》（增訂本），人民出版社，1980年版。
從此，中國共產黨接受共產國際的資助，正式成為國際共產主義運動中的一員了。《新青年》雜誌在出了九卷六號後，決定停刊，新青年社也隨之解散。1923年6月，一度作為中共黨的理論宣傳刊物，以季刊形式，在廣州複刊，由瞿秋白主編。然這時的《新青年》，已不再是一本新文化運動的刊物了。1924年12月出至第四期，又再打烊；1925年4月改為月刊複刊，不定期出版，1926年7月出至第五號自行停刊。
這本創刊於1915年，共出63冊，曾經是思想文化先鋒的雜誌，度過了燦爛的一生，到了曲終奏雅，謝幕退場之際了。胡適對這本雜誌感情深厚，因為這是他登上時代舞台的階梯，他給予了很高的評價：“二十五年來，隻有三個雜誌可代表三個時代，可以說是創造了三個新時代：一是《時務報》，一是《新民叢刊》，一是《新青年》。而《民報》與《甲寅》還算不上。”《努力周報》第75期，1923年10月21日。前兩本都是梁啟超辦的，後一本——《新青年》——則是陳獨秀、胡適、李大釗、錢玄同、劉半農等一批新青年辦起來的，他們是當之無愧的時代創造者。
陳獨秀在上海平安獲釋，胡適鬆了一口氣。這段日子，他因為養病，沒在北大開課，埋頭寫《〈紅樓夢〉考證》、《〈水滸傳〉後考》。他對《新青年》的回歸，已不抱希望了，所以一直想另辦一份雜誌。經過胡適、高一涵和地質學家丁文江等人，幾個月的醞釀籌備，1922年5月7日，在五四運動三周年之際，《努力周報》在北京創刊了。由胡適親撰的發刊詞是一首白話《努力歌》，其中唱道：
朋友們，我們唱個“努力歌”：
不怕阻力！
不怕武力！
隻怕不努力！
努力！努力！
阻力少了！