在“左”的思潮盛行時，有人曾因雷沛鴻是在新桂係統治下的廣西從事教育活動，就說雷沛鴻“是為新桂係服務”，這是缺乏對曆史事實進行具體的分析，有違曆史事實的言辭。下麵試舉一個具體的曆史事實來說明。
新桂係是蔣介石政權下有著相對獨立性的地方實力派，蔣介石曾利用它反共，又時時想消滅這支異己力量。為了鞏固內部的團結，有效地控製廣西的軍隊和政權，在王公度的建議和具體組織下，新桂係內部建立了一個淩駕於黨政軍的秘密核心組織“革命同誌會”（後改名為“中國國民黨革命同誌會”），王公度先為該會書記，後為組織訓練委員會主任。加入同誌會者都被認為是忠於李白之人。同誌會從1930年成立起到1937年被解散，另成立公開的學術機關“廣西建設研究會”止，雷沛鴻始終沒有參加同誌會，而且因為與王公度有矛盾而受到排擠、打擊。雷沛鴻要通過普及國民基礎教育研究院培養到廣西各地推行普及國民基礎教育的人才，而王公度卻要把這些人拉入自己的勢力範圍，以便到廣西各地控製因而雷沛鴻受到王公度的打擊。王公度是廣西第4號人物，欲與黃旭初爭權，後因內部傾軋被李白槍決。據曾在普及國民基礎教育研究院的一位學習生回憶，王被處決後的一天，“我在馬蓬圩（今教育路與桃源路交叉角）碰見雷院長與馬勤如老師，信步迎來，閑談近況，雷院長突然說：‘王公度好謀私利，對我排斥，現今何在？’”
事實證明，雷沛鴻並非無條件地追隨新桂係、為新支係服務，新桂係亦未視雷沛鴻為忠誠於他們的“同誌”。雷沛鴻與新桂係是一種有條件的合作關係，這種合作關係之所以能實現，主要是因為新桂係抗日的主張與態度，為雷沛鴻所讚許，雷沛鴻推行的救亡與救窮的教育為新桂係所接受，新桂係“建設廣西，複興中國”需要有聲望的雷沛鴻來主掌全省的教育。雷沛鴻與新桂係的合作，也僅限於從事救亡與救窮的教育活動範圍之內。
雷沛鴻與新桂係在抗日救亡的基礎上合作，但也有矛盾，當矛盾激化時，這種合作關係也就中斷。如“兩廣事變”（“六·一運動”）前，新桂係不滿意雷沛鴻主持的廣西普及國民基礎教育研究院對進步人士（內含中共地下黨員）的容納，不滿意雷沛鴻對他們的進步活動的支持。如當時主編《廣西兒童》的抗葦（解放後任上海市教育局長），在紅軍長征勝利到達陝北後，擬發一篇“紅軍到達延安”的消息，送審時受到一位副秘書長的訓斥，杭葦憤而向雷院長辭職，雷沛鴻甘願承擔政治風險，不但慰留杭葦，而且在第二天的朝會上，公開批評這位副秘書長粗暴；雷沛鴻也對在日寇進逼，大敵當前的形勢下，兩廣要與蔣介石打內戰不滿。矛盾激化，雷沛鴻辭去教育廳長職，先往南洋考察，後去美國，為處在水深火熱之中的祖國而奔走呼號，為祖國效勞。雷沛鴻離職後，被雷