就在司馬談滯留於河、洛之間忍受著官宦生涯失意的煎熬和病痛的折磨之際，他年輕的兒子司馬遷恰從奉使出征的西南前線風風火火地歸來。司馬遷的突然出現，如同暗夜中燃起的火苗，使正處於孤獨、憤懣、羞愧、哀婉、絕望中的司馬談在感到欣慰的同時，又燃起了生命與靈魂之旅繼續行進的希望之火。司馬談躺在病榻上，在撒手人寰前的最後一刻，流著悲傷的淚水，拉著兒子的手做了如下淒婉蒼涼又充滿期望的告別：
“我們家的祖先是周王室的太史，虞夏的時候就擔任天官一職，曾立下功業揚名於當時，其後就衰落了。這祖宗的事業莫非就要斷送在我的手上嗎？……當今天子上接虞夏商周以來的正統，在泰山封禪，而我雖身為太史卻不能跟隨前往，這是命啊，是命啊！我死以後，你一定要繼任為太史。擔任太史職位，不要忘記我想做而尚未做成的修史誌願。男兒的孝道小則忠事雙親，再者忠事國君，而最大的孝道則是修誠立身，揚名於後世，光耀祖宗。天下人稱頌周公，是因為周公撰述歌頌周文王、周武王的功德文章，宣揚周朝的教化，使西周自後稷以來的文化傳統昭示天下。可是周厲王、周幽王以後，王道缺失，禮樂崩壞，孔子修舊起廢，論《詩》《書》，作《春秋》，至今仍是學者的典範。自孔子死後至今近四百年，這期間諸侯紛爭，史書缺失。當今漢朝鼎盛，天下一統，明主賢君，忠臣義士不可勝數，我身為太史卻沒有記載論述，荒廢天下史文，每念及此，寢食難安，死不瞑目嗬！你要牢記我的話，完成我的未竟事業。”
司馬遷像
聽罷父親的遺言，司馬遷淚流滿麵，他俯下身，恭敬而虔誠地回答道：“孩兒雖然笨拙，一定不辜負您的期望，完成您老人家的未竟事業，不敢有半點缺失。”司馬談的遭遇以及臨終遺囑，令年輕的司馬遷刻骨難忘並由此產生了繼承祖業的恒心大願。就在司馬談去世三年之後的元封三年（公元前108年），司馬遷繼承父業出任太史令一職。自太初元年（公元前104年）參與修訂曆法後，又將主要精力投入著述之中。出乎意料的是，到了天漢三年（公元前98年）春，司馬遷為李陵敗於匈奴之事辯護，觸怒了漢武帝，被以“誣罔”主上的罪名判處死刑。麵對從天而降的大禍，司馬遷以接受腐刑為條件保全了性命。盡管遭此奇恥大辱，但繼續完成父親未竟事業的恒心沒有改變。之後，司馬遷將自己的全部才學、卓識和文化良知傾注筆端，終於寫出了飽含血淚的不朽之作《史記》。這部被後人譽為“史家之絕唱，無韻之離騷”的千秋名著，以“究天人之際，通古今之變，成一家之言”為主旨，以四項史源取材，五種體裁編纂，記載了中國自黃帝以來直到漢武帝時期三千年的曆史文化和民族風情，為後世留下了一筆豐厚的文化遺產——
維昔黃帝，法天則地，四聖遵序，各成法度；唐堯遜位，虞舜不台；厥美帝功，萬世載之。作《五帝本紀》第一。
維禹之功，九州攸同，光唐虞際，德流苗裔；夏桀淫驕，乃放鳴條。作《夏本紀》第二。
維契作商，爰及成湯；太甲居桐，德盛阿衡；武丁得說，乃稱高宗；帝辛湛湎，諸侯不享。作《殷本紀》第三。
維棄作稷，德盛西伯；武王牧野，實撫天下；幽厲昏亂，既喪豐鎬；陵遲至赧，洛邑不祀。作《周本紀》第四。[1]
司馬遷《史記》封麵
《史記》開創了中國史學一個嶄新的時代，堪稱中國史學史上一座無法逾越的豐碑。就在司馬遷本人以學識的廣博和人格的光輝而獲得了“史聖”的稱譽流芳百世的同時，他也為後人留下了一個難解之謎。
《史記》書影
盡管司馬遷“年十歲則誦古文。二十而南遊江、淮，上會稽，探禹穴，窺九疑，浮於沅、湘；北涉汶、泗，講業齊、魯之都，觀孔子之遺風，鄉射鄒、嶧……”，並“罔羅天下放失舊聞，王跡所興，原始察終，見盛觀衰，論考之行事……”[2]，但中國曆史自東周起，諸侯相兼，史記放絕，文獻、典籍散失、毀壞嚴重。秦始皇統一六國，又坑殺儒生，焚燒詩書，釀成了空前的文化劫難。原本許多上古之人的傳說和上古之事到孔子的時代已模糊不清，從孔子到司馬遷時代，曆史的河流又流淌了將近四百年，遠古之事自然就更難以考證確鑿。在這種“並時異世，年差不明”的學術困境中，司馬遷憑著史家的良知，在其所著的《史記·十二諸侯年表》中，將中國有史以來的確切紀年定為西周共和元年，即公元前841年。再往前，隻記人和事，而具體的年代就隻有大略推論了。