煙台換約之後，日廷以海軍大將樺山資紀為台灣總督；而清廷亦以李經芳為委員，至台授受。聞獨立，不敢登。（略）。當是時，日廷以近衛師團長能久親王率師伐台，次中城灣；以少將東鄉平八郎為海軍司令官，大佐福島安正為陸軍參謀，率浪速、高千穗兩艦赴淡水，就英艦詢台事。炮台擊之，乃駛去，遊弋基隆。
清光緒二十一年
十三日，日軍以一大隊迫獅球嶺，台人請景崧駐八堵，為死守計。不從。營官李文魁馳入署，大呼曰：“獅球嶺亡在旦夕，非大帥督戰，諸將不用命。”景崧見其來，悚然立，舉案上令架擲地曰：“軍令俱在，好自為之。”文魁側其首以拾，則景崧已不見矣。景崧既入，攜巡撫印，奔滬尾，乘德商輪船逃；將出口，炮台開炮擊之。適德兵艦泊附近，以其擊己船也，亦開炮擊。（略）。十五日，川村景明入台北，以騎兵略淡水。【15】
唐景崧率一幫親信悄然乘船逃往廈門後，台籍士紳、新上任的義勇統領丘逢甲亦不再抗日，於混亂中攜帶公款十萬元逃往廣東嘉應州。此後，整個台島人心惶惶，潰兵散勇與當地流氓四處搶掠，台北藩庫存銀被搶劫一空，繼之倉庫失火，秩序大亂，總統府亦遭搗毀焚燒。延至6月7日，強悍的日軍占領台北，曇花一現的台灣民主國宣告覆亡。所謂覆巢之下，安有完卵？逃到大陸的唐景崧被清廷以抗命罷黜，1903年卒於家中，有《請纓日記》等傳世。【16】
在唐氏出任台灣巡撫之時，陳寅恪的舅公，即俞大維的伯父俞明震曾入台襄助唐氏策劃防務並出任民主國內務大臣。而胡適的父親胡傳（字鐵花）曾以台灣直隸州知州兼（軍事）統領的職務，助唐景崧、劉永福守台，後於1895年退出台灣病死於廈門。【17】 胡適五歲之前曾在台灣隨父居住。許多年後，胡適赴台出任“中央研究院”院長職，曾專門尋找過兒時的舊居。因了這一曆史的淵源，唐氏家族與俞家、胡家、陳家皆有交情。陳寅恪在海外學成歸國並出任清華研究院導師期間，不願獨住工字廳單身宿舍，時趙元任夫婦住清華南院一、二號兩棟中西合璧的連體小洋房，經協商，趙元任將二號讓一半給陳寅恪居住，陳吃飯也在趙家搭夥。1927 年秋, 清華教員郝更生與高仰喬戀愛,高有義姊唐女士尚待字閨中，趙夫人聽說，力促陳寅恪至高處探個究竟。據陳寅恪晚年回憶: “同事中偶語及:見一女教師壁懸一詩幅，末署‘南注生’。寅恪驚曰:‘此人必灌陽唐公景崧之孫女也。’蓋寅恪曾讀唐公《請纓日記》。又親友當馬關中日和約割台灣予日本時,多在台佐唐公獨立,故其家世，知之尤諗。因冒昧造訪。未幾，遂定偕老之約。”【18】
作為灌陽名門望族的唐家，至唐景崧由台內渡後已開始衰敗，兒女輩更顯其速。作為唐公景崧孫女的唐筼從小喪父，隨母移居天津，讀書於天津北洋女子師範學校，其母在另一女校任教。後唐筼由女師保送上海體專進修，畢業後又回到母校任體育老師。未久，轉任北京女子文理學院體育教師。因了這段家世淵源與風雲際會，陳寅恪遇到唐筼猶如幹柴烈火，二人越談越投機，很快訂了終身。
1928 年夏，陳寅恪與唐筼喜結連理，7 月 15 日中午借趙元任宅設喜筵招待好友。吳宓特易新衣往賀，並作詩一首，以紅箋寫贈陳寅恪:
賀陳寅恪新婚
廿載行蹤遍五洲,今朝簫史到瓊樓。
斯文自有千秋業,韻事能消萬種愁。
橫海雄圖傳裔女,望門耆德媲前修。
蓬萊合住神仙眷,勝絕人間第一流。【19】
席間眾人飲酒頗多，陳寅恪以吳宓賀詩傳示來賓，眾皆歡喜，意趣濃濃。以後的若幹歲月，陳氏夫婦相濡以沫，榮辱與共，手拉肩扶地走過了悲欣交集的人生旅程。
