參加這次學術成果大檢閱的近六十位考古學家，由於人數眾多，在寬大的會議室裏，討論極其熱烈，有的發言慷慨激昂，有的意見幽默風趣，有的學者與學者之間因同一個問題的不同看法而產生了激烈的爭論。如在談到有關夏文化和河南龍山文化的關係問題時，來自中國社會科學院考古研究所的資深研究員安誌敏和來自武漢大學曆史係的楊寶成教授，相繼發表了如下類似的觀點：河南龍山文化和夏文化在考古學上應該是兩個文化，兩者的文化麵貌有很大的區別，這是很多在河南工作過的同誌比較一致的看法。如果把它們看成是一個文化，如何解釋文化上的這種突變呢？因此，不能僅僅根據河南龍山文化晚期的年代和二裏頭一期的年代接近，就把它們看成是同一個文化的早晚階段，這在考古學上是不好處理的。
上述觀點遭到了來自中國社會科學院考古研究所研究員、曾長期主持二裏頭遺址發掘工作的趙芝荃的反駁，趙芝荃說，“工程”將夏文化的上限提到河南龍山文化晚段是一個重要的突破，河南龍山文化和夏文化雖然是兩個文化，但後者是前者的發展，這個觀點“工程”一定要堅持下去，不要因為有些不同意見就發生動搖。來自河南省考古研究所的研究員許順湛認為二裏頭文化不能代表整個夏文化，早期夏文化要到河南龍山晚期去尋找，但是河南龍山文化晚期有若幹個類型，如王灣類型、煤山類型等，這些類型和二裏頭文化之間都有斷茬，因此“工程”需要慎重考慮。同時，針對“工程”把登封王城崗遺址看成是禹都陽城的觀點，許順湛表示不敢苟同，其原因是王城崗遺址的規模太小，總共才一萬平方米左右，有人戲稱為“羊圈”，同時期的龍山城比它大得多。前些時候在河南密縣發現了一個古城堡有十六七萬平方米，城牆有幾米高，且這個城堡保存得很好。如果王城崗是所謂禹所居的陽城，令人產生疑問的是，為什麼禹不在大的城堡裏去統治別人，而是跑到一個被戲稱“羊圈”的地方去呢？所以，“工程”需對這個問題慎重考慮。針對許順湛的質疑，來自北京大學的部分學者反駁道：“王城崗遺址在同時代出現的城堡中的確不能算大，但其所處的地理位置十分重要，因為這正是先秦古籍中‘禹居陽城’的所在地，而且恰恰就在其東不遠處發現了戰國時期的陽城城址。過去安金槐先生首倡王城崗龍山城堡‘禹都陽城’說，不少人以該城麵積太小、時代過早而加以否定。不過細細研究有關文獻記載，說的都是‘禹居陽城’‘禹都陽城’，禹避商均於陽城，還沒有一處是說‘禹築陽城’。因此我們不能排除禹受舜禪之前陽城已經存在的可能。如果允許做這種推測，那麼將王城崗古城使用期的晚期遺存作為最早的夏文化，便不無道理。”
針對《簡稿》提到的“當前學術界主要有鄭州商城亳都說、隞都說、偃師商城西亳說和二裏頭遺址西亳說”，以及“工程”認為“鄭州商城即成湯始居之亳的說法最具說服力”和“偃師商城最有可能為湯都西亳”的觀點，來自中國曆史博物館的研究員俞偉超和來自河南省文物考古研究所的研究員楊育彬，都認為鄭州商城不是商湯所都的亳，偃師商城才是真正的亳都。對俞偉超、楊育彬兩人的觀點，來自中國社會科學院考古研究所的研究員殷瑋璋及部分與會學者，又有不同的看法。殷瑋璋等認為，有些問題，盡管表麵看似乎是材料多一些，譬如關於鄭亳說、西亳說，或者是陽城說等，但實際上，它們內部還包含著許多矛盾的地方，這些矛盾應該被充分地看到。“亳”怎麼可能有兩個？鄭州是“亳”，偃師也是“亳”，還說偃師可能是“西亳”，又說鄭州是“鄭亳”。成湯時，他在同一時代建了兩個都城到底是怎麼回事？為什麼要建兩個都城？是出於政治、經濟、軍事還是其他方麵的考慮？這裏就遇到一些費解的、在考古學上目前不能完全解決的問題。我們今天急於下結論的話，就不是一種實事求是的科學態度了。
關於灃西H18灰坑的考古發現及14C測年與武王克商範圍界定的問題，“工程”在成果報告簡稿中做了如下表述：“灃西97CMT1探方，是由一組係列地層單位構成的，其中最底層的是H18，由四個小層構成，時代相當於文王遷豐到武王克商之間，屬於先周文化晚期單位……疊壓其上的是T1第四層，時代相當於西周初期；打破第四層和H18的有H16、H11和H8，其中H16、H11屬西周早期，H8屬西周中期。以上單位均出土有典型特征的陶器群。T1第四層與H18的交界，可作為商周間的界標。經過對T1係列樣品14C測年，得出武王克商年範圍為公元前1050—前1020年。這與殷墟末期及琉璃河早期的14C測年結果也相吻合。”
針對以上這段描述和測年數據，來自吉林大學的林法教授提出質疑，認為將T1第四層與H18的交界作為商周間的界標是不合理的，一條線怎麼能作為界標？可以作為界標的應是T1第四層和H18這個地層段，而不是兩個地層之間的那條線。同時，林法還提出，灃西H18是一個地層單位，而武王克商是一個政治事件，兩者之間沒有必然的聯係，“工程”通過H18的年代來確定武王克商的年代，這在研究方法上是否合理？麵對林法教授的質疑，來自河南省文物考古研究所的研究員郝本性認為，雖然“工程”把灃西H18灰坑的地層關係和武王克商聯係起來有不足之處，但在目前的研究條件和狀況下也是可取的。來自西北大學曆史係的劉士莪教授根據自己親自到灃西H18灰坑察看的情況，認為灃西H18的地層關係是沒有問題的，但應當說是整個H18的年代代表了文王作豐到武王克商這一階段。這一階段究竟有多少年，在文獻上有不同的說法。劉士莪認為從文王去世到武王即位並克商曆時不到五年，可“工程”在H18的14C測年為公元前1050—前1020年間，所跨的年代就顯得長了。著名考古學家俞偉超在大會發言中說：我覺得H18對確定商、周的分界是個重要材料，但要把它說成是一個類似決定性的材料，至少從考古學來看還不成熟。H18所出的遺物是周文化的東西，考古界能夠公認是文王遷豐以後的，這一點沒有問題。但是否就是武王滅商那一年之前的，這個材料的證據就有些欠缺了。道理很簡單，這個劃分所根據的主要是所謂早周癟襠鬲，而早周癟襠鬲的下限完全斷絕的時間是什麼時候，現在還定不下來。是不是一定卡在武王滅商那一年？我看誰也不敢下結論。整個H18的文化延續時間很長，西周到早周都可以，但是若要確定H18的第一層就是武王滅商的分界，證據是不足的。同樣的道理，如果說癟襠鬲在武王滅商以後立刻就消失了，我看現在還沒有可靠的證據……
這次為期三天的學術會議，標誌著學術界對夏商周斷代工程階段性成果進行了一次大檢閱的同時，也體現出與會專家對“工程”寄予的殷切期望，對該成果的進一步修訂和完善，無疑起到了重大的推動作用。