早在300年前英國大哲學家培根（Francis Bacon）就提出了“集團研究”的理論構想，是謂隨著社會的發展，一個人研究學問究竟精力、成果有限，而有計劃地組織一個大規模的學術集團分工合作，其研究領域無論是廣度還是深度上，都比較容易取得成就。培根的這個理想，到了100多年前才由世界先進國家慢慢地實施起來，並逐步達到了培根理想中的效果。當傅斯年自海外回國的時候，中國學術界“團體研究”機關正處於萌芽時期，傅氏適時加入，成為引領這一團體研究機關發展壯大，並在短時間內開花結果的新銳人物和中堅力量。1928年，傅斯年出任中央研究院史語所所長時起草的《曆史語言研究所工作之旨趣》一文，便是這一力量和具有世界性學術眼光的有力見證。事隔許多年，學術界依然認為《旨趣》是一篇高屋建瓴、光芒四射的箭垛式文獻，對近代中國史學研究和田野考古學於遠東這塊古老大地上發萌、發展產生了破冰啟航的巨大作用。傅斯年提倡的“史學即是史料學”“證而不疏”等史學理念，顯然有德國近代史學之父，被譽為“實證主義學派”創始人蘭克所倡導曆史學家“所欲表現者，僅為往事之真相而已（wie es eigentlich gewesen）”的影子，這個學派的理論與傅斯年本人在中國的實踐，曾引起後世學者激烈辯論甚至揚棄。但傅氏所提出的新材料、新工具、新領域、新問題等“四新”的價值和方向，卻曆久彌新，閃耀著智慧與理性的燦爛光輝，並為後人視作不可逾越的規範在未來的學術進程中發揚光大。緊隨其後的史語所學術團隊的建立，內閣大檔的搶救與對明清史料的整理、研究，安陽殷墟、龍山文化區域的田野考古發掘，對古代遺址出土甲骨文、青銅器、陶器和其他器物的保護與研究，以及對曆史文獻的追索和對西南地區少數民族語言係統的調查等，在搭建起“科學的東方學之正統在中國”這一宏大架構的同時，也彙聚了豐富的科學精神和學術種子。這些種子漂蕩於曆史長河的波浪之上，隨著歲月的進程進入不同的河道，緩緩地流散播撒在肥沃的泥土上，爾後有了新的生命，並對人類學術文化的繁榮和文明的進步產生了巨大影響和促進力量。
傅斯年在中央研究院史語所主導的科學精神、學術研究方向以及史語所幾十年取得的豐碩成果，正是中國近現代學者實踐培根理論構想，並在“團體研究”中取得世界學術地位的最成功的典範。特別是傅氏組織領導的安陽殷墟洹水南岸曆時9年共15次的田野考古發掘，確鑿無疑地證明了中國商代晚期盤庚遷殷的都城就在此處，距今已有3300年左右的曆史（南按：據夏商周斷代工程最新研究成果，殷墟曆史年代約為公元前1300—前1046年），這是中國曆史上第一個有文獻可考，並為地層、出土青銅和玉器等遺物以及甲骨文所證實的古代都城遺址（南按：司馬遷《史記》有“洹水南，殷墟上”記載，另有文獻稱“北蒙”，又名“殷墟”。甲骨卜辭中又稱之為“大邑商”“商邑”）。這個都城的形製和以出土的甲骨文、青銅器為代表的殷墟文化，集中體現了中國古代文明達到了相當高的水準，在東方乃至世界文明史上都占有極其重要和光榮的地位。
就學術發展本身而言，殷墟的15次發掘完全是由中國學者自己主持完成的，因而殷墟又被譽為中國近代考古學的發祥地。殷墟的發掘不僅是中國近代田野考古學誕生的標誌，其先進的田野發掘科學方法也為中國考古學的發展奠定了基礎。正是在這個基礎上，後來以唐際根為首的考古學家經過幾十年的探索追尋，在洹河北岸發現了殷商晚期的都城，從而使殷商曆史文化研究又往前推進了一大步。作為最早的學術集團的組織、領導者，在這一連串的成果麵前，傅斯年作為拓荒辟地的第一功臣是無疑的，正如鄧廣銘所言：“可以說，中國沒有個傅孟真，就沒有二三十年代的安陽殷墟發掘；沒有當初的殷墟發掘，今天的考古學就完全是另一個樣子了。要知道，當初搞殷墟發掘是不容易的，一方麵是田野考古的人才缺乏，另一方麵是河南人不讓挖，挖出的東西不讓外運。傅先生很有辦法，他在考古組中大量起用河南人，像董作賓、郭寶鈞、尹達、石璋如等等，這就緩和了考古組和地方勢力之間的矛盾。河南士紳不讓把挖出的甲骨、器物運走，傅先生便多方設法，和南京政府交涉，和交通部交涉。有時天黑了再裝汽車，當晚就運出河南境。”【34】
