經核查發現，清冊上記錄的放賑實放數目與上報的冊子相比，戶口名數懸殊。且上報冊中記載的賑數是八分本色、二分折色，但點名清冊中則是全放折色。捐監時按市場糧價收銀，放賑時則按部價折給老百姓，這樣，在一收一放中就出現了利差，再加以實放戶數與向朝廷上報的戶數不符，又出現一大差額。這兩者的巨大差額必然有浮冒產生。於是，這本殘缺不全的賬簿成為該縣前任縣令程棟借賑恤之機大肆冒銷侵蝕的有力證據。
案情由此取得了重大突破。前任蘭州知府蔣全迪即現任浙江寧紹台道，前任皋蘭縣令程棟即現任刑部員外郎，均被立即逮捕送交刑部審訊。而皋蘭縣為甘肅省首縣，為一省之耳目，皋蘭縣一經突破，其他大小官員再也沉不住氣了，紛紛將各自在浮冒賑糧數以及被上司勒取交辦物件等項用去銀兩數目逐一供明。至此，甘肅省上下官員冒銷舞弊情形已經是鐵板釘釘的事實。
乾隆四十六年（1781）七月，所有相關主犯包括王亶望在內均被押到熱河行在，乾隆皇帝親自廷鞫質訊。在鐵一般的證據麵前，王亶望、王廷讚等人不得不俯首認罪，承認了折監冒賑、從中漁利的犯罪事實。
審訊官員曾問王亶望道：“如此貪婪不法，與屬員通同作弊，難道不怕日後犯出來，就如此大膽嗎？”王亶望回答說：“我做這種事，起初若想到今日發覺也斷不敢做，隻是我貪心重了，想上下合為一氣，各自分肥；又令該道府等出結存案，希冀可以蒙混；有散賑可以藉端掩飾，不至敗露出來，所以大膽做了。”（《懲貪檔》）
至此，甘肅官員營私舞弊案全部暴露。初步估計，前後通過捐監冒賑侵吞的銀兩至少有上千萬，貪汙數量之巨，為清朝立國以來之最。
七月三十日，乾隆皇帝在熱河承德避暑山莊下了一道諭旨，總結甘肅捐監冒賑說：“甘省收捐監生，本欲借監糧為備荒賑恤之用。乾隆三十九年經勒爾謹奏請開捐，議準允行，原令隻收本色糧米，其時王亶望為藩司，即公然征收折色銀兩，勒爾謹竟如木偶，毫無見聞。於是王亶望又倚任蘭州府知府蔣全迪，將通省各屬災賑，曆年捏開分數，以為侵冒監糧之地，自此上下勾通一氣，甚至將被災分數，酌定輕重，令州縣分報開銷，上侵國帑，下屯民膏，毫無忌憚。”
最後的判決結果是：王亶望立即處斬；勒爾謹賜令自盡；王廷讚判絞監候，秋後處決。王亶望被押赴刑場時，十分鎮定，隻是長歎今日結局是命中的定數。
麵對如此驚天大案，乾隆皇帝憤慨有加，一時不能平靜，再次下諭說：甘省捏災冒賑一案“枉法營私，大小官員通同一氣，為從來未有之奇貪異事，故當以重法治之，非不知罪人不孥，而此實非常之罪也”。然而，說是要“重法治之”，嚴懲示戒，在追究其他涉案官員之時，皇帝又陷入了兩難的境地。
甘肅當時共有六個直隸州，一個直隸廳，六個州，八個廳，四十七個縣，而初步追查出來有牽連的官員即達一百餘人。按照清朝律例，凡侵盜倉庫錢糧一千兩以上官吏即判為斬立決。但在甘肅冒賑案中，侵冒銀數一千兩以上道、府、州、縣官員就有一百一十九人，道、府、州、縣官員幾乎全部卷入，到了全省俱貪的地步。為了避免出現甘肅衙門為之一空的狀況，乾隆皇帝被迫放寬尺度，將斬立決的條件由侵冒銀一千兩以上改為二萬兩以上，一萬兩以上者改判為斬監候，一萬兩以下者再根據輕重分別處理。
即便如此，先後被押赴刑場斬首的案犯也多達五十六人，免死流放到伊犁、黑龍江等處的共有四十六人，並且遇大赦不得援例寬釋。因一件貪汙案就斬殺、絞決、流放如此多的官員，自清朝立國以來，還絕無僅有。而這還是沒有窮追猛打的結果，如果深挖下去，牽涉進的官吏必然更多。若是按順治十七年（1660）順治皇帝發布的“貪官贓至十兩者，流徙幕北（大漠以北）地方”諭旨來量刑，恐怕大清朝的官員全體該被流放了。從“貪官贓至十兩者，流徙幕北”到“侵盜倉庫錢糧一千兩以上官吏判斬立決”，再到“二萬兩以上斬立決”，何等生動地表述了吏治的由清到濁。
之前曾經被派往甘肅查證倉糧的刑部尚書袁守侗和刑部左侍郎阿揚阿也受到了牽連，被交部嚴加議處。甘肅按察使福寧革職留任。陝西巡撫畢沅（乾隆二十五年狀元，當時有名的文人）也因知情不報被罰銀，降三級留用。江蘇巡撫閔鄂元（其弟閔鵷元任平涼府同知，涉及甘肅冒賑案被殺）、閩浙總督陳輝祖（其弟陳嚴祖為甘肅環縣知縣，涉及甘肅冒賑案被殺），均有庇護之嫌，也被罰銀並降三級留用。
回想起當初允許甘肅重開捐監之種種情形，王亶望當麵保證的“隨時隨處實心實力，務期顆粒均歸實在”猶在耳邊，乾隆皇帝不由得感慨萬分，歎息說：“內外臣工無一人言及，思之實為寒心。”（《清高宗實錄·卷一一六七》）甘肅捐監由此停止不說，且對已經被斬首的王亶望餘怒未消，認為王亶望是最大的罪魁禍首，因而有意禍及其家人，將王亶望之子王裘、王榮、王焯章革職，發往伊犁充當苦差。王亶望另外還有八個兒子，年紀均不到六歲，也全部被逮捕下獄，等年滿十二歲時再流配異鄉。一直到乾隆五十九年（1794），國史館突然進了一部《王師傳》，極力表彰王師在江蘇巡撫任上的事跡。王師就是王亶望的父親。此時，王師死去已經有四十多年，國史館突然為他立傳，顯然是有人操縱，意在引起皇帝的憐憫，以救出王亶望的兒子。果然，乾隆皇帝看到《王師傳》後，一時感慨王師的清名，說：“勿令師絕嗣也。”（《清史稿·卷三百三十九》）意思是說，不要讓王師這樣的清官斷子絕孫。特意下恩旨赦免了王亶望的兒子，允準還鄉。
這場發生在西北貧瘠之地的捐監冒賑案，自總督勒爾謹開始，以布政使為首，由蘭州知府具體主持，一直到地方州縣衙役，“全省大小官員無不染指有罪”，“上下一氣”，隱匿不露長達七年之久，不但在清朝是聞所未聞之事，即使在整個中國曆史長河中，也是十分罕見的。
就連自稱為“十全老人”的乾隆皇帝本人也對此大惑不解，“公然定數且私收折色，（七年中）從無一字奏聞”，他卻不明白除了體製的原因外，貪案更多是由於他自己造成的。他一直妄圖用戰功超越其祖父康熙皇帝，先後發動了十次戰爭，窮兵黷武，將“府庫充盈”的國庫消耗一空。據趙翼《詹曝雜記》記載，乾隆第一次用兵金川，耗費軍需銀七百七十五萬；用兵西陲，耗費軍需銀二千三百一十一萬；用兵緬甸，耗費軍需銀九百一十一萬；第二次用兵金川，耗費軍需銀六千三百七十萬；用兵台灣，耗費銀米共一千萬。
