順天府除名生員皦生光作為妖書案嫌犯被捕後，隨著一係列證據和證人浮出水麵，聲名不佳的他被認定是妖書案的作者兼主謀，受到了嚴刑拷打。但皦生光隻承認以前刻書詐騙事實，對“妖書”一事拒不供認。於是錦衣衛將其妻妾、兒子皦其篇及刻字匠人徐承惠等人一起緝捕入獄，當著皦生光的麵施以酷刑，皦生光仍然不肯招認。
沒有主犯認罪的供詞，案子無論如何也不能了結。萬曆皇帝心中也盼著早日結束這場風波，聽說捉住了真凶，如獲至寶，忙下了一道聖旨，稱隻要皦生光招認罪名及招出同謀，便饒了家屬，若仍不招，家屬一個也不饒。皦氏家人跪聽聖旨後，都哭著哀求皦生光從實招認，但皦生光仍然誘惑，拒不承認。
首輔沈一貫不欲此事再繼續鬧大，命人當著皦生光的麵拷打其家人。其妻子、小妾、兒子都戴著重枷，被刑吏用粗針刺進十指，哀號連天。參與會審的禦史沈裕厲聲道：“恐株連多人，無所歸獄。”皦生光受到誘供，又不堪忍受家人受苦，承認是自己對朝廷不滿，一手炮製了妖書。供詞如下：
本人被革去秀才功名，懷疑是皇親鄭家指使，意圖報複。在刻了“妖詩”及《岸遊稿》以後，再刻《國本攸關》，命子連夜散發，以為皇親鄭家定有不測之禍，可報大冤。
皦生光的兒子皦其篇才隻有十歲，在供狀中成了散布妖書的主犯。
主審的刑部尚書蕭大亨知道萬曆因此案對前禮部侍郎郭正域不滿，向借此討好皇帝，還想把妖書案往郭正域身上引，強迫皦生光供說妖書是受郭正域指使。這個幾乎人人切齒痛恨的大騙子卻在關鍵時候表現出傲人的骨氣，忍刑輾轉，圓睜雙眼，破口大罵說：“死則死耳，千刀萬剮，我一人承擔。奈何教我奉迎沈一貫沈相公意旨，妄引郭侍郎呢？”
沈一貫聽說皦生光在公堂上當眾稱是自己要牽連郭正域後，不由得膽戰心驚，急忙命蕭大亨盡快結案，不要再隨意牽連他人。
妖書案的最後結果，主謀皦生光被判斬首。卷宗報上去後，萬曆皇帝認為論斬太輕，親筆批示處皦生光磔刑，即淩遲之後再梟首示眾，不等秋決，即刻處死。理由是：“生光捏造妖書，離間天性，謀危社稷。”這顯然是皇帝痛恨妖書的廣泛影響，想借皦生光殺一儆百，讓後人再不敢在國本之爭和鄭貴妃的問題上說三道四。皦生光妻子趙氏則被發配邊疆充軍，所麵臨荼毒命運不比死強多少。其妾、其子皦其篇、刻字匠徐承惠均因服刑過度瘐死於東廠獄中。
妖書案虎頭蛇尾，最終不得不草草了結，實是無奈中的上策。
然而，風波並沒有因為皦生光的被殺而平息。許多人都認為皦生光是朝廷黨爭的替罪羊，隻是被屈打成招，真正作此妖書的另有其人。就連急於結案的內閣大臣沈一貫、朱賡都不相信皦生光是妖書作者，事後稱有關證據“空洞繁言，含糊難明，無足推求事實”。他們認為《續憂危竑議》一文論述深刻，非得熟悉宮廷內幕及官場上層動態，非朝廷大臣不能為，皦生光這樣的落魄秀才絕對沒有這樣的能耐。
謠言還在繼續。有人說，妖書的主謀是浙黨首領沈一貫，想借此事件打擊郭正域等東林黨人。也有人說，主謀是東林黨人，所以才有意將沈一貫、朱賡等宿敵的名字列在妖書上。一時間，揣度推測妖書主謀竟成了京城最熱門的話題，雪泥鴻爪，或是吉光片羽，都會被說得煞有其事，真真假假，假假真真，愈發製造出種種謎團來。
