宴席在沉悶、爭吵的氣氛中不歡而散。回到住處，陳寅恪把手杖往牆角重重地一扔，對傅斯年憤憤地說道：“我們總不能單舉幾個蔣先生的秘書吧。” 【16】陳氏所說的“幾個秘書”則是指暗中角逐較勁兒的翁、王、朱、任等人。
◎ 來渝隻為胡先生
第二天晚上，不知由誰出麵，居然把蔣介石請出來參加評議員的集體宴會，蔣氏說了一些冠冕堂皇的官話，並未言及人選之事。此次宴會是陳寅恪首次與蔣謀麵，由於前幾日眾評議員風聞蔣親自下條子，陳寅恪心存不滿，對蔣極為看輕。宴罷之後賦詩一首：
庚辰暮春重慶夜宴歸作
自笑平生畏蜀遊，無端乘興到渝州。
千年故壘英雄盡，萬裏長江日夜流。
食蛤那知天下事，看花愁近最高樓。
行都燈火春寒夕，一夢迷離更白頭。【17】
此詩陳寅恪曾親抄一份贈給西南聯大教授吳宓品評，吳宓心領神會，將詩收入《吳宓詩集續集》稿中，詩後寫有附注：“寅恪赴渝，出席中央研究院會議，寓俞大維妹丈宅。已而蔣公宴請中央研究院到會諸先生。寅恪於座中初次見蔣公，深覺其人不足有為，有負厥職。故有此詩第六句。”【18】按照吳宓的詮釋，陳詩中的“食蛤”指蔣介石。【19】
第二天，中央研究院第一屆評議會第五次年會終於在重慶蒙蒙細雨中開幕，評議員對院長候選人正式進行無記名方式投票，選出三名候選人。據統計，到場者共30人，由王世傑擔任會議主席，為避嫌，王放棄投票。其結果是：翁朱二人旗鼓相當，各得24票，胡適得20票，李四光6票，王世傑與任鴻雋各4票，任的支持者全是他在美國留學時創辦的“科學社”的幾個鐵杆弟兄。介公舉薦的顧孟餘僅得1票。按照選舉條例，評議會將得票最多的翁、朱、胡三人名單呈報國民政府審批。
這一選舉結果令陳寅恪等眾評議員還算滿意，感覺“自有公道”，一方麵，學者們頂住了上麵的“條子”，顯示了自由之思想、 獨立之精神的正氣；另一方麵，似乎“上麵”沒有再強行施壓，或節外生枝故意製造麻煩。而學者們選出的翁、朱、胡三人，也並不出當局意外，隻是任鴻雋的太太陳衡哲見中研院的人都不投其夫君的票，甚為惱怒，大罵傅斯年等人不是東西。傅斯年有苦難言，幹瞪著眼說不出話來，隻有到了這時才真正領悟那天酒席上“叔永演說之旨何在”。大勢去矣，既然這個時候陳衡哲連與自己曖昧的人——胡適（南按：胡與陳衡哲在美國留學時就建立了曖昧關係並長久地保持下來）都棄之不顧，傅斯年又豈能不通人性事理地去關照與自己無親無故的任鴻雋？一場競選大戰下來，縱有一代女傑陳衡哲為其夫君呐喊助威，亦無法扭轉乾坤，使地球倒轉。
胡適作為學術界的一種象征和符號，盡管在傅斯年、陳寅恪等人的共同努力下入圍中樞，但就評議員們而言，也隻是一種情緒的表達與釋放而已。正如傅斯年在給胡適的信中所說：“舉先生者之心理，蓋大多數以為隻是投一廢票，作一個Demonstration，從未料到政府要圈您也。”【20】對這一判斷，同是評議員的陳源（西瀅）深有同感，4月21日，他在致胡適的信中說：“我認為中央研究院院長，最適當的人選當然是你，但是你現在在美國的使命太重要，不能回來也是事實。我與一部分朋友至今仍認為你是蔡先生唯一的繼任人，但又不願意你在此時離開美國，所以不知道自己希望的是那一樣。”【21】