就在殷墟發掘的光芒照亮了曆史幽暗隧道的同時，還有一個不可忽視且對中國考古學未來的走向產生重大影響的事件繼之發生，這便是史語所考古人員對山東省章丘縣龍山鎮（原屬山東省曆城縣）武原河畔遺址的發掘。這個遺址由清華國學研究院李濟指導的唯一研究生、後來成為考古學家的吳金鼎於1928年首先發現。1930—1931年，中央研究院史語所李濟、董作賓、梁思永會同吳金鼎等人，在傅斯年的具體組織協調下，共同對遺址進行發掘，收獲頗豐。經研究斷定，此屬國內罕見的大型古代人類居住遺址。考古人員在上層發現了東周時期文化遺存，下層首次發現了一種以磨光黑陶為顯著代表的新石器時代晚期遺存，最初稱為“黑陶文化”，後以遺址所在地命名為“龍山文化”。對於城子崖遺址的發現發掘，在中國曆史與考古學上的重大意義，具有“中國考古學之父”聲譽的李濟說得十分清楚：當“殷墟出土的實物分析出來，顯然地呈現著極複雜的混合狀態，相比的材料必須多方追求。在這類材料實現以前，殷墟出土物之意義，就不能十分明了。故史語所發掘殷墟以來即從事於類似之搜求。……有了城子崖的發掘，我們不但替殷墟一部分文化的來源找到一個老家，對於中國黎明期文化的認識我們也得了一個新階段”【35】。正是有了殷墟商代文化與新石器時代晚期的龍山文化這兩大著名的發現，史語所的整體成就和學術水平才開始受到世界性關注，並逐漸成為世界一流學術研究的殿堂。
就個人學術成果而言，1927年至1940年短短的十三年，是傅斯年學術研究的黃金時期，也是他生命力和創造力最旺盛的三十二歲至四十五歲的年齡段。盡管其間有“九一八”事變與盧溝橋事變兩次決定中國命運的重大事變相繼發生，史語所同人在抗戰歲月中顛沛流離，但其學術研究的熱流仍然井噴式爆發，傅氏憑借深厚的學養和本身所具備的宏大深邃的學術眼光，撰寫了數量可觀、富有真知灼見的不朽名篇。
傅斯年家學淵源出自文史，到北大後又作為五四新文化、新文學運動的新銳人物一舉成名，盡管留學海外漸漸轉向史學，但文學的血液一直在他的脈管裏流淌不息，並刺激著他對文學本質的不斷的深層思考，散發出足以燭照時人和後世的光亮。許多年後，胡適對傅斯年文學思考與見解有過這樣一段回憶。胡說：“我們知道，凡是一個大的思想家，往往撒出許多種子；有些種子掉在石頭上被人踏碎了，有些種子撒在肥沃的泥土上，有了生命，就發生了力量。……一九二六年我在巴黎；他那時在柏林，知道我來到法國，特地從柏林趕來與我同住了許多天。我們白天同在法國國家圖書館讀書，晚上在中國館子吃飯，飯後常常談到晚上一二點鍾，充分互相討論。那個時候他就已經撒下了許多種子。他說：中國一切文學都是從民間來的，同時每一種文學都經過一種生、老、病、死的狀態。從民間起來的時候是‘生’，然後像人的一生一樣，由壯年而老年而死亡。這個觀念，影響我個人很大。說到這個觀念，我們常常想起孟真貢獻最大的就是他的思想。中國文學無論是小說、詞、曲、詩，都是來自民間，慢慢地才跑到上層，影響到士大夫階級。但到了士大夫手上以後，就慢慢地老了、死了。這個觀念，曾經在他的《中國古代文學史》中撒下許多有價值的種子。我相信這些種子將來還可以繼續在中國文學史方麵發生影響。”【36】
