因為涉及盜竊朝廷軍事機密，毛尚文隨即被兵部和刑部同時懸以重金通緝，京師大街小巷貼滿他的絡腮胡子畫像，東廠、錦衣衛也派出不少得力人手四處搜捕，但卻始終沒有收獲。
以廠衛羅網之嚴密，居然打探不到任何消息。魚寶寶甚至懷疑毛尚文躲進了寧遠伯李成梁府中。傅春道：“既然李家肯主動交出火器圖，可見在這件事上還是有立場。毛尚文應該早知道之前的五名同伴都是李家人殺死，怎麼還可能投奔寧遠府。多半他知道身份暴露後，就立即逃出京師回東北去了。”
沈德符道：“兵部也發出了通緝告示，邊關要隘都貼有他的畫像，他不可能逃出山海關，終有一天會抓到他的。”毛尚文一案遂不了了之。
然而此次妖書案起，沈一貫用心險惡，想借機除掉郭正域和沈鯉，是以一接到錢夢皋奏疏，不等皇帝聖旨，便馬上擬令會勘，派出巡捕都督陳汝忠逮捕與交好的友人，又派巡捕追出京師，將郭正域一行圍困在楊村。巡捕們雖然不敢對如何，卻將他手下侍從盡數逮捕，嚴刑拷問，強迫這些無辜的人指控郭正域。有仆人實在經受不住折磨，胡亂指認一名賓客有嫌疑。巡捕將那賓客從人群中帶出來，覺得眉眼頗為熟悉，打量了半天，終於有人認出他是被兵部懸賞通緝的重犯毛尚文，不過剃掉了半臉虯髯，乍見之下難以認出來。巡捕登時如獲至寶，立即將毛尚文五花大綁地押回京城，預備送去刑部請功。
巡捕都督陳汝忠得報後也是欣喜若狂，但卻留了個心眼兒，沒有立即將毛尚，而是先拘禁起來，自己飛奔趕來稟報首輔沈一貫。說完事情經過，喜滋滋地道：“郭正域不但散布妖書，還與外番賊人勾結，欲染指火器技術。這次有了鐵證，他無論如何是逃不掉了。”出乎他意料的是，沈一貫並沒有大喜過望，反而神色沮喪。
陳汝忠撓了撓頭，納罕問道：“沈公是擔心毛尚文不肯牽連郭正域麼？放心，即便刑罰不能令其招供，他是座上賓客，郭正域無論如何都難脫幹係。”
沈一貫搖搖頭，沒好氣地道：“說郭正域寫作妖書尚且沒有人相信，你說他通敵外番，會有人信麼？”
陳汝忠是個粗曠的武官，沒有文官那麼多花花腸子，對此很是不解，道：“可我們的確是從郭正域船上抓到了通緝要犯毛尚文啊。這難道不是鐵證麼？”
沈一貫搖了搖頭，無可奈何地道：“郭正域暫時動不得了。”
陳汝忠一時愣住，實在想不通情由，便問道：“那麼毛尚文要怎麼辦？是交給兵部，還是交給刑部？”沈一貫道：“這個……容老夫想想。”
他心中也甚是苦惱。倒不是其它緣故，而是他早收到過風聲，說覬覦趙氏火器、奪走火器圖的就是女真人，而還回火器圖的就是遼東總兵李成梁的兒子。那些女真人早就被李家家丁暗中殺了滅口。既然李家人隻是悄悄處理這件事，不願意將那幾名女真人交給官府，可見李氏與女真暗中有不少見不得人的勾當，令他們不敢公然與女真撕破臉皮。這毛尚文既是女真人奸細，想必對李氏陰事了解不少，將他交給兵部，萬一拷掠下他將所知道的一切說了出來，萬一說出李成梁出重金賄賂過自己和另一名閣臣朱賡，為其回任遼東總兵出過力，那可不就是引火燒身了麼？還是得學學李家人的老道，不能冒一丁點兒風險。
沈一貫心中盤算一番，這才慢條斯理地道：“毛尚文是通緝要犯，萬一半途逃走，不是便宜了別人了麼？這一陣子陳都督也辛苦了，毛尚文的人頭應該還值幾個錢，你先看看能不能從他嘴裏問到些什麼，然後就拿著他的屍首到兵部領賞吧。”
這話說得甚是清楚，陳汝忠這樣的大老粗一聽也就立即明白了，隻覺得宰相心思高深莫測，也不敢多問，連連點頭答應。又問道：“那麼妖書案要怎麼辦？”沈一貫道：“我自有主張。”頓了頓，又惡狠狠地道，“不過圍住楊村的人千萬不能撤了，不死也要讓他們一家脫層皮。”