除此之外，乾隆皇帝又驕淫奢侈，極事縱遊，不顧國庫空虛，六下江南，勞民傷財，揮霍無度。別的不說，僅拿他審結甘肅捐監冒賑案的承德避暑山莊來說，山莊建於康熙年間，乾隆即位後又大肆擴建修繕，圈地數十裏，廣築圍場，雜植時花，分置亭榭，一直到晚年才修建完工。避暑山莊內鑿池引水，傑閣高憑，綠草如茵，清風習習，號稱“天下一大觀”。當時有一扈隨乾隆的官員讚歎說：“此地氣候溫淑，大勝京師，洵無愧避暑山莊也。”旁邊一滿人武將聽見了，回答說：“誠是。此陛下就宮內言耳。若外間城市極狹，房屋亦低小，人民半多蝸處其中，兼之戶灶銜接，炎暾之盛，十倍京師。故民間有諺曰：‘皇帝之莊真避暑，百姓仍是熱河也。’”（清·汪詩儂·《所聞錄》）皇帝在避暑，百姓卻身處熱河，多麼鮮明的對比。可以說，乾隆皇帝的奢靡成風對貪汙大案迭起起到了極為重要的推波助瀾的作用。終清一朝，二品以上大員身陷刑辟者以乾隆朝最多，便是明證。
不過，甘肅捐監冒賑案的餘波還沒有結束。王亶望等貪官伏法沒幾天，又從這件貪汙大案中牽扯出了另一件案中案，導致又一位封疆大吏人頭落地。
乾隆四十五年（1780）八月十三日，是乾隆皇帝的七十大壽。一時間，舉國歡慶，甚至連六世班禪都親自趕到北京為皇帝祝壽。各路官員也紛紛行動，挖空心思地準備壽禮進貢。各種各樣的地方土宜、古玩字畫、金玉珠寶，源源不斷地運往京師，隻為博皇帝歡顏。
在堆積如山的禮品中，乾隆皇帝一眼就留意到了浙江巡撫王亶望進獻的一件玉山子（大的玉石雕刻），青色的玉石上雕琢著四麵相通的山水人物圖，布局均衡，層林疊起，淡雅寧靜，韻味悠長，堪稱絕世之寶。尤其是在靠近山頂的石壁上，陰刻篆書“古稀天子”四個字，取自唐代詩人杜甫之詩句“人生七十古來稀”，既暗合了皇帝的年歲，又表明乾隆是千古一帝。
乾隆皇帝一見到這件玉山子，目光再也無法離開，他將玉山拿到手中摩挲不已，幾乎到了愛不釋手的地步。心情暢悅之下，再看王亶望進貢的其他珍寶，也件件都是奇品：玲瓏剔透的玉瓶，古樸莊重的奇石，等等。他口中不說什麼，內心深處卻直誇王亶望會辦事，不愧有“能臣”之名，但心中也有所遺憾，這些東西他不能全部留下。
原來清朝有製度規定，凡各地方官員上貢物品，須得進九回三。比如說，地方官進貢了三件物品，皇帝須退回一件，依此類推。這是成例，表示皇帝不貪圖財物的意思。乾隆貴為天子，卻也不好公然破壞製度，反複權衡下，隻得留了幾件最中意的物品，再將剩下的按成例割愛發還給王亶望。
東西是退回去了，但乾隆皇帝卻一直還惦記著，希望將來能有一天將那些奇珍異寶盡數納為己有。當然，他可以等待王亶望再次進貢。但一般而言，東西一旦發還，地方官員都會認為不中皇帝的意，決計再不會上貢。也就是說，乾隆皇帝念念不忘的那些東西，應該是不可能再見到了。當然也並非絕不可能，還有一個方法可以名正言順地得到那些奇珍異寶，那就是抄家。退回去的東西，自然是落入了王亶望的腰包，一旦王亶望犯事，乾隆皇帝便可將其家產包括那些金銀珍寶全部抄沒入公。當時所謂的“公”是指管理皇帝家務的內務府，其實就是皇帝自己的小金庫。
乾隆皇帝的父親雍正對待政敵手段毒辣，曾有“抄家皇帝”的外號，而乾隆之手段，也不亞於其父。傳說之前乾隆皇帝一心查究雲貴總督李侍堯，甚至專門派心腹和珅前往雲南調查，就是因為得知李侍堯有一筆巨額財富。李侍堯曾任廣州將軍、兩廣總督。廣州是當時重要的貿易口岸，外快極多，在廣州為官也一直被視為肥缺。而李侍堯在廣東為官長達十四年，本人又是個喜歡撈錢的大貪官，聚斂的錢財可想而知。乾隆皇帝晚年重奢靡、好鋪張，即使貴為天子，也常常因為太浪費感到錢不夠用，他重用和珅，就是因為和珅善於理財撈錢。在缺銀子的情況下，籍沒一兩個大貪官的家產，無疑是最快獲取外快的途徑。李侍堯誠然貪汙納賄，並不是什麼好官，但他就是因為錢包太鼓，引起了乾隆的注意，所以才獲罪下獄，落得個身無分文的下場。而乾隆皇帝得了錢財後，也就心滿意足了。他沒有殺李侍堯，而且很快將李侍堯起用為陝甘總督，並負責調查甘肅捐監冒賑案的事實確實有力支持了這種說法。
正因為乾隆皇帝素來對貪官家產十分在意，因而當甘肅捐監冒賑案中王亶望等人伏法後，便迫不及待地派出多方人馬查抄王亶望家產：由山西巡撫雅德負責追繳王亶望家鄉山西臨汾的全部資產；由大學士英廉負責查封王亶望在京師投資生息的所有店鋪；由閩浙總督陳輝祖負責追繳王亶望杭州寓所的財產；由兩江總督薩載負責清查王亶望在蘇州的財產；由兩淮鹽政圖明阿則負責追查王亶望在揚州等處投資營息的財產。
當時王亶望家資饒裕，遠近聞名。除了在任上大行貪汙納賄之事外，王亶望本人是山西人，自古晉商以擅長經商聞名，王亶望也不例外，極擅長營運，因而除了地產、店鋪、房屋、金銀、珠寶等直接財產外，還有不少隱匿產業。有皇帝的欽命，各個受命查抄的大員自然不敢怠慢，傾盡全力窮追猛打，勢必一分一毫都不能落下。
別處略過不提，這裏隻說閩浙總督陳輝祖負責查抄的王亶望杭州寓所財產，這也是乾隆皇帝最為關注的一塊。早在乾隆皇帝下諭命陳輝祖訊問王亶望甘肅捐監一事時，陳輝祖已經有“先見之明”地封查了王亶望的寓所，查獲了金銀等大量資財。這次再奉廷寄後，陳輝祖立即又派出大量精幹屬員到杭嘉湖三府（當時天下最為繁富的地區）追查王亶望的隱匿財產。
王亶望有一美妾吳卿憐，為姑蘇著名美女，豆蔻年華，明慧婉麗，色藝冠時。王亶望得到她後，非常寵愛，曾經在密室題了一副對聯：“色即是空空即色，卿須憐我我憐卿。”（吳恭亨·《對聯話》）王亶望以墨敗，人謂這副對聯就是讖語。吳卿憐這樣既美貌又有才的大美女當然不會白白浪費，後來又被陳輝祖獻給了當朝風頭最勁的重臣和珅。後來和珅敗死時，吳卿憐才二十九歲，歸老於吳中後，回憶往事，自憐身世，還寫了不少詩，“回首可憐歌舞地，兩番俱是個中人”，備言王亶望、和珅盛衰本末。
其他各處都查得相當快，唯獨陳輝祖一查就是半年時間。這期間，軍機處多次來谘催辦，陳輝祖卻總是找出借口拖延。一直到乾隆四十六年（1781）十二月二十日，他才將查抄的王亶望資產裝箱，解往北京內務府及崇文門，所有物品一共裝了五百六十箱。此時，距離他最初查抄王亶望寓所已經有半年時間。
陳輝祖呈交軍機處的財產清單大致如下：冬夏朝衣十三件，冬夏各色蟒袍四十五件，冬夏各色蟒袍料二十一件，男女皮衣一百九十七件，袍褂統共一百六十件，大小皮張六千三百六十六塊，男女棉夾單紗衣四百五十三件，綢緞紗綾洋呢衣料八千九百一十件，帽緯三百二十匣，各色氈毯三十八條，漆器四百二十件，螺甸器皿一百五十五件，銅錫器皿四百三十四件，湖鏡玻璃鏡三百一十件，扇子五十七匣，掛屏插屏一百零三件，香料物件一百零二匣，燈共一百零八盞，筆墨朱錠一百七十二匣，紙六十七件，字畫冊券共一百九十九件，燕窩五十五匣。
乾隆四十七年（1782）年初，王亶望的查抄家產解到京城。乾隆皇帝聽說後，立即迫不及待地親自前去查看驗收。老皇帝記憶中仍然念念不忘昔日王亶望進貢的那些奇珍異品。然而，滿懷期待的乾隆失望了，原來之前許多他不得不依成例退回給王亶望的珍品都不在其中。精明的皇帝立即想到有人動了手腳，用了偷梁換柱的老計。竟然有膽大妄為之人對皇帝的心愛之物打起了主意，皇帝如何不惱怒？天子震怒，非同小可，另一場查揪貪官的大風暴即將來臨。
