在如此急迫的詔令下，京城內外，差役四布，偵校塞路。京營派重兵守衛各個城門，對進出人士嚴格盤問搜查。凡是散住在京城內的山人、遊客、術士、僧道、罷閑官吏等，都被立即驅逐，逗留者緝拿究問。凡在京城搭設茶房，在街巷坐地叫賣者，都被禁止。同時禁止地方白蓮教、無為教活動，不準善男信女聚眾擁入寺觀，拜佛進香。
一時間，訛言四起，人人危懼。市井街坊上最熱鬧的酒肆、飯店等處門可羅雀，再無人敢到公開場所暢談酌飲。以往歡聲笑語的八大胡同也變得冷冷清清。人心也仿佛這嚴冬一樣，進入了死氣沉沉的休眠狀態，沒有了生氣的北京愈發變得蕭索起來。
皇帝如此雷厲風行，擺出一副不找出妖書主謀誓不罷休的姿態，不僅名列書中的大臣驚恐萬狀，其他無幹的人士也不免惴惴不安。
有風吹，便會有草動。妖書案席卷全城，意味著必然有人會因此遭殃，也必然會有人因此得賞。為鼓勵盡快破案，皇帝明張榜文，懸賞五千兩銀子和三品錦衣衛指揮僉事官階捕緝妖書主犯。於是，紛紛有人主動站出來檢舉揭發：
錦衣衛主要官員王之楨、鄭國泰、王名世、王承恩四人均在《續憂危竑議》上掛名，被鄭福成指斥是鄭貴妃的十黨之一，四人聯名上書，稱妖書是北鎮撫司鎮撫周嘉慶有意為之。理由是，錦衣衛五大要員中有四人上了妖書，隻有周嘉慶一人不在其中，分明是周嘉慶想要陷害同僚，獨掌錦衣衛大權。周嘉慶於是被逮捕下獄，下到東廠審問，備受拷掠。
之前周嘉慶掌管北鎮撫司，拷問過無數犯人，現下酷刑都一一輪回他自己身上，可謂絕妙的諷刺。他的全家都受到牽連，遭受嚴刑拷打。周嘉慶死也不承認跟妖書有關。他嶽父是吏部尚書李戴，參與堂審，親眼見到女婿被拷打得體無完膚，不忍目睹，起身離開大堂。萬曆皇帝聽說後，次日就下詔罷免了李戴官職，令其致仕回鄉。
又有同知胡化告發妖書出教官阮明卿之手。胡化和阮明卿都因此被逮捕，受到嚴刑拷問。
不久，即查明這兩起告發純屬誣告。妖書案真相未明，反而成了廷臣之間互相傾軋、發泄宿怨、打擊異己的借口。朝堂之上烏煙瘴氣，案情愈發撲朔迷離。
一時間，京城的大小官吏都不同程度地卷進了這個涉及國本和未來皇帝的巨大漩渦之中，互有猜疑。不少人因此被錯捕、錯殺，到處冤疑橫生，誅連無辜。就連京營武官楊於世執著吏部尚書李戴手書及公劄前往遼東執行公事，也被遼東稅監高淮當成妖書嫌疑人犯，在山海關附近將其逮捕，解送回京請功。
即使是位高權重的宰輔大臣也不能置身事外。在《續憂危竑議》一書中，作者指名道姓地攻擊了內閣首輔沈一貫和大學士朱賡，說二人是鄭貴妃的幫凶。兩位閣老自然大驚失色，除了上疏為自己辯護外，為了避嫌，不得不待罪在家。
沈一貫在位已久，老謀深算，決意學習寧遠伯李成梁東山再起的法子，盡量將所有人一鍋端掉，好為他自己化被動為主動。他指使心腹黨羽刑科給事中錢夢皋上疏，稱禮部右侍郎郭正域和另外一名內閣大學士沈鯉與妖書案有關。