胡適所說的這部《中國古代文學史》，是1928年傅斯年剛從海外回國，出任中山大學文科學長暨文學、史學兩係主任的時候為學生講課的講稿。這部講稿與稍後傅斯年為學生講課撰寫的《詩經講義稿》《戰國子家敘論》一樣，隻是蠟刻油印的本子，並未正式出版。直到1952年，這幾部文稿才由台灣大學出版《傅孟真先生集》時收入。據整理者說，《中國古代文學史講義》原有傅的擬目，但未全部完成，應是一部殘稿。即是如此，其學術價值之高，也完全稱得上是“一部了不得的著作”（胡適語）【37】。之所以“了不得”，並不是傅氏高堂講經式地泛泛議論，或像當年北大“兩足書櫃”陳漢章一樣賣弄高深學問，而是站在五千年文化曆史的大背景上，以現代科學方法，從文學誕生的時間、地點與相關作者所處的社會地位、身份、環境以及當時的社會風氣等進行分析透視，於分析中注入了最先進的心理學、生物學、物理學、化學、社會學等理念，從而達到了新意迭出，驟視之有如石破天驚，細思之則又入情入理，令人不禁拍案叫絕的境界。
在傅斯年看來，中國文學若幹文體的生命仿佛有機體，是由生而少，而壯，而老，而死的生命個體。如興起較早的四言詩，何以隻限於春秋之末，漢朝以來的文人士大夫卻作不好，其間隻有一個陶潛以其世之罕見的天才作成一個絕無對偶的例外？為什麼五言起於東漢的民間，曹氏父子三人才把它促成文學的大體製，且獨霸六朝的詩體，而唐以後竟又退居後列，隻能翻個小花樣了呢？何以七言造胎於八代，隻是不顯，到了李杜才成大章法，而宋朝以後，大的流變又空了呢？為什麼詞窮於唐，五季北宋那樣天真，南宋初年那樣開展，而吳夢窗以後又隻剩了雕蟲小技呢？為什麼元曲俗而真，粗而有力，盛明以來的戲劇，精工上遠比前人高超，而竟“文飾化”得過了度，成了尾大不掉的大傳奇，清朝康熙以後又大衰，以至於死呢？為何屈宋辭賦變成了漢朝的大賦文章後遂沒有精神？對此，傅斯年的解釋是：所有這些大文體，也都不像有千年以上的真壽命，都是開頭來自田間和底層的人民之間，後被文人騷客借用了，遂登了大雅之堂，更有些文人繼續地修整擴張，弄得範圍極大，技術極精，而原有之動蕩力遂衰，以至於到了最後隻剩了一個空軀殼，為後人抄了又抄，失去了擴張的力氣，隻剩了文字上的生命，沒有了語言上的生命，一切的文章幾乎莫不如此。傅氏認為，若把這一文學史中的大問題弄明白了，文學史或者可和生物史有同樣的大節目可觀。至於避免這一文學創造力循環消亡的辦法，傅斯年提醒他的學生與文學研究者們，“把發生學引進文學史來”，就是文學的批評、改進、創造的必由之路和不二法門。【38】
與文學思想觀念和研究方法大不同的是，在史學研究上，傅斯年總結中國及歐洲曆史學觀念的演進，得出如下三個啟示：
一、史的觀念之進步，在於由主觀的哲學及倫理價值論變做客觀的史料學。
二、著史的事業之進步，在於由人文的手段，變做如生物學、地質學等一般的事業。
三、史學的對象是史料，不是文詞，不是倫理，不是神學，並且不是社會學。史學的工作是整理史料，不是作藝術的建設，不是做疏通的事業，不是去扶持或推倒這個運動，或那個主義。
傅斯年終生堅持並為史學界不少學者所詬病的史學觀是：“史學便是史料學。”其實這有點兒斷章取義，冤枉了傅氏。除了這一根度人的“金針”，傅斯年還有與之相連接的觀點，即：史料是不同的，有直接的史料和間接的史料，研究史學的方法就是要以科學的比較為手段，去處理不同的記載。比較方法之使用，每每是“因時製宜”的，處理每一曆史的事件，每每取用一種特別手段。因為：“直接材料每每殘缺，每每偏於小事。（若）不靠較為普遍、略具係統的間接材料先作說明，何從了解這一件直接材料？所以持區區的金文，而不熟讀經傳的人，隻能去做刻圖章的匠人；明知《說文》有無窮的毛病，無限的錯誤，然而丟了他，金文更講不通。”“若是我們不先對於間接材料有一番細工夫，這些直接材料之意義和位置，是不知道的。不知道則無從使用……我們要能得到前人所得不到的史料，然後可以超越前人。我們要能使用新得材料於遺傳材料上，然後可以超越同見這材料的同時人。”【39】