皦生光被處極刑當日，全城轟動，畢竟淩遲之刑不是輕易能見到。黎明時分，皦生光在刑部公差的押解下，來到京城西市甘石橋下四牌樓刑場。當時尚空無一人，隻有一些工匠在西牌坊下搭建臨時的監斬台。明代慣例，殺在東而剮在西。過了一會兒，行刑的劊子手們來到刑場，每人手提一個小筐，筐裏裝滿了鐵鉤和利刃。又過了一會兒，刑場已是人山人海，就連屋頂上都擠滿了黑壓壓的看熱鬧的人群。
皦生光光頭裸足，被人架坐在一個大籮筐裏，抬到刑場。隨即有官員到場宣讀聖旨，因為人聲鼎沸，聽不太清楚。聖旨讀完後，劊子手同聲應和，聲響如雷，令旁觀者不寒而栗。
炮聲響後，行刑開始。凡是淩遲處死的，按例要殺三千三百五十七刀，即所謂千刀萬剮，每十刀一歇一吆喝，最後一刀才是斬首。行刑時在旁邊架一丫形木杆，挖出肝腑後放在上麵示眾。期間，不斷手持小紅旗的錦衣衛校尉疾馳而去，趕赴大內報告所剮刀數。
呼叫中，血雨中，人們都變得瘋狂，眼前的一切似乎已不再真實。惟一真實的，隻有死亡。皦生光身上的肉一片一片地被劊子手割下來，最終寸寸臠割致死，隻剩下一副血肉模糊的骨架，望而心寒。
沈德符、傅春二人並沒有去瞧熱鬧，而是躲在家中，將門關得嚴嚴實實，一天都沒有出來過。
魚寶寶很是好奇，很想知道二人在房中議論什麼，但她是沈德符未婚妻子徐安生的身份被揭穿後，雖然沒有就此離開，但行事不再像以前那樣無所顧忌，也不好意思直闖進去，推齊景雲道：“你去看看他們兩個大男人到底在說什麼？這麼神秘，居然不讓我們三個參與。”
齊景雲遲疑道：“這個不好吧？”薛素素道：“或許不是我們想的那樣，跟我們查的事情無關，而是關於寶寶你的，所以他們才不想讓我們聽見。”魚寶寶愈發好奇，道：“哼，不讓我聽，我便要去聽。”悄悄溜出房去，摸到堂前窗下，附耳聆聽。
堂中的沈、傅二人卻並沒有在交談，而是相對而坐，良久無言。
還是沈德符道：“到底是什麼事，一定要等王名世來才說麼？今日是皦生光行刑之日，他是錦衣衛千戶，多半在刑場執行公務，一時難以走開。”傅春“蹭”地站起身來，道：“這正是我要當麵問他的，他如何能親眼看見一個無辜的人在麵前被一刀一刀地割死？”
沈德符嚇了一跳，道：“你發這麼大火做什麼？雖然很多人議論皦生光隻是替罪羊，但他的確做過不少壞事，說不上無辜。”傅春道：“嗯，你可以這麼說，但王名世不可以，他沒有資格。這些話我本來是不想說的，可是我今天聽到他居然要去刑場監斬皦生光，我實在忍不住了。”
沈德符道：“到底出了什麼事？”傅春道：“你還想不到麼？王名世才是真正跟妖書有關的人。”
沈德符全然不能相信，道：“你是說王名世麼？這怎麼可能？”傅春道：“要證據是吧，好，我給你證據。《續憂危竑議》上總共提了十餘人的名字，除了化名鄭福成外，其餘人都被指為鄭貴妃黨羽，包括皇帝、鄭貴妃本人。這些人都不冤枉，隻有一個人例外。準確地說，應該是兩個人例外——錦衣衛千戶王名世和東廠提督陳矩。”
沈德符道：“陳廠公執掌司禮監和東廠後為人還算正義，做了一些好事，但他的確是出自翊坤宮，原先是鄭貴妃身邊的心腹太監。至於王兄的名字也在妖書上，確實有些奇怪，但他是陳廠公的心腹，是東廠派駐錦衣衛的千戶，既然陳廠公都被列上了，提到他也不足為奇。”
傅春道：“如果說王名世列名妖書還不足為奇的話，那麼他與其他三名錦衣衛官員聯名告發北鎮撫司鎮撫周嘉慶是妖書作者就相當可疑了。任誰都知道，這封彈劾跟錢夢皋彈劾郭正域郭侍郎一樣，都沒有任何證據，也就是說，這就傾陷同僚的手段。別的人也就罷了，王名世可實在不像是會做這件事的人。”