二月，浙江布政使國棟調任安徽布政使，到京城見駕。國棟正是當初經手查抄王亶望貲財之人，乾隆皇帝詢問為何王亶望查抄家產中所呈覽物件大多不堪入目，國棟神色慌張，搪塞了過去。乾隆皇帝深為不滿，但他此時正為禦史錢灃彈劾山東巡撫國泰（鑲白旗人，四川總督文綬之子）與布政使於易簡（於敏中弟）虧空案而苦惱，他的心腹和珅也因與國泰關係密切大行袒護之事，乾隆忙著與錢灃鬥智鬥力，所以王亶望家產案暫時放在了一邊。
當年夏季，乾隆皇帝在熱河避暑，李封（由浙江按察使升湖南布政使。紀曉嵐同科進士，死後紀曉嵐贈墓誌銘雲“貧則貧矣，而秋水無塵”）、陳淮（由浙江鹽道升安徽按察使）、王杲（升任浙江按察使）三人由於升任到熱河陛見謝恩。三人均參與了查抄王亶望家產，乾隆皇帝再次問起查抄中有無情弊，三人均回答說沒有。然而三人言辭閃爍，多不自安，更加令乾隆皇帝懷疑。此時，國泰、於易簡虧空案剛告結束，乾隆皇帝終於可以完全騰出手來追查王亶望家產案。
［錢灃，字東注，一字約甫，號南園。雲南昆明人。幼時家境貧寒，偶然得到些殘篇斷簡，便熟讀深思，曾入昆明五華書院學習。三十二歲中進士，曆任翰林院編修、監察禦史、湖南學政、通政司副使等。他為人剛正不阿，敢於彈劾貪官汙吏，陝西巡撫畢沅就是因為甘肅冒賑案被他彈劾而遭處分降級。乾隆四十七年（1782）春，時任禦史的錢灃上疏彈劾山東巡撫國泰與布政使於易簡，說國泰貪縱營私，勒索屬員，遇有升調，唯視行賄多寡，以致曆城等州縣虧空或八九萬或六七萬之多。布政使於易簡，也縱情攫賄，與國泰相同。乾隆皇帝命尚書和珅、左都禦史劉墉和禦史錢灃一起查辦。錢灃知道和珅必然袒護國泰，便先數日微服至良鄉，見和珅仆役騎肥馬往山東送快經過，暗下記住其容貌，待他回來時，便喝令左右搜其身，果然得到國泰寫給和珅的私信，言及已借銀填庫備查等情。錢灃立即持信上奏，但乾隆皇帝寵愛和珅，沒有追究。和珅還打算收買錢灃，遭到拒絕。查案時，和珅與國泰還想做手腳，但錢灃堅持封存府庫，徹底清查，國泰終於被揭穿。乾隆四十七年（1782）七月初八，因查實國泰、於易簡虧庫銀二百餘萬兩，乾隆皇帝不得不命二人在獄中自盡。此案全賴錢灃出力，為此被和珅記恨。不僅如此，因乾隆皇帝一向寵愛國泰，錢灃也由此得罪了皇帝，不久就被找借口降職，再也沒有得到重用。乾隆六十年（1795），居住在北京雲南會館的錢灃準備彈劾和珅時，被和珅派人用毒酒害死。在他枕下，還發現了寫有幾千字的奏本底稿，其中開列了和珅二十多條罪狀。除政聲清廉外，錢灃的書畫也很有名氣。其書法摹顏、歐、米諸家，而又自成一體，筆力雄勁，結構嚴謹，氣勢開闊；其楷書代表作有《枯樹賦》《冒雨尋菊序》《守株圖詩》《端陽競渡序》。其畫以馬為主題，尤喜畫瘦馬，風鬃霧鬣，筋骨顯露，神姿逼人。］
當年七月，乾隆皇帝先是任命跟浙江沒有任何瓜葛的盛柱為新一任的浙江布政使，叮囑他秘密查訪王亶望查抄家產清弊。盛柱果然不負眾望，到杭州上任後不久就密奏皇帝說：“檢校（王）亶望家入官物與原冊有異同。”（《清史稿·卷三三九·陳輝祖傳》）意思是說，最初由浙江糧道王站柱經手的查抄底冊名單和送到京城入官的物品對不上。
盛柱還舉出了實例，如王站柱底冊上有金葉、金條、金錠等共四千七百四十八兩，但解繳內務府進呈冊中並沒有這些金子，僅僅是多列了七萬三千五百九十四兩白銀，顯然是有人用白銀抽換了黃金。另外，底冊內有玉山子、玉瓶等件，呈冊中卻沒有。
乾隆皇帝接奏後如獲至寶，連下兩道諭旨：第一道是派戶部右侍郎福長安和刑部尚書喀寧阿為欽差大臣，前往河南逮捕已經升任為河南按察使的王站柱，再會合正在河南辦理河工的大學士阿桂，一同前往浙江對質調查；第二道則是給閩浙總督兼浙江巡撫陳輝祖的，要求陳輝祖在阿桂等人到達之前，先會同浙江布政使盛柱提齊人證和文卷。此時的乾隆皇帝還隻是認為負責抄家的官員營私舞弊，萬萬沒有想到總督陳輝祖正是這一大案的罪魁禍首，他甚至還說：“陳輝祖深受朕恩，必不肯同流合汙。”沒想到事實很快就給了他當頭一記悶棍。
當年九月，阿桂將審問王站柱的結果上奏。據王站柱供稱，當時查抄王亶望貨財時，他會同府縣佐雜每日親往點驗物品，造冊後再交給府縣各官收管，“金約有四千數百餘兩，銀約有二三萬兩，玉器甚多”。底冊一式三份，分別送交閩浙總督陳輝祖、布政使衙門和糧道衙門。同時，王站柱還為自己和經手抄家的官員辯護說：“我若果有不肖之心，豈肯將底冊留於浙省作為後人把柄？”這話相當有力，立即為王站柱擺脫了嫌疑。他主管糧道衙門，既然沒有問題，剩下有問題的就是閩浙總督陳輝祖和當時的浙江布政使國棟了。這樣的大案，總督陳輝祖實在難脫嫌疑。
乾隆皇帝接到阿桂奏折後大驚失色，同時也失望之極，“竟係陳輝祖營私舞弊，抽換抵兌，實出情理之外”，立即下諭將陳輝祖和時任安徽布政使的國棟革職拿問。
此時，陳輝祖也上奏為自己辯解說：“以銀易金之事，係在查抄王亶望家產時，布政使國棟麵稟商換，並言及金色低潮，恐解京轉難適用，不如易換銀兩，較為實際。我覺得有理，便同意了。”但國棟卻指正了以銀換金、偷梁換柱均是受陳輝祖主使。
經過反複審訊查證，陳輝祖最後終於承認：在查抄王亶望家產時，他曾偷換過玉器字畫，並以四五萬兩白銀盜換了價值九萬餘兩白銀的黃金，純獲利白銀四五萬兩。這些銀兩已交其妻舅，令開典鋪生息。還有雜色金一千餘兩，也由其妻舅易銀營運。
陳輝祖侵吞的這些財產，以及他本人原有巨額的家產，自然全部被籍沒充公，盡數落入了乾隆皇帝的口袋。老皇帝這才怒意稍平，說陳輝祖雖然“行同鼠竊，其昧良喪恥”，但還是與王亶望之罪有區別，“所雲與其有聚斂之臣，寧有盜臣。陳輝祖隻一盜臣耳”。
當年年底，在“盜臣”的定性下，陳輝祖被判為斬監候，等來年秋後處決。前浙江布政使國棟、衢州知府王士瀚、嘉興知府楊仁譽在查抄家財時，通同作弊，從中分肥，均判斬監候。杭州知府楊先儀、錢塘知縣張翥直接經手其事，卻有意不聞不問，均革職發往新疆充當苦差。前浙江按察使李封、前浙江鹽道陳淮“難辭徇隱欺飾之罪”，被革職發往河南河工效力贖罪。
之前，陳輝祖親弟弟陳嚴祖已經因甘肅捐監冒賑案被殺，他本人竟然在受命懲治貪汙犯、查抄王亶望家產時利令智昏，居心不良，可見當時的官場早已經是貪汙成風、無所不至了。隻是陳輝祖運氣不好，他貪貨謀利，損公肥私，而這“公”剛好就是皇帝的口袋。乾隆皇帝偶然想起來，還是覺得無法咽下這口氣。乾隆四十八年（1783）二月初三，陳輝祖還沒有等到秋後，又被查明貽誤地方，武備廢弛，虧空倉穀銀錢多達一百三十餘萬，被乾隆皇帝賜令自盡，以為封疆大臣廢弛地方者戒。這是由甘肅捐監冒賑案引發的又一起大案，直接導致了又一位總督被殺。
