坐在台大校長位子上的傅斯年，再度“聊發少年狂”，施展出當年敢打敢衝、“凡事先騎上虎背”的本領，對台大積習實實在在地來了一番大刀闊斧的改造。不論後台有多硬，凡不合學術水準、濫竽充數的教授，全部驅逐出校門；校內職員，特別是原“帝大”時遺留的醫務人員，凡無醫療常識，不知救死扶傷為何事，隻想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個月，傅斯年就掄圓了手中的權力之刀，如同切西瓜一樣將70餘名不合格教授與職工切掉並趕出校園。自此，台大麵貌為之一新，形成了一個蓬勃向上的局麵。許多年之後，無論是傅的追捧者還是被趕走的對立者，在回憶這段不堪回首的往事之際，都不得不承認，假如沒有傅斯年，台灣大學在那樣動蕩的時局中，想要在短時間中迅速崛起，奠定一個現代大學的基礎是不可能的。據陳雪屏回憶，傅赴台時健康情形已很是令人擔憂，“但他一方麵心憂大局，同時銳誌要把台大建設成一個夠世界水準的學府，殫精竭慮，竟無一刻的輕鬆”【19】。也正是世事紛亂與勞累過度，導致了傅斯年英年早逝的悲劇。
傅在台大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，自然觸及了許多人的利益，令對方極為不快和惱怒。當時台大師生反對國民黨腐敗無能、以權謀私等令人激憤的醜行，學潮一浪高過一浪，而傅的對立麵借學潮運動趁機發難，有國民黨政客在報紙上發表致傅斯年的公開信，指責台灣大學優容共產黨，並指名道姓地說法學院院長薩孟武“參共親共”，某某院長、係主任是“共產黨分子或參共分子，他們把持院係，排除異己”，把各院係變成培植親共勢力的溫床等。
傅斯年對台大師生特別是台灣土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學生中有真憑實據的共產黨人亦不寬容，每有發現均嚴懲不貸，其態度與他處理西南聯大學潮時並無二致，曾不止一次地喊出了“讓布爾什維克滾出台大去”的口號。當時國共之戰進入白熱化，在社會各階層極端混亂的情形下，有些學潮的發生可能有中共人員或職業學生暗中鼓動，有的或許是其他一般事件引起，因而當局與學校甄別起來極為困難。但不能排除的是，1948年之後，確有中共黨員學生或左派學生以各種渠道進入了台大。早於傅斯年遷台的“中央研究院”史語所研究員芮逸夫，於1948年12月20日在致傅氏函中有所透露。芮氏說：“則學生分子問題，亦頗堪注意。台大學生，過去堪稱純潔無疵。但今夏招生，卻有不少職業學生投考而竟被錄取（據雲，上海若幹大學之二、三年級生，今夏考入台大者不少雲）。在莊前校長任內，已準成立自治會，或謂赤色職業學生從此得在台大生根雲。……又如浦逖生（南按：浦薛鳳，原為清華、北大、西南聯大教授，國民政府教育部政務次長，時為台灣省政府秘書長）先生對台大之看法，謂首須求台大之安定，而後再談發展。”【20】
一個月後，傅斯年飛抵台灣接掌台大，大體按浦氏的路數走了下來，隻是具體行動過程中的場麵，要比浦氏想象的激烈、驚悚、動人得多，而台大甚至整個台灣社會得以安靜的時間也比預期短得多。當然，這個結果首先取決於軍事上的保證。對此，王世傑於傅斯年去世後很有感觸地回憶說：民國三十八年（1949），大陸撤守，國民黨政府播遷台灣，一時人心惶惶，都以為國民黨政府的戰鬥力已失，沒有希望了！當時從台北到新竹，甚至有反對蔣先生的標語出現，而“國防部”的次長，居然是一個“匪諜”（南按：指“軍令部”決定作戰戰略的次長劉斐）。在此危急之秋，國民黨政府播遷台灣能得以站穩腳跟，有兩個重大事件不可不提。一是國民黨軍在金門前線古寧頭之戰和舟山群島之步登島之戰，雙雙告捷，解放軍進攻勢頭被遏製，台灣軍事情勢乃得以穩定。當然，這個穩定也令國民黨軍付出了傷亡慘重的代價。“當舟山的情勢十分危急之時，麵對共軍即將大舉進攻，當地之軍事指揮官於夜間電話請示，謂在眾寡懸殊，彈藥不繼，情勢極端不利之情況下，國軍將何以自處？究竟是抵抗還是不抵抗？”時國民黨東南軍政長官陳誠憤然表示：“我們現在還有什麼問的！