當然，這跟太平天國自己的狀況有很大的關係。太平軍自打1853年出現內訌之後，事實上已經是一個內部軍閥分立的局麵，將領各行其是，實際上實行的是替班製，照舊交糧納賦。加上太平軍對洋人天然友好，商船隻要掛上洋人的旗幟，就可以安然無恙。所以，清軍控製區和太平軍控製區，依舊活躍著市場交易和商業活動，地區間的貿易，並沒有因為戰爭而停頓。這也是湘淮軍賴以生存的厘金製度可以存活的前提，如果真的打爛了，或者太平軍控製區域嚴格按《天朝田畝製度》運行，完全消滅商品交換和市場經濟，那麼長江中下遊的市場將不複存在。顯然，這個市場，才是當年中國經濟的重心，沒有了這個市場，厘金也就完了。
曾國藩的九弟曾國荃，湘軍主要將領之一，因善於挖壕圍城有“曾鐵桶”之稱，因與太平軍作戰有功而獲清廷封賞的“偉勇巴圖魯”名號。同治三年（1864），以攻破天京城被封為一等伯。
當然，體製外運行的湘淮軍以及其他類似的勇營，會因此而獲得特別大的獨立性，朝廷根本就沒法控製他們。事實上，無論是曾係湘軍抑或淮軍，甚至左宗棠的左係湘軍，跟過去的綠營比，都不那麼聽話。本質上，它們都是私軍，隻聽將領的。在戰爭中，基本上，他們隻按著自己的主意在打長毛，也時不時地為了爭奪資源，來一點兒不大不小的傾軋。曾國藩看準了太平天國固守長江中下遊的弱點，堅持順流而下的既定方針，先攻武漢，然後九江，接著安慶，最後圍攻南京。當打到安慶之時，打在了太平天國的七寸上，因此，李秀成進攻江浙，希圖解圍。江浙是朝廷的財賦之地，漕糧供應之所。所以，朝廷感到很痛，急令曾國藩放棄攻打安慶，回救江浙。但曾國藩就是不從，十二道金牌也不從。最後實在被逼急了，就讓李鴻章帶幾營老湘軍，回鄉組織淮軍去上海應付一下。朝廷直到最後，也無可奈何。此時的曾國藩，帶領的是曾家軍，他跟戚繼光和更早的嶽家軍不同的是，朝廷對他們幾乎沒有絲毫辦法。隻要他們還在為朝廷打長毛，沒有公然反叛，再怎麼跋扈，朝廷也隻能容忍。
曾國藩的獨立與自作主張，遮蔽了李鴻章和左宗棠，事實上成了朝廷的最大隱患。這一點，曾國藩自己非常清楚。坊間流傳著諸多關於他要反叛的傳言，說王闓運去遊說如何如何，實際上都是人們的一種猜測。曾國藩和曾家軍的存在，本身就是產生這種猜測的溫床。也正是因為如此，在攻克南京之後不久，長毛還沒有徹底剿幹淨，曾國藩就解散了自己麾下的湘軍，用這種自斷羽翼的方式，給朝廷還一個公道，讓自己回歸傳統的忠臣位置。所有的猜測，自然煙消雲散，而曾國藩，也就成了清朝“中興”名臣中的楷模，受到士大夫的膜拜，讓嫉妒他的左宗棠無論如何都無法望其項背。
當然，李鴻章和左宗棠他們，並沒有放下兵權。此後，中國的“國軍”，就是他們的隊伍。八旗和綠營雖然還在，已經成了闌尾。朝廷要靠湘淮軍拱衛自己，卻隻能忍受這種半軍閥式的督撫專權。自打有了湘淮軍，有了厘金，督撫的權力就大得非同一般，跟清朝中葉之前，完全沒有辦法比。督撫有了兵權，有了財權，隨後，事實上也有了大部分的人事權。督撫專權，就這樣借剿長毛之勢形成了。清朝整體格局上的內重外輕轉為外重內輕，地方坐大從此開始。事實上，也恰是由於有這樣的格局，有中興名臣之稱的曾、左、李們，才能從地方策動自強運動，開始現代化改革。太平天國被打平，並不意味著清朝的中興，僅僅表明這個王朝在危機之中活過來了而已，隻有有了洋務運動的自發改革，所謂的中興才有了可能。改革之下，一個行將就木的朝廷，居然真的起死回生了。