直到南宋初年，學者吳械的大膽詰問才引起社會關注。吳械發現，梅氏的古文《尚書》中屬西漢的今文《尚書》部分和增加的25篇“逸文”，在文體上有很大差別，“增多之書皆文從字順，不若伏生之書詰曲聱牙”，顯然不是同一時代的作品。
吳械的觀點猶如平地驚雷，引發了一場關於梅氏古文《尚書》真偽的論戰。第一個站出來公開支持吳械的是著名學者朱熹。他通過對梅賾的本子進行認真考辨，得出了與吳械完全相同的結論，他說，孔壁所出《尚書》，如《大禹謨》《五子之歌》《泰誓》等皆平易，而伏生所學又皆難讀，為什麼伏生偏偏記得難讀的，而容易的卻不記得了呢？他指出梅賾所獻的這個本子裏的25篇“逸文”是偽造的，所謂孔安國的序文和注釋也是贗品。
吳、朱等人的考證成果引起了學術界的重視，這部當時被視為神聖不可侵犯的經典的地位隨之產生了動搖。
從南宋開始，曆經元、明、清各代，對梅賾所獻之書的辨偽便成為考據學家的熱門課題，但由於複雜的原因，偽《尚書》仍在半遮半掩之中大行其道。直到清朝康熙年間，經著名考據學家閻若璩的不懈努力，這一偽書的真實麵目才被徹底揭穿。
閻若璩在少年時便對梅氏所獻書中所謂“逸文”的真實性感到懷疑，成年以後便下定決心要把這一曆史懸案搞個水落石出。他前後花了20多年的時間，對梅氏所獻本子進行了精深的研究考證，終於完成了一部給梅氏偽書下定論的著作——《古文尚書疏證》。在這部書中，他列舉了128條證據，令人信服地徹底戳穿了梅氏本的騙局。從大的方麵來看，有下列三點可證其偽：1.作偽者將先秦古籍中有關《尚書》的隻言片語加以精心連綴，以成所謂“逸文”，而閻若璩對這些“逸文”的最初來源都一一查出。2.作偽者又將孔子編定《尚書》時所寫《書序》中的若幹標題，移植到25篇“逸文”中，讓人感到其來之有緒。3.為了弄假成真、蒙蔽世人，作偽者將偽文與伏生所傳真文仔細摻和，並煞費苦心地偽造了所謂孔安國的序文和注釋。這一高級贗品可謂機關算盡，但由於吳械、閻若璩等學者的不懈努力，證明古文《尚書》確是晉人偽作，這場自兩宋到清康熙年間長達五六百年之久的關於偽古文《尚書》的疑辨至此已基本定案。
就在吳械、朱熹、閻若璩等學者懷疑古文《尚書》並著手尋找證據考辨之時，今文經學派又開始了對《左傳》《周禮》等先秦典籍真實性的長久懷疑。在這個過程中，今文家懷著對最早提倡古文經學的西漢末年劉歆的嫉視，說他偽造了《左傳》和《周禮》，同時還“遍偽群經”，直至竄亂《史記》，罪名越來越嚴重。經宋人林栗、元人程端學等今文家一路懷疑下來，至清代著名今文家劉逢祿寫成《左氏春秋考證》一書，對劉歆的所謂“偽造”《左傳》的劣跡給予了係統的揭發。在劉逢祿看來，曆史上曾經有過名為《左氏春秋》的書，一如《晏子春秋》《呂氏春秋》，但冒名的《春秋左氏傳》乃是東漢以後的以訛傳訛，而其始作俑者實為劉歆。劉逢祿為此斷言，後世流行的《左傳》，是劉歆出於貶低今文的《公羊傳》，為王莽篡漢提供曆史根據的目的而與《周禮》一塊捏造出來的。到了清末，那個在戊戌變法中爆得大名的南海才子康有為，除全部繼承了劉逢祿的論證外，進而從現行《左傳》的來源、形成上再次證實其為偽書，還在其代表作《新學偽經考》一書中，進一步斷言：西漢經學，並無所謂古文者，凡是古文經全部是劉歆的偽作，故稱為“偽經”。因為這些偽經是新莽一朝之學，與孔子無涉，為了弘揚孔子之道，必須摒棄劉歆之偽經。