還有什麼選擇！就隻剩下台灣一省和東南沿海的幾個小島，而這些小島正是台灣的屏障，倘若再守不住，通通完了，退此一步，即無死所！還說什麼抵抗不抵抗！”他拿起電話就說：“你們給我打至最後一人！如果有不聽命令的，就軍法從事！”國民黨軍在哀兵的情況下，在步登島打了一場大勝仗，這一仗與古寧頭之役，解除了台灣被圍的軍事危機。第二是在後方即台灣島上，“由於左派共黨學生滲透到各學校，鼓動風潮，造成社會不安。在金門和舟山兩次軍事勝利之後，陳辭修將軍就采取行動，清除這些製造風潮的左派分子，他得到傅孟真先生的充分合作，從各學校搜捕了一千多名共黨學生，用船遣往大陸。這些壞分子一去，台灣內部社會乃趨於安定。”【21】
盡管傅斯年對左派特別是對潛伏於校園鼓動學潮的共產黨極端厭惡與敵視，但他同時認為，如沒有真憑實據，當局不能肆意進入校園在師生中搜查共產黨，更堅決反對隨意指責他人為共產黨。當年西南聯大爆發學潮，並鬧出了人命，他在致俞大綵的信中，謂西南聯大學潮“地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺”“學校內部有好些不成話之事”【22】等等，便是他處事原則。正是緣於這一指導思想，當他讀了報上對台灣大學師生的指責後，既惱又怒，毫不顧忌地以“他媽的！”開罵起來，而後采取以牙還牙的戰略進攻態勢，在報上兩次發表措辭強硬的檄文予以反擊，文中疾呼：“學校不兼警察任務”，“我不是警察，也不兼辦特工”。又說：“若當局有真憑實據說某人是共產黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，絕不能含糊其詞，血口噴人。”最後憤然聲明道：“貪官汙吏及其他既得利益階級而把事情辦壞了的，我不能引以為同誌。”【23】其聲色俱厲與咄咄逼人的態勢，令對方不得不暫時退卻，伺機而動。
1949年4月，在解放軍發起渡江戰役的前夜，台島潛流湧動，一股看不見的力量蓄勢待發，欲與海峽對岸緊密配合，徹底擊潰蔣家王朝。時傅斯年執掌台大未及三月，便發生了著名的“四六學潮”，警備司令部與當地警察於夜間衝進台大校園，大肆拘捕涉“匪諜”案的學生，有72名學生被捕獲押走。傅斯年在睡夢中被電話叫醒，對當局不經法律程序徑行闖入校園隨意逮捕學生極度不滿，匆匆披衣，偕秘書那廉君驅車趕往台灣警備司令部，當麵向原黃埔軍校第五期畢業生，蔣介石遷台後最信任的得力幹將，時任副總司令（陳誠兼任總司令）的彭孟緝中將交涉，當場提出三個條件：第一，速辦速決；第二，軍警不開槍，避免流血事件；第三，被捕的學生先送法院，受冤者，盡速釋放。臨走，傅斯年再度對彭孟緝警告道：“我有一個請求，你今天晚上驅離學生時，不能流血，若有學生流血，我要跟你拚命！”向來不把黃埔前四期出身的國民黨將領放在眼裏，時正氣焰熏天的彭孟緝被傅氏的凜然正氣所震撼，又見傅斯年半揮著緊握的拳頭，似想借機揍他一頓的凶悍之相，遂不敢造次，立即雙腳並立，挺直腰板和脖頸，如同在老校長蔣介石麵前接受訓諭一樣高聲答道：“若有人流血，我便自殺！”[24]傅斯年見對方態度還算誠懇，將握緊的拳頭鬆開，衝彭孟緝友好地點點頭，大手一揮，晃動肥胖的軀體大步走出警備司令部。
未久，台大被捕的學生多數放回，而與台大共同鬧事的師範學院不但近百名學生被送進監獄，還有七名學生以“反革命”罪名被槍殺。事件過後，省立台灣師院受到了停課整頓，師生重新登記並接受軍訓、校園戒嚴等懲處。而國立台灣大學雖受波及，但比之師院要好得多，此皆得益於傅斯年竭力庇護、斡旋之功。許多年後，台灣師大師生還就這次事件與台大相比，並大罵當年的學校領導者軟弱無能，活活葬送了學生的性命，實乃千古罪人，而對傅斯年則誇讚不絕，稱其為真正的校長和頂天立地的大丈夫。