之所以要攀牽沈鯉，除了因為沈鯉與沈一貫一直不和外，還因為當時內閣隻有三人——首輔沈一貫、次輔朱賡，以及沈鯉。沈一貫和朱賡均被“妖書”點名，隻有沈鯉一個人榜上無名，獨自主持內閣工作，成為實際上的內閣首輔，理所當然地該被懷疑。
而妖書出現當日，沈鯉正好因事請假不在內閣。後來得知消息後，也不讚成萬曆皇帝窮究極治，大肆搜索京城。
而牽扯郭正域，原因則更為複雜。一是因為他是東林黨人，儼然以東林黨在朝領袖自居，在楚王華奎與宗人華越糾紛案上與內閣首輔沈一貫意見不合，沈一貫恨其入骨，早有心排擠出朝；二是同知胡化告發妖書出教官阮明卿之手，而阮明卿正是給事中錢夢皋的女婿。為了替女婿脫罪，錢夢皋必需要立即找到替罪羊。郭正域不但是沈鯉的門生，而且是胡化的同鄉，加上當時已經被罷官，即將離開京師，很有寫妖書“發泄私憤”的“嫌疑”。
不僅如此，沈鯉和郭正域二人同第一次妖書案均有關聯，尤其是郭正域，關聯極其重大。萬曆二十六年，刑部侍郎呂坤上《憂危疏》，論天下安危，抨擊時弊。吏科給事中戴士衡彈劾呂坤暗中逢迎鄭貴妃。不久又有自稱“燕山朱東吉”的人寫了飛書《憂危竑議》私處散播，即最早的“妖書”，內容跟而今的《續憂危竑議》大同小異，無非是指責鄭貴妃陰謀為兒子謀奪太子之位，呂坤等人是其同黨。卷入風口浪尖的呂坤是隆慶五年進士，當年的主考官是張居正，分房考官為沈鯉，也就是說，沈鯉是對呂坤有知遇之恩的座師。而萬曆二十六年妖書案後，時任翰林院編修的郭正域亦上書彈劾呂坤，直接導致呂坤罷職去位，從此再沒有返回官場。當年的妖書案亦是轟動一時，最後萬曆皇帝認定是妖書作者是吏科給事中戴士衡和全椒知縣樊玉衡，二人均被罷官貶謫。但時人均懷疑燕山朱東吉其實另有其人。
盡管沈一貫和錢夢皋聯合起來告發沈鯉和郭正域不過是出於私利挾嫌報複，想要一灘濁水攪得更渾，並沒有任何真憑實據，但卻由此引發了一場大獄。
錢夢皋上書稱妖書出自前禮部侍郎郭正域之手，沈鯉為其同謀，又彈劾沈鯉道：“妖書始發，舉朝以為大變，獨彼以為小事。舉朝以為當捕，獨彼以為當容。”並在奏疏中公然強逼二人自裁。
萬曆皇帝接到錢夢皋奏疏後，在身旁內侍的提醒下，想起來第一次妖書案中郭正域的種種可疑：他曾聲色俱厲地彈劾呂坤，認為呂坤才是妖書案的源頭，是真正的罪魁禍首。當時還沒有正式立皇太子，彈劾呂坤無非是指責其暗結宮闈、黨附鄭貴妃，等於也是變相指責鄭貴妃圖謀奪位。而那妖書分明是有人故意製造聲勢，即使不能引得朝野上下聲討鄭貴妃，也用事實指出了太子不立、國本難安、謠言不止的隱患。三年後，萬曆被迫立長子為太子，跟那件事的警示也頗為幹係。
而今故伎再次重演，兩篇妖書的意義一模一樣，一定是反對立福王為太子的朝臣所作。郭正域素來是反對鄭貴妃的，早在第一次妖書案時就已經表明了立場，後來又擔任東宮講官，與太子朱常洛有師生情誼，交情深厚。而今他正好罷官去職，完全可能是挾怨而作。