關於《新學偽經考》的得名，康有為說得更加明白：“王莽以偽行篡漢國，劉歆以偽經篡孔學，二者同偽，二者同篡。偽君、偽師，篡君、篡師，當其時一大偽之天下，何君臣之相似也！然歆之偽《左氏》在成、哀之世，偽《逸禮》、偽《古文書》、偽《毛詩》，次第偽之，時莽未有篡之隙也，則歆之畜誌篡孔學久矣；遭逢莽篡，因點竄其偽經以迎媚之。……而歆身為新臣，號為‘新學’。”為了證明這個觀點，康有為從多方麵做了論證，全盤否定了傳世的古文經傳，從而動搖了現存的儒家經典。盡管康有為在考辨古文經的過程中，存在著嚴重的主觀武斷現象，有些觀點經不起推敲，甚至屬於誤斷，但憑著康有為的名聲，在當時的政治界、學術界仍然產生了相當大的震動。這篇疑古的文章，在政治上遭到了清政府三次降旨毀版的命運；在學術上，則直接影響了後世疑古辨偽風潮的興起，直至引發了20世紀二三十年代“古史辨派”的產生。
1917年，27歲的胡適自美國學成回國，擔任了北京大學教授，接替陳漢章講授中國哲學史。授業之始，他不管以前的課業，重新編寫講義，以一種懷疑的眼光來看待中國遠古的曆史和古代哲學家的遺著。他的《中國哲學史大綱》（卷上）采用“截斷眾流”的方法，摒棄遠古“一半神話，一半正史”的記載，在開篇“中國哲學的結胎的時代”一章中用《詩經》做時代的說明，丟開了三皇五帝和夏商，直接從周宣王以後講起。胡適之所以丟開伏羲、神農、黃帝、堯、舜不講，而直接從老子、孔子講起，是因為他對中國遠古時期神話傳說和史實雜糅的記載持根本的懷疑態度，所以才有了“東周以上無史”的講法。
胡適在北京大學開設中國哲學史課時，已在北大讀書並選修胡適課業的顧頡剛等聽了他的將周宣王之前的曆史全部拋棄不用的治學思想和方法後，深表佩服。據後來顧頡剛回憶說：“這一改，把我們一班人充滿著三皇、五帝的腦筋驟然作一個重大的打擊，駭得一堂中舌撟而不能下。”後來，胡適又發表了《水滸傳考證》和辯論井田製的文章。這些文章的發表，給顧頡剛以深刻的觸動和啟迪，顧頡剛說：“可見研究古史也盡可以應用研究故事的方法。……我們隻要用了角色的眼光去看古史中的人物，便可以明白堯舜們和桀紂們所以成了兩極端的品性，做出兩極端的行為的緣故，也就可以領略他們所受的頌譽和詆毀的積累的層次。隻因我觸了這一個機，所以驟然得到一種新的眼光，對於古史有了特殊的了解。”
胡適留美時師從名教授杜威，他將杜威的實驗主義簡化為“大膽的假設，小心的求證”，並在中國學術思想界大力鼓吹，風靡一時。1919年，在新文化運動的高潮中，胡適又提出整理國故的主張，一時從者雲集，一大批青年學者在他的旗幟引領下走上了這條道路。正因為這個緣由，從1920年起，胡適與顧頡剛的交往日益頻繁起來，顧頡剛開始按胡適的學術指導思想撰寫《清代著作考》。之後兩人共同策劃編輯《辨偽叢刊》，其間得到了學界名人錢玄同的讚同與響應，三人不斷來往商討，使這個事情越鬧越大，並最終拉開了古史辨運動的序幕。
以胡適為主編的北京大學《國學季刊》編委會成員合影。右起：陳垣、朱希祖、顧頡剛、胡適、馬衡、沈兼士、徐炳昶
1922年，顧頡剛在整理上古史的過程中，把《詩》《書》《論語》三部書中所載的上古史傳說整理出來，並加以比較，發現“禹是西周時就有的，堯、舜是到春秋末年才起來的。越是起得後，越是排在前麵。等到有了伏羲、神農之後，堯、舜又成了晚輩，更不必說禹了”。於是他建立了一個假設：“古史是層累地造成的，發生的次序和排列的係統恰是一個反背。”也就是說，古籍中所講的古史是由不同時代的神話傳說一層一層地積累起來而造成的，神話傳說發生的時代，其先後次序和古書中所講的排列係統恰恰相反，這便是20世紀上半葉在中國史學界影響頗大的顧頡剛的學術精髓——“層累地造成的中國古史”觀。