檔案資料是記錄國家史實的重要文件，屬於國家高級機密。因此，各國曆朝曆代都極其重視檔案的收藏與管理，並設有專門管理機構。如同世界上所有的文明國家一樣，號稱世界四大文明古國之一的中國，對文獻資料特別重視，其收藏和管理也更為用心，無論是商周還是秦漢唐宋元明，莫不如此。當曆史長河流淌到清王朝時，當朝的統治者同樣按照國家慣例製定了嚴格的管理製度，把國家檔案分為內閣大庫檔案、軍機處（亦叫方略大庫）檔案、內務府檔案、宗人府檔案、國史館檔案、宮中各處檔案和各部院衙門檔案等不同類別加以保存收藏。其中，除大部分為漢文，還有滿文老檔以及英、法、德等文字的外交檔案。
清王朝自他們的祖先走出白山黑水，催動鐵騎撞開山海關那斑駁蒼老的大門入主中原後，出於多方麵的考慮，下令焚毀了大量明代檔案和許多入關以前形成的對清朝不利的老檔。後來根據政治形勢的需要，又不斷進行篡檔、改檔。越是如此，當朝的統治者就越擔心檔案泄密，也越發重視其收藏管理。對於各類國家檔案，當朝統治者規定，任何人都不得隨便閱覽，以至清內閣大庫檔案出現了“九卿翰林部員，有終身不得窺見一字者”【13】的情形。
史載，有清以來的內閣大庫，設在“舊內閣衙門之東，臨東華門內通路，素為典籍廳所掌。其所藏，書籍居十之三，檔案居十之七。書籍多明文淵閣之遺，其檔案則有曆朝政府所奉之朱諭、臣工繳進之敕諭、批折、黃本、題本、奏本、外藩屬國之表章、曆科殿試之大卷”【14】等。當時僅管理這批檔案者就達200餘眾，足見朝廷對此之重視。
清嘉慶年間，紫禁城中發生大火，導致清宮檔案部分損毀。後來，由於檔案設施的限製，國家內憂外患日趨頻繁，加之朝政失修混亂，統治者已無力、無心顧及檔案之事，致使一些檔案遭受雨淋、水淹而黴爛，蟲咬鼠噬的情況也日趨嚴重。而保存於內閣大庫的檔案，隨著年複一年不斷增加，庫房漸漸不能容納。到了同治、光緒年間，因洪、楊率領太平軍在南方造反起事，神州大地戰火連綿，烽煙不絕，當朝統治者更是無心過問檔案管理事宜，就連庫房年久失修幾近崩塌，各部署衙門也相互推諉，敷衍塞責，沒人願意出麵承擔相關的責任了。
光緒三年（1877），內閣大庫開始滲漏，負責管理的官員多次催促具體管理的內務府派人修繕，但內務府從大臣到太監，都采取背著手撒尿——不予理睬的姿態拖延下來。
光緒十二年（1886），內閣大庫已嚴重損壞，眼看就要傾塌崩毀，內務府一幫臣僚仍置若罔聞，不管不顧。
光緒二十五年（1899），清廷執掌此事的官員眼見內閣大庫破敗不堪，已成風雨飄搖之勢，認為整個大清王朝已千瘡百孔，即將崩潰，這些既不能吃亦不能喝的破爛檔案已無任何可用之處，遂下令將內存朱批紅本4500餘捆，約30萬件清理出庫，拉到京城郊外一把火燒了個精光。據說此前主事的官員們議定隻焚燒副本之黴爛者，但到了具體辦事人員移檔時，因正副本交相混雜，且正本也多有殘缺不全者，故不分正副本，凡稍有黴爛者都被一網打盡，葬身火海。這批被焚毀的檔案除明朝遺留的舊書、舊檔外，還有清朝自入關以來200多年的清檔，如此之巨的曆史文化財富，在世事紛亂、王朝動蕩的大格局中全部化為灰燼。此後，主理檔案事的清廷官員又頒發一道明令，各存檔機構可以將“實在無用者，悉行焚毀”。自此，焚燒檔案在晚清帝國遂成為一道合法程序和處理方式在各衙門興行開來。