由於風頭突然轉變，針對郭正域的審訊一連進行了五天，始終不能定案。萬曆皇帝震怒，下詔責問參與會審的官員。眾官員惶惶不安。內閣大臣沈一貫、朱賡上書請求寬大對待疑案，沈鯉上疏引咎，請求辭職，萬曆皇帝均不答應，隻措辭嚴厲地限期眾人破案。
皇帝意誌堅決，與以往的“老媽媽”形象判若兩人。東廠、錦衣衛，包括兵部、京營巡捕壓力都相當大，人人噤若寒蟬，苦不堪言。眼看限期一天天到來，眾人愈發如熱鍋上的螞蟻，都盼著這件案子能盡快了結。如此一來，找到一隻名正言順的替罪羊就成了迫在眉睫之事。
十一月二十一日，妖書出現後整整十日，事情突然有了重大轉機。
當日傍晚，天光尚明，東廠辦事旗校李繼祖等人在東廠東麵的金魚胡同見到一名男子正站在一座舊宅門前，盯著大門發呆。由於妖書案牽動全城，又是寒冬季節，街上的行人極少。李繼祖覺得那男子神色可疑，上前盤問時，那男子卻轉身就跑。東廠校尉們遂追上前去，將其逮捕，直接帶來東廠官署審問。
東廠位於皇城東安門北的東廠胡同，在大眾心中，簡直比十八層地獄還要可怕。然而真正進來後，才發現這裏建築簡樸，環境寧靜，與東廠令人聞名色變的威名著實不相稱。
那男子被進來小廳，由百戶崔德審問，不等用刑，他便主動招供。原來這男子姓皦名生彩，本是來東廠告發其兄長皦生彩與妖書有關的，但到大門前又有所猶豫，回身走時，就撞上了李繼祖一行。
崔德聞言大喜，問道：“你親眼看到你兄長私刻妖書了麼？”皦生彩道：“那倒沒有。但小生讀過妖書，撮帖裏麵的內容無論是語氣還是措辭都跟我兄長的著書《岸遊稿》極像。”
正說著，千戶王名世進來，見校尉拿了皦生彩，很是吃驚，忙問道：“這人犯了什麼事？”崔德不知道王名世認得皦生彩，忙下堂道：“稟報千戶，此人名叫皦生彩，是來告發妖書主謀的。”
王名世更是駭異，道：“他告發妖書主謀？主謀是誰？”崔德道：“就是他的兄長皦生光。千戶，你的名字列在妖書上，暫時不便出麵，屬下這就替你去逮皦生光審訊，也好早日還千戶一個清白。”又命校尉將皦生彩當作關鍵證人收監。一想到舉朝都在尋找妖書主謀，老天爺卻讓餡餅掉在了他頭上，喜不自勝，竟有些感激起皦生彩來，特意叮囑校尉道，“好好照看，別為難了他。”
等崔德出去，王名世叫住皦生彩，問道：“這到底是怎麼回事？”皦生彩低聲道：“千戶放心，那件事……我決計不會說出來的，我曉得輕重。”有意咳嗽了聲，擦身走了過去。
王名世急忙出來小廳，叫上院中的一名校尉。二人出來東廠官署，摸黑回來堂子胡同的藤花別館。傅春和魚寶寶正圍坐在堂中火盆邊，聽見腳步聲便趕來開門，將王名世和校尉迎進來。那校尉這才掀下鬥篷，卻是沈德符。
魚寶寶急急問道：“事情辦成了麼？”沈德符道：“辦成了。不過事情又出了意外，皦生彩陷在東廠了。”
原來當日傅春在天橋古董鋪得到提示，想出一個偷梁換柱的法子——即照著東廠校尉的牌子再刻一塊假牙牌，編號為八十八，製造年份則刻成己醜年，也就是萬曆十七年，跟當日從馮府刺客身上搜到的贗品一模一樣。再由王名世想辦法，拿著這塊新刻假牙牌去換回原先的贗品，這樣，既拿到了重要證物，也不會驚動任何人。
傅春提出建議後，沈德符尚有所猶豫，王名世卻一口同意，當即按照計劃行動了起來。經過多方打探，終於得知原先的贗品收藏在東廠倉庫的銅匭裏。那銅匭專門用來收藏各種絕密文件，隻有曆任東廠提督才有鑰匙。東廠提督陳矩兼任司禮監掌印，大半時間都在紫禁城司禮監官署，要從他那裏盜取銅匭鑰匙是絕無可能之事。唯一的法子，就是找到一個擅長開鎖的工匠，皦生彩自然是最好的人選。