陳寅恪、唐筼夫婦共育三女：長女流求，其名為台灣古稱；次女小彭，意指澎湖列島，兩個名字皆是陳寅恪夫婦為紀念唐景崧與台海列島所取。三女取名美延。
蒼昊沉沉忽霽顏,春光依舊媚湖山。
補天萬手忙如許,蓮蕩樓台鎮日間。
盈箱縑素偶然開,任手塗鴉負麝煤。
一管書生無用筆,舊曾投去又收回。
為人作書,口占二絕。冬陰已久, 立春忽晴, 亦快事也。南注生。【20】
此為光緒二十一年，台灣陷落日寇之手，曾任台灣民主國總統的唐景崧內渡後，於戊戌變法前夕所作，亦即唐筼為紀念先祖在京租賃房屋懸壁之詩幅。近四十個春秋匆匆過去，日本吞亡中國的野心越來越大，直至在沈陽搞出了震驚中外的“九一八”事變，東北四省淪陷，幾千萬人民流離失所。出於對時局和當權者的義憤，陳寅恪於事變的第二天請胡適為唐景崧此詩題詞，借古論今，以澆心中之塊壘。胡適以《題唐景崧先生遺墨》為題回贈詩一首：
南天民主國,回首一傷神,
黑虎今何在? 黃龍亦已陳。
幾枝無用筆,半打有心人。
畢竟天難補,滔滔四十春。【21】
陳寅恪對胡適題詩心領神會，專致謝函一封:
適之先生講席:
昨歸自清華。讀賜題唐公墨跡詩,感謝感謝 ! 以四十春悠久之歲月,至今日僅贏得“不抵抗主義”，誦尊作現竟不知涕泗之何從也。
專敬叩
著安
弟寅恪頓首 九月二十三日【22】
更令陳寅恪和胡適沒有想到的是，離“九一八”事變僅是幾年的時間，盧溝橋槍聲再起，繼之平津淪陷，上海、南京搖晃，整個華北、華東大部燃起了熊熊戰火，而淪陷區的知識分子，將別無選擇地根據國民政府的指示，離開平津，踏上流亡西南的旅程。此時，陳寅恪四十八歲，流求九歲，小彭七歲，美延出生僅四個多月。
陳寅恪將父親靈柩暫奉某處之事委托從外地陸續趕來的幾個兄弟料理，自己於1937年11月3日攜全家連同用人忠良與照顧美延的王媽媽，踏上了奔赴長沙的逃亡之旅。此時日軍已在平津地區穩住了陣腳，整個局麵已完全被日偽政權控製，對出逃的中國人而言，平津局勢更加嚴峻凶惡。為防止平津文化、教育界人士逃走南下與抗日力量會合，日偽軍在車站、碼頭及沿途重要關口設卡堵截。在出逃之前，陳家就聽說清華教授高崇熙逃出北平後，在天津火車站一下車，即被日偽軍識破身份，當場按倒在地一頓拳腳揍了個鼻青臉腫，然後一根繩子拴住手腳倒吊著扣押起來。為防不測，陳寅恪扮成生意人，又叫孩子們熟背沿途及目的地等有關地址及人名，以便在走失後設法尋找親人或故舊。
這個時候，深秋已降臨中國北方遼闊大地，在寒風的肆虐中，樹葉凋零，草木枯萎，天地蕭瑟。清晨，北平城內霜氣陣陣，冷風襲人，越發令人感到淒苦悲涼。陳寅恪一家與北大毛子水等幾位教授結伴，在淒冷、慘淡的星光映照下，於微明的夜色中踏著晨霜，悄然告別北平相依相戀的家園，由前門乘火車向天津進發。所幸的是，由於逃難人潮如黃河之水奔騰四溢，無論是火車之內還是沿途停靠的車站，如同一鍋煮爛的餃子，人聲鼎沸，身影幢幢，混亂不堪，使日偽軍的辨別能力受到限製。陳寅恪等幾名教授趁著混亂，引領家人小孩在慌亂的人群中穿行。孩子們則一個接一個牽著父母的衣角，越過了日軍和偽警察設置的盤查關卡，提心吊膽走出了天津火車站，在租界暫時躲了起來。次日，陳家又與毛子水等轉道塘沽，登上“濟南”號英國郵輪向青島駛去。跟隨陳氏一家服務十年之久的用人忠良，因家事不能前行，把陳家老小送上輪船後，含淚作別，依依不舍地離去。
