當然，太平天國最根本的問題是，沒有建構一個能讓百姓安定下來的政權模式。即使占據某個地區的太平軍將領比較靠譜，也架不住別的太平軍前來劫掠。加上後期太平軍為了擴張勢力，拚命地招人入夥，大批流寇土匪撚子進入，稱王稱霸。使得原本就成問題的太平軍，紀律更加不堪，濫殺和濫刑無以複加。他們的對手清軍雖然也不是善類，但穩定下來之後的地區，秩序顯然要優於太平軍占領區。問題是，太平軍在已經弱勢的情況下，依然堅持與清軍進行國與國的對抗，連所謂的首都也不肯放棄，結果隻能是死得更快。
事實上，在內訌之後，洪秀全親自當家的不到七年光景裏，一個農民的王朝，在短短的七年，冒出來傳統王朝需要上百年才能大規模出現的弊病。所有末世王朝才有的毛病，諸如不理朝政、沉湎女色、任人唯親、濫用名器等等，洪秀全都犯了。一個還沒有打下天下的農民王朝，以跨越性的速度，走完了明清需要兩百年才能走完的路。
1861年9月，在陳玉成拚全力救援安慶未果之後，安慶彈盡糧絕，終於陷落。同時陳玉成的精銳由於此番救援之戰，損失殆盡。第二年，輕信了皖北軍閥苗沛霖的陳玉成，又被苗沛霖誘捕，太平軍的一個臂膀折了。這一年年底，由於太平天國首都天京被圍，在洪秀全的嚴令下，李秀成組織十三王的部隊在城下與圍城的湘軍曾國荃部決戰，盡管太平軍幾倍於湘軍，但決戰的結果，卻是太平軍敗了。從此，天京的陷落，已經早晚的事兒了。此後，為救天京，李秀成一次次地帶隊反撲，隻是徒然消耗兵力，使幾年積累下來的精銳盡失，而其他的太平軍，又不肯聽命前來救援，眼睜睜被湘淮軍各個擊破。到1864年7月天京陷落之前，太平軍在江南的大部分據點，已經基本都失掉了。1864年6月1日，在破城之前，洪秀全病死，此後一個月，1864年7月19日，天京被攻破。此前被調來主持守城的李秀成突圍後被俘。10月，洪仁玕和幼天王也被俘，先後都被殺害。雖然說，太平軍餘部陸陸續續一直到十年之後才徹底被肅清，但天京陷落之時，太平天國已經失敗了。
安慶保衛戰浮雕中的陳玉成像
一個行將就木的王朝，最終擊敗了自己生機勃勃的反抗者，這是個奇跡。太平天國的失敗，當然不是由於中外反動勢力的合力絞殺。西方不能說一點也沒有介入，但總的說來，所謂的軍事幹預，也僅限於上海的防衛。其他的方麵，對交戰雙方影響最大的，無過於武器的單方麵禁運。至於常勝軍和常捷軍，都是清政府的雇傭兵。參與清軍方麵的外國人有一些，但進入太平軍的老外也不少。武器的禁運，在當時走私泛濫的中國，其實很難認真執行。直到太平軍與湘軍在天京城下大戰，太平軍的武器還是要優於湘軍，有不少開花大炮。真正得了西方武器便利的，隻是淮軍和左係湘軍。比較起來，淮軍可以通過製度的變革、洋操的引進，使引進的洋槍洋炮作用更大，而太平軍即使是比較開明的李秀成，也沒有這個能力。
李秀成的營帳
太平軍的失敗，實際上敗在自己身上。曆史上，從來沒有一支農民造反的隊伍，不吸納讀書人能夠成功的，天平軍當然也不例外。作為造反領袖的幾個小讀書人，固然可以拉起一支頗具規模的隊伍，建構一個新鮮的，具有吸引力的宗教，但由於始終沒有像樣的士大夫加入，這個農民的王朝，製度的建構能力、安民措施以及策略運用的能力都比較弱。雖然早早就定都，有了比較穩定的控製區，但整體上卻依舊是一個半流寇的隊伍。洪秀全創立的拜上帝教，給他的造反帶來了奇跡，但同樣是這個宗教，卻阻礙他進一步走向成功。成也蕭何，敗也蕭何，曆史，總是這樣給人提出問題，自己作答。
太平天國戰爭期間，蘇州城外的工事。