對於傅斯年這一史學觀念和在學術界一貫表現出的強硬姿態，反對的聲音固然不絕於耳，但擁護者也大有人在，而傅的老師胡適就明確表示了自己的讚賞態度。胡適認為，傅斯年在史學研究上是少有的創造性的天才，他不是隨便弄一個理論出來吸引別人的眼球，而是說到做到且是有很大的成就以供檢驗的，所著的許多大文章也都是真能做到他自己標舉出來的理想境界。對此，胡適專門舉例說：“試看他的《新獲卜辭寫本後記跋》，他看了董彥堂先生新得的兩塊卜辭，兩片一共隻有五個字，他就能推想到兩個古史大問題——楚之先世，殷周之關係——都可以從這兩片五個殘字上得到重要的證實。這種大文章，真是‘能使用新的材料於遺傳材料之上’；真是能‘先對於間接材料有一番細工夫’，然後能確切了解新得的直接材料的‘意義和位置’。所以我們承認這一類的文字是繼往開來的大文章。”【40】
胡適所說的“繼往開來的大文章”，除了上述幾個篇章，更重要也更值得推崇的則是傅氏創作發表於1930年的《薑原》《大東小東說——兼論魯、燕、齊初封在成周東南後乃東遷》，以及出版於1933年的《夷夏東西說》，作於1934年的《古代中國與民族》，甚至包括《城子崖序》等篇章。這幾篇文章創作和發表的年代，正是傅斯年精力最為旺盛，也是生活條件相對安靜的時期。天時、地利、人和等諸般條件交融相彙，使傅斯年在短短的五年時間，登上了一生學術的頂峰，成為享譽海內外學界的大史學家。胡適曾公開披露《古代中國與民族》對他產生了很大的影響。當年傅氏撰寫該著時曾無數次與胡氏討論過，因而胡對其中的精髓與卓識自是深有體會。胡在談到這部作品的學術價值和傅氏思想時說：“這是他沒有完成的一部大書，有的時候也想定名為《民族與古代中國》。這是說明古代民族的來源的。可惜這部偉大的著作沒有完成。但他曾經發表了幾篇論文，如《薑原》，提供了許多有助於研究的材料；另一篇為《周東封與殷遺民》，說明從周室東征到山西北部，征服了整個東部的情形。這一篇文章我公開承認影響我最大，最能夠表現他的意思。再有一篇是《夷夏東西說》，出版在蔡先生六十周年紀念特刊上；搜集的材料豐富，將東西夷夏加以區分；很少人有這樣銳利的眼光。”【41】
胡適所言是有其曆史背景和原因的。遙想五四運動之前，初做北大教授講授中國哲學史的胡適，在講台上“截斷眾流”，摒棄遠古“一半神話，一半正史”的記載，拋開中國古史中的五帝、夏商二代，直接從西周行將覆滅的最後一個階段周宣王講起，許多師生認為是“胡說”，為此差點兒被學生趕出校門。盡管傅斯年在顧頡剛的唆使下，親自出麵把欲“鬧事”的學生氣焰壓了下去，保住了胡適的麵子和飯碗，但傅氏從心底裏並不完全讚同胡適的“胡說”。隻是令傅斯年沒有想到的是，當他留學海外之時，國內史學界已成了顧頡剛為首的“疑古派”或稱“古史辨派”的天下。顧氏在《古史辨》中提出“禹”是“蜥蜴之類”的“蟲”的推斷，頗受一部分人的激賞。而顧氏創造的“層累地造成的古史”說，幾乎籠罩了全國史學界。盡管有劉掞藜、胡堇人等學者起而辯難，但畢竟材料不足，僅有的一點兒考古資料並不足以推翻顧氏的理論，因而顧氏的學說仍風行無阻，成為史學界一大奇觀。（南按：後來魯迅曾對顧氏學說進行過諷刺，如1934年7月6日，魯迅在致鄭振鐸的信中指斥顧頡剛，謂“他是有破壞而無建設的，隻要看他的《古史辨》，已將古史‘辨’成沒有，自己也不再有路可走，隻好又用老手段了”。1935年11月，魯迅在小說《理水》中，以“鳥頭先生”喻顧頡剛，指斥顧氏把夏代的大禹說成是“一條蟲”等，對顧氏學說有一定的抵製作用，但這都是後來的事兒了。）
震於顧頡剛在國內折騰出來的聲名，遠在柏林大學的傅斯年讀到顧文後，也曾給予讚賞，並在1925年給顧頡剛寫的一封信中說：“去年春天和誌希、從吾諸位談，他們都是研究史學的。‘頡剛是在史學上稱王了，恰被他把這個寶貝弄到手；你們無論再弄到什麼寶貝，然而以他所據的地位在中央的原故，終不能不臣於他。’我以不弄史學而幸免此厄，究不失為‘光武之故人也’。幾年不見頡剛，不料成就到這麼大！這事原是在別人而不在我的頡剛的話，我或者不免生點嫉妒的意思，吹毛求疵，硬去找爭執的地方；但早晚也是非拜倒不可的。”【42】由傅氏之說可見當時的顧頡剛確是有在史學界稱王稱霸的勢頭了。