事情還沒有就此結束，甘肅捐監冒賑案餘波猶自未平。乾隆五十一年（1786），乾隆皇帝偶讀《嚴嵩傳》，突然聯想到於敏中堪比嚴嵩。因甘肅捐監最初是由於敏中力主重開，老皇帝又回憶起甘肅捐監案來，認為釀成王亶望、陳輝祖兩起空前巨案的真正元凶應該是於敏中，心中又開始不痛快，特意下了一道詔書說：“迨四十六年甘肅捐監折收之事敗露，王亶望等侵欺貪黷，罪不容誅。因憶此事前經舒赫德奏請停止，於敏中於朕前力言甘肅捐監應開，部中免撥解之煩，閭閻有糶販之利，一舉兩得，是以準行。詎知勒爾謹為王亶望所愚，通同一氣，肥橐殃民。非於敏中為之主持，勒爾謹豈敢遽行奏請？王亶望豈敢肆無忌憚？於敏中擁有厚貲，必出王亶望等賄求酬謝。使於敏中尚在，朕必嚴加懲治。今不將其子孫治罪，已為從寬。賢良祠為國家風勵有位盛典，豈可以不慎廉隅之人濫行列入？朕久有此心，因覽《嚴嵩傳》，觸動鑒戒。恐無知之人，將以明世宗（即嘉靖皇帝）比朕，朕不受也。於敏中著撤出賢良祠，以昭儆戒。”（《清史稿·卷三一九·於敏中傳》）於敏中最終被撤出了賢良祠，他一生的恩寵榮華終於全部化為烏有。
至此，十二年之前開始的甘肅捐監冒賑案才最終宣告結束。不過，這並不表示乾隆朝的貪官汙吏就此終結。相比於他所親信任用的和坤，於敏中、王亶望、陳輝祖不過是小貪而已。
和坤在查辦甘肅捐監冒賑案當年即被任命為“兼署兵部尚書”，“寵遇日隆，威勢日加”。在查辦陳輝祖貪汙案後，和珅又晉封為一等男爵，再予輕車都尉世職，旋調吏部尚書，授協辦大學士，從此大權在握。一時之間，“內而公卿，外而藩閫，多出其門”，風頭無人能及。有人將其居住地戲稱為“補子胡同”，意指身著補服來往於其家的官員如同人牆。和珅也趁機以權謀私，擅權納賄，作威作福。他每辦一事、每到一處必然要大撈好處，侵吞公帑，搜刮民脂民膏，如此日積月累，家中珍藏的寶物竟然比皇宮大內還要多還要好。
據說有一次，一位阿哥（皇子）將乾隆皇帝喜愛的碧玉盤打碎了，嚇得不知所措。有人出主意讓他趕緊去找和珅幫忙。和珅起初還故作為難，阿哥雙手奉上一串正珠朝珠，說盡了好話，和珅這才答應幫忙。第二天，和珅就給了阿哥一個碧玉盤，成色比原來打碎的那個還要大還要好。可見和珅之富有，連皇室都不能及。
乾隆晚年，覬覦皇儲之位者甚多，唯獨十七阿哥顒璘說：“使皇帝多如雨落，亦不能滴吾頂上。唯求諸兄見憐，將和珅邸第賜居，則吾願足矣！”（清·昭梿·《嘯亭續錄》）顯然對和珅邸第不勝仰慕留戀。顒璘為嘉慶皇帝同母弟，在他心目中，皇帝之位尚不如和珅邸第，可見和珅邸第是何等豪華了。
對於和珅操柄權政和貪汙納賄的作為，乾隆皇帝並非不知道，但卻始終置之不理，除了和珅善於為他撈錢外，還有諸多感情因素在裏麵。和珅雖然贏得了乾隆皇帝的完全信任，但其人積怨朝野卻是不爭的事實。嘉慶四年（1799）正月初三，太上皇帝乾隆病死，享年八十九歲。清廷的國勢在乾隆一朝達到了鼎盛，也正是在他手中由盛而衰。
乾隆皇帝一死，和珅立即失去了依靠。正月初八，乾隆屍骨未寒，嘉慶皇帝即下達逮捕和珅、抄其家產的諭令。
關於和珅的家產，《清朝野史大觀》說共計白銀八百兆兩（即八億兩）。當時朝廷一年的財政收入不過七千萬兩白銀，和珅當了二十年閣臣，其積蓄已經超過國家十年的歲入，可謂十分的駭人聽聞，堪稱中國曆史上第一大貪官。他辛苦積累、半世經營的財產被查抄後自然全部落入了嘉慶皇帝的腰包，所以民間有“和珅跌倒，嘉慶吃飽”的說法。至於和珅那座豪華宅邸，也被嘉慶賞賜給了同母弟顒璘。
尤其值得玩味的是，嘉慶皇帝還禁止大臣談論和珅財產。當時有個名叫薩彬圖的副都統，力陳“和珅家產甚多，斷不止此查出之數”，揭發說和珅有四個使女專門掌管金銀賬目信息，應予逮捕後嚴刑審訊。同時，還建議應對和珅宅院進行挖掘，以尋找窖埋金銀。不料嘉慶皇帝看到奏章後立即將薩彬圖革職，還發布上諭，明確說：“嗣後大小臣工，不得再以和珅貲產妄行瀆奏。”顯然，這位和珅財產的最大受益者不願意落下“好貨之主”的惡名，因此反而不願意人們知道和珅到底有多少家產。
財產到手，嘉慶皇帝便宣布和珅有二十大罪狀：以擁戴自居（指和珅為討好嘉慶皇帝送玉如意）；騎馬直進圓明園左門，過正大光明殿，至壽山口；乘椅轎入大內，肩輿直入神武門；妄將出宮女子，娶為次妻（指和珅偷娶江南進獻給乾隆的美女黑玫瑰）；於各路軍報任意延擱，有心欺蔽；皇考聖躬不豫，毫無憂戚之情，談笑如常；皇考力疾批答奏章，字跡間有未真，膽敢口稱不如撕去另擬；兼管戶部報銷，竟一人把持，變更成例；上年奎舒奏循化、貴德二廳番眾兩千餘，搶劫達賴喇嘛商人牛隻，肆劫青海，竟駁回原折，隱匿不辦；皇考升遐後，諭旨令蒙古王公未出痘者不必來京，擅令已、未出痘者俱不必來京；大學士蘇淩阿重聽衰邁，因與其弟和琳結親，隱匿不奏，侍郎吳省蘭等在其家教讀，保列卿階；軍機處記名人員，任意撤去，種種專擅，不可枚舉；所抄家產，楠木房屋奢侈逾製，多寶閣等仿照寧壽宮製度，園寓點綴與圓明園蓬島瑤嶼無異；薊州墳塋設享殿，置隧道，百姓稱“和陵”；所藏珍珠手串二萬六千餘兩，私庫藏金六千餘兩，地窖內埋銀三百餘萬兩；通州、薊州當鋪，錢店資本十餘萬，以首輔大臣，與小民爭利；家奴劉全家產至二十餘萬，並有大珍珠手串，等等。
當年正月十八，嘉慶皇帝命和珅在獄中自盡。死前，和珅寫了一首《獄中對月詩》。其中寫道：“月色明如許，嗟餘困不伸。百年原是夢，廿載枉勞神。”到生命的最後關頭，他也終於明白“百年原是夢”，他不過是“廿載枉勞神”而已。
雖然最大的貪官和珅死了，但清朝的頹勢已經無可挽回。乾隆當朝，國勢號稱極於鼎盛。且看他執政的六十年間，西方發生了什麼樣的事件：乾隆三十年（1765），英國紡織工哈格裏夫斯發明珍妮紡紗機；乾隆五十年（1785），英國卡特萊特發明水力織布機；同年，英國瓦特改良蒸汽機，西方開始了工業革命；乾隆三十九年（1774），美國獨立戰爭開始；乾隆四十八年（1783），美國獨立戰爭取得勝利；乾隆五十三年（1788），第一屆美國國會在紐約召開；次年，華盛頓就任美國第一任總統；兩年後，美國通過《人權法案》；乾隆五十四年（1789），法國爆發資產階級大革命，發表《人權宣言》；乾隆五十八年（1793），法國國王路易十六被處死。