此時，以傅斯年為首的儒生們未免把問題看得過於簡單了。選舉的第二天，王世傑向蔣介石報告選舉成果，當說到顧孟餘沒有被選中時，“介公笑了一下。次日語孔（祥熙）雲，‘他們既然要適之，就打電給他回來罷’”。【22】這一招令傅斯年始料不及。也正是這一枝節的突現，使傅斯年對選舉中的“條子事件”有了新的更合乎邏輯的分析推斷。
按傅的推理：翁文灝此前所言有詐，陳布雷是明確接受了蔣介石的旨意，而翁文灝與朱家驊二人又接受了陳的指示，“派他們設法舉顧出來的”。但隻是由於陳寅恪等眾評議員們的強烈抵製“而未辦到”。介公交代的事沒有辦到，本已是嚴重失職，無顏稟報。但翁朱二人見此情形，私心頓起，反意萌生，在關鍵時刻棄顧孟餘而“偏舉上自己”，公然“忤旨”。【23】這就讓最高領袖蔣介石產生了一種憤怒與厭惡之感，而這種憤怒與厭惡又不好當場發作，因而蔣在得知選舉結果後，隻好當著王世傑的麵“笑了一下”。這一笑含著極度複雜的成分，除了以上的情緒，還有對“人不為己，天誅地滅”等人生信條的感歎，也有對翁朱二人人格的嘲諷，更有對評議員們所謂“自由、民主”等的無可奈何。這種憤怒、感歎、嘲諷與無可奈何的交織，便化作了尷尬的一絲苦笑和讓胡適回國的口諭。
蔣介石這個頗有些意氣用事的口諭，立即得到了時任行政院副院長孔祥熙的熱烈響應，欲趁機把胡適的大使搞掉——這是他多年來就夢寐以求並多次操作過的事情。據說孔一口氣就向蔣推薦了四個人選，用情之急、之烈實屬罕見。
形勢急轉直下，大洋那邊，胡適端坐的那把大使椅子開始搖晃，並發出了“哢嚓哢嚓”的聲響。危急時刻，傅斯年意識到當初鼓動眾儒生合力推選胡適是個“大失策”。群儒之意並非真正要讓胡適回來做這個“閑曹”院長，而是“願先生留在美任”，繼續行使中國駐美大使的職責。“而其選舉乃純是為的‘學院主義’、‘民主主義’，（如今）鬧到此地步，真是哭不得笑不得耳！”【24】——這是傅斯年見情勢危急，怕胡適因此事件翻船之後，自己成了三國時盜書的蔣幹，兩邊無功，反而有過，受恩師的埋怨而專門向胡做出的特別書信解釋。人謂傅斯年在政治生活中隻是一門不會拐彎的直筒子“大炮”，謬也！從此次事件中可看出他的聰明之處。
已回過味兒來的傅斯年不隻是向胡適寫信為自己解脫，同時以一個戰略家的姿態積極組織人力進行絕地反擊，以阻止孔祥熙等人的強勢進攻。他開始聯係王世傑等人“加入運動先生留在美任之友人中，曾為此事數訪（張）嶽軍，並請萬不得已時，先設法發表一代理人，最好是翁，以便大使改任一事停頓著……”。【25】
箭在弦上。
7月22日，胡適致函王世傑，對外間盛傳其將被免職一事表示不快，且有請辭試探之意。胡適在當天的日記中寫道：“今天發憤寫航空信給王雪艇，說我若不做大使，決不就中央研究院院長。……大使是‘戰時征調，我不敢辭避。’中研院長一類的官不是‘戰時征調’可比。”【26】王世傑接函後，先後找到傅斯年、陳布雷、張群、翁文灝等商議對策，又將信送呈蔣介石，並趁機進言不讓胡適回國。蔣介石麵對各門各派明爭暗鬥的激烈角逐，遲遲未做表態，經過再三權衡，終於做出決定：胡適繼續任大使不變，外交部公開否認外電所傳胡適辭職謠言。
7月27日，王世傑致電胡適：“外傳調兄返國，均由中央研究院問題引起，政府覺美使職務重於中研院，迄無調兄返國決定。”【27】至此，胡適與傅斯年、陳寅恪等當初力挺胡氏的一幹人馬，懸著的心才算落地。