到了末代娃娃皇帝溥儀登台亮相、醇親王載灃攝政時期，整個朝廷混亂不堪，大清國即將全麵崩潰，各種禮儀規矩已無章可循，為重整朝綱，挽狂瀾於既倒，醇親王下令內閣大臣尋出立國之初攝政典禮的舊檔案以便參考。執事者得令後往大庫中搜尋，因庫內極端混亂而不能覓，便回奏載灃曰：“內閣大庫無用之舊檔太多，著實已無保存之必要，應加以焚毀以減輕庫存的容量。”頭腦昏昏不明的載灃認為此言有理，便下達了一道即刻焚毀的命令。於是，從宣統元年（1909）八月初一開始，一批官員加幫工每天都從大庫內向外挑揀“無用舊檔”。至八月底，共挑出乾隆至同治朝紅本16062捆，全部露天堆置在內閣大庫外的庭院中，隻等某位高官大員一聲令下就要焚成火灰。
當此之時，號稱清王朝最後一根支柱的內閣大學士、一代名臣張之洞正兼管學部事務。見此情景，頗為痛心，遂以一個傑出政治家的眼光和氣度，上疏奏請設京師圖書館，以保存內閣大庫的圖書典籍。張的奏請很快得到批準，時在學部任參事的著名甲骨學者羅振玉，正好被派往內閣大庫接收圖書典籍，羅氏在庫外堆放的檔案中隨手抽出幾份閱看，見裏麵有許多珍貴的文獻，驚詫不已，建議張之洞立即上疏停止焚檔，並請求將這批檔案全部歸入學部管理。張之洞深以為然，上下奔走，終使200多萬件檔案和部分試卷免於劫難，被陸續運至學部，而後分存於學部大堂後樓與國子監南學內。
宣統三年（1911），辛亥革命爆發，風雨飄搖的清王朝於次年2月倒台，宣統皇帝退位，曆史進入了更加紛繁雜亂的民國時代。也就在這一年，民國政府在國子監成立了“國立曆史博物館籌備處”，原清廷學部所藏檔案與試卷全部歸入曆史博物館籌備處，暫存於敬一亭中，總數約8000麻袋（南按：王國維說9000）。這批數量龐大、內容神秘的“貨物”，令當時的博物館籌備處主任胡玉縉甚為擔憂，日夜提防工役們放火焚燒。因為他發現堆在敬一亭中的麻袋在不斷地減少，作案者便是那些雇來的工役打雜者，這些人多目不識丁，往往為了一己私利，把麻袋中盛裝的檔案倒在地上，隻偷偷裹挾著麻袋皮到外麵鋪子裏賣些小錢換酒來喝。胡氏其人老於世故，不但深研舊學，且博識前朝掌故。當年故宮武英殿裏曾藏過一副銅活字，後來太監們爭相偷盜，偷得“不亦樂乎”。待到王爺與主事的大臣要來考察的時候，深感不妙的太監就放了一把火，不但銅活字不見了蹤影，連武英殿也一同燒了個精光。胡氏想到這個掌故舊聞，先自驚出一身冷汗，假如麻袋被偷盜過多，敬一亭也很可能重蹈當年武英殿的覆轍，一把火而變成“沒有”。於是，胡氏於驚恐憂慮中找自己的頂頭上司——教育部商議一個或遷移或整理或銷毀的辦法。誰知專管這項事務的教育部社會教育司司長夏曾佑，比胡玉縉更懂得前朝舊故和“國學”奧秘，聽罷當即搖頭拒絕。關於此事的經過和具體細節，曾在教育部任僉事的周豫才（魯迅）專門做過一篇《談所謂“大內檔案”》的文章敘述其事。按魯迅的說法，這個夏曾佑“是知道中國的一切事萬不可‘辦’的；即如檔案罷，任其自然，爛掉，黴掉，蛀掉，偷掉，甚而至於燒掉，倒是天下太平；倘一加人為，一‘辦’，那就輿論沸騰，不可開交了。結果是辦事的人成為眾矢之的，謠言和讒謗，百口也分不清。所以他的主張是‘這個東西萬萬動不得’”。【15】在這一“國學”秘訣的處事思想指導下，這批“貨物”再也沒有人敢來操心或做什麼主張了。
