從周法高的回憶中可以看出，陳寅恪初來昆明時，盡管身兼數門功課，頗為忙碌，但還能安然居住、授課，並能有機會睡個午覺。可惜這樣的安穩日子未過多久，凶悍的日軍飛機又帶著一肚子爆炸物找上門來了。
1938年9月28日，日軍以堵截和破壞滇越鐵路和滇緬公路為終極戰略意義的昆明大轟炸開始了。由9架日機組成的航空隊從南海一線突然飛臨昆明上空，首次展開對昆明的轟炸，當場炸死190人，重傷173人，輕傷60餘人。
首次轟炸，就造成了如此大的傷亡，而昆明幾乎無一點兒防空能力。於是日軍放開膽子繼續更大規模地對昆明實施狂轟濫炸。許多人都親眼目睹了這樣的景象：隻見飛機在空中從容變換隊形，一架接著一架俯衝投彈，整個城市濃煙四起，烈焰升騰，而後才是炸彈的呼嘯和爆炸聲，有時甚至可以清楚地看到一枚枚炸彈如何從飛機肚子裏鑽出來，帶著“嗖嗖”聲向城市各個角落飛去。
因有了“九二八”這一血的教訓，“跑警報”成了昆明城不分男女老少、貧富貴賤共同的一種生活方式。由於敵機經常前來轟炸，幾乎每天都要跑警報。時在西南聯大就讀的學生汪曾祺撰寫的回憶文章《跑警報》【10】中，以他特有的幽默風趣舉例說，西南聯大有一位曆史係的教授，聽說是雷海宗先生，他開的一門課因為講授多年，已經背得很熟，上課前無須準備。下課了，講到哪裏算哪裏，他自己也不記得。每回上課，都要先問學生：“我上次講到哪裏了？”然後就滔滔不絕地接著講下去。班上有個女同學，筆記記得最詳細，一句不落。雷先生有一次問她：“我上一課最後說的是什麼？”這位女同學打開筆記夾，看了看：“您上次最後說：‘現在已經有空襲警報，我們下課。’”
頻繁的警報搞得人心惶惶，雞犬不寧，無論是學者還是學校師生，大好時光白白流逝。鑒於這種痛苦不安的情形，雲南省政府開始通知駐昆學校及科研院所盡量疏散鄉下，以便減少損傷，同時也可騰出時間工作。西南聯大人多勢眾，要選個合適的地方極其不易，一時不能搬動，但有些教授還是自願住到了鄉下比較偏僻的地方。中央研究院史語所為保存所攜古物、資料及書籍不受損毀，決定立即搬家，搬到一個既安靜又不用跑警報的地方去。此前，史語所的石璋如到過城外十幾裏地的黑龍潭旁一個叫龍泉鎮的龍頭村做過民間工藝調查，並結識了龍泉鎮棕皮營村村長趙崇義，棕皮營有個響應寺，石認為此處條件不錯，便引領李濟、梁思永等人前去察看。待看過之後，經趙崇義與鎮長商量並得到許可，史語所決定遷往此地。正在這個節骨眼上，傅斯年來到了昆明。
淞滬抗戰爆發後，傅斯年托史語所一位陳姓職員護送自己的老母前往安徽，暫住陳家，繼而讓妻子俞大綵攜幼子傅仁軌投奔江西廬山牯嶺嶽父家避難，自己隻身一人留在危機四伏的南京城，具體組織、指揮中央研究院總辦事處和各所內遷重慶、長沙等地的事務。
傅氏在總辦事處度過了最後的留守歲月，於南京淪陷前夜，奉命撤離，同年冬到達江西牯嶺，見到愛妻幼子，隨即挈婦將雛乘船經漢口抵達重慶中央研究院總辦事處。1938年初夏，蔡元培終於同意朱家驊辭去總幹事之職，本想請傅斯年繼任，但傅氏堅辭，說對昆明的弟兄放心不下，急於到昆明主持史語所工作，蔡隻好請中央研究院化學研究所所長、原科學社的創辦人、著名科學家任鴻雋（字叔永）任總幹事。