將前後兩次妖書安聯係起來後，萬曆皇帝認定前禮部侍郎郭正域確實嫌疑重大。正好巡城禦史康丕揚上書指出“妖書”和“偽楚王”兩案同源，愈發加重了郭正域的嫌疑。萬曆皇帝立即下詔，命郭正域暫停返鄉，停駐原地待查。又預備罷免沈鯉內閣大學士一職，還是司禮監陳矩認為閣臣位比宰相，是國之名器，不可因為捕風捉影的傳聞便輕易更易，從旁勸解，萬曆這才作罷。
而此時郭正域已率一家老小十五人乘船離開京城，由於天寒地凍，冷河麵結冰，船隻無法行進，不得不停靠在潞河楊村一帶，等待冰化後再渡河。
自禮部尚書馮琦病故後，郭正域一直禮部侍郎身份代理禮部尚書一職，博通載籍，勇於任事，有經濟大略，頗孚人望。然而掌管禮部不久，便遇到極為棘手的偽楚王案。
當時有楚王宗人、輔國中尉朱華趆向朝廷告發第九代楚王朱華奎及其弟弟宣化王朱華壁不是楚恭王朱英的親生兒子，朱華奎是恭王妃王氏兄長王如言之子，而朱華壁是王如言家人王玉的兒子。奏疏送到北京後，首輔沈一貫因與朱華奎友好，於是授意通政司暫將奏疏壓下不表。朱華趆不服，親自到京師告狀。皇室事務素來由禮部主持，禮部侍郎郭正域主張調查。首輔沈一貫反對無效，最後由巡撫和巡按禦史會同勘問。但由於事關皇室，察無實證，事情無果而終。
沈一貫自此深恨郭正域，處處刁難不說，曾指使給事中錢夢皋劾奏郭氏“陷害宗藩”，聲稱郭正域是楚人，因其父曾被楚王侮辱，故有後報。郭正域陷入官場紛爭，見再也難以有所作為，遂憤而辭官。妖書案發之日，正好是他離開京師之時。巡城禦史康丕揚稱“妖書”和“偽楚王”兩案同源，實際上就是指兩起案子主謀都是郭正域。
郭正域的船隻剛出北京，便不斷有同僚、遊人趕來追訪。他已經從眾人口中大致得知京師局勢，卻從未料到事情轉瞬間就牽連到自己身上，他本人居然被認定是妖書作者鄭福成。船隻剛剛停靠在楊村一帶，妖書上被點名的巡捕都督陳汝忠便派遣大批巡捕人役將船隻團團圍住，逮捕郭氏隨行人員十五人，就地在楊村設公堂，施用鞭、打、吊、跪等各種酷刑逼供，並脅迫郭正域自盡。
郭正域毫無懼色，理直氣壯地怒斥道：“大臣有罪，當伏屍都市，安能自屏野外？”又作詩表明心跡道，“濁酒一杯聊自壽，大家頭上有青天。”
沈鯉被指為郭正域同黨，住宅被五城兵馬司兵馬包圍，也不斷有人來威逼他自殺。沈鯉慨然道：“妖書果自我造，我當死於西市，決不自盡。”還是萬曆皇帝聽說後親自幹涉，沈一貫才不得不撤去包圍沈宅的兵馬。
由於沒有確鑿證據，難以對郭正域、沈鯉定罪，沈一貫便想利用假證人來坐實，逼迫之前誣陷錢夢皋女婿阮明卿的同知胡化承認郭正域是妖書的主謀。胡化卻深知其中厲害，不肯附和，實話道：“我誣訐阮明卿，是因為他是我的世仇。郭正域是我的同鄉沒錯，我們原先也認識，但自他舉進士以來，我們已經有二十年不通問，何由同作妖書？”
胡化這條路走不通，沈一貫便想從郭正域身邊人下手，派巡城禦史康丕揚逮捕了與郭正域交好的遊醫沈令譽、琴士鍾澄等人。萬曆皇帝久在深宮，本就多猜忌之心，平常與臣下接觸總是疑神疑鬼，聽說郭正域與民間眾多知名人士交遊密切後，心中更是懷疑郭正域心懷異謀，包藏禍心。沈一貫又趁機入呈搜索沈令譽寓所時得到的名僧紫柏的手書。