當傅斯年回到國內並出任中山大學文學院院長後，對顧氏之說詳加檢討，才驀然發現顧的學說太過於極端，幾陷入民族虛無主義的泥沼，實不足為訓。難道中華民族文獻記載和口口相傳了五千年的曆史全是憑空編造的空話和假話？號稱勤勞勇敢忠誠的華夏子民，難道全是一群又一群、一輩又一輩的妄人？或是一些“家敗人亡鬼吹燈”的人鬼混雜故事不成？假如整個民族的子民都在妄倡邪說，妖言惑眾，這還是稱雄於東方幾千年而連綿不絕的民族嗎？華夏民族之所以悠久，國家之所以綿延，全賴民族的史事與國史為魂魄。亡史之痛，甚於亡國，古希臘也罷，古埃及也罷，莫不如此。國亡而國史不亡，則自有複國之日，其因就在於魂魄永存，與天地而長久，絕不會被消滅。自古以來，滅人之國則先滅其史，其中的因由就隱含於這個深層的哲理之中。
基於這樣一種民族情感和對民族文化命脈的反思，以及埋藏於曆史深處的事情真相的忽隱忽現，傅斯年思想觀念的天平開始傾向於中華民族的曆史並不虛妄這一主題，遂立誌不在顧氏手下“稱臣”，盡快從“顧氏王國”的陰影中擺脫出來。在這樣一種嶄新思想指導下，傅氏與顧頡剛的學術觀點越離越遠，直至弄到在中山大學雙方開罵對打，不能合作之局。接下來，顧頡剛仍堅持他的疑古學說，而傅斯年因受王國維《殷卜辭中所見先公先王考》及《續考》等文章的影響，開始堅定地走向了釋古和重建中華民族古史的新學術之路，同時著手組織國內一流學者，欲向安陽殷墟和洛陽一帶的地下遺址發起集團式衝鋒。麵對可以預見的將來，傅斯年明確地告訴顧頡剛：“你還是在（疑古）寶座上安穩地坐下去罷，不要怕掘地的人把你陷了下去。”【43】
正如1969年7月21日，乘坐“阿波羅”11號登月飛船降臨月球表麵並第一位踏上月球的美國登月隊員阿姆斯特朗所說的那句聞名世界的話：“這是我的一小步，卻是人類的一大步。”傅斯年組織的集團式安陽殷墟考古發掘，隻是曆史長河中浪花一般簡短的一小步，卻是中國甚至整個世界曆史學術研究進程的一大步。這一大步，標誌著中國近現代史學徹底從“山有小口，仿佛若有光”的狹道，躍入了“土地平曠，屋舍儼然，有良田美池桑竹之屬。阡陌交通，雞犬相聞”的“桃花源”。隱埋入黃土之下的曆史之門就此洞開，幹涸的河流重新流淌，死去的轉世還魂，一個青丘金鼓、血流湧動、淚水飛濺，伴著歌舞升平的紛繁世界再度出現在世人麵前。
當1928年安陽殷墟發掘產生舉世震動的考古成果之後，在進一步證明了王國維論證的同時，也越發堅定了傅斯年釋古和重建古史的信心。正如李濟所言：“安陽發掘的結果，使這一代的中國史學家對大量早期文獻，特別是對司馬遷《史記》中資料的高度可靠性恢複了信心。而滿懷熱情和堅毅勇敢地從事任何這樣一種研究工作之前，恢複這種對曆史古籍的信心是必需的。”【44】在論及被疑古派定為“史影”裏的夏朝時，傅斯年認為古籍對夏朝和大禹的記載描述不多，且多不可信。但夏朝和禹絕非子虛烏有的“史影”，傳說中的大禹應是夏後氏的“宗神”，是中國的一種“創世傳說”。從殷墟發掘的甲骨文、陶文以及青銅禮器、玉器等物來看，商代的文化已不是原始文化，“其前必有甚廣甚久之背景”，即以文字而論更是如此。因而，在此後的文章中，傅斯年常常和疑古派對立起來以解其史。此種風格直接影響到史語所研究人員的思想觀念和治學路數，以治漢簡名世的曆史組研究人員勞榦即明確表示：“疑古的曆史家也還是主觀的那一套，他們疑古的態度，決不是平心靜氣的、立身事外的法官，他們隻不過是些長於刀筆的訟師罷了。”【45】這個說法是否公允尚可討論，但從中顯露出傅斯年與他的弟子們，與以顧頡剛為首的疑古派“訟師”們徹底決裂已成事實。