好在工役們的偷盜行為尚有節製，遲遲未見火光閃現，麻袋們在敬一亭靜靜地躺了幾年之後，教育部主事者突然心血來潮，派出幾十名部員，與曆史博物館員工、夫役合兵一處，對8000麻袋內閣檔案給予整理。時在教育部社會教育司擔任第一科科長的魯迅被差遣前來共同操作。魯迅說：這批檔案之所以在被冷落了十幾年之後，複重新被人憶起並成為熱門，起因是當時所謂“藏書和考古名人”的教育部F總長【16】，聽說從中發現了宋版書及“海內孤本”。這個時候的曆史博物館籌備處已經從國子監遷到故宮午門大殿辦公，胡玉縉主任也早已退職，另接了一個“京腔說得極漂亮，文字從來不談”但又“忽然變成考古家”的所謂旗人頂替其職。【17】按當時的整理方法，檔案分為“有用”和“無用”兩部分，幾十個部員連同夫役在塵埃和破紙堆中出沒了幾十天，總算告一段落。據魯迅的記載：“保存的一部分，後來給北京大學又分了一大部分去。其餘的仍藏在博物館。不要的呢，當時是散放在午門的門樓上。”不久，隨著F總長的“下野”，這批檔案複又落到以前的結局，沒有人再提起了。為此，魯迅曾感慨曰：“中國公共的東西，實在不容易保存。如果當局者是外行，他便將東西糟完；倘是內行，他便將東西偷完。”內閣檔案的命運，就是在此種境況下度過了它曲折艱難的一段曆程。
隨著民國時局動蕩加劇，隸屬於教育部的曆史博物館籌備處漸漸成了無娘的孩子，資金短缺，無人過問，處於半死不活的狀態。1921年，博物館籌備處那位“滿口漂亮京腔”的旗人主任和他的幾位同僚，忽然鬼魂附身一樣天目洞開，從糨糊瓶狀的腦殼裏，蹦出了一個求生存圖發展的“奇計”，將館內貯存的8000麻袋、總重量為“十五萬斤”的明清檔案，在月黑風高之夜，神不知鬼不覺地悄悄運出，當作廢紙賣給了北京同懋增紙店，得銀4000元。
檔案變賣後，一直不為外界所知。次年2月，已成為前朝遺老、客居天津的著名古物學家、古文字學家、甲骨學大師羅振玉，因事進京，於偶然之際在市肆中發現了洪承疇揭帖和朝鮮國王貢物表等明代檔案。學識淵博、眼光敏銳的羅振玉，立即意識到此物定出自清內閣大庫，大吃一驚，急忙尋蹤覓跡，調查此物的來龍去脈。經過一番周折，最後找到同懋增紙店並弄清了事情真相。
此時的同懋增紙店已經把檔案當作廢紙轉賣出了約計1000麻袋，其餘部分則被老板差人運到了定興與唐山兩地的紙廠，準備化成紙漿，製造“還魂錢”。
羅振玉聽罷，心急如焚，當場與紙店老板交涉，表示願將這批“廢紙”全部收購。庸俗不堪又自以為是的老板並沒有把這位遺老放在眼裏，更不肯費時耗力去運回那堆廢紙，一口回絕。羅振玉意識到事情的緊迫和嚴重，如稍有拖延，後果不堪設想。他當即表示可以高價收購，以彌補對方的損失。紙店老板一聽有利可圖，立即改變態度，答應以1.3萬元的高價轉售給羅振玉。羅氏咬牙答應下來。為籌到這筆巨款，羅振玉回到天津後，不惜傾家蕩產、債台高築，總算在規定的日期內湊齊了所定款項，把剩餘的檔案全部購回，並分藏在北京和天津兩地，總算使其擺脫了被毀滅的厄運。此後，羅氏與他的朋友兼親家王國維，一起組織人力對所購檔案進行整理，並彙編成《史料叢刊初編》十冊陸續印行。這批研究成果甫一問世，立即在國內外學術界引起了強烈震動，很快傳遍天下儒林。