西方這些巨變具有劃時代的意義，完全改變了世界格局。而就在乾隆五十八年（1793），乾隆皇帝在承德避暑山莊接見英國使臣馬戛爾尼，還陶醉在“天朝上國”的迷夢中，傲慢宣稱“天朝統馭萬國”，“天朝物產豐盈，無所不有，原不藉外夷貨物，以通有無”。他看不到西方科技的進步，看不到世界發展的潮流，這正是中國落後的開始。
嘉慶皇帝即位時，清朝國勢日衰，國庫空虛，全國各直省府庫虧空，財政危機日益突出。為了應付危機，嘉慶皇帝不得不開始清理虧欠，於是相繼有地方官吏勾結侵蝕國庫大案被揭發出來。嘉慶十一年（1806），直隸司書王麗南假弊案發。這起被嘉慶皇帝認為性質比當年甘肅捐監冒賑案性質更為惡劣的案件，就發生在天子的眼皮子底下。而更可怕的是，這起大案曆時十年，隱匿時間比曆時七年的甘肅冒賑案更長。
自嘉慶元年（1796）起，直隸司書王麗南就私自雕刻了兩枚藩司和庫官的假印，聯合其他州縣官員張麟書等人，開始用虛收、虛抵、重領、冒支等各種手段侵蝕國庫：有將司發庫收小數帖改大數者；有將領款抵解錢糧又蒙混給發者；有串通銀匠，給予假印批收者。共侵吞定州等二十四州縣銀三十一萬六百餘兩。
起初，甘肅捐監冒賑案發時，被視為驚天大案，“為從來未有之奇貪異事”。然而，僅僅二十五年後，就發生了直隸官員串通作弊侵帑案。一個小小的直隸司書，竟敢私雕假印，舞弊營私，令嘉慶皇帝“殊堪駭異”，十分震驚地說：“這是我朝未有之事。從前外省不肖官吏作奸犯科，如甘肅捏災冒賑之案，最為重大，不過也隻是借辦賑為名，虛報侵肥，從沒有身任州縣，與胥吏等勾連一氣，公然將正項錢糧，私雕假印，挖改公文，虛捏報解，抵冒分肥，至三十餘萬兩之多。”雖然此案涉案官員品級均不高，金額也不及甘肅捐監冒賑案，但在天子腳下，目無法紀已經到了令人發指的地步，被稱為清朝曆史上從未發生過的大案。
案發後，雖然涉案官員都受到了相應處罰，然而一葉知秋，吏治全麵腐敗，社會矛盾日益激化，國庫錢糧虧空嚴重，均成為嘉慶一朝無法回避的重大問題。特大命案李毓昌之死就是發生在這樣的背景下。此案涉及人物上到兩江總督、下到長隨，更因為案情離奇複雜、審理過程費盡周章而轟動朝野，被稱為清代的奇冤大案。
嘉慶十三年（1808），暴雨連綿，黃河決口，江蘇淮安一帶首當其衝，洪水泛濫成災，房倒屋塌，餓殍遮道，無數百姓失去了家園，淪為災民。清朝廷為此緊急啟動了救災放賑機製，並要求地方官員必須派出精幹官員下去查賑，務求賑災錢糧發放到災民手中，以表示朝廷是真心“恤民”。兩江總督鐵保和江蘇巡撫汪日章不敢怠慢，立即選派了官員，分赴災區。
其中，有十一名官員被派往山陽縣查賑。山陽縣為淮安府所在地，也是這次水災的重災區，朝廷專門為之撥銀九萬九千兩賑濟，因而派往山陽的大多是老辣幹練的官吏。如府知事餘清揚，同知林永升，州同龔國烜、謝為林，教諭章家璘，縣丞張為棟，訓導言廷璜，典史呂時雨及從九品溫南峰、黃由賢十人。隻有一人例外，那就是新科進士李毓昌。
李毓昌，字皋言，號榮軒，山東即墨人。出身貧寒，卻自幼好學，以品學兼優聞名鄉裏。乾隆五十九年（1794）中舉人，嘉慶十三年（1808）中進士，以即用知縣分發到江蘇候缺。到江蘇赴任不久，李毓昌便趕上了江蘇水災，於是奉命以查賑委員的身份前往山陽縣查賑。
這一年，李毓昌剛好三十六歲，這是他人生中第一次步入仕途。從奉委之初，他就決定要秉公辦事，消除侵冒，做個廉明的“清官”。同行的十名官員中，自有人年紀比他小、學問比他差，但論到官場的潛規則，他卻著實是個新手。一進入山陽境內，便能看到縣內土地荒蕪，農事凋敝，受災百姓食不果腹，衣不蔽體，生活困苦。李毓昌不由得十分不安，越發感到此行責任重大，恨不得長上翅膀，早日趕到山陽縣衙了解放賑情況，而其他官員卻無一例外地熟視無睹。
起初，李毓昌還頻繁催促眾人快行，但結果隻招來眾同行的白眼和冷言冷語。李毓昌的親信長隨李祥慣於見風使舵，立即向主人示意不要再說。不料李毓昌是個執拗脾氣，李祥反而由此招來了主人一頓嗬斥。其他官員聽到耳中，難免會覺得指桑罵槐，更加覺得李毓昌不順眼。幸好還是教諭（明清製度，府學設教授，州設學正，縣設教諭，均為學官，負責教育生員）章家璘出麵婉轉勸解了幾句，才沒有令局麵太過尷尬。但自此之後，除了章家璘外，其他人都與李毓昌主仆疏遠了。
九月二十八日，一幹人到達山陽縣城。山陽知縣王伸漢熱情出迎，款待查賑委員一行。麵對眼前堆積如山的雞鴨魚肉，李毓昌不由得想到了沿途看到的災民，實在難以下咽。隻是他剛一提及賑災一事，王伸漢便巧妙地岔開了話題，其他官員也紛紛寒暄打岔，弄得李毓昌連個開口的機會都沒有。
這個時候，李毓昌突然留意到王伸漢身後有一雙眼睛正盯著他。那雙眼睛，有一點審視，有一點警覺，有一點提防，說不出到底是什麼意味，但可以肯定的是——那絕對不是什麼善意的目光。一直到後來，李毓昌才知道，那個不斷盯著他看的彪悍的隨從，就是王伸漢的心腹長隨包祥。
好不容易等到酒宴結束，李毓昌還要再提查賑一事，王伸漢一擺手，笑著說：“大人路途鞍馬勞頓，此時夜色已深，有話明天再說。”立即命人將各位查賑官員送往早已經準備好的館舍。在此情形下，李毓昌也不好再說什麼，又見其他同僚均已經退席準備入客房休息，也隻好從命。
李毓昌被帶進了客房，他的三名長隨李祥、顧祥、馬連升在旁邊的廂房另有歇處。客房布置得很是華麗，實在與遭受了水災的山陽縣形象不符合。李毓昌心中已經對這山陽知縣王伸漢起了反感，待打開放在床正中的一個包袱、發現裏麵有三百兩白銀時，他恍然有些明白了。他立即打開門，打算找王伸漢問個究竟，卻發現適才緊盯著自己不放的長隨包祥正站在門口。
李毓昌問道：“你是誰？”包祥道：“小的是王知縣的長隨，名叫包祥。”他雖然竭力用謙卑的口氣說話，但神態卻甚是倨傲，尤其是一雙眼睛精然有光，全然不像一個下人。李毓昌很是疑惑，又問道：“你在我門口幹什麼？”包祥道：“知縣大人派小的來看看大人對這裏的安排是否滿意。”李毓昌指著床上的白銀說：“那這是……”包祥道：“一點兒小小的見麵禮，每位大人都有。還請李大人笑納。”又刻意加重了語氣：“其他各位大人都已經收了。”李毓昌一時氣得說不出話來，當即揚聲叫李祥等三名長隨收拾行李，連夜離開了縣衙的館舍。
這一夜，對李毓昌主仆四人來說真是個不眠之夜。他們找盡了城中的客棧，卻沒有一家店敢收留。最後還是一個好心的店家指點四人前去善緣庵投宿，這才勉強有了個落腳之處。