紫柏一直在京師交結王侯，以實現他“礦稅不止，則我救世一大負”的誓言。雖然他是得道高僧，聲滿天下，貴人無不折節推重，但他常常對那些為逢迎皇帝而姑息稅監的士大夫箕踞謾罵，由此得罪了許多權貴。早在一年前，禦史康丕揚就上疏彈劾紫柏整日“戀戀長安，與縉紳為伍。工於寵術，動作大氣魄，以動士大夫”，要求將紫柏如李贄一般下獄論罪。萬曆皇帝得疏後，考慮到母親李太後一向敬重紫柏，因而留中不報。但這次沈一貫呈上的紫柏給沈令譽的私人書信，內中寫道：“慈聖太後欲建招提見處，而主上靳不與，安得雲孝？”言下之意，是暗示皇帝與慈聖太後不睦。萬曆皇帝讀到後勃然大怒。國君偏執，宰輔懷私，獄事遂不可解。
數日後，紫柏在錦衣衛詔獄接連受酷刑拷打而死。臨死前說偈雲：“一笑由來別有因，那知大塊不容塵。從茲收拾娘生足，鐵橛花開不待春。”
遊醫沈令譽也受到了嚴刑拷打，強迫他指認妖書為郭正域所為。沈令譽據理力辯，堅決不招供。
為了讓沈令譽盡快服罪，事先做了不少布置。當東廠、錦衣衛和刑部、都察院、大理寺三法司會審時，沈令譽奶媽龔氏的女兒被叫到大堂作證。那女孩兒才隻有十歲，也不害怕，隻睜著大大的眼睛，好奇地打量公堂上的一切。
主審刑部尚書蕭大亨問道：“妖書是不是在沈家印的？”女孩兒不懂事，按照事先大人們教的話答道：“是。”
蕭大亨又指著一旁跪著的沈令譽問道：“是不是這個人印的。”女孩兒道：“是。”
蕭大亨便一拍驚堂木，喝問道：“犯人沈令譽，鐵證如山，你還不承認是你印製妖書的麼？快說，寫妖書的人是誰？是不是郭正域？”沈令譽道：“我根本不知道妖書之事，也從不知道郭公正域跟這有什麼關係。你們弄個小孩子來作偽證，這不是天大的笑話嗎？”
蕭大亨見他語氣不恭，便喊人用刑。司禮太監兼東廠提督陳矩叫道：“等一等。我還有句話問證人。”轉頭問那小女孩道，“你說你親眼看到了沈令譽印妖書，那麼印刷妖書的印版有幾塊？”那小女孩毫不知情，便信口胡說道：“滿滿一屋子。”
陳矩聽了忍不住當堂大笑起來。《續憂危竑議》隻有短短三百來字，頂多也就是幾張紙，哪來的一屋子印版？沈令譽的冤屈顯而易見，由此對郭正域和沈鯉的誣陷自然也不能成立。
沈一貫利用職權，暗設機謀，加害與自己不和的朝臣，引來諸多不滿。當日，翰林院編修唐文獻偕眾翰林院同僚楊道賓、周如砥等人前去拜見沈一貫。唐文獻字文征，號抑所，萬曆十四年狀元。為人清勁，素以名節自勵，多次救人於危難之中。他與郭正域非但從無私交，而且二人同為太子教官時，從來不曾相交一言，此次挺身而出，全然是仗義救人。
見到沈一貫後，唐文獻正色厲言，責以大義，表示願意棄官與郭正域同死。其他翰林學士也紛紛道：“外麵傳聞，郭公正域勢將不免，其實是沈端公有意要殺他。”沈一貫難堪之極，急忙對天發誓絕不是自己要殺郭正域。
唐文獻這才道：“我們也知道端公無意殺人，第台省承風下石，若端公不早訖此獄，何辭以謝天下。”沈一貫喏喏相應，斂容謝之。