沈德符道：“以王兄為人自然不會，可當時的局麵是錦衣衛官員聯名彈劾，他如果不署名，於情麵上過不去。小傅，我明白你的暗示，不管怎麼說，王名世不可能與妖書有關係。”傅春道：“王名世也許是跟妖書沒關係，但卻是跟他有關係的人製造了這封妖書。”
沈德符登時一驚，道：“你說什麼？”傅春道：“你不相信麼？那我再提醒你一點，為什麼周嘉慶被告發是妖書作者呢？因為五大錦衣衛官員中，隻有他的名字不在妖書上。其實他比王名世更像鄭貴妃一黨，為什麼偏偏書中沒有他呢？這顯然是有人故意針對他，就跟妖書故意落款吏科都給事中項應祥和四川道禦史喬應甲一樣，而且比真名實姓地指出更為高明。”
沈德符仔細回想了一遍事情經過，不得不承認傅春的分析的確有道理，不由得開始半信半疑起來。
傅春道：“我猜這妖書的真實目的就在於報複周嘉慶。你也看到他的下場，全家不分老幼被逮到東廠，受盡酷刑折磨，完全沒有了人樣兒。他那位高權重的嶽父吏部尚書李戴也受到牽累，被罷官去職。現在雖然認定皦生光才是主謀，但周嘉慶也被削籍為民，再沒有為非作歹的可能。”
沈德符道：“如果真像你分析的那樣，嫌疑人可就是人山人海了。周嘉慶掌管北鎮撫司多年，手段毒辣，得罪的人多如牛毛。”驀然間明白了傅春的暗示，周嘉慶仇家雖多，但跟王名世有關的卻隻有一個——馮琦侍妾夏瀟湘。
當初禮部尚書馮琦意外中毒身亡，沈德符和夏瀟湘被認為是嫌犯，逮下詔獄。沈德符因為有朋友及時照應，倒沒有吃多少苦頭，夏瀟湘卻是鐐銬加身，後來又在公堂上遭受“琵琶”酷刑，以致當堂小產。雖然後來查明她早先喝了兒子馮士楷下在玉杯中的打胎藥，但又有誰會將過失怪在一個小孩子頭上呢，這筆帳自然還是要算在下令動用酷刑的鎮撫周嘉慶身上。後來夏瀟湘雖然被釋放回家，但從此變得癡癡傻傻，都自己的兒子都認不出來，最終發瘋上吊自殺。這又是誰的過錯呢？知道真相內幕的人當然不會想坊間無知小民那樣去怪罪馮夫人薑敏，要怪就隻能怪周嘉慶了。夏瀟湘已死，當然不可能再來向仇人報複，但馮府卻還有孤兒寡母，馮夫人薑敏可絕對是個無人敢輕易招惹的人物。
還有一層傅春沒有直言的因素——明眼人都知道，此次妖書案隻是昔日國本之爭的延續，《續憂危竑議》中提及一堆官員，最終針對的其實隻是鄭貴妃一人。之前沈德符等人已經從種種事情經過中推測出前禮部尚書馮琦和可能是為鄭貴妃毒害，薑敏得知後不發一言，但心中未必沒有大起波瀾。
也就是說，妖書一出，立即成功將北鎮撫司鎮撫周嘉慶扳倒，也將鄭貴妃置於波濤洶湧的浪尖，令她的兒子立儲君之位又遠了一步——萬曆皇帝為了平息事態，不得不出麵表示沒有廢長立，並召皇太子朱常洛到啟祥殿前殿當麵安撫，表示絕無易儲之意。
難道妖書的真正作者就是薑敏？她的確有那個魄力，也有寫出那篇《續憂危竑議》的才氣。
沈德符喃喃道：“這可實在想不到……實在想不到……”
嘴上雖然還是半信半疑的語氣，心中分明已經認可了傅春的分析。那麼，他是該去找王名世、薑敏當麵對質呢，還是就此隱瞞真相、如石沉大海呢？要做出選擇，實在不容易。
忽聽見門外王名世的聲音道：“你們在做什麼？”
傅春聞聲忙去開門，卻是王名世發現了魚寶寶、薛素素二人在窗下偷聽。
適才傅春慷慨激動，聲音甚大，魚寶寶早已聽一清二楚，轉身見到王名世金黃色的飛魚服上似有點點血跡，驀然一陣心驚，駭然問道：“那是皦生光的血麼？”