輪船在大海中一路顛簸動蕩總算到了青島，乘客登岸時已過午夜，陳家與毛子水等不敢停留，急忙購好長沙聯票，連夜擠上去濟南的火車。行至濟南，火車停開，班次皆無。此處風聲更緊，人爭相傳說日軍即到，逃難者如同被火燒著屁股的螞蟻，擠成一堆，滾成一團，又各自向心中的目標掙紮衝撞。火車站每有火車南開，人潮如江海巨濤，轟然而上。陳寅恪一家被裹挾在湧動的大潮中，於茫茫人海不知身歸何處。幸虧蒼天有情，一班列車停在車站未動，被擠撞得熱汗淋漓的毛子水突然從一個窗口中發現清華教授劉清揚眷屬已先在車內。這一發現，如同大海迷途的航船突然看到了暗夜的燈火，眾人拚盡力氣擠上前來求援。劉清揚等見車門已不能通行，索性把陳寅恪家人連拖帶拉從窗口一一拽進車廂，毛子水等也借機鑽了進去。車廂內如同一個被封了蓋的熱鍋，擁擠不堪的人群如同熱鍋上爆炒的螞蟻，在一片大呼小叫、哭爹喊娘中四處衝撞遊動，難以找到尺寸落腳之地。不懂世事的美延突見如此混亂情景，連驚帶嚇大哭不停，弄得陳氏一家情緒低落，叫苦不迭。此時，北風呼嘯，陰雨連綿，敵機不斷在沿線轟炸，濟南車站時聞炸彈在附近爆炸的聲音，並有炸起的碎石塵土落入站台之上，車內車外驚恐淒苦之狀令人心碎。所幸的是，陳家乘坐的火車沒有遭炸彈掀翻，未久即駛出濟南站，一路狂奔向南疾駛。至徐州後下車，轉隴海線至鄭州，旋又轉車抵漢口。在漢口旅店休息半日，即搭粵漢車於11月20日夜終至長沙。同來的大小知識分子各尋住處，陳氏一家無處覓房，暫時在一位親戚家借住。自北平至長沙，整個行程5000餘裏，曆時18天，一家人備嚐亂離迭苦，總算擦幹汗水，落下腳來。【23】
◎ 再別長沙
就在北大、清華、南開等校師生向長沙逃亡之時，傅斯年已隨一批黨國大員回到南京，整日大汗淋漓地主持中央研究院總辦事處日常工作。
史語所自北平遷入上海後，未久即轉遷南京北極閣史語所大廈，與中央研究院總辦事處駐在一處，算是落地生根，安頓下來。
1936年春，繼楊杏佛之後擔任中央研究院總幹事的丁文江因煤氣中毒不幸在長沙去世，蔡元培與傅斯年共同邀請朱家驊接任總幹事。是年冬，朱家驊被國民政府任命為浙江省主席，成為威震一方的封疆大吏。不久，盧溝橋事變爆發，日軍即有進攻上海、迫近南京之勢，華東陷入全麵危急，朱家驊已無法繼續兼顧中研院事務，隻好請傅斯年出麵代理。而這個時候，中央研究院已由最初的幾個所，發展到十個研究所，開始步入曆史上的鼎盛時期。從廬山回到南京的傅斯年，開始以事實上的總幹事身份處理中央研究院各項事務，史語所隻是他掌控大局中的一個組成部分。
就在傅斯年上下奔波，忙得焦頭爛額之時，淞滬抗戰爆發。
1937年8月13日，駐上海日軍與中國張治中部第九集團軍因虹口機場的“大山勇夫事件”發生摩擦並交火，日軍乘勢向江灣、閘北中國駐軍發起進攻，中國軍隊奮起抵抗，舉世矚目的淞滬抗戰拉開了序幕。
8月15日，日本政府緊急動員兩個師團開往中國，並擬成立作戰大本營，中日戰爭機器全麵開動，就此踏上了不是魚死就是網破，不分勝負決不罷兵的不歸路。
8月17日，國防最高會議國防參議會在南京召開，胡適、傅斯年、蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓等學界要人出席了會議。在這次會議上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重點大學，內遷長沙與南昌一帶城市暫避。這個請求得到了多數與會者的響應與支持，並很快形成了政府決議。蔣介石受全民抗日激情的影響，下定決心與日本一戰，同時又希望在外交上能得到英美等國的同情和支持。當天的會議決定派胡適出使美國，蔣百裏出使德國，孫科出使蘇聯，爭取國際援助，壓製日本的囂張氣焰。此時的胡適已完全拋棄了過去堅持與日本和談的夢想，發出了“和比戰難百倍”清醒而符合時代大勢的呼聲。未久，胡適從香港乘飛機抵達舊金山，開始了被他自己譽為“過河卒子”的外交生涯。