幾人遂找來皦生彩商議，他一聽到是要進東廠偷東西，連連擺手，無論如何都不肯答應。直到魚寶寶用王名世的東廠千戶身份嚇唬他，聲稱要去官府告發他那作惡多端的兄長皦生光，又許以重金，他才勉強同意。
眾人謀劃這件大事時，正值妖書案發，京師氣氛緊張，東廠也是人進人出。今日王名世正好輪值，遂決意下手。他找來一套校尉的衣服給沈德符換上，又將皦生彩打扮成雜役的樣子，帶入東廠官署中。等到傍晚倉庫守衛吃飯時，三人趁間隙一起溜進倉庫。
之後的事情倒也順利，皦生彩輕而易舉就打開那座看起來異常沉重結實的銅匭，證物贗品牙牌果然在其中。沈德符遂用新刻的假牙牌換掉證物，再將銅匭重新鎖好。
出來倉庫後，王名世便讓皦生彩先回藤花別館，免得三人一起進出引人起疑。皦生彩出來東廠，徑直往東而去。經過金魚胡同時，意外發現有一座老宅子大門上的銅鎖極特別，一時心動，既想上去一試身手，又忌憚這裏離東廠官署太近，怕被人發現。正躊躇之時，東廠辦事旗校李繼祖等人經過這裏，見他模樣鬼鬼祟祟，遂將其逮回東廠。
王名世與沈德符正預備離開東廠時，聽院子中有校尉議論，說適才李繼祖在金魚胡同抓到條大魚。金魚胡同正是回藤花別館的最近之路，王名世心中暗叫不妙，進來大堂一看，那被捕的犯人果然是皦生彩。他料想對方不敢說出今日來東廠的目的，畢竟敢在東廠頭上動土，活罪難免，死罪難逃，正思慮要如何想個法子營救時，錦衣衛百戶崔德卻告知皦生彩是來告發其兄長皦生光是妖書案主謀的。這一驚，實在不亞於晴天霹靂了。他恨不得立即捉住皦生彩問個清楚明白，但正如崔德所言，他王名世的名字也在妖書之上，不便再橫插一杠子，隻得出來叫了沈德符，一起趕回藤花別館。
傅春和魚寶寶聽說經過，也極是吃驚。堂中一時寂靜無聲。好半晌，魚寶寶才期期艾艾地道：“該不會妖書作者真的就是皦生光吧？”傅春道：“決計不會是他。他隻是個貪財好利的小人，製造妖書這件事對他一點好處也沒有。”
王名世道：“好在皦生彩知道輕重，沒有說出今日之事。妖書案牽動朝野，妖書作者到底是誰，也不是我們能操心得了的。”
傅春道：“王兄的意思是，不管皦生光是不是真的妖書作者，這件事也就聽之任之了？”王名世道：“難道傅兄還有法子麼？”
傅春道：“偷換牙牌是我的主意。如果不是因為我們要人開鎖，皦生彩就不會被卷進來，更不會牽扯出皦生光來。現下朝廷急著要找到妖書作者定罪，皦生光如果真的因此而背了黑鍋，我覺得挺過意不去的。”一邊說著，一邊不停地轉動左手中指上的金戒指。這是他的習慣性動作，每每心中有難解之事時便會如此。
沈德符忙道：“算了算了，正如王兄所言，不管妖書作者是不是皦生光，這件案子都不是我們操心得了的。反正皦生光也不是什麼好人。”
眾人這才不再議論這件事。隻有魚寶寶道：“老實說，我覺得皦生光這麼貪婪的人是不會關心什麼國家大事、忙活什麼妖書的。我覺得我們現下最應該擔心的不是皦生光的命運，而是要小心皦生彩這個人，他能無中生有、憑空誣陷自己的親兄長，那麼我們做的那些事，有一天他會不會也抖露出去？”
幾人之前從來沒有往皦生彩這方麵想過，聞言登時悚然而驚。
沈德符道：“寶寶說得對極了。那麼不如這樣，我們盡快從牙牌上查到線索，再設法將它還回去。這樣即使皦生彩告發我們，我們也可以抵死不認。陳廠公沒有證據，也不能怎樣。”魚寶寶道：“你天真啊。東廠錦衣衛抓人需要證據麼？紫柏禪師這些人被妖書牽累害死有證據麼？說郭侍郎是妖書作者有證據麼？”