善緣庵的客房與衙門館舍相比，真是一個地下，一個天上，但李毓昌卻心安了許多。他雖然初入官場，但並不是不懂世故之人。山陽知縣王伸漢一上來就對前來查賑的官員大行賄賂之事，顯然是內心有鬼，賑災一事必有蹊蹺。而其他查賑官員已經接受了賄賂，與王伸漢沆瀣一氣，定會知情不舉，自然不再是同路人。他已經打定主意，明天一早就獨自帶著三名長隨下鄉查賑，要把其中的真相查個明白。此時，心事重重的李毓昌絲毫沒有留意到李祥、顧祥、馬連升三人都流露出了怨恨不滿的神色，尤其以李祥為甚。
次日，九月二十九日一大早，李毓昌向庵中僧人問明道路，徑自帶領三名長隨直奔山陽鄉下，訪貧問苦，體察民情。山陽縣下轄四十鄉，每鄉約數十村。這一查就是整整一個月，到十一月初，李毓昌在查完兩個鄉後，帶著三名長隨回到山陽縣城善緣庵處。李毓昌明顯心情不佳，總是一個人在房內長籲短歎，似乎有滿腹心事。沒過幾天，十一月初六的夜晚，他突然在善緣庵的住處懸梁自盡了。深
噩耗傳到李毓昌的山東老家，家人無不悲痛欲絕。尤其是李毓昌妻子林氏又是傷心又是不解，疑竇叢生：她丈夫秉性剛毅，寒窗苦讀，曾多次參加會試，這次好不容易中了進士，金榜題名，又候補了知縣，步入了老爺的行列，正是春風得意之際，怎麼會突然上吊自殺呢？然而，不解歸不解，淮安知府王轂已經以李毓昌自縊身亡定案，她一個婦道人家又能怎樣？眼下還是先辦理丈夫的後事要緊。
當年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托從山東趕到山陽，準備迎李毓昌靈柩回鄉。山陽知縣王伸漢親自領著李泰清到善緣庵開棺驗屍。李毓昌靈柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四麵墊起。據王伸漢說，這樣做是為了防止屍體腐敗。年邁的李泰清為了最後看侄子一眼，不得不踩著板凳俯視棺材，隻見李毓昌麵色慘白如紙，眉目模糊不清。李泰清一時悲從心來，實在不忍心再看。於是就此蓋棺。王伸漢還特意送給李泰清白銀一百五十兩作為路費，表示對李毓昌壯年而逝的同情。
當時正值冬季，寒風凜冽。李毓昌靈柩運抵老家山東即墨後，因天寒地凍，便暫時擱置在李氏堂屋中，預備等到春天凝土解凍後再行下葬。
嘉慶十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在檢點亡夫遺物時，偶然發現一件皮馬褂上有斑斑血跡。另有一頁稟帖殘稿，稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”等語。林氏本來就困惑丈夫死得無原無因、不明不白，這下更是疑心大起，立即找來叔父李泰清商議。李泰清檢驗皮馬褂後，確認為血衣，也開始懷疑李毓昌是被人謀害致死，決定重新開棺檢驗。打開棺材細看屍體，這才發現李毓昌的麵白是用石灰塗抹而成，口鼻間還留有些許血漬，而屍體的手足指甲、牙尖、心窩、肚臍均呈現青黑色，呈現出明顯的中毒跡象。古代一般用銀器來檢驗毒藥，李泰清拿了根銀簪伸入屍體口中，銀簪立即變為黑色，證明口中確實有毒。至此，李毓昌係被害身亡已經是確認無疑的事。這到底是怎麼一回事呢？
原來山陽知縣王伸漢是個臭名遠揚的大貪官，平時就愛雁過拔毛、敲骨吸髓，以魚肉百姓、搜刮民財為能事，弄得一方百姓怨聲載道。水災發生後，他不但置饑寒交迫的饑民於不顧，反倒把水災看成是借機發財的良機，一方麵虛報災民人數，冒領賑銀；另一方麵縮減實發數目，大事克扣。這一年，山陽縣領得賑銀九萬九千兩，有兩萬五千兩都被他中飽私囊，幾乎占全部賑銀的四分之一。剛好此時，李毓昌等一行查賑委員來到山陽，王伸漢生怕吞賑之事敗露，立即挨次賄賂查賑官員。其他官員都還好說，隻有李毓昌執意不受，並立即搬離縣衙公館，改住到善緣庵，由此令王伸漢忌恨不已。
而李毓昌隨即率三名長隨赴山陽鄉下查賑，勘驗受災程度，逐戶查核人口、賑票及領取賑銀數目，並登記造冊，再與原山陽縣所報之放賑名冊逐一核對，核實有無漏賑和冒領現象。到十月底，李毓昌複查完兩鄉，已經完全掌握了山陽知縣王伸漢借放賑之機虛報戶口、克扣賑銀的實據。他將所發現的問題逐一列出條款，親自草擬呈文，準備上報負責查辦賑務的江寧布政使楊護，並揭發王伸漢貪贓枉法、趁災打劫的所作所為。
自從李毓昌搬離衙門館舍後，王伸漢一直寢食難安，他派出親信長隨包祥監視李毓昌的一舉一動，得知李毓昌將要檢舉揭發自己貪汙罪行後，王伸漢大為恐慌，急忙寫了一封書信，請李毓昌速回縣衙。
縣衙早就準備好了各種珍饈美味，王伸漢又殷勤勸酒，誘之以利，說：“你初入仕途，還不知道做官的訣竅。想想你這些天日赴茅舍，訪貧問苦，天寒地凍，如此勞累，卻隻是慕虛名而失實惠。我私下認為你不該如此。”話已經說得十分明白，旁邊也擺出了一萬兩白花花的銀子，不料李毓昌義正詞嚴地答道：“為官之道貴在清廉。我並不是不想得實惠，而是不忍心向垂斃的饑民攫取口食！你私下克扣賑銀，實非民之父母之所為。我不敢自汙以欺天，不過我必會將實情呈之上台，以救生民於水火，以正朝廷之律令！”說完拂袖而去。
王伸漢見李毓昌無法收買，感到大禍即將臨頭，非常恐懼，立即召來長隨包祥商議對策。包祥原本是江洋大盜，為人心狠手辣，後因盜案事發被官府追捕甚急，賴王伸漢庇護才得以逃脫，從此投效王伸漢門下，甘為長隨。因其人遇事有謀略，深得王伸漢信任。
之前包祥暗中監視李毓昌主仆時，曾經聽到李毓昌的長隨李祥暗中咒罵李毓昌，決定先去找李祥打探一下情況。打聽之下才知道，李毓昌已經將所查戶口的清冊及揭發王伸漢私吞賑銀的稟帖事宜寫好，並準備於三天後的冬至起程，前往淮安府。
王伸漢聽到包祥轉告的情況後，更加六神無主，如坐針氈。包祥倒是非常鎮定，說：“事到如今，與其束手待斃，身敗名裂，倒不如先下手為強。先將李毓昌除掉，便可滅口，再無後患。”王伸漢聽了一震，半晌無言，但又實在想不出別的辦法，就問道：“如何除法？”包祥胸有成竹地說：“李毓昌平時管束手下甚嚴，他手下之人不能撈取半點外快，多有怨恨之聲。特別是長隨李祥，不久前曾被李毓昌當眾責罵，心中更加厭惡其主。如果大人許以重金，授以密計，足能促使李祥除掉李毓昌。這其中過程，可如此如此……”王伸漢微一思索，便命包祥依計而行。
於是包祥出麵，先是邀請李祥小酌。暢飲之時，包祥有意提到李毓昌不會為官，李祥如遇知己，大談李毓昌為人之刻薄。包祥趁機許以白銀五百兩讓李祥除掉李毓昌。起初，李祥聞言後駭然，愣了半天才說：“害人絕非兒戲，若是事發怎麼辦？”包祥笑道：“有知縣大人從中周旋，絕不會連累你的。”又告知李祥自己本為巨盜，被官府捕獲，因王伸漢出麵周旋也脫了罪。利欲熏心的李祥禁不住利益誘惑，當即同意。
當下，李祥叫來另外兩名長隨顧祥和馬連升，說明事由，二人也欣然同意。包祥便將如何下手行事的機宜麵授三人。