傅與任交接了總辦事處的工作，攜妻帶子來到昆明，與史語所同人相會於昆明靛花巷三號一樓，繼之遷往龍泉鎮龍頭村。未久，中央博物院籌備處也從重慶遷往昆明，並在離史語所不遠的龍泉鎮起鳳庵暫住下來。盡管生存環境艱苦，畢竟在炸彈紛飛中又安下了一張書桌，眾研究人員心情漸漸平靜的同時，又在各自的專業領域忙碌起來。
◎ 炸彈下的陳寅恪與傅斯年
傅斯年初到昆明，為照料北大文科研究所事務，在靛花巷三號的青園學舍一樓住過一段時日。此時日機對昆明轟炸正酣，為了躲避轟炸，傅氏命人在樓前挖了一個大土坑，上蓋木板以做防空洞之用。但坑裏經常水深盈尺，住在三樓的陳寅恪，不惜帶著椅子坐在水裏麵，一直等到警報解除。對此，陳氏專門作過一副帶有調侃意味的對聯：“聞機而坐，入土為安。”每次警報一鳴，眾人皆爭先恐後向防空洞奔跑，以盡快“入土為安”。這個時候，身體虛弱的陳寅恪不但右眼失明，左眼也已患疾，視力模糊，行動極其不便。陳氏本人有睡早覺和午覺的習慣，傅斯年怕陳寅恪聽不到警報，或聽到警報因視力不濟遭遇危險，每當警報響起，眾人大呼小叫地紛紛向樓下衝去，傅斯年卻搖晃著肥胖的身軀，不顧自己極其嚴重的高血壓和心髒病，喘著粗氣，大汗淋漓地向樓上急奔，待跑到三樓把陳寅恪小心翼翼地攙扶下來，送進防空洞“入土”，才算了卻一件心事。滿身霸氣，整日仰頭挺胸，鼻孔朝天，頭顱左右亂轉，不把任何人放在眼裏的傅斯年，竟對陳寅恪如此敬重嗬護，一時在昆明學界傳為佳話。【11】後來，傅斯年搬到了龍頭村，隻是進城時在此小居，不能扶陳寅恪“入土”了。陳氏的日常生活則由好友吳宓等其他師生予以照應。
西南聯大為三校合辦，學界巨子與怪人名士呈魚龍混雜狀，雲集西南一隅這座臨時搭建的校園。陳寅恪的學問人格，不僅得到了傅斯年等學界大腕的尊重，即是當年同在清華大學任教的馮友蘭、朱自清等人也對其倍加敬重。1934年，清華大學出版的《清華暑期周刊·歡迎新同學專號·教授印象記》中，曾有一段對陳寅恪的描寫：哲學大家馮友蘭的學問可謂不小了，從1928年進校起，秘書長、文學院院長，以至代理校長，都曾做過，在清華可稱為上乘人物了。但是有人觀察到，每回上“中國哲學史”課的時候，總看馮先生恭敬地——“好像徒弟對著師傅那樣的恭敬”，跟著陳寅恪從教員休息室出來，一邊走路一邊聽陳的講話，直至教室門口，才相對地打個大躬，然後分開。“這個現象固然很使我們感到馮先生的謙虛有禮，但同時也令我們感覺到陳先生的實在偉大。”
從這個記載可以看出，陳寅恪的威望和名聲在他步入清華園不久，即憑著他的才學與人格力量，在清華園的空氣裏無聲地飄蕩流動，深入到師生的肺腑並得到同人的普遍尊敬。所謂風氣，即此也。時為清華國文係主任的劉文典（字叔雅，1889—1958），年齡比陳寅恪大一歲，既是一位才高學廣的“博雅之士”，又是一位恃才自傲的“狷介”之人。早在1907年蕪湖安徽公學讀書時就加入同盟會。1909年留學日本早稻田大學，學習日、英、德等國文字、語言，曾一度擔任孫中山秘書處秘書，積極主張以刺殺、撞車或引爆自製炸彈等恐怖活動，來打擊、推翻袁世凱集團的統治。老袁一命嗚呼後，國內革命形勢發生丕變，劉氏遂不再過問政事。1917年，劉文典受陳獨秀之聘出任北京大學文科教授，並擔任《新青年》英文編輯和翻譯，積極鼓吹另類文化在中國的傳播，同時選定古籍校勘學為終身之業，主攻秦漢諸子，並以《淮南子》為突破口加以研究。經過數載苦鑽精研，終以皇皇大著《淮南鴻烈集解》六卷本震動文壇，為天下儒林所重。再後來，又以《莊子補正》十卷本令學界歎為觀止。劉氏因此兩部巨著一躍成為中國近現代史上最傑出的文史大家之一，影響所及，已超出學界而步入政壇，一度被蔣介石抬舉為“國寶”。【12】
