港九大隊在海上和陸上神出鬼沒，令日偽疲於應付。1943年11月下旬，港九大隊海上中隊在西貢以東果洲海麵，發現日軍機帆船拖著一條“大眼雞”船，向香港方向行駛，海上中隊的兩艘遊擊船立即靠近攻擊，迫使日軍斬斷拖纜，倉皇逃去，海上中隊繳獲了“大眼雞”上的大批高麗參和數十噸白報紙。
1944年4月13日前後，港九大隊派人潛入港九城鄉各區，一連幾天，在旺角、深水埗、大角咀、油麻地、筲箕灣、中環、荷裏活道、十五殿、土瓜灣、紅磡、銅鑼灣、鵝頭橋一帶，散發《告港九同胞書》及各種傳單，多達2.8萬餘張，大大震動了日本當局。
4月21日，港九大隊成功炸毀了九龍區旺角窩打老道的第四號火車鐵橋。據《前進報》報道：“當時夜深人靜，轟然一聲，震動全港，市民均從夢中驚醒；敵寇則驚心膽喪，當夜三時許，即動員全港憲查，集中九龍方麵，至翌晨六時，始敢施行大戒嚴，九龍交通，完全斷絕。” 對日偽的震懾力之大，可想而知。
5月，港九大隊在坪洲海麵攻擊一艘日軍機帆船，迫敵逃遁。8月16日，港九大隊海上中隊出動兩艘遊擊船，夜襲停泊於沙頭角對海黃竹角海麵的偽海上挺進隊船隻。經過激戰，擊沉敵船3艘，斃傷敵人38名，繳獲輕機槍2挺，衝鋒槍4支及一批長短槍。日軍匆匆派出炮艇增援，企圖追擊海上中隊，但港九大隊早已埋伏在南澳港灣山上，以輕重機槍火力封鎖海麵，逼退了日軍。
11月30日，港九大隊海上中隊在大鵬裏岩角，發現一艘日海軍運輸船，海上中隊三艘遊擊船立即擺開品字隊形，全速展開攻擊。突擊組長曾佛新一馬當先，搶登敵船，不幸中彈身亡。其他隊員依然奮勇爭先，冒著槍林彈雨，從兩舷強行登上敵船，全殲船上敵人，俘敵7人。
曾生司令員在東江縱隊成立一周年紀念會上發表演說時指出：“盟國的空軍在廣九沿線的空中打擊敵人，我們則在海上陸上打擊敵人，大家都為著消滅日寇的共同目標而奮鬥。雖然這個鬥爭的配合還不能算得密切，但從目前的形勢來說，我們已盡了應有的任務，這就是搶救在空戰中降落淪陷區的盟國飛機師、香港地區被俘虜的盟國人士、被奴役的印度士兵。在前一件工作中，二月間從敵人的重重包圍搜捕之下，救出了美國空軍克爾中尉，五月間又救出了美國空軍列夫柯中尉、拉維星爾中尉、愛利斯技士、康剝軍曹、石克軍曹；在後兩個工作中，八月間救出了英國海軍葛雲上尉，並前後救出印籍官兵34名。盟國人士感激不盡，對我隊在這裏堅持鬥爭，在國際上作了生動的報道。”
進入1945年，港九大隊對日軍的進攻，比以往更加猛烈。
1945年5月2日，海上中隊攻擊停泊於大鵬灣水頭沙灣的日軍運輸船和“大眼雞”船，他們化裝成漁民，在夜間發起突襲，強行登上敵船，全殲敵人，繳獲輕機槍1挺，步槍6支和一批物資。擊斃日水兵8人，俘虜6人，解救中國船員28人。
8月，港九大隊三艘遊擊船在海上巡邏時，在大浪口發現一艘日軍運兵船，遊擊船即以品字隊形，向日軍展開攻擊。但運兵船上火力極猛，海上中隊有3名隊員犧牲，2名隊員重傷。但他們頑強作戰，最終擊沉敵船，日軍除2人被俘外，其餘全部葬身魚腹。戰後打撈到1門日式山炮、6支步槍和1台無線電發報機。
據曆史記載，活躍於珠江口的大嶼山中隊海上小隊，在元朗中隊海上小隊的配合下，從1944年春至1945年夏，先後繳獲日軍運輸船、機帆船22艘，大大補充了自己的物資；東縱的海上部隊共俘敵船43艘，擊沉敵船7艘，俘日軍36人，擊斃日軍52人，淹死日軍40多人，俘偽軍50多人，擊斃偽軍近百人，繳獲輕機槍5挺，步槍50支，山炮1門，各類物資一大批。
今天，在西貢斬竹灣西北的山岡上，聳立著一座抗日英烈紀念碑，便是紀念在抗日戰爭中無畏戰鬥、英勇捐軀的港九大隊戰士和當地鄉民。紀念碑背倚長山，麵朝三丫口避風塘及滘西洲，依山傍水，地勢雄壯，四周種滿英雄樹、青鬆、翠柏，隆冬蒼翠不凋，鬱鬱蔥蔥；春季木棉花開，紅浪怒翻，有如丹霞映日。碑園西側有巨大的石書，鐫刻著港九獨立大隊的曆史。
紀念碑以步槍為形狀，象征堅強的抗日力量，基座銘文曰：“抗戰勝利，倏忽四十餘年，往者已矣，我輩每念往日遊擊戰士與地下工作者，拋頭顱，灑熱血，為國為民，前赴後繼，獻出生命。據可查考者已有七十人，黃土長埋，默默無聞者，尚不止此數。抗日先烈以鮮紅熱血譜寫壯烈史詩，皆應銘記表彰，以慰英靈，以昭後世。”悲愴壯麗的浩然之氣，充塞於藍天碧海之間。