1925年7月，王國維受清華學生會之邀做暑期學術演講，在《最近二三十年中國新發見之學問》一題中，王氏對這批檔案收集、整理、取得的成果以及所顯現的輝煌前景，做了如下敘述：“自漢以來，中國學問上之最大發見者有三：一為孔子壁中書；二為汲塚書；三則今之殷墟甲骨文字，敦煌塞上及西域各處之漢晉木簡，敦煌千佛洞之六朝及唐人寫本書卷，內閣大庫之元明以來書籍檔冊。此四者之一已足當孔壁、汲塚所出，而各地零星發見之金石書籍，於學術有大關係者，尚不與焉。故今日之時代可謂之‘發見時代’，自來未能有比者也。”【18】
此時，王國維已在甲骨文字、流沙墜簡及敦煌千佛洞寫本書卷的研究中，取得了巨大成就，內閣檔案的“發見”，無疑將於這座文化昆侖的高山之巔再添新的巨石，使之更加巍峨壯觀。遺憾的是，這位“老實得像火腿一般”的國學大師，在兩年之後“便在水裏將遺老生活結束”（魯迅語）了。而此前，失去經濟來源的另一位遺老羅振玉，已無力支撐此項整理重任，無奈中，隻好忍痛割愛，為內閣檔案尋找新的主人。此舉很快被日本人知曉，欲以偽滿洲國的名義出高價購藏，羅振玉甚是歡喜，很快談妥並雇人打包準備轉運。就在這個節骨眼上，消息傳出，以著名金石學家、北大研究所國學門教授馬衡為首的北京學術界立即群起攻之，借助新聞媒體口誅筆伐，並上書國民政府，堅決阻止將這批民族文化瑰寶運出京津。國民政府聞訊，立即派出農礦部參事李宗侗（字玄伯）等一幹人馬前往查辦。羅振玉見事情鬧大，難以成行，隻好黯然作罷，表示另選合適買主。此時客居天津的大收藏家李盛鐸（號木齋）得此信息，認為奇貨可居，主動上門接洽。羅振玉順水推舟，將藏在北京的大部分約7000麻袋檔案以1.6萬元的價格轉讓給了李盛鐸。另一小部分被北大國學研究所購得。存天津的一小部分，後來被羅振玉偷偷運到了旅順，歸屬偽滿洲國收藏，1936年又移交給了奉天圖書館。
◎ 陳寅恪與內閣大檔
李盛鐸滿心歡喜地將檔案弄到手後，本以為得了個寶貝疙瘩，想不到很快成了燙手的山芋。由於時局動蕩，軍閥混戰不息，手中財力很快出了問題。李盛鐸深感自己能力有限，根本無力對這批浩如煙海的文獻進行係統整理研究，逐漸萌生脫身之意。北大教授馬衡得到消息，於1928年春寫信給中山大學的傅斯年相商購買辦法，但因款項過大，傅斯年深感自己心有餘而力不足，隻好暫時放棄，靜觀待變。
因內閣檔案“發見”在中外學術界引起廣泛矚目並在坊間引發轟動效應，許多學術機構得知李盛鐸轉賣消息後，蠢蠢欲動，紛紛設法籌款準備收購，其間風頭最健者當屬以美國教會為背景的燕京大學。對此，北大、清華、故宮博物院等機構的碩學名儒，紛紛表示這批檔案文獻萬不可落入美帝國主義的代言人——司徒雷登所實際操縱的燕京大學手中。而對這批“貨物”關注日久，居住在清華園內的陳寅恪對此亦深以為然，他在給傅斯年的信中明確表示：“現燕京與哈佛之中國學院經費頗充裕，若此項檔案歸於一外國教會之手，國史之責托於洋人，以舊式感情言之，國之恥也。”【19】
因事涉明清重要國史資料，作為史家的陳寅恪為此傾注極大熱情，當是情理中事。陳氏力主把這批珍貴的曆史文獻留於純粹的中國研究機構之手，或北大，或清華，或故宮博物院，或中央研究院史語所等。其中，陳寅恪寄予最大希望的還是中央研究院。就當時的情形而論，無論是北大還是清華又或故宮博物院，都很難拿出一大筆款項，購買這批在當權者看來並無多少價值，但在學術界看來卻是奇珍異寶的內閣檔案。於是，借傅斯年由廣州來北京辦事之際，胡適與陳寅恪皆主張由傅氏出麵向中央研究院院長蔡元培請撥款項，以求購這批“國之瑰寶”。