嘉慶十三年（1808）十一月初六，王伸漢下請柬邀李毓昌到縣衙赴宴，被李毓昌婉言拒絕。王伸漢便親自前往善緣庵相邀。李毓昌雖然對王伸漢十分厭惡，但礙於情麵，隻得同往。酒席間，王伸漢隻字不提查賑之事，這倒讓李毓昌鬆了一口氣，完全沒有看出對方其實是心懷鬼胎。在王伸漢的殷勤勸酒下，李毓昌被灌得酩酊大醉，自己都無法獨力行走。王伸漢於是派長隨包祥帶人送李毓昌回去善緣庵。
此時已經二更天，夜色已深，善緣庵中僧人俱已就寢。包祥將李毓昌送回善緣庵時，趁機將一包砒霜塞到了李祥手中。李祥會意地點了點頭，包祥這才離開。
渾然不省人事的李毓昌被扶回臥室和衣而睡。半夜時，李毓昌酒醒口渴，便叫人上茶。李祥早已將砒霜投入茶中準備好，聞聲立即端上。李毓昌接茶後一飲而盡，不一會兒便毒性發作，腹痛難忍，顛仆狂吼，從床上滾落下來。李祥、顧祥、馬連升三人過來查看，見地上的李毓昌神色驟變，口吐鮮血，已經奄奄一息。三人急忙上前，顧祥扶住李毓昌的頭。李毓昌有氣無力地喝問道：“你要做什麼？”一旁的李祥冷笑著說：“仆等不能事君矣。”一旁的馬連升解下腰帶，緊勒住李毓昌咽喉。可憐李毓昌無論如何都沒有想到是身邊之人對自己下手，掙紮了一會兒便氣絕身亡了。三人又將李毓昌的屍體懸掛於房梁上，偽造出上吊自殺的現場。一切擺弄好後，已經是十一月初七的清晨。
初六夜，山陽知縣王伸漢和長隨包祥也都沒有入眠，在縣衙焦急地等待消息。終於到了初七清晨，李祥等三人來到縣衙報案，聲稱其主李毓昌幾日內不知何故心神不寧，已經於夜間自縊身亡。王伸漢和包祥這才如釋重負，相視而笑。
接到報案後，王伸漢帶著包祥親往善緣庵勘察。一進臥房，不先檢查屍體，而是先行搜出李毓昌箱內的紙稿銷毀，那些正是李毓昌準備向江寧布政使呈送的稟帖及戶口清冊。清理現場後，王伸漢派人將案情報知淮安知府王轂，還暗中送上了兩千兩白銀，名為修繕府第的費用。而在這之前，王伸漢為了達到克扣賑銀、中飽私囊的目的，已經向王轂打點過兩千兩。這次王轂一收到白銀，便已經猜到了李毓昌之死十之八九有蹊蹺。他帶人來現場驗屍，見李毓昌麵色青紫、口鼻出血，明顯為中毒症狀，心中頓時明白了。他心中正琢磨如何妥善收場，剛好此時仵作李標驗完了屍，大聲喝報道：“屍口有血。”
屍口有血還能以自殺結案？王轂勃然大怒，立即下令杖責這個不識時務的仵作，並命其再驗。可憐李標已經年過七十，莫名其妙地挨了一頓打。不過他畢竟在衙門裏當了一輩子仵作，挨打後也立即會意過來，再次驗屍時，便擦去了李毓昌口邊的血跡，又用石灰塗抹呈現青紫的麵孔，以掩人耳目。最終，李標報驗結果時隱瞞了死者中毒實情，王轂這才麵露喜色，以李毓昌懸梁自盡而草草結案，並派人前往山東通知李毓昌家屬迎靈柩回故裏發喪。
案子結了，最歡喜的人莫過於李祥、顧祥、馬連升。三人喜滋滋地來衙門找包祥，索取五百兩酬金。不料包祥不但翻臉不認賬，還惡狠狠地威脅說：“你們三個圖財害主，本應治罪。若是泄露半句，定叫你們身首分家。”李祥等人這才知道遇上了更陰險毒辣的主兒，但出於畏懼，一個字也不敢多說，隻好含恨而歸。王伸漢不如包祥狠決，還是怕事情敗露，之後又安撫了李祥等三人，並將李祥推薦到淮寧縣衙當長隨，顧祥推薦到吳縣當差，馬連升則被推薦到寶應縣。
本來一切都已經安排得妥妥當當、天衣無縫，哪知道當初山陽知縣王伸漢到善緣庵驗屍時，忽視了一張收在李毓昌身穿的皮馬褂內的稟帖，也就是後來李毓昌遺孀林氏檢出的稿中有“山陽知縣冒賑，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子”字樣的殘稿。而後來淮安知府王轂驗過屍以自殺結案後，李祥等人為李毓昌裝殮，將皮馬褂脫了下來，收在一邊，李毓昌叔父李泰清到來後，便作為遺物交給了李泰清。帶血的皮馬褂和稟帖殘稿後來成了開棺驗屍的有力憑證。
在山東即墨，當林氏和李泰清發現李毓昌死於被害後，悲痛難名，決意為親人申冤。剛好這個時候，另一名即墨官員初彭齡回到老家探親。
初彭齡，乾隆四十五年（1780）進士，以“清介”自許，以“報稱”為心，素來以耿直敢言而聞名於朝野。就在三年前，鐵保新任兩江總督、初彭齡調任安徽巡撫之時，壽州發生了一起特大命案：武舉張大有與侄子張倫爭奪女人，投毒將張倫及一名雇工害死。因張大有家境富有，通過蘇州知府周鍔打通了兩江總督鐵保的關節，最後以張倫等被毒蛇咬傷致死定案。結果初彭齡從中發現了端倪，查出真相後，張大有伏法，鐵保也因為失察褫官銜、降二品頂戴，雖然鐵保不久又官複原職，但初彭齡不畏權貴的美名卻是傳開了。
初彭齡與李毓昌同籍，曾有師生之誼，得知李毓昌英年而逝後既感愕然，又深為惋惜。李泰清趁機將李毓昌之死的種種可疑之處告訴了初彭齡。初彭齡聽後義憤填膺，立即親寫訴狀，敦促李泰清攜訴狀到京師都察院（清代最高的監察、彈劾及建議機關）去控告。
就在李泰清及李士璜（李毓昌堂伯）要離開山東赴京告狀之際，初彭齡又派人通知李泰清，要他立即將李毓昌靈柩在堂屋中就此掘坑深埋，以防有人前來竊屍焚骨，失去最關鍵的憑證。初彭齡久經宦途，飽經世故，對官場的險惡了如明鏡。果然，就在李毓昌靈柩被深埋後的幾天，聽到風聲的王伸漢派“盜賊”前來竊屍，但晚了一步，李毓昌靈柩已經被深埋入窖。“盜賊”無法下手，隻好取走李氏大門前的旗杆頂子，以此為憑據回報王伸漢。是
嘉慶十四年（1809）五月初，李泰清和李士璜到達北京，立即趕到位於紫禁城天安門（即明朝的承天門）前的宮廷廣場西側宮牆外的都察院具控喊冤。左都禦史特克慎接了訴狀，李泰清將事情經過告知，並將血衣、稟帖殘稿、銀簪等證物呈上。特克慎一聽說新科進士、朝廷命官李毓昌被人謀殺，顯見案情複雜，便暫時收了訴狀，沒有明確表態。
幾天後，初彭齡也到達北京。他此行的主要目的是回京述職，但也十分關注李毓昌一案。回到北京當天，初彭齡趕到都察院詢問李毓昌案情。特克慎並不知道訴狀其實就是初彭齡所寫，正想了解案情經過，認為初彭齡與李毓昌同鄉，肯定知道內情，便將訴狀交給他看。初彭齡假裝看完訴狀，說：“李毓昌是萊州府人氏，我祖籍本是登州府，並非同鄉。”他這樣說，則可以有效地避嫌。特克慎果然征詢初彭齡的處理意見。初彭齡說：“李毓昌是朝廷命官，竟然被人謀害，此案重大之極。可事關其他朝廷命官，難免棘手。不如將訴狀呈上，請皇上禦批最為妥當。”特克慎深以為然。這樣，在初彭齡的巧妙安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉慶皇帝麵前。
