按道理，清王朝運行到太平天國起事，已經到頭了。太平軍這支農民造反的隊伍，如果打到南京，成了氣候，像朱元璋那樣，有明白事兒的士大夫來投，給出主意，想辦法，那麼，滿人最好的出路就是像當年蒙古人那樣逃出關去。即使太平天國沒有士大夫參與，如果清廷沒有漢人士大夫幫忙，這個王朝在遍地烽火中，也會名存實亡，或者像唐末一樣，陷於軍閥割據，最後在軍閥混戰中被滅掉。當年遍地烽火，遍地反叛，遍地稱王稱帝者，這樣的結局，似乎已經在眼前了。即使沒有英法聯軍趁火打劫，滿人朝廷的小命，也有朝夕不保之勢。
但是，雖說“驅逐韃虜”的口號，太平天國跟當年的朱元璋差不多，民族主義的號召，也有吸引力，可太平天國卻頂了一個洋教的帽子，頂了這個帽子不打緊，他們還來真的，打偶像、掃傳統。這個掛羊頭賣狗肉的土造洋教，跟朱元璋當年掛靠的明教大不一樣。明教來曆不明，教義模糊，朱元璋更是投機掛單，沒有半點誠意。明教本身，對他隊伍的壯大，也沒有什麼作用。所以，朱元璋一旦成了氣候，就會甩掉明教這個包袱，搖身一變，由賊變成了王，而且打擊舊日的賊兄賊弟。然而，太平天國不一樣，洪天王本身就是教主，而且這個掛羊頭賣狗肉的教，似乎給他的起家帶來了莫大的好處。所以，他和他的夥伴做得越大，對這個教的依賴也越大。
在太平軍的凱歌行進中，他們對傳統偶像的決然態度，為他們自己神的威力做了注腳，使得大批對世道不滿、樂意鬧事的農民，有了新的皈依。在鬧大之後，路徑依賴使然，他們會更加瘋狂地掃蕩一切傳統，砸爛一切偶像。將農民過去所信奉，所遵從的一切統統砸爛。越是聲勢浩大，越是砸爛一切，無所顧忌，得到的敬畏就越多。
然而，農民不是一個整體，有對世道不滿、樂意鬧事、震驚於新神的威力而歸附者，也有恪守傳統、趨於保守、震怒於傳統被破壞之人。更何況，太平軍掃蕩的傳統，不僅僅是神佛崇拜，民間宗教，民間習俗，連大傳統的儒教也被大大地波及。作為儒教聖主的孔夫子，在洪秀全的創教敘事裏，就是一個小醜的形象，被上帝鞭笞，四處逃竄。這個不第童生，在放肆地發泄自己屢次落第的憤懣之際，無意中犯了一個大忌，一個世世代代士大夫不能觸碰的大忌。
多少年來，孔門之學不是一門學問，而是一種儒生安身立命的根本。但凡叫個儒生，就沒法想象，一旦孔夫子被推倒之後，他們將如何安放自己的身心。對他們來說，雖說做忠臣是一個值得表彰的選擇，平時，他們也稱皇帝為聖上，但他們心目中真正的聖人，卻隻有一個，那就是孔夫子。因此，皇帝是可以換的，朝代也可以更迭。無論何種時代，儒生們隻要覺得一個朝代氣數已盡的時候，除了幾個特別固執的人之外，一般都會妥帖地識時務，選擇新的應天承運者。但是，如果你逼他放棄孔夫子，放棄儒教，改宗別的什麼教，他們就隻有跟你玩命了。從這個意義上，孔門之學，還真有幾分宗教的意義。
其實，從小讀聖賢書的洪秀全，並沒有真的放棄儒教的信仰。在鬧大之後，他重新刊印了四書，雖然做了一些皮毛的改動。而且，做了天王的他，特別在意三綱五常，對於禮教的強調，甚於任何一個朝代。在太平天國，男女之大防被強調到了令人發指的極端地步，比如八十歲的老奶奶都不能跟八歲的孫子同處一室。可問題是，他居然敢改動四書（盡管改動的隻是皮毛），敢編故事貶低孔子。這種象征性的說法，要比實質更令儒生膽寒，同時也傳播得更遠，於是，在人民的口耳相傳中，洪秀全成了一個毀棄孔學聖道的惡魔。
同時，洪秀全也不像朱元璋那樣，至少在打天下的時候，會放下身段刻意爭取士人。洪秀全雖然熱衷於開科取士，但對於士大夫，其實並不在意。開科取士，更像是在過癮，過一把自己開科的癮，實際上並沒打算取士為自己服務。太平軍對於讀書人，雖然也比較尊重，稱之為先生，使其有吃有喝，但一般不加以重用，對於歸順他們的讀書人，一般隻委以文書之類的職務，讓他們抄抄寫寫，如果寫錯了，還要被砍頭。所以，正經讀書人，很少有去投靠的。少數去過的，比如留學歸來的容閎，傳說中的王韜和錢江，都先後離開了太平天國。