沈德符被他搶白慣了，也不以為意，問道：“那你說怎麼辦？”魚寶寶道：“還能怎麼辦？當然是要設法殺了皦生彩滅口。哎，你們別嚇成那樣，我也隻是說說，皦生彩現在人在東廠監獄，誰殺得了他？”
傅春道：“我有個法子，也許能有用。本朝慣例，被告發者受刑三次後仍然不肯招認，就要反過來拷問告發者。皦生光雖然無賴，可像妖書這樣的大事，他無論如何是不會承認的，多半會抵擋酷刑。那麼反過來，皦生彩有誣告兄長嫌隙，也該被拷問。隻要王兄事先跟掌刑校尉打聲招呼，用刑時下手稍重一些，便可就此除去心腹大患。”
王名世雖覺不妥，但想到皦生彩心機深沉，反應敏捷得近乎可怕，還是應道：“那好，我明日一早就去東廠官署，相機行事。”
當夜，順天府生員皦生光被東廠捕獲歸案。更出人意料的是，校尉在皦生光內室發現牆壁上張貼有羅紋箋書寫的《十大說》，詞雲：
皦揚，爾忘之耶？爾有大誌不獲，而乃規規於小願乎？爾有大名見汙，而乃規規於小聞乎？爾有大冤不白，而乃規規於小侮乎？爾有大仇不報，而乃規規於小忿乎？爾有大恩末償，而乃規規於小惠乎？爾有大寶受誑，而乃規規於小失乎？爾有大遊不暢，而乃規規於小方乎？爾有大忠可傷，而乃規規於小謹乎？爾有大貧能甘，而乃規規手小乏乎？爾有大才不鬻，而乃規規於小遇乎？此十大者，信大，而小者信小矣。皦揚爾忘之耶？
皦揚即是皦生光的化名，這《十大說》於感慨中見憤懣，與妖書《續憂危竑議》有異曲同工之歎。又搜到皦生光刊刻的詩稿，內中有“侯之門，仁義存”一句，本出自《莊子·胠篋》：“彼竊鉤者誅，竊國者為諸侯；諸侯之門而仁義存焉，則是非竊仁義聖知邪？”《續憂危竑議》中亦有“長可立，而次未必不可立也。侯之門，仁義存，誰肯舍富貴而趨死亡乎”之句。又翻查皦生光本人著書《岸遊稿》，內容大意與《續憂危竑議》有相同之處。如此種種，均成為皦生光就是妖書作者的重要證據。
皦生光之前犯下的累累詐騙罪行也被揭發了出來——
萬曆二十七年，瞰生光曾私刻揭帖，內中有“鄭主乘黃屋”之句，用黃紙封皮，置於城西富商包繼誌門首，假借封門，聲言皇帝要籍沒他家財產，詐得銀子三百餘兩；
萬曆二十九年，又以同樣手法，詐得二百兩銀子。這次被詐的對象，正是鄭貴妃的親兄弟鄭國泰。這一年，正是國本之爭最激烈之時，萬曆皇帝在各種壓力下，被逼冊立皇長子朱常洛為皇太子。瞰生光拿著“鄭主乘黃屋”去威逼鄭國泰。鄭國泰膽小，知道國本話題之敏感，朝野上下輿論都對鄭貴妃不利，不敢張揚，最終忍氣吞聲，出錢了事；
萬曆三十一年，瞰生光又詐騙國子監貢生苗自成銀子三百兩。像沈德符這般被騙訛過，而沒有站出來指證的受害者更不知道有多少。
由於品性惡劣，有利用國本之爭訛詐本朝國舅的往事，又有諸多與《續憂危竑議》有相同之處的書稿，皦生光立即成了眾望所歸的妖書作者。
沈德符幾人從王名世得知案情後亦是目瞪口呆，這才知道完全誤會了皦生彩，原來他早從各種蛛絲馬跡中猜到其兄皦生光跟妖書有關，隻不過一直隱忍不發，直到當晚被東廠逮住，才說出來作為脫身的資本。可謂巧合之極，又可謂高明之極。
傅春怔了半晌才道：“想不到飛書作者居然是皦生光，我之前完全猜錯了。”
魚寶寶道：“你原來以為是誰？”傅春搖了搖頭，道：“不說了。咱們還是去天橋吧。”
四人遂一道往天橋的古董鋪而來。那老店主姓洪，正是雕刻現下躺在東廠銅匭中假牙牌的工匠。
洪工匠接過沈德符遞過來的牙牌，一看便驚叫道：“這人手藝活兒好，比刻造真牙牌的官府匠戶手藝還要好。”