前麵已經詳細講過嘉慶皇帝當時內外交困的處境，他正為吏治腐敗、朝廷官員貪風泛濫而焦頭爛額，接到都察院呈遞的李毓昌命案訴狀後，當即火冒三丈，立即下了兩道聖諭：一是命山東巡撫吉綸立即派精幹大員到即墨把李毓昌屍棺運到省城詳驗；二是命兩江總督鐵保及江蘇巡撫汪日章將山陽知縣及有關人證火速解京，由軍機大臣會同刑部直接審訊。為了防止出現類似之前鐵保徇私舞弊的情況，嘉慶皇帝在諭旨中特意強調說：“若不細心研鞫，致凶手漏網，朕斷不容汝輩無能之督撫，唯執法重懲，決不輕恕！”
山東巡撫吉綸之前已經因為在失察倉書舞弊一案中被降二級留任，此次接旨後不敢怠慢，一麵調集精兵強將組成驗屍團，其中包括山東布政使朱錫爵、山東按察使張彤、濟南知府徐日簪、武定知府金國寶、登州知府石俊、曆城知縣王嵩、嘉祥知縣周以勳、德州知州周履端、陽穀知縣王吉，這九名省、府、州、縣官員作為監驗官；一麵派出人馬趕到即墨調運李毓昌屍棺到省城濟南。
盡管天子親自批示要調查此案，山陽知縣王伸漢仍然在做最後的努力。當吉綸派出的人馬在即墨重新挖出李毓昌屍棺時，王伸漢的親信包祥已經趕到濟南，出重金買通了將要為李毓昌驗屍的仵作。同一時間，李泰清等人也趕回了即墨，準備參與取棺驗屍。隻是他們對仵作已經被王伸漢買通一事尚懵然不知，完全蒙在鼓中。一方麵是皇帝嚴查命案的聖旨和親人為死者申冤的決心；另一方麵是凶手不肯坐以待斃的掙紮，案情由此更加複雜，真相還能大白於天下嗎？
六月十一日，在山東布政使朱錫爵、壽光縣縣丞王會圖、安丘縣縣丞楊遇春、即墨縣知縣譚文謨和李毓昌親屬李泰清、李毓奎、李毓莊等人的押護下，李毓昌屍棺到達山東省城濟南南門外教場。教場已經搭好席棚、設下案桌，做好了驗屍的準備。
六月十二日，驗屍開始。此時，李毓昌死亡已經有八個月之久，屍體早已經開始腐爛，從身體表麵已經無法看出是毒殺還是上吊自殺。經過商議，監驗官決定按宋代著名法醫學家宋慈名著《洗冤錄》中的蒸骨法進行蒸骨驗屍。而這一點早已為山陽知縣王伸漢所料到，他讓買通的仵作在驗屍時暗中放入了鹹鹽。這樣，在鹽的作用下，骨頭蒸完後呈現綿白色，看上去並沒有中毒跡象。
在場監驗官無不麵麵相覷，如此大費周折，甚至驚動了皇帝，眾人都以為必然是一樁大冤案，誰料竟然還是要維持原判。幸好此時李泰清上前嚐了驗屍的蒸骨水，發現有鹹味，於是痛哭不已，要求重新蒸驗。山東布政使朱錫爵同意了，他很有心計，第二次蒸驗正要開始的時候，他突然叫停，走上前去親嚐蒸骨水，發現仍然有鹹味。至此，仵作作弊一事敗露。朱錫爵大怒下，命人當場將作弊仵作杖斃。另取幹淨水蒸骨後，骨頭全黑，李毓昌中毒已經是確認無疑。
不過此時又有新的疑點出來：新蒸骨骸中龜子骨僅呈微青色，而心坎骨又全無青色，這是怎麼一回事？當場有名經驗豐富的仵作對此解釋說：“人中毒後，毒先入四肢，毒氣攻心才能斃命。死者肯定是先中毒，但毒氣還未攻心之前，他已經被勒頸而死。這樣一來，毒氣沒有到達心尖，所以心坎骨無青色。”
這樣的解釋合情合理，但又有新的問題冒了出來：那就是李毓昌中毒後，到底是自己上吊還是被他人勒死後吊上屋梁？本來，在中國曆史上，用上吊自殺來掩飾勒殺的情況非常普遍，《洗冤錄》中記載有可以通過檢驗勒痕的做法來識別，通常勒殺後再吊上屋梁會在脖子上留下兩道勒痕，還有一些其他跡象明顯可以區別於自己上吊。但此時李毓昌屍體已經腐爛，無法從勒痕來辨別，監驗官隻能完全靠分析推理來解決疑惑。如果是李毓昌自己上吊，那麼他的口鼻怎麼會出血？即使是口鼻出了血，一個上吊之人又怎麼會用自己的馬褂衣袖去擦血跡呢？如此推斷起來，李毓昌必然是他殺，但事實經過如何，就需要人犯的口供來證實了。
至此，山東濟南這邊的驗屍工作在曆經波折後終於結束，驗屍經過和結果被如實上奏朝廷，李毓昌屍骨也被重新裝殮運回即墨。
而另一邊李毓昌命案的案發地江蘇也早忙成一團，兩江總督鐵保和江蘇巡撫汪日章派出大批人馬緝捕涉案人犯。李毓昌長隨李祥、顧祥，淮安知府王轂，山陽知縣王伸漢及其長隨包祥、張祥、餘升，廚子錢升等先後被捕，解往京師。
李毓昌另一長隨馬連升本被王伸漢推薦到寶應縣任職，但他自從害死主人後難以自安，沒有到職便躲回了山東聊城老家。不過，他家中貧困，無以為生，後又不得不到京師做長隨謀生。李毓昌案發後，震動朝野，馬連升惶恐無助，幹脆主動到刑部投案自首。
七月初三，全部人犯都解到了京師，由刑部收監，會同軍機處嚴審。由於鐵證如山，經過多次對質後，案情已經真相大白，各案犯均低頭認罪。謀害李毓昌的元凶王伸漢也供認了吞賑在前、行賄在後及殺人滅口的全部過程。
據清人梁恭辰在《北東園筆錄初編》中記載，王伸漢本來拒不認罪，有一天熬跪倦極，便向審訊官員求一杯茶喝。審訊官員命左右端了一杯茶給他，不料他接過茶後並不喝，而是瞪著茶杯良久。也許是他想到了當初李毓昌喝毒茶的情形，這之後，王伸漢便吐實招供了。
這期間還發生過一場自殺的戲劇性場麵。淮安知府王轂深知罪責難逃，決意自殺。他將隨身帶的玻璃小鏡砸碎後，用碎片劃傷了自己的腹部和頸部。但很快被獄卒發現，救治了過來。不過當班獄卒也因為疏於防範被“交部察議，各行研究”。
更可笑的是，涉案人犯已經在北京認罪後，兩江總督鐵保竟然還糊裏糊塗地上奏說：“此事尚毫無端倪，容再加體訪具奏。”又說：“鋪敘鬼神之詞（指李毓昌托夢給妻子林氏一事）以為破案之來曆。”本來他跟李毓昌命案並無直接幹係，但他模棱兩可、醉生夢死的態度徹底激怒了嘉慶皇帝，決定拿此案開刀，將這位總督一並處置，以達殺一儆百之效。
嘉慶十四年（1809）七月初十，審理結果下達：謀殺李毓昌之主犯王伸漢立即處斬，並抄沒家產，其長子流放烏魯木齊；長隨包祥刑挾後斬首；李祥、顧祥、馬連升三人因謀害主人，屬於大罪，按“雇工人謀殺家長、照子孫謀殺祖父母者，皆淩遲處死”；受賄的淮安知府王轂絞立決；為李毓昌驗屍的仵作李標杖一百，流放三千裏；派往山陽的查賑官員除李毓昌、章家璘拒絕賄賂外，其餘九人均因受賄被流放，且抄沒家產；除此之外，嘉慶皇帝親諭定論處罰五名朝廷大員：兩江總督鐵保革職，流放烏魯木齊；江蘇巡撫汪日章革職回籍；江寧布政使楊護降職留河工效力；江寧按察使胡克家革職，留河工效力；淮揚道道台葉觀潮革職留任。
而死去的李毓昌被賞加知府銜，優厚安葬。嘉慶皇帝親製《憫忠詩》五排三十韻，刻石立於李毓昌墓前。李毓昌之嗣子李希佐被賜舉人身份，允許直接參加會試。李毓昌叔父李泰清也被封為武舉。
嘉慶皇帝如此優恤李毓昌，並重懲涉案官員，自然意在力挽頹風。這樁號稱“山陽大獄”的驚天大案最終以沉冤得雪的歡喜結局落下了帷幕，但“南漕北賑”的吏治積弊並沒有因此而有所好轉。一葉知秋，清王朝已無可挽回地走向衰敗。