王名世不明所以，問道：“什麼？”魚寶寶道：“明明是你姨母馮夫人寫了妖書，皦生光是代你們受過，你怎麼還能做到親眼去刑場觀刑？真是個冷酷無情的人。”
傅春這才知道對話被外麵的人聽到，很是生氣，道：“寶寶，你怎麼可以偷聽我和小沈說話？”魚寶寶冷笑道：“怎麼，你們信得過這個冷血的錦衣衛千戶，卻信不過我麼？”
傅春道：“不是這個意思，是這件事牽涉到馮夫人……”忽見到薛素素正轉身朝大門走去，忙叫道，“素素，你要去哪裏？”薛素素頭也不回地答道：“我回趟粉子胡同。”
王名世卻在一刹那結束了莫名驚詫的表情，會意過來，轉身追上薛素素，將她拉住。薛素素會些武藝，不甘心就範，舉膝便朝王名世腹部踢去，卻被對方避開，趁勢捉住雙臂，反擰了過來。
薛素素怒斥道：“你做什麼？”王名世道：“素素，情非得已，得罪莫怪。”
解下褲帶，反綁了薛素素雙手，將她推進柴房，找到一條繩索，強迫她坐下，將她圈縛在柱子上。薛素素憤怒之極，破口大罵不止，王名世便幹脆撕下她的一片衣襟，塞住了她的嘴。
眾人在一旁瞧得目瞪口呆，沈德符還想要阻止，卻被傅春拉住，道：“素素是想趕去官府告發王兄和馮夫人。她隻一心想報仇，不知道其中厲害，再揭開妖書案的蓋子隻是自尋死路，王兄其實是為他好。”
王名世捆好薛素素，這才掩好柴門出來，正色道：“你們懷疑我，無非是因為我名列妖書，又與同僚一齊告發了北鎮撫司鎮撫周嘉慶。你們信也好，不信也好，我隻是奉命行事，對妖書一無所知。”
傅春道：“王兄直言不諱，我們當然信得過你的話。”沈德符道：“那現下要怎麼辦？素素性情剛烈，矢誌複仇，即使知道不是真的，怕是也不會放過這次詆毀馮氏的機會。可我們也不能就這樣一直綁著她。”
王名世道：“眼下天色已晚，來不及出城。明日一早我帶你們和素素到西山見我姨母，當麵問清楚妖書是不是她寫的。”魚寶寶拍掌道：“好，君子坦蕩蕩，這該這麼做。”王名世道：“我不是君子，我實話告訴你們，是我有意挑撥錦衣衛同僚懷疑周嘉慶。”
魚寶寶道：“是因為周嘉慶動用酷刑拷打了夏瀟湘，導致她小產麼？也是活該，讓周嘉慶自己嚐嚐那些酷刑的滋味。”王名世道：“公堂上用刑是家常便飯，雖然周嘉慶用刑是二夫人小產的原因之一，但其實也怪不得他。我陷害他，是因為他對二夫人無禮。”
原來當日沈德符和夏瀟湘被誣下詔獄的半夜，夏瀟湘即被吏卒拖了出來，卸掉身上的刑具，剝光衣服，反綁了雙手，蒙住雙眼和嘴巴，用毯子裹了，抬到一間空房中，那裏早有人等著，二話不說就撲上來奸汙了她。一直折騰了她大半個時辰，這才心滿意足地離開。詔獄中多關押的是獲罪的官員，女囚極少，像夏瀟湘這般姿色的女犯更是罕見。尤其她還是堂堂禮部尚書的眷屬，這身份就足以令人垂涎。她被押進來錦衣衛官署時，梨花帶雨，楚楚可憐，哀戚中別有一份我見猶憐的韻味，早被人暗中盯上，所以才有半夜的一幕。既然有人開了頭，她就免不了繼續遭受被蹂躪的命運。被抬回詔獄後，當晚當值的吏卒一擁而上，將夏瀟湘按倒在地上，各自快活一番，直到天亮時才給她穿好衣服，戴上全副刑具，拖回囚室。一般進來詔獄者十死八九，即使遇到大赦出去不是削籍為民，就是遣戍邊疆。哪知道夏瀟湘命大，被控毒殺親夫的罪名還能脫罪。馮琦雖死，馮氏勢力卻還在，奸汙過的人不免擔心她說出真相，虧得她後來變成了傻子，連自己的兒子也認不出來，這才放心下來。