就在以科學的田野考古手段發掘安陽殷墟兩年之後，隨著大批甲骨、青銅器、玉器、陶器、獸骨、石器，以及著名的大龜四版、牛頭刻辭、鹿頭刻辭和幾十座商代墓葬的發現發掘，傅斯年堅定了商代王朝確實存在並具有高度發達文明的判斷，於精神亢奮中，揮筆草就了一篇風格獨特、幽默中啟人深思的奇文《戲論》。文中，傅斯年虛擬了一位民國三十三世紀的人物，名叫理必有。這位理必有是位著名的曆史考證家，他最大的愛好與最得意的學術成就便是疑古，見古則疑，無古不疑，除了懷疑他爺爺是否真的存在過，還係統地展開對民國著名人物的懷疑，如民初根本就沒有孫中山，所謂孫文乃孫行者的人間化，黃興則是黃龍見之一種迷信而起，其實均無其人。按照理必有的思路和考證方法，傅斯年跟著論證民國時代的北大教授錢玄同亦是子虛烏有的人物，玄是很具有道士氣的，錢是很市儈氣的，把這“二氣”捏合在一起，即一以張其虛，又一以表其實，故布一小小迷陣來考驗後世學者的眼力。不僅如此，便是錢玄同的思想學說也是拚湊而成，否則同一個人怎麼既棄一切故傳如陳獨秀，又提倡注音字母如胡適之，還那麼激斷地否定經史材料如顧頡剛，這個三合一的“錢玄同”，“實顧頡剛舉其最激斷之論加此名下而有之”，其實根本就沒有這個人……這一篇亦莊亦諧的奇文，明眼人一看便知是在諷刺以顧頡剛為首的疑古派，理必有當然就是顧頡剛的化身，係統之疑古即暗指顧氏王國製造的“層累地造成的中國古史說”。民國三千多年的理必有之疑孫文、黃興等輩，即是民國初年之顧頡剛之疑堯舜禹及其朝代的存在，此處恰對應了王右軍（王羲之）《蘭亭序》“後之視今，亦猶今之視昔”的遺訓，傅斯年可謂以子之矛攻子之盾，譏諷批評疑古派“以不知為不有”的思維邏輯與危害性。民初興起的疑古派雖以顧頡剛為中堅，名頭也最響亮，但始作俑者實則是錢玄同（又稱疑古玄同），作為晚輩的顧頡剛受錢玄同的啟示，從辨“偽書”開始，進而辨“偽人”“偽事”，整體地看過去，錢玄同才是疑古派的靈魂人物。因而，傅斯年在文中毫不客氣地對錢氏數落一番，說他外觀上看起來比胡適的個人或社會進化步次論以及顧頡剛的層累地造成說更激進和另類，但實質卻是“譬如積薪，後來居下”（傅氏特別在“下”旁加了兩個圈以顯其重），而步錢氏後塵的疑古派各路幹將從最初的“疑古”漸漸演變、墮落為“詛信”，此一種惡劣學風將“不暇自哀而使後人哀之”。【46】
為消除古史辨派在學術界甚至社會上造成的誤導與不良影響，傅斯年以安陽殷墟及其他地方出土器物為證據，結合曆史記載和民間傳說，集中精力連發數篇論文，在反擊疑古派的同時，以證三代史實之不虛妄。在《新獲卜辭寫本後記跋》中，傅以“命周侯”一段甲骨文而懷疑古史辨派所提的商、周不相臣屬之說，並在其後的文章中進一步批駁否定夏商存在的疑古論調。在另一篇《性命古訓辨證》文章中，傅斯年指出：“古史者，劫灰中之燼餘也。據此燼餘，若幹輪廓有時可以推知，然其不可知者亦多矣。以不知為不有，以或然為必然，既違邏輯之戒律，又蔽事實之概觀，誠不可以為術也。”又說：“即以殷商史料言之，假如洹上之跡深埋地下，文字器物不出土中，則十年前流行之說，如‘殷文化甚低’、‘尚在遊牧時代’、‘或不脫石器時代’、‘《殷本紀》世係為虛造’等見解，在今日容猶在暢行中，持論者雖無以自明，反對者亦無術在正麵指示其非是。差幸今日可略知‘周因於殷禮’者如何，則‘殷因於夏禮’者，不特不能斷其必無，且更當以殷之可借考古學自‘神話’中入於曆史為例，設定其為必有矣。夏代之政治社會已演進至如何階段，非本文所能試論，然夏後氏一代之必然存在，其文化必頗高，而為殷人所承之諸係文化最要一脈，則可就殷商文化之高度而推知之。”【47】簡言之，傅斯年不但肯定了中國曆史上有個夏朝的存在，且還斷定夏朝的文化已達到了相當高的程度，商朝的文化包括殷墟出土的高度文明的青銅器皿和已經成熟的甲骨文字，正是夏朝文化的延續。時與陳寅恪齊名（並稱“二陳”）的著名史學家、輔仁大學校長陳垣閱畢此文，於1940年8月14日在給長子陳樂素的家書中說：“即接到孟真先生撰《性命古訓辨證》一部二冊，內多新材料，新解釋，不可不一讀。”兩天後的16日，陳垣再次寫信給長子樂素，慨然歎曰：“餘閱《性命古訓辨證》，深知餘已落伍，未知在他人覺得如何耳。”字裏行間透出對傅斯年超出常人的學術眼光、識見以及所達境界的讚譽和羨慕之情。【48】