魚寶寶道：“能看出來是誰造的嗎？”他不過是僥幸隨口一問，洪工匠卻應道：“當然了，這是名匠趙士元的手筆。大凡名家，都會在作品上留下暗記。你們看這牙牌的穿孔，底下有個‘士’字，這是他的獨特標記。”
眾人一一仔細傳看，果見穿孔下有個極細小的“士”字，刻得不著痕跡，稍不留意，便以為隻是象牙的天然紋理。
魚寶寶道：“哎呀，居然刻造這贗品的就是趙士元。我們知道得太遲了。”
沈德符問道：“那麼你知道為什麼這牙牌要刻著己醜年製造嗎？”洪工匠道：“在我們手藝行當，即使是贗品，也要力求最像最真。如果真按你們所言，編號八十八的牙牌應該甲戌年製造，那麼以老趙的名頭和水平，絕不至於犯下這樣的錯誤，這應該是他有意為之。興許有人來找他刻製牙牌贗品，他不樂意，卻又無法拒絕，所以故意留下這一處巨大破綻。”歪頭想了想，又自己否定了自己，道，“這應該不可能。要做出這麼精細的假活兒，眼前必定得有一塊真活兒做樣板。那主顧來取製品時，肯定會仔細核對真假兩塊牙牌的細節，不至於被老趙瞞過去。”
沈德符幾人辭出古董鋪，心情均很沉重。趙士元早已經被假扮強盜的女真人殺死，眾人冒了天大的風險，好不容易才從東廠倉庫盜出來牙牌證物，線索又在這裏中斷了。
還是傅春道：“洪工匠說趙士元早在萬曆十五年就離開天橋，到趙中舍府上幫他製造火器。這塊牙牌上刻著萬曆十七年，是在那之後。不如我們直接去找趙中舍詢問，也許他會知道些什麼。”遂又往中書舍人趙士楨府上而來。
趙府卻是大門緊閉，沈德符拍了半天門，隔壁傳教士利瑪竇家的仆人阿元奔過來告道：“趙先生不在府中，一個時辰前帶了侍從出門去了。”
沈德符問道：“可知道趙世伯去了哪裏？”阿元道：“他們出門時，小人出來看了一眼，聽說是要去通州。”
傅春道：“通州？郭侍郎一家人正困在潞河楊村一帶，也許是趙中舍是去拜訪郭侍郎了。”魚寶寶嘖嘖讚道：“郭侍郎被誣蔑是妖書作者，落難楊村，朝中大小官員人人避之不及，還是趙中舍為人仗義。”
沈德符道：“趙世伯匆匆出門，也許是去告知郭世伯，東廠已經捉到妖書真正作者了。”阿元道：“小人從旁偷聽了一耳朵，好像不是沈公子說的那個理由，是有京營巡捕悄悄來告訴趙先生，說是以前那位毛管家被京營巡捕殺死了，人是從郭公郭侍郎船上抓到的。”
眾人大吃一驚，愈發要等到趙士楨回來問清楚究竟，遂到隔壁利瑪竇暫坐。王名世自回東廠官署打探消息。
利瑪竇正與弟子徐光啟在研究希臘數學家歐幾裏得的著作《原本》，預備將其翻譯成中文。聽說有客到來，急忙出來招呼。
之前也有人懷疑過徐光啟是妖書作者，一度有東廠校尉來調查他。因為他是萬曆二十五年順天府鄉試解元，後來受到給事中項應祥彈劾，說他本人文章不通，是因為受到考官焦竑賞識才得以中舉。焦竑後來被降職，徐光啟次年會試也未能考中，迄今隻是舉人身份。妖書案起後，落款項應祥和喬應甲二人的仇家首先受到懷疑，但如湯顯祖、焦竑、李三才等人均遠在外地，無力主持在京師散步飛書之事。徐光啟是焦竑的得意門生，又因為要準備明年會試，一年來一直滯留京師，且通過其師利瑪竇多與權貴交往，理所當然地受到懷疑。還是利瑪竇親自上書為徐光啟申辯，稱徐光啟自到京師，一直寓住在他家中，在忙於翻譯西方著作之事，根本就沒有精力和時間去張羅所謂的妖書。萬曆皇帝對利瑪竇甚是敬重，閱書後親自批複，這才沒有人再找徐光啟的麻煩。
座間不免議論起轟動全城的妖書案。利瑪竇對大朝中的官員在沒有證據的情況下互相告訐很是不解，聽說已經捉住妖書的真正主謀，當即長舒一口氣，往胸口劃了個十字，道：“早該消停了。案子早一日了結，官民們也早一日安生。”