軍警方麵的交涉暫告一段落，學校師生的安撫工作必須立即進行。傅斯年返校後立即召開行政會議，向諸主管與各會負責人報告接洽交涉經過，並迅速刊出布告說明情況，最後表示：“查內中所開，有數名並非本校學生，有數名業經拘逮偵訊。本校當盡量設法使此事成為純粹法律事件解決，仰各生照常上課，為要。” 【25】 隨後三天，每天發一布告，表示學校“繼續向地方治安當局請求依法處理外，合行通告諸生周知”（7日）、“本校當局自必繼續竭力向地方當局請求依法辦理。務盼全校諸生，體念環境，力求鎮靜，有事應立即與學校當局接洽，以免在外發生枝節，並各照常上課，共維艱難，至要至要”。【26】
由於傅斯年的人格魅力和在營救學生中的大義凜然與真誠態度，多數無罪與無辜者被釋放，風潮迅速平息，校園恢複正常狀態。自此，大規模學潮不複再現，但仍有師生涉案被捕事件發生，傅斯年總是一如既往地挺身而出，或親自到偵訊部門交涉，或函請軍警當局釋放無辜的教師與學生。許多蒙冤入獄而得到傅斯年關照並成功營救的師生，感動地流下了熱淚，並表示對校長的恩情“至死不忘”。
1950年新生入學考試，國文卷由傅斯年親自命題，其最重要的一題摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之廣居，立天下之正位，行天下之大道。得誌，與民由之；不得誌，獨行其道。富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈，此之謂大丈夫。
此題可視作傅斯年赴台後“雖千萬人吾往矣”的心誌獨白，也是對台大學生在精神層麵上的殷切寄望。
這年的1月，風浪再起，校內外傳言傅斯年將去國辭職，一時人心浮動，有趁機插足搗亂者。針對這一有害台大前途和傅氏本人形象的暗流，傅斯年於1月23日撰寫了《致台大同事同學》的公開信，信曰：
諸位同事先生及同學：
近日校外校內傳言斯年將去國，將辭職，同事同學頻來問訊，敬聲明如下：
一、我之身體雖壞（久患血壓高），然久病之後轉不以為念。絕無於此困難之時，舍同事同學他去之理。
二、去年中華教育文化基金董事會以在美開會，須國內去人方足法定人數，故曾來電約去，期為2月8日。斯年以為此時去開會，必須謠言。明知有此一行，或可為台大募幾許錢，然權衡輕重，仍不去，故當時立即電複不去（來往信件均在陳秘書渝生處，願看可者自由取閱）。
三、半年多，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以台大為殖民地為憾。然彼等原不知大義為何物，故如遂其誌，實陷本校於崩潰。鑒於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥！
（下次校刊中登出此事有關文件。）
傅斯年
一月二十三日【27】
正是這種內外交困的局麵與傅斯年本人剛烈的性格，導致他血壓驟然升高，身體很快垮了下來。1950年夏天，傅身患膽結石，不得不到醫院做手術。出院時醫生勸他至少要在家中休養一星期，但台大的事務紛亂如麻，根本無法辦到。對此，隨國民黨赴台的朱家驊曾以十分傷感的心情回憶道：“在他（傅斯年）去世的前幾天，閑談之中，他忽然對我說：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲斷送在台大了。’當時我隻以為他因感覺辦事的辛苦，而出此苦語。不意數日之後，便成讖言，更使我悲痛萬分，有負良友。”【28】
像冥冥中有一種定數，傅斯年於心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一頭紮進了煙雨迷蒙的黃泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回憶：一九五○年“十二月十九日，他去世的前夕，是一個寒冷的冬夜，我為他在小書室中升炭盆取暖。他穿著一件厚棉袍伏案寫作。我坐在對麵，縫補他的衣襪。因為他次日要參加兩個會議，我催他早些休息，他擱下筆抬頭對我說，他正在為董作賓先生刊行的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到稿費，做一條棉褲。他又說，你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你快去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝褲太薄，不足以禦寒。”【29】