此時，傅斯年操作的中央研究院曆史語言研究所剛剛成立，除聘請了陳寅恪、趙元任等幾位學貫中西的大字號“海龜”，並以此對外自豪地加以宣揚外，就學術資料的占有和成果論，並無更多的看家本錢，甚至連壓箱底的本錢也一無所有，無論是北大還是清華，“元和新腳未成軍”的史語所均不能與之抗衡。聽了胡適與陳寅恪的鼓動，傅斯年掐指一算，如果將這批大內檔案弄到手中，不但填補了家業之不足，還可在業內一炮打響，令史語所一夜間名震天下。想到此處，傅氏神情大振，立即鼓起翅膀行動起來，並於1928年9月11日上書蔡元培，曰：
孑民先生左右：
午間與適之先生及陳寅恪兄餐，談及七千袋明清檔案事。此七千麻袋檔案，本是馬鄰翼時代【20】由曆史博物館賣出，北大所得，乃一甚小部分，其大部分即此七千袋。李盛鐸以萬八千元（按：實為一萬六千元）自羅振玉手中買回，【21】月出三十元租一房以儲之。其中無盡寶藏，明清曆史、私家記載，究竟見聞有限；官書則曆朝改換，全靠不住。政治實情，全在此檔案中也。且明末清初，言多忌諱，官書不信，私人揣測失實。而神、光諸宗時代，禦虜諸政，《明史》均闕。此後《明史》改修，《清史》編纂，此為第一種有價值之材料。羅振玉稍整理了兩冊，刊於東方學會，即為日本、法國學者所深羨，其價值重大可想也。
去年冬，滿鐵公司將此件訂好買約，以馬叔平諸先生之大鬧而未出境，現仍在京。李盛鐸切欲即賣，且租房漏雨，麻袋受影響，如不再買來保存，恐歸損失。今春叔平先生函斯年設法，斯年遂與季、騮兩公商之，雲買，而付不出款，遂又有燕京買去之議。昨日適之、寅恪兩先生談，堅謂此事如任其失落，實文化學術上之大損失，明史、清史，恐因而擱筆，且亦國家甚不榮譽之事也。擬請先生設法，以大學院名義買下，送贈中央研究院，為一種之Donation，然後由中央研究院責成曆史語言研究所整理之。如此，則（一）此一段文物不致失敗（散），於國有榮。（二）明清曆史得而整理。（三）曆史語言研究所有此一得，聲光頓起，必可吸引學者來合作，及增加社會上（外國亦然）對之之觀念，此實非一浪費不急之事也。先生雖辭去大學院，然大學院結束事務，尚由杏佛先生負責，容可布置出此款項，以成此大善事，望先生與杏佛先生切實商之。此舉關係至深且巨也。至費用，因李盛鐸索原價一萬八千元，加以房租，共在二萬以內，至多如此。叔平先生前雲可減，容可辦到耳。專此，敬頌
道安！
杏佛先生同此！
學生 斯年謹呈。九月十一日【22】
蔡元培接信後，鑒於傅斯年一片至誠和超人的組織能力，同時出於對傅的信任，未敢忽視，立即與留在大學院處理後事的楊杏佛協商，表示依傅斯年之說而行。傅氏聽罷，大為高興，立即電告在北京代表政府主此事的農礦部參事李宗侗與清華的陳寅恪，請其立即與李盛鐸聯係收購事宜。李盛鐸本乃商人收藏家，見中央研究院確有誠意，想到燕京大學方麵即將談成，此局已成鷸蚌相爭之勢，立即拿出“無商不奸”的祖宗家訓和無賴氣概，表示非三萬元莫談，以此收到漁翁之利。李宗侗一看對方露出如此醜惡嘴臉，甚為惱火，當即想以政府之特殊權力強迫收買，讓其奸計落空。但又“恐李木齋（盛鐸）懷恨在心，暗中扣留或毀損，且須在國府通過一條議案，極麻煩費事”【23】，遂強壓怒氣，開始向對方曉以民族大義，討價還價。此後，經陳寅恪與李宗侗共同出麵幾次與李盛鐸協商周旋，總算於1929年3月將此事敲定，7000麻袋均由中央研究院前來收購。