既然胡適不能返國，中央研究院院長的人選就隻有在翁文灝與朱家驊之間選擇。因有了顧孟餘事件的陰影，蔣介石對翁朱二人皆不滿意，故左右搖擺，舉棋不定，直到蔡元培死後半年有餘的9月18日，蔣才最後下定決心棄翁而圈朱，不過在圈定之後又加了個“代”字，朱氏遂以中央研究院代理院長的名分被公示天下。
朱家驊本是合法的三位院長候補人之一，結果陰錯陽差地以暫代之名來充當天下儒林共主，心中頗為不快，又無力改變這一尷尬局麵。經過他一番明察暗訪，認為導致這一局麵的原因，除了顧孟餘事件給介公留下了惡劣印象外，與王世傑背後搗鬼大有關係。王不想讓胡適此時離任回國，但又覺得胡適因此失去中研院院長犧牲太大，既然自己得不到，也不能讓朱輕而易舉地占了便宜，於是欲留院長之位以待胡適，並以此說動介公，拋棄最具競爭力的翁文灝，讓資曆較淺的朱家驊暫代。蔣介石心想，既然翁被拋棄，單舉朱家驊來做院長也有些不便，於是順水推舟，在朱的院長前輕輕加了個“代”字，以示平衡，蔣氏此舉煞是費了一番苦心。
事已至此，朱家驊雖心中不快，但回天無術，隻好屈就。不過隨著國內外政治風雲的變幻和時間的推移，王世傑的設想也成為泡影。胡適從朱家驊手中接掌“中央研究院”院長，已是17年之後台灣孤島上的事了。
朱家驊以險勝暫時坐上了中央研究院第一把交椅，傅斯年暗中長噓了一口氣。盡管傅在選舉院長問題上明顯偏重於胡，但對朱也沒有暗中下絆兒或在背後鼓噪搗亂，總體上亦屬擁護之類。鑒於傅在中央研究院非同尋常的號召力和辦事才幹，朱家驊上任之始便棄任鴻雋而請傅斯年出任總幹事一職，是謂一朝天子一朝臣也。可憐的任鴻雋不但競選院長未果，連總幹事的帽子也丟掉了，隻好仰天長歎，徒歎奈何！傅斯年此時正身患高血壓，並深受其累，不想戴這頂“閑曹”手下總幹事的帽子，鑒於朱家驊真誠相邀，感念當年朱在中山大學時對自己有知遇之恩，遂“為了朋友，欣然地答應下來”【28】。不過傅斯年還是有言在先，認為自己既然已擔任了史語所所長，不能再兼職，隻是以暫時代理的身份出任總幹事一職。在正式上任之前，傅斯年要先回昆明處理史語所的事務，然後回重慶就任。而這個時候，昆明的局勢則又進一步惡化了。
◎ 揚子江頭流亡客
自1940年7月起，為徹底切斷中國僅存的一條國際通道，日本人利用歐洲戰場上德國人勝利的有利時機，直接出兵強行占領了法屬印度支那的越南，不僅切斷了滇越鐵路，而且由於距離縮短，使得飛機對滇緬公路和終點站——昆明的轟炸更加頻繁起來。到了8月底9月初，日機對昆明的轟炸更加猛烈，轟炸範圍已擴大到昆明郊區，日軍開始組織精銳部隊向雲南境內進犯，形勢日趨危急。住在昆明郊外龍泉鎮的史語所與中央博物院籌備處的人員，每天都在警報的鳴響中惶恐度日，其悲苦憤懣之情無以言表。