傅斯年說到這裏，俞大綵一陣心碎，欲哭無淚。盡管當時台灣的經濟狀況極度混亂糟糕，但比抗戰時期在昆明和李莊總要好一些，傅斯年作為當時台灣島內唯一一所大學的校長兼“中研院”史語所所長，一般人也許覺得他不該再像李莊時代那樣鬧窮了，殊不知當時傅領的隻是台大的一份薪水，兒子傅仁軌仍在美國讀書，他和時任台大英語係副教授的夫人俞大綵兩個人的收入，僅能維持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一筆報刊文章的稿費，想托衛生署的官員劉瑞恒出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裏的存款加起來一算，隻能買一件上衣。傅斯年隻好說：“幸而我還有沒破的褲子。”【30】
在這個暗伏不祥之兆的冬夜，正當俞大綵為家中的窮苦生活黯然神傷時，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，突然指著壁上的書架說：“這些書，還有存於史語所一房間的書，我死後留給兒子。我要請董作賓先生製一顆圖章，上刻‘孟真遺子之書’。”言畢，長歎一聲，一反常態地對俞大綵說道：“你嫁給我這個窮書生，十餘年來，沒有過幾天舒服的日子，而我死後，竟無半文錢留給你們母子，我對不起你們。”【31】俞大綵聽到這裏，大為驚駭，急忙起身捂住了傅斯年的嘴巴，沒讓他繼續說下去。
後來俞大綵回憶這個夜晚的凶兆時說：“我一向不迷信，難道這幾句話就是他的遺言？夜深了，窗外吹起一陣寒風，室內盆中的炭已化成灰，我猛然感到一陣透骨的寒冷。”【32】
不數日，當董作賓含淚把稿費送到傅家時，俞大綵雙手捧著裝錢的信封，悲痛欲絕，泣不成聲。用心血換取的稿費到了，但此時的傅斯年已命歸黃泉，不再需要為自己的雙腿做禦寒的棉褲了。
◎ 傅斯年之死
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的“農複會”一次會議，討論農業教育改進和保送台大學生出去深造問題。在這個會上，傅提了不少意見，據在現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省“議會廳”，列席台灣省“參議會”第五次會議。這一天，“參議會”上所質詢的問題全是有關教育行政方麵的事務。下午會議開始後，傅斯年登台講話，但主要由時任台灣省“教育廳廳長”的陳雪屏作答。大約到了5點40分，“參議員”郭國基突然蹦將起來質詢有關台大的問題。這郭國基乃台灣省屏東人，生於1900年，曾留學日本。此人好勇鬥狠，一生的理想追求就是造反起事，占山為王，或先把天下搞亂，然後再由他出麵來個“天下大治”等。在日本留學時，郭氏就開始率領李鐵拐、張歪嘴、王拴狗等一幫烏合之眾與流氓無產者，打起“蒼天已死，國基當立”的大旗或明或暗地鬧將起來。抗戰勝利後，他對國民政府派員接收台灣極不甘心，再度糾集蔣渭川、王添燈等一批流氓惡棍，與以國民政府接收大員陳儀為代表的台灣省行政長官公署公開叫起板來，對大陸赴台軍政官員極盡醜化、汙蔑之能事，一度被捕入獄。後來，隨著國民黨新政策的到來，郭國基出得監獄。未久，又鯉魚跳龍門， 一躍成為具有正義化身的台灣省“參議會”的“議員”和“立法委員”。坐上政府大員專用木頭皮椅的郭氏，大有小人得誌的做派，無論在什麼場合，總是難以收斂流氓無產者的本性，胡亂發一些火藥味甚濃的長篇宏論，氣焰凶妄，舉止輕狂，江湖上人送外號“郭大炮”。
意想不到的是，作為台大校長的傅斯年竟與這樣一個流氓惡棍在“議會”大廳遭遇了。
