正因如此，1933年春，當李宗仁到上海金神父路雷沛鴻寓中請他回桂主持教育行政時，雷沛鴻提出要按自己的理想和做法來辦教育，得到李宗仁的應允後，到桂任教育廳長職。雷沛鴻回桂後曾多次談到：“怎樣挽救這危亡的民族呢？成為當時朝野上下努力的主題。在廣西，李德鄰、白健生、黃旭初三先生就領導廣西的民眾，努力奉行三民主義，樹立‘建設廣西，複興中國’的革命目標，埋頭苦幹，擔當起挽救危亡民族的神聖的任務。”因此，雷沛鴻願意回廣西，貢獻出自己的才華和經驗，“更幸，本省軍政當局優於亡國無日，早於四、五年前，先人一著，銳意改革，力求建設；故鄉父老昆弟，又複能體念此意，翕然景從。”
“九·一八”事變後，日寇鐵蹄步步緊逼，而蔣介石對日步步退讓，對內卻變本加厲要消滅異己，兩廣被逼反蔣抗日，發生“兩廣事變”。廣東因在實際行動上抗日的態度曖昧，沒能爭取到民心，而招致失敗。新桂係吸取了教訓，抗日的態度更明朗、更堅定，在七七事變前後，公開提出了寧為玉碎，不為瓦全，縱使全國化為焦土，也要與日寇血戰到底的“焦土抗戰論”。對此，中共是讚許的，曾派雲廣英到廣西對新桂係統戰，勸李白避免內戰，壓蔣抗日。對新桂係的抗日態度，雷沛鴻也是讚許的，這使他與新桂係的合作關係得到加強。他對桂林中學員生訓話時提出：“我們要找尋機會，參加本省領袖所倡導的焦土抗戰，以戰勝一切加害於我們的帝國主義，尤其是日本帝國主義。”1938年他還親自投身抗日前線，在徐州第五戰區任青年訓練班班主任，幫助李宗仁開展戰地救亡宣傳教育工作。
新桂係抗日的主張和態度，使雷沛鴻可以在廣西實現他的救亡救窮的教育理想，這是雷沛鴻願意回廣西與新桂係合作的主要原因。此外，還有一個與之緊密相關，促使他願意回桂任職的原因，這就是他回廣西後，可以利用行政的力量，在全廣西大規模地推行他的救亡救窮的教育計劃。他認為，隻有這樣的教育在中國才有實際意義。
上世紀初，一批具有憂患意識的教育家，想通過辦教育來挽救民族危亡，振興中華。他們開辦了各種實驗區，進行了各種實驗。如晏陽初的平教會在河北定縣辦的實驗區，梁漱溟在山東一些地區建的鄉學、村學等。雷沛鴻曾經是很熱心的參與者，他曾任江蘇省立教育學院研究實驗部主任推行民眾教育。但是，雷沛鴻根據自己親身實踐的體驗，根據當時日寇侵略的形勢和我國幅員遼闊、千差萬別、經濟文化落後的實際情況，不滿意這種“日複一日，年複一年，周而複始。村複一村、區複一區，循環重出”的實驗。這種實驗，既費時費錢，而且在此地得出的經驗，在彼處也不一定能行得通，沒有實際推廣價值。他對平教會在定縣實驗，六年取得經驗，然後在全國分階段推行的計劃提出了直率的批評：“俟河之情，人壽幾何”。雷沛鴻從中國的實際出發，出於救亡救窮的緊迫感，他提出“以吾國幅員之廣，人民失教者之多，外患之深，內憂之殷，民眾教育要是隻做裝飾品則已。如其不然，它亟應造成大規模的運動，依之，我們庶幾得以實行民族自救”。在哪裏才能造成這種大規模的運動呢？李宗仁的邀請和允諾，給他提供了這種機會。雷沛鴻一回到廣西，即在全省範圍內開展了大規模的普及國民基礎教育運動，取得了舉世矚目的成就，被劉壽棋先生（中共地下黨員，國民黨政府教育部督學）稱之為“劃時代的國民基礎教育製度”。隨之雷沛鴻又創製國民中學，建立西江學院，創立了國民教育新體係。