這樣的生活顯然難以繼續支撐下去，根據重慶國民政府的指示，西南聯合大學，同濟大學，中央研究院史語所、社會學所，中央博物院籌備處等駐昆學校和科研機構，全部向大後方轉移，並指出最合適的地方是三峽以西的四川轄境。因蜀地既有千山萬壑的阻隔，又有長江或岷江、金沙江、嘉陵江等支流和國民政府戰時首都重慶相通，是一個可進可守的天然避難場所與積蓄力量待機反攻的後方戰場。中國曆史上許多王朝在大難臨頭之際都逃亡四川避難，天寶年間的安史之亂，在長安城陷之際，唐玄宗攜帶部分文臣武將出逃四川劍南，使李唐王朝在天崩地裂的搖晃震蕩中又重新站了起來。鑒於這樣的天然條件，駐昆的機關、工廠及各教育單位與學術機構，紛紛派人入川考察，以盡快撤離昆明這座戰火熊熊的城市。
當年10月，赴四川考察的西南聯大人員已在瀘州南部的敘永找到了落腳點，準備先在此地建一分校，以待將來形勢演變再做全部搬遷的抉擇。而史語所派出的副研究員芮逸夫，與同濟大學的王葆仁、周召南一起，也在宜賓下遊李莊找到了一個可供安置書桌的地點。回到昆明後，芮逸夫將赴川考察、洽談情況向傅斯年做了詳細彙報，傅聞知，與李濟、梁思永、董作賓、李方桂等人交換了意見。最後決定，在沒有更好的地方和去處的情況下，隻能選擇此處暫時落腳。於是，中央研究院在昆明的幾個所，連同相關的中央博物院籌備處等學術機構，與同濟大學一道，又開始了一次大規模遷徙，目標是一個“在地圖上找不到的地方”——四川南溪李莊鎮。
芮逸夫等人找到的李莊，是位於宜賓市下遊19公裏處長江南岸，下距南溪縣城24公裏的一個不大的古鎮。在相當長的一段曆史時期，此處曾是川南的政治、經濟、軍事、文化中心。建郡後，曆代朝廷曾在此戍兵防邊，屏障戎州東南。隨著人口猛增和清朝曆史上著名的“康乾盛世”的來臨，李莊出現了曆史上最為鼎盛的經濟繁榮期，與之相配套的會館、佛寺、道觀開始複修興建，僅乾隆年間就先後修建了文武宮、桓侯宮、南華宮、文昌宮等四座宮殿，以及佛光寺、萬壽寺、玄壇廟、永壽寺、關聖殿、伏虎寺、常君閣、天宮廟等8座規模龐大的廟宇樓閣。後陸續修建禹王宮（初稱湖廣會館）、東嶽廟、觀音堂等建築群，至鹹豐朝末年，李莊鎮內外已形成了9座宮殿18座廟宇——號稱九宮十八廟、二座教堂的輝煌建築格局，其勢力之大，氣派之興，威震川南，遠播巴蜀，為一時所重。
除散落鎮內外的宮殿廟宇，在李莊鎮上遊約五公裏的長江邊上，有一座狀如犀牛的小山，山上有一株數百年的板栗樹，故名板栗坳，又稱栗峰山莊。自乾隆年間始，板栗坳一支張姓家族，在此處打造宅院，曆經數輩人的辛勤積累，前後耗白銀兩萬多兩，用工不計其數，最終形成了由七處院落組成又相互聯係貫通的栗峰山莊。其雄偉的建築，宏大的氣派，加上張氏族群輝煌的基業，栗峰山莊如同一個百足俱全的獨立王國，傲然聳立在川南的栗峰山上，俯視大江南北。
正是由於鎮區內外有了九宮十八廟和板栗坳這樣龐大規模的山莊可以租用，這才使同濟大學和中研院在昆明的幾個研究所共一萬餘人，全部搬來成為可能。在李莊鄉紳與國民黨李莊鎮黨部書記羅南陔等人的積極讚成支持後，一場對中國文化具有深遠影響的行動悄然開始了。
根據國民政府教育部和中央研究院總辦事處的指示，中央博物院籌備處，中研院在昆明的曆史語言研究所、社會科學研究所，也是中研院從事人文科研機構的全部力量，於1940年秋冬時節，分期分批遷往李莊。與此同時，同濟大學也開始做全校大遷徙的準備，西南聯大也在四川敘永找到了地點，準備將當年招收的新生遷往該地上課。