當時的台灣大學屬台灣省政府撥款，故郭國基便以地頭蛇身份，怪叫著向“傅大炮”斯年開起火來。據在場者事後透露，郭的發難主要針對國民黨“教育部”從大陸搶運來台並存放於台灣大學的器材如何處理，以及放寬台大招生尺度等問題。此事看起來簡單，而又十分敏感、複雜、棘手。如台大之招生，尺度已盡量放寬，招生人數已達最大限度，但各界仍不滿意，特別是郭國基輩糾集部分失意政客，以各種方式和手段向學校施加壓力，惹得傅氏極其惱火憤怒。今日郭氏之質詢，當然須由傅斯年親自答複，於是傅不得不第二次登台講話。在回答完上述兩個問題之後，郭又提出台灣大學用的是台灣人的錢，就應該多聘台灣教授，多取台灣本地學生，否則便是與台灣人民作對雲雲。傅針對郭的無知狂妄，開始予以反擊，在講台上大談其辦學的原則、規矩、計劃與理想等，並稱台大考試對台灣學生已盡量照顧，考慮到台灣學生的國語水平較差，在錄取時專門規定國文科分數比大陸學生降低10分錄取等。講著講著情緒激動起來，傅說道：“獎學金製度，不應廢止，對於那些資質好、肯用功的學生，僅僅因為沒有錢而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄於校門之外。”最後他高聲說道：“我們辦學，應該先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然後再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有求學的安定環境，而隻要求他們用功讀書，那是不近人情的……”【33】講完話時，大約是6時10分，傅斯年滿含怨氣地慢步走下講台。就在即將回到座位時，他突然臉色蒼白，步履踉蹌，坐在台下的陳雪屏見狀，趕緊上前攙扶，傅隻說了一句：“不好！”便倒在陳雪屏懷中昏厥過去。離得較近的“議員”劉傳來趕緊跑上前來，把傅斯年扶到列席人員的座席上，讓其躺下，順便拿陳雪屏的皮包做了枕頭。從此傅進入昏迷狀態，再也沒有醒來。
劉傳來本身是台大的醫學教授，經他初步診斷，傅是高血壓病發作，於是一麵用冷毛巾貼其額，一麵打電話通知台大附屬醫院和傅斯年的夫人俞大綵。傅原定當天晚上6點鍾在他家中召集有關人員開會，商討政府和台灣大學合辦“血清疫苗製造所”事宜。下午2點多鍾，傅斯年還打電話給校長室秘書那廉君，讓他把自己親筆擬定的合作辦法準時送到家中，以便開會時用。5點多鍾，那廉君來到傅家，俞大綵以為眾人在家裏開會，自己不便打攪，準備外出去吃飯。不久，傅的司機老楊氣喘籲籲地跑進來呼喊：“校長不行了，校長暈倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驅車趕到“省議會廳”。
大約6時30分，台大附屬醫院院長魏火曜，台大醫學院代院長葉曙、副教授王大傑亦趕到會場。經王大傑診斷，傅斯年得了腦出血，當即采取急救措施，抽血300CC，這時血壓尚高至190。7時30分左右，國防醫學院院長盧致德、內科教授丁農，台大醫學院教授林天賜、嚴智鍾等亦聞訊趕到，診斷結果與前同，於是商議再抽血150CC。此時，陳誠、何應欽、王世傑、程天放、羅家倫、朱家驊等政界要人，以及學術界人士李濟、董作賓、毛子水、薩孟武、英千裏、勞榦等紛紛趕來探視病情。蔣介石聞訊後，立即指令陳誠動員台灣所有名醫，不惜代價搶救傅斯年的生命，並要陳誠每過半個小時打一次電話向自己報告傅斯年的病情。陳誠得令，竭盡全力組織台灣一流的醫務人員搶救治療。病床上的傅斯年一動不動，西裝已被剪開，頭部堆滿了冰塊，醫生、護士跑前跑後緊張地忙碌著。滿臉焦慮之色的陳誠在會議室來回踱步，周圍站立的一圈黨政要人均不敢坐下，同樣滿臉焦慮、神態凝重地觀望著來自病室的風吹草動。
晚上9時30分左右，傅斯年的血壓漸降至180左右，體溫亦降至38℃，情況稍有好轉。至11時，血壓又增至230，體溫升至40℃。至11時23分，仰躺著的傅斯年突然睜開了眼睛，床前眾人驚喜交加，以為傅氏終於醒了過來。醫師急忙走過來按了按脈，抬手合上了傅斯年的眼皮，一聲不吭地退後低下了頭。這時眾人才真正地頓悟——傅斯年走了。門外的俞大綵會意，急步進來抱著傅斯年號啕大哭：“孟真啊，孟真……”陳誠等人聞訊，衝出會議室呼呼隆隆地向病房奔來。傅斯年就此與大家永別。