翰林學士陶望齡也趕去找內閣大學士朱賡，正色責以大義，指責其人貪戀權位，對同僚坐視不救，表示願意棄官與郭正域同死。
翰林學士們如此一番鬧騰，不免令沈一貫免心中有所忌憚——他可以陷害沈鯉，可以除掉郭正域，一點也不會手軟，毫不猶豫。但他不可能與全體翰林學士為敵。一旦被這些人群起圍攻、口誅筆伐起來，他除了辭官回鄉，再沒有別的出路了。
另兩個人物的拜訪更是令他開始害怕起來。傍晚時，司禮太監兼東廠提督陳矩帶著一名太監到訪。陳矩徑直道：“這位公公是太子的心腹王安王公公。”
沈一貫“啊”了一聲，忙請二人落座。王安客氣地道：“閣老公務繁忙，坐就不必了。今日太子殿下問了我一個問題，我實在不能回答，所以特地來請教首輔。”
沈一貫道：“公公有話盡管問。”王安道：“太子今日問我，何為欲殺我好講官？”
“好講官”自然就是指郭正域。皇太子朱常洛正式出閣講學時，第一任講官中就有郭正域。當時正值嚴冬，大風凜冽，朱常洛凍得瑟瑟發抖。因為他不得皇帝喜歡，太監們也都輕視冷遇他，不為他生火禦寒，隻自己圍坐在側室火爐旁烤火。郭正域見狀大叫道：“天寒如此，皇長子係宗廟神人之子，玉體固當萬分珍重，即講官參列禁近，若中寒得病，豈成禮統，宜速取火禦寒。”命令隨侍班役為皇太子取火禦寒。太監們這才磨磨蹭蹭把火爐拿出來，事後還趕去向萬曆皇帝告郭正域的狀，說他在宮中高聲呼喝，極其無禮。萬曆皇帝不關心太子，也不關心有沒有關心太子，置之不問。朱常洛卻因此極感激郭正域之剛直，私下多有賞賜。郭正域一律不受，人品愈發得到皇太子敬重。
“何為欲殺我好講官？”這話相當有深意，而且是從當今皇太子、未來皇帝的口中問出來，沈一貫聞之驚恐色變，不能回答。
陳矩道：“太子殿下也派王安公公帶了話給我，要我對郭公正域手下留情。其實太子還不知道，這件案子的決策權在閣老而不在我。沈閣老，你擔任首輔也不是一天兩天，應該知道即使太子地位不穩，但他畢竟還是大明朝的太子。開罪了太子倒也不要緊，沈閣老難道忘記沈鯉沈閣老也是當今皇上的講官了麼？這可是皇上父子敬愛的兩位講官啊。”
他是宦官，聲調有些尖銳，語氣還算平和，但這番話中暗藏不少機鋒。不等聽完，沈一貫已是汗如雨下，連聲應道：“我知道，我知道。請陳廠公和王公公轉告皇上和太子，一貫一定督令法司秉公審案，絕不會冤枉好人。”陳矩這才笑道：“有閣老這句話，太子就該放心了。”
就在陳矩和王安二人離開後，巡捕都督陳汝忠趕來報告一項重大發現：在楊村逮捕的郭正域的十五名隨從中，有十三人是郭氏的仆人使女，還有一人是江夏百姓王忠，另一人則是被官府通緝、逃亡已久的毛尚文，也就是中書舍人趙士楨的前管家。
當日趙士楨出城送老友李植離京，家中隻有工匠趙士元和管家毛尚文。不久四名女真人假扮強盜闖進門，殺死趙士元，砍傷路過的傅春，當場奪走火器圖。當晚火器圖即被人主動歸還給沈德符，事情意外得以解決。趙士楨心痛合作工匠趙士元被殺，力主追究幕後主使，但兵部卻將其壓了下來，內閣也擱置不問。此案就此不了了之。