那麼夏朝或夏之前的曆史是什麼樣子呢？傅斯年在他此前撰寫的《夷夏東西說》中有天才的論述。
傅氏認為，在三代及三代之前，政治的演進是由部落聯盟到國家形成，且是以河、濟、淮流域為地盤的。在這片大地上，地理的形勢決定了部落聯盟隻能是東西分，不是南北之限。南北分限是東漢之後的事，因為長江流域到東漢始發達，至孫吳政權建立時，長江流域才有獨立的政治組織。曆史憑借地理而生，因對峙而生爭鬥，因爭鬥而起混合，因混合而文化進展。古文獻於周稱周人，於殷稱殷人，獨於夏稱夏後氏。傅斯年據此推斷夏由許多部落組成，其中有一族為盟長，遂有此號。通過對古文獻排比，結合殷墟發掘的出土器物與文字，傅氏認為夏人活動的區域是晉南、豫西到陝南一帶，而東部地區居住著族類甚多的夷人，雖統稱夷人，但不是一個族屬，見於經典者有太皞、少皞、有濟、徐方等諸部，即《論語》中的“九夷”。整個夏朝的曆史，可以考知者全是夷人與夏部落聯盟之爭的曆史，其東西爭奪的界線大體在太行山及豫西群山以西地域，當今的“平漢鐵路似乎是這個東西地形的差別的最好界線”，隻是這個界線在河南鄭州與湖北省境有些伸縮罷了。西部的夏占據高山與高原，東部的夷占據廣大的平原，住在較高的地方，稱為丘。地理的不同構成了政治組織的不同，即明顯的東西對峙的二元局勢。這樣的東西二元格局，自非融合不可。於是，起於東者，逆流壓迫西方。起於西者，順流征討東方。東西對峙，相爭相滅，便是整個中國的三代曆史。
傅斯年特別強調，幾千年的攻伐爭戰，有“三段大事”最終決定了曆史的進程，即：開始是益啟之爭，結果是夏勝而夷人失敗；而後是羿與少康之爭，夏、夷混戰幾代，夏終究占了上風；最後是湯桀之爭，湯率領的東方夷人最終推翻了夏族人的政權，建立了商湯政權，商朝的曆史由此開始。
與夷夏東西說相呼應的是，傅斯年首次提出了“商代發跡於東北，渤海與古兗州是其建業之地”的學說，其支撐這一學說的關鍵點是《詩經·商頌》中的“天命玄鳥，降而生商”的故事，以及“殷宅土茫茫”“相土烈烈，海外有截”等記載。傳說商人的始祖契以卵生而創業，後代的神話與此同類者全屬東北各族及淮夷。在這個支撐點上，結合《論衡》《魏書· 高句麗紀》《朝鮮好大王碑》，朝鮮王氏朝金富軾撰《三國史記·高句麗紀》，《朝鮮舊三國史·東明王本紀》《清太祖實錄》等文獻資料輔助，以證其此類傳說在東北各族中甚普遍且長期流傳，且在淮夷分布的地區也有大致相同的傳說。因這些史料和民間傳說加以推理，作為夷人之一族的早期商人，與居住在東北地區的各族在文化上曾有“深切接觸與融合”。進而推之，早期商人就發源於中國的東北地區與環渤海一帶。這一個推理將被《商頌》中的“海外有截”和東北地區的考古資料所證明。
所謂“海外有截”，當指渤海與遼東半島或朝鮮北境一帶，至少可見殷人的根據地離渤海不遠。殷亡後，箕子遠奔朝鮮，退保遼水之外，朝鮮若不是早在其統治區域之內，是很難以亡國之餘燼，在此重建海邦的。箕子退保朝鮮，與後世金、元甚至清亡後退居東北、漠北、滿洲裏一樣，都是在中原失利後退回初起的地區去。由夏商周更迭興亡的曆史一路推沿下來，後世也多沿襲其路數進行攻防進退。秦並六國，雖說創造了一個自古莫之有的大一統局麵，卻也有夏周為他們開路。關東亡秦，雖說又造了一個新朝代，卻也有夷人“釋舟陵行”，殷人“覃及鬼方”，為他們做前驅。秦並六國是西勝東，楚漢亡秦是東勝西，平林赤眉對新室是東勝西，曹操對袁紹是西勝東。但到了兩漢時代，東西融合已經基本完成，二元對峙的格局已遠不如三代時之明顯了。到了東漢之末，孫氏集團在江南開發建政，從此東西二元對峙局麵漸漸轉移於南北對抗，曆史的進程由此拐彎，中國曆史上一個改天換地的大時代業已來臨。