8月23日，日軍將領鬆井石根率領第三、第十一師團在吳淞登陸，日軍實力大增。9月11日，日軍第九、第十三、第一○一等三個精銳師團抵達上海，與先前部隊兵合一處向中國軍隊發動全線攻擊，中國守軍拚死抵抗。蕰藻浜、蘇州河之戰，雙方死亡慘重，成堆的死屍阻斷了航道，血流成河，浜水皆赤。
上海戰事正酣，南京國民政府開始設法動用運輸力量，把國家珍寶、工業設施、戰略物資和科研設備，經長江、隴海鐵路和各條公路悄悄運往內地，以保存實力，準備長期抗戰。與此同時，根據國民政府命令，中央研究院各研究所也開始向長沙與南昌一帶遷徙。
決策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆紮物資儀器，打點行裝，準備起程。同時滿懷豪情地寫下了岑參《輪台歌奉送封大夫出師西征》詩，以此鞭策自己，激勵同事：“輪台城頭夜吹角，輪台城北旄頭落。羽書昨夜過渠黎，單於已在金山西。戍樓西望煙塵黑，漢軍屯在輪台北。……古來青史誰不見，今見功名勝古人。”
早在淞滬戰事爆發之前，中央研究院史語所考古組已根據戰爭形勢，在富有遠見和責任心的李濟指揮下，開始對曆次發掘器物和各種器材進行打包裝箱，準備內遷。據史語所《大事記》民國二十六年（1937）七月條載：“本所隨本院西遷，先選裝最珍貴中西文圖書、雜誌及善本書共六十箱，首批運往南昌農學院，其餘一千三百三十三箱分批運長沙。但部分殷墟出土的人骨、獸骨及陶片等，限於運輸工具，暫留原址。”八月條：“本院組織長沙工作站籌備委員會，本所遷入長沙聖經學院，所長傅斯年仍留南京，派梁思永為籌備會常務委員。”【24】
《大事記》所說的殷墟出土物，為史語所三組人員在安陽小屯發掘的古物。早在史語所正式成立之前，富有學術遠見和辦事才幹的傅斯年就指派時任中山大學副教授、史語所通信員的董作賓，悄悄趕往安陽殷墟，對甲骨出土地進行調查並收集甲骨了。此時距光緒二十五年（1899）秋，甲骨文被時任國子監祭酒的山東煙台福山人王懿榮發現，已有三十多年。傅斯年決定派三十四歲的河南南陽人董作賓前往甲骨文出土地——安陽調查的時候，曾遭到不少學者的反對，以羅振玉為首的大部分金石學家和古器物學家認為安陽之地“寶藏一空矣”，沒有發掘的價值。但董作賓到達安陽後，通過實地調查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，並不像羅振玉等人所說的那樣已被挖盡，他從當地農民盜掘甲骨留下的坑痕做出判斷，殷墟規模龐大，地下遺物十分豐富，且遺址破壞嚴重，有組織的科學發掘已到了刻不容緩的緊要關頭。董作賓在向傅斯年報告中頗為焦慮地宣稱：“遲之一日，即有一日之損失，是則由國家學術機關以科學方法發掘之，實為刻不容緩之圖。”【25】
傅斯年得知安陽殷墟情形，驚喜交加，馬上籌措經費，購置設備，調配人員，在中央研究院蔡元培院長的大力支持下，組成了由李濟、董作賓等為首的殷墟科學發掘團，開赴安陽進行發掘，從此揭開了殷墟發掘的序幕。這是史語所繼內閣檔案之後，找到的又一豐富的研究資源，通過對殷墟的科學考古發掘，湮沒了3000多年的殷商曆史大門轟然洞開，傳說中的古代燦爛王朝終於露出了它的真容。