成了“國寶”的劉文典並不買蔣介石的抬舉之賬，後來在安徽大學校長任上為學潮一事曾當麵頂撞蔣介石，並呼對方“新軍閥”，結果被盛怒之下的蔣當場扇了兩個耳光，又下令關押了七天。魯迅在他的《知難行難》一文中曾有“安徽大學校長劉文典教授，因為不稱主席而關了好多天，好容易才交保出來”【13】雲雲。據說蔣介石扇劉耳光時，劉文典也不甘示弱，飛起一腳踢中了蔣的小腹，蔣大呼一聲彎腰低頭捂著肚子秋蠶一樣蜷縮起來，痛得臉上汗珠直滾，這才有了把劉氏關進監獄之舉。此事曾轟動一時，風傳學界，劉文典被視為敢作敢為的民族英雄，聲震天下儒林。劉氏出獄後，根據蔣介石“必須滾出安徽”的釋放條件，受羅家倫之聘來到清華出任國文係教授、主任，成了陳寅恪的同事兼上司，也成為在國學領域唯一可與陳寅恪過招並有一拚的重量級大師。盡管如此，劉文典對陳寅恪卻極為尊崇，不敢有半點造次，公然坦承自己的學問不及陳氏之萬一，並多次向他的學生們雲：自己對陳氏的人格學問不是十分敬佩，而是“十二萬分的敬佩”。
當然，挨過蔣介石耳光，也曾踢中蔣主席小腹的劉文典，是並不肯輕易對他人心悅誠服的，陳寅恪算是一個少有的例外。此後的若幹歲月，劉氏那恃才傲物的“狷介”性格並未有所收斂。他公開宣稱整個中國真懂《莊子》者共兩個半人，一個是莊子本人，一個是自己，另半個是指馬敘倫或馮友蘭，因當時馬馮二人皆從哲學的角度講《莊子》。另有一說是指日本某學者，意思是指在中國真正懂《莊子》者乃自己一人而已。劉文典如此自誇，並不是信口開河或真的“精神不正常”，的的確確有絕招。來到西南聯大後，每當劉氏開講，吳宓等幾位重量級教授便前往聽講。經常的情況是，劉文典見了並不打招呼，旁若無人地閉目演講，當講到自己認為出彩的節骨眼上，戛然而止，抬頭張目望著教室最後排的吳宓，慢條斯理地問道：“雨僧兄以為如何啊？”吳宓聞聽立即起立，恭恭敬敬地一麵點頭一麵回答：“高見甚是，高見甚是！”
於恃才傲物、不可一世的同時，劉氏對搞新文學創作的學者分外輕視，並放言“文學創作的能力不能代替真正的學問”。有一次警報響起，他夾著一個破布包，從屋裏躥出來往郊外山野方向逃竄，路上正遇上聯大文學院副教授、著名小說家沈從文奪路而奔。劉文典頓時火起，停住腳步側過身對沈從文大聲罵道：“我跑是為了保存國粹，為學生講《莊子》；學生跑是為了保存文化，可你這個該死的，跟著跑什麼跑啊！”【14】
沈從文出身窮鄉僻壤的湘西，也就是陳寅恪祖父陳寶箴當年曾署理的鳳凰縣農村，僅念過小學，及長大後又以當兵謀生，屬於自學成才的“土包子”學者和作家，沒有西洋與東洋“海龜”的神氣，在校中頗為東西洋大小“海龜”所輕視，沈氏在文章中也不斷地稱自己為“鄉下人”。在昆明時的沈從文由於輩分較低，加之生性靦腆，不太輕易與人較勁兒。此時見瘟神一樣的東洋“海龜”兼“國寶”劉文典氣勢洶洶地向自己逼來，未敢計較，索性來了個逃之夭夭。劉氏仍不知趣，望著沈從文的背影繼續嘟囔叫罵不止。此時敵機已飛臨頭頂，劉文典忽見炸彈落下，乃立即閉了嘴巴，夾著破包袱放開腳步狂奔起來——畢竟炸彈是不管什麼“海龜”或“國寶”的。