曆數自夏以來“東西對峙”的局麵，傅斯年通過文獻和出土資料排比，得出的結論是：夏商周三代，東勝西之事少，西勝東之事甚多。勝負的原因取決於多個方麵，或由文化的力量，或由戰鬥力和組織力。但就總體言之，東方經濟發達，文化優越；西方地利好，武力強。在西方一大區進入春秋時代，勢力擴張到巴蜀與隴西之時，經濟上有了四川的天府，武力上有了天驕，東方就難以抵其銳鋒了。而為何東一大區又屢撲屢起，為西一大區所不能滅絕呢？這就要歸屬於文化的強勁與魅力。雖東方武力上失敗，政治上一時不能抬頭，但一經多年安定之後，由於潛伏的經濟人文優勢不斷生長壯大，足以掌握國家民族命運之樞的高素質人才如雨後春筍蓬勃興起，附帶的整個區域民族必定又要重新崛起。而自春秋至王莽一路下來，最上層優越的文化隻有一個重心，這便是齊魯之地。齊魯就像種子的發源地，逐漸向四周散發，由此產生了一波又一波生生不息的力量，當這個經濟文化的優勢力量展現出來之後，一個東勝西的局麵就會再次出現。這一個曆史階段雖是春秋至西漢，但若上溯三代的局麵，也是大體如此。由這個曆史二元格局兩千年之爭伐，借此可見文化力量之重要。【49】
對於傅斯年開創的這一學說，美籍華人、哈佛大學教授、著名考古學家張光直，稱讚是20世紀中國學術界“最好的”“最有創始性、突破性”“能夠使用創始性和突破性這種超級詞彙來描寫的”偉大的學術篇章。【50】
張光直說這話的時候，已是20世紀晚期，此時傅斯年早已墓有宿草了，但這篇文章中的天才預見已漸被考古發掘所證實。除了早期由安特生等人在河南西部澠池縣仰韶村發現的仰韶文化，1956年，河南文物考古工作者在鄭州中心區二裏崗發現了鄭州商城和商代祭祀場，以及祭祀後的窖藏禮器坑，並在窖藏坑內發現了大量的青銅禮器與其他器物。特別是後來帶“亳”字的陶文出土，基本證實了這座城池就是商湯建國的第一個都邑——亳都。
1959年，山東省考古人員又在泰安市南約30公裏處的大汶河北岸，發掘了一座新石器時代晚期遺存。遺址麵積龐大，內涵豐富，有墓葬、房址等遺跡遺物。出土文物有造型美觀的背壺、缽形鼎、鏤孔豆、高柄杯、彩陶豆，以及磨製精細的石斧、石锛、石鏟、石鑿、骨器等。對此，考古學家將其命名為“大汶口文化”。這一文化的發現，為早期發現的山東城子崖龍山文化找到了曆史發展延續的淵源。
1977年，河南考古隊在登封市東南約11公裏處的王城崗，發現了一座城址，並出土了大量灰坑、窖穴等遺跡，同時出土的還有品種多樣的黑陶器、石器、骨器、蚌器等遺物，甚至還有一件形似銅禮器的殘片和豐富的古代植物遺存，包括有粟、黍、稻、麥和菽五種農作物品種。隨著後來不斷發掘，又發現一座小城遺址。從連續不斷的文化堆積和出土遺物推斷，王城崗大、小兩座遺址的年代應為龍山晚期至春秋時期。根據出土遺物和地層關係，結合古文獻中“禹都陽城”或“禹居陽城”的地望、名稱，以及附近發現的東周時代的陽城等城址，考古人員認為，王城崗屬於龍山文化遺址，而這個遺址就是傳說和文獻記載中夏代大禹王所居的“陽城”。盡管後來這一說法在學術界尚有爭論，但屬於河南龍山文化晚期基本成為定論。據王城崗小城出土遺物碳-14測年數據顯示，為公元前2107年，即距今4000年以上，這正是夏王朝建立前後的重要時期，也是大禹治水的末期。盡管一時尚沒有找到此城就是大禹治水時期所居之城的證據，但對研究夏王朝的建立和夏文化的起始年代有著極其重要的學術價值。【51】