夏商周斷代工程成果學術報告會結束後，“工程”辦公室對有關會議的發言資料做了全麵的收集和整理，除大會和分組討論會上七十餘名學者的發言外，還收集、整理了學者們於會後提交的近四十份書麵意見。
1999年10月18日，“工程”召開了專家組組長會議，對收集到的意見做了歸類和討論，並提出了相應的處理方案。如對一些考古問題、商後期日月食的推算問題、金文曆譜的排序問題，專家組認為，應盡可能參考並吸取正確內容以改進“工程”成果。對涉及不同學科存在的學術觀點分歧，有的難以在短時間內形成統一的意見。如關於夏文化的分歧，對鄭州商城、偃師商城等遺址曆史名稱的分歧，以及西周金文月相的分歧等。這些方麵應采取兼聽的態度，盡可能了解各方麵的看法，但在報告中隻能根據“工程”的研究成果采取一種意見。而對少數專家所提出的對“工程”采取的途徑路線和方法等不夠理解的意見，可以認為是這些專家未親自參加“工程”，加之相關部門對“工程”宣傳及說明做得不夠到位造成的。同時《簡稿》限於篇幅，隻能以結論為主，對其他不可能做詳細的說明，修訂後的《簡稿》應在這方麵盡可能地加以改進。
就以上歸納和研究的方案，“工程”首席科學家采取了如下具體的改進措施：1.進一步加強常規14C和甲骨測年工作，具體落實所補充的測試內容，並根據進展情況做進一步研究。2.對西周王年所依據的七個支點的論證，進一步組織討論，研究主要分歧。3.進一步加強對若幹考古遺址的發掘和研究。4.在認真梳理、研究“報告會”中學者們的意見的同時，組織更強大的班子，對《簡稿》進行全麵修改，以達到盡可能完善的目標。
鄧楠在觀看夏商周斷代工程成果展覽（作者攝）
1999年11月26日，“工程”四位首席科學家就以上製訂的具體措施向科技部鄧楠等領導做了彙報。鑒於有些14C測年數據還需要繼續測試，李學勤代表“工程”專家組提出將“工程”的驗收推遲到2000年第一季度，這個請求得到了科技部領導的同意和支持。早在此前，鄧楠就根據“工程”的進展情況，同領導小組成員進行了研究，最終決定調整原來製訂的在新中國成立50周年（1999年10月1日）前完成的計劃，並強調“工程”要放穩進度，一定要堅持科學性與客觀性的原則，不要為急著趕國慶節的獻禮而影響“工程”的質量。所以，鄧楠在聽取了彙報後，再次對四位首席科學家強調：“不趕進度，加強交流，召開一些會議，把工作做細；繼續廣泛、充分地聽取意見，修改並充實《簡稿》，列出各家觀點，驗收時還要補充附件。同時要加強科學精神、民主作風，實事求是，以誠待人。”
繼這次彙報會之後，根據預定的方案，“工程”本著實事求是的科學精神，對已有成果進行了充實和修改。如針對報告會中，考古學家俞偉超、林法等學者提出的灃西H18灰坑的地層關係、14C測年數據與武王克商範圍的界定等問題，“工程”專門召開專家組會議進行了進一步探討和研究，並責成14C測年專家對商後期和西周初期的測定數據全部重新進行檢查、排比、擬合。根據工作的情況，“工程”專家組認為原《簡稿》中有些表達方式和14C測年數據不夠精確，有必要重新修改。如《簡稿》所敘述的“T1第四層與H18的交界，可作為商周間的界標”一說，確實是把兩者之間的一條橫線當成了分界，這種說法自然就不夠科學，事實也並不如此。較準確的表達方式應該是：“作為先周文化晚期，即商代末期典型單位的H18和作為滅商後西周初期文化典型單位的T1第四層，為從考古學上劃分商周界限，提供了理想的地層依據，武王克商之年應包含在這一年代範圍內。”後來“工程”按這種說法對《簡稿》進行了修改。在14C測年數據的一係列工作中，對灃西H18灰坑所出一組數據，用樹輪校正曲線重新進行高精度扭擺匹配，得到武王克商年的範圍為公元前1050—前1010年。而AMS法的測年數據則為公元前1060—前995年。這兩組數據，跟《簡稿》中所提的公元前1050—前1020年稍有差異。
當然，要確定武王克商的年代範圍，以及商周的分界，正如“報告會”中考古學家俞偉超所言，灃西H18是個重要材料，但不是決定性的和唯一的材料。“工程”專家組經過深入探討後認為，與推定武王克商年範圍有較直接關係的考古遺址樣品係列，除上述灃西H18的係列外，還有商後期的殷墟係列、西周的琉璃河係列和天馬—曲村係列。經過對這些遺址係列樣品的五十多個數據的重新檢查、樹輪校正和擬合匹配，將所得數據與灃西H18測年結果對比研究，再結合其他方麵的材料，最後得出武王克商年的範圍為公元前1050—前1020年。盡管這個數據同《簡稿》相比沒有改變，但其中的研究思路和方法卻有了很大變化，而這種方法所得數據的科學性也較之以前有了很大進步和提高，並使所定武王克商年的範圍更加紮實和可靠。
在“工程”對《簡稿》進行修改、充實的過程中，首席專家除布置14C測年繼續工作外，還根據“工程”需要，布置了一些新的考古發掘工作，如利用遙感技術對安陽“洹北商城”的探測、對河南密縣的新砦遺址和陝西周原遺址進行發掘等。特別是對金文曆譜的問題，根據考古學的類型學研究，進行了新的研究和新的調整。參加“工程”的考古學家、古文字學家以及天文曆法專家達成了相當一致的意見。而其他若幹問題，也在陸續召開的學術討論會中得到了合理的解決。