此時的傅斯年已先行回到重慶，趙元任赴美講學，李濟、董作賓、梁思永各有一攤子業務須親自料理，中研院史語所的搬遷事宜由語言學組的研究員李方桂主持辦理，石璋如作為總提調予以協助。在中研院最為鼎盛時期的十幾個研究所中，史語所的物資之多是最著名的，甲骨、青銅器、陶器等出土器物，連同從各方陸續運來的共20多萬冊珍貴書籍，共有600餘箱之巨。麵對這份國寶級的龐大物資，李方桂從利國公司雇了20多輛汽車，每三輛為一組，分批行動。
當一切安排妥當，由三輛車組成的第一批車隊於1940年10月初開始出發。
從昆明到李莊，須經滇黔公路入川，中途要翻越溝壑縱橫、坡陡路險的烏蒙山脈，並須渡過著名的赤水等幾十條水流湍急、險象環生的河流方能到達瀘州。
當車隊曆盡艱險抵達瀘州後，停在長江南岸的藍田壩卸貨，由史語所先遣人員潘愨、王文林負責接貨，通過當地的轉運站轉送到大噸位輪船，再沿長江水道運往宜賓，最後從宜賓再返運到李莊碼頭上岸。根據傅斯年的指示，先遣人員潘愨、王文林等人與長江航線赫赫有名的民生公司聯係，負責具體的轉送航運事宜。經過一番艱苦跋涉，至1941年1月13日，史語所的大隊人馬和攜帶物資安全運達李莊。傅斯年聞訊，由重慶乘船，沿長江一線匆匆趕往李莊，主持安置事宜。
當傅氏前往李莊之時，同濟大學師生也陸續翻越烏蒙山脈，渡過赤水河，溯江而來。當時人口隻有三千之眾的李莊古鎮，突然要安置上萬之眾的“下江人”，盡管當地士紳和民眾早有心理準備，但當一隊隊人群扛著箱子，背著背包，提著行李，潮水一樣湧來時，還是感到震驚。在國難當頭、民族危急之際，李莊士紳和民眾敞開了博大胸懷，表示要克服一切困難，來者不拒，盡數接納。同濟大學憑著自己最早與李莊接洽所具有的開山鼻祖地位，在租賃房產問題上自然博得了頭彩，凡李莊鎮內最適合外來人員辦公、學習場所，如九宮十八廟及“湖廣填四川”的各種會館、祠堂等，均為其所占。同濟師生在這座千年古鎮找到了一片綠蔭與棲息之地。
與同濟大學相比，中研院來李莊的兩個研究所和跟隨而來的以梁思成、劉敦楨、林徽因等人為骨幹的中國營造學社，則相對遜色了許多，好在史語所搶先一步，占據了離鎮四公裏張氏家族最龐大的居住地——板栗坳（栗峰山莊）。
當史語所遷李莊時，因西南聯大幾乎沒有圖書可借閱，而史語所藏書豐厚，於是，同中國營造學社梁思成等人的情況一樣，北大文科研究所多數研究生不得不隨史語所遷往李莊，以便查閱圖書資料完成學業。據當時的檔案顯示，研究生中的馬學良、劉念和、逯欽立、任繼愈、楊誌玖、閻文儒、張政烺等都隨史語所而來。作為助教的鄧廣銘和他在北大的同班同學、進所不久的助理研究員、傅斯年的侄子傅樂煥等，也相繼遷來李莊。既然史語所所長傅斯年兼任北大文科研究所代理所長，在李莊為學生們適當安置一個讀書的環境當是義不容辭的責任。況且，傅斯年辦這個研究所的主要目的，就是把畢業生招到史語所留用，北大文科研究所實際上成了中央研究院史語所的一個預備培訓班。研究生們到達李莊後，全部被安排在板栗坳與史語所同人一起居住、生活，平時則各人在圖書館看書學習，著手撰寫論文。為了顯示這股力量的存在，傅斯年還專門讓研究生在居住的門口掛起了一塊“北大文科研究所辦事處”的牌子，作為一個相對獨立的單位彰顯於世。若幹年之後，當地政府在統計李莊外來學術機構時，北大文科研究所也理所當然地被列入其中了。