永樂帝真沒料到，這會引起一場軒然大波。
永樂在朝會上聽他們嘮叨得煩透了，就令讚同遷都和反對遷都的兩派，跪到午門外辯論。這便成了永樂朝一件新鮮事兒，兩派人跪得膝蓋發青，辯得喉嚨腫啞，多次要用笏板互相毆打，時不時地要由太監們拉架。
戶部尚書夏元吉見事情鬧到這步田地，深感不安。他肚量大，決定把責任攬下來，就上奏皇上：“彼等應詔直言，並無罪愆；惟臣等備員大臣，不能協讚大計，有罪也是臣等之罪。”
夏元吉這種表態稍稍平息了“反對派”的憤怒，然則“讚同派”卻又責備他“違背初議”。他又朝這夥人作揖，勸他們：“我等曆事已久，雖有所失，亦能為陛下諒解。若因此事使應詔言事者獲罪，於國家損害甚大，連我等日後也要留有罵名。還是忍讓些吧！”經他的調解，風波才算平息。
關於遷都的爭論就算了結了，臣工們漸漸會把這事兒淡忘了，但永樂忘不了。這被毀的三大殿使他心灰意冷，再不敢重修（到了嘉靖皇帝時代，認識到“奉天殿”這名兒不對，把“天”給壓在了“奉”字下麵，那是若幹年後的事了）。從此他就病了。
永樂十九年，皇帝六十二歲。六十多歲的人有病沒什麼希罕。“生、老、病、死”，這是誰都回避不了的事情。但他不行。他永樂不相信自己會老，因之對有病特別反感。
他這病其實從登極時起就已經顯露了。那時候兩條腿常感到痹弱不支，站不太穩了。諸醫大都以為是痿症，屢治不效。後來，有個叫盛寅的江南名醫，曾經治愈宮中某太監的病；而這太監，永樂以為早已死了，卻不期在射箭場上碰了麵兒，竟是紅光滿麵。永樂吃了一驚，一打聽，才知道了盛寅的大名。永樂立即將盛寅召之便殿。經望、聞、問、切了一番，盛寅說：“皇上這是風濕病呢。”他深以為然，說：“卿言有理，朕曆年征戰，餐風宿露，此是為陰寒所侵之故。”服了幾劑藥，果然見效。盛寅隨即便被召為禦醫。
永樂十四年他五十七歲時也得過一場大病。那回治好他病的非是醫生，卻是個道士。以後每逢有病，他就派人去洪恩靈濟官問神，並向廟祝索要仙方。但仙方藥性多熱，服後痰塞，氣也不順，就使他脾氣變得暴躁，竟至於失音了。每每這種時候，內官也好大臣也好，就得特別小心，沒準兒丁點小事便會使龍顏大怒。人們都知道這“仙方”是用不得的，卻無人敢勸。
幸虧袁忠徹是皇上心腹，又懂點醫道，他還能勸幾句。他說，聖上這些症狀，實乃靈濟宮符藥所致呢！永樂登時吹胡子瞪眼說：“仙藥不服，服凡藥嗎？”袁忠徹當即跪下哭泣。連兩個內侍也跟著哭起來。哭得永樂愈加惱怒，立命錦衣衛將兩個內侍拖出去打了一頓棍子。他見袁忠徹還在哭，就說：“忠徹你哭喪嗎？要咒我死嗎？”袁忠徹跪趨至他的腳下，說：“臣不哭了，臣真恨不得替陛下長病呢！”這才使他的怒氣漸漸消去。
這一回，三大殿火災並引致朝臣“遷都之爭”後。永樂帝格外煩躁。他的煩燥就加重了原有的疾病。兩條腿常麻痛得徹夜難眠。為了減輕病痛，他想出去遊獵，然而有人又以“龍不離淵、虎不離穴”為喻勸阻。氣得他喝問：“這是哪來的話？若說不明白，朕治你死罪！”幸而那人引用了《易經》中的“龍虎風雲”相對，他才無話可說——可還是把那人給降了官職。
他這回發病，除了三大殿火災的原因，還與王貴妃之死不無瓜葛。王妃是蘇州人，永樂七年封貴妃。這是當年紀綱和沈文度合夥在蘇州選美時所選的最佳的一朵花兒。不僅美，且有賢德，事仁孝皇後甚是恭謹。仁孝皇後死後，便由她管理六宮。永樂帝曾起過冊貴妃為皇後的念頭；卻又是“紅顏薄命”，不幸於永樂十八年秋，適值北京皇宮建成時病逝——為何又如此之巧？誰能給永樂皇帝解釋清楚呢？
三大殿火災後，在永樂內心深處最沮喪最痛苦的時刻，偏有人幸災樂禍。這說的不是反對遷都的臣工，說的是一幫子妃嬪和宮人。
“失火了！嘖嘖！好厲害！”任美人說。鳳眼裏閃著驚詫和興奮。
“可不，燒得光光喲！”鄭美人用手指戳了呂昭儀一下，悄聲說：“這下可好啦！”
“噓——小聲點兒！”任美人問，“怎會‘可好啦’？你這話啥意思？”
“這叫報應！”鄭美人說，“聽說皇上下詔‘求直言’呢。我猜著，皇上得反省，不能濫殺人啦！”