辯機的醜聞，敗壞了佛門的清規戒律，貶低了佛教的神聖地位。弘福寺譯經場所也引起了騷動與混亂，百無聊賴，萬念俱滅，罩上了一片悲愴的愁雲迷霧。
主持譯經的玄奘大法師倒是沉得住氣，沒有動搖宣揚佛法的堅定信念，泰然自若，八風不動。他西天取經時那種萬難不屈的頑強意誌和毅力，又一次發揮了穩定局麵的作用。受他的影響，僧徒們漸漸恢複了常態，潛心翻譯，平靜得就像沒有發生過什麼變故一樣。在墨香四溢的譯經場裏，隻聽見翻閱經卷的響動，和筆在紙上摩擦的唆唆聲。眾僧都竭力排除雜念，把心神貫注於梵語經文上麵。隻有在深究佛學底蘊、斟酌疑義或切磋翻譯詞句時，才偶爾打破給人心靈以極大壓抑的沉默。
此處無聲勝有聲。雖然譯經場所保持著寂靜，而僧眾的內心活動卻是相當複雜的。其中最不安寧的要算那位麵不改色的大德高僧——玄奘。他表麵上安之若素，紋絲不動，直若一尊雕塑，而心裏卻剛好相反，翻江倒海，千波萬浪，波濤洶湧。辯機本是他最器重的僧徒，聰穎、篤實而又勤奮，一個人甚至能幹出好幾個人都無法勝任的事情。在進入經場之前，他犯下了不可饒恕的色戒。對於一個遁入空門、獻身佛學和進取心極強的年輕和尚來說，高陽公主不去招惹他，糾纏他，他決不會分散精力，追尋男歡女愛，逢場作戲，深陷泥潭而不能自拔。過去了的事本來就已經過去了。成為他的助手以後，辯機幡然悔悟，改弦更張，未越雷池半步，並且成績斐然。向來以寬容和惜才著稱的當今天子，對待一個風華正茂的學問僧，怎麼如此冷酷，毫不留情？玄奘百思不得其解，又痛惜又遺憾。惟有雙手合十，默默地替英年早逝的辯機祈禱冥福，以求靈魂的解脫。
貞觀二十二年十二月二十四日，太子李治為其亡母長孫皇後追薦冥福而興建的大慈恩寺落成，隆重聘請玄奘擔任住持，賜法號慈恩大師，並指定其中一伽藍做譯經院。翻譯佛經的場所由弘福寺遷到了大慈恩寺。玄奘不愧為佛界集大智大勇大成於一身的大禪師，在巡曆西域和天竺各國跟眾多國王的接觸中，他摸索並掌握了一套與王者交涉的要領。考慮到必須利用這一機遇挽回腰斬辯機所造成的損失，抹去人們心目中的灰色陰影，疏通昌隆佛教的障礙，拓寬大道，他決計上書李世民和李治，請求賜給所譯佛經的總序。果然如願以償，他的請求很快獲準，李世民賜序，李治在序記上添加箋答。玄奘上表謝恩。他的舉措，大大振奮了譯場的精神。同時又巧妙地借用了皇權來維護佛法的尊嚴，推動佛教的發展。李世民撰文《大唐三藏聖教序》，李治書寫了《大唐三藏聖教序記》，由褚遂良恭錄，雕刻成石碑。後來在寺內西院建築大雁塔，保護玄奘由印度取回的佛經典籍，二碑便鑲嵌在寶塔南麵塔門的兩側。
就在大慈恩寺落成的同時，西域傳來了唐軍徹底戰勝龜茲王國的消息。
龜茲王國（今新疆庫車縣）在焉耆王國的西邊，疆域橫千裏，縱六百裏，文化水平較高，經濟也比較發達，農牧並舉，有城郭和固定的房屋。居民能歌善舞，聞名於世的龜茲樂婉轉悠揚，格外動聽。唐初，龜茲每年都派遣使節到長安朝貢，後來臣服於西突厥，情況發生了變化。郭孝恪在征討焉耆時，龜茲國王蘇伐疊調兵援助焉耆。不久，蘇伐疊去世，其弟白訶黎布失畢繼承了王位，逐漸失卻臣屬國的禮儀，並侵擾鄰近國家。李世民為了控製西域地區，重建漢武帝時代的國威，詔令左驍衛大將軍阿史那社爾使持節，擔任昆丘道行軍大總管，右驍衛大將軍契苾何力和安西都護郭孝恪當副總管，並征調鐵勒部落十三州兵馬，以及突厥部落軍、吐蕃王國軍、吐穀渾汗國軍，共計十餘萬步騎，聯合進攻龜茲。