後來，錦衣衛千戶王名世無意中發現此案不是那麼簡單，內中有一處重大疑點——他閱讀工匠趙士元的驗屍文書時，發現他是胸口中刀，刃傷寬僅一寸，推斷起來，凶器應該是一柄匕首。然而根據傅春等證人描述，四名強盜破門而入時，手中均握著單刀，逼住了三人。毛尚文答應交出火器圖，趙士元卻當場用火器打死其中一人，不容他再次裝填火藥，便有強盜趕上來將他殺機。試想當時情形危急，可以說是千鈞一發、命懸一線的局麵，在這種情況下，強盜怎麼會棄長刀不用、改用短刃匕首殺人呢？
再聯想到趙士楨帶著仆從出門不久，就有強盜殺上門來，目標火器圖又湊巧留在了趙府內，機會、時間把握得恰到好處。可時人都知道趙士楨生性警惕，對火器圖珍若性命，時時帶上在身上。怎麼剛好將火器圖留下府中後，就有強盜持刀上門搶奪呢？
事情絕對不會這麼巧，最大的可能是有人故意通風報信。當時趙府中有三個人——傅春、趙士元、毛尚文——趙士元當場被殺；傅春隻是去浙江會館的途中路過趙府，後來又在爭鬥中受傷不輕；唯獨毛尚文毫發無傷，自然嫌疑最大。
王名世發現這一疑點後，便去找當時人在現場的傅春確認。傅春很是驚訝，道：“毛管家竟然是強盜的內應？你這麼一說，我倒是想起來了，強盜用刀逼住我們後，毛管家滿口答應交出火器圖，稱要與趙工匠一起進屋取圖。趙工匠取出火器瞄準射擊時，毛管家大叫了一聲，扶住了趙工匠。我當時以為他是要幫助趙工匠，現在想來，很可能他是要阻止趙工匠扣動扳機。”
魚寶寶道：“這個毛尚文必定跟女真人是一夥的。他去扶趙工匠時，手裏一定就握著匕首，趁亂一刀刺死了趙工匠。”
傅春道：“一名強盜的身子剛好遮住我的視線，我倒沒有親眼看見是殺死趙工匠。”仔細回想當日情形，還是覺得不能相信，道：“可如果真是這樣，對方就有四個人，而我隻有一個人，為什麼毛管家還要向我打手勢示意，一起對抗那三名強盜呢？”
沈德符道：“這個不難理解。毛尚文潛伏在趙世伯身邊日子不短，一定是好不容易才贏得趙世伯的信任。趙世伯雖然官任中書舍人，卻與兵部走得極近，也許毛尚文深謀遠慮，不願意就此放棄放手，日後還有重大圖謀。”魚寶寶道：“就是這樣。還有一點，你小傅是真人不露相，毛尚文根本不知道你會武藝啊，他以為他的幾個同伴足以製服你呢。”
諸人也隻是推測毛尚文有嫌疑，並沒有他殺死趙士元的實證。然而當王名世帶人去趙府找毛尚文問話時，他卻已經搶先逃走。如此，等於自證他就是那些強盜的內應。
趙士楨聽說自己的管家是女真人奸細後，也是驚訝得合不攏嘴。好在他性格孤僻乖戾，一生隻信任寥寥數人，除了李植、馮琦等同年及少數幾位兵部武官外，完全相信的人就隻有工匠元趙士，連自家妻兒都不讓看火器圖一眼，更不要說管家毛尚文和兩名仆人了。隨身亦帶著一支特製的短手銃，可以近距離射擊，用於防身，知情人都視其為怪物，離他遠遠的。這也多虧了趙士楨本人高度的警覺性，毛尚文潛伏在趙府近兩年才未能靠偷偷摸摸得手，最終不得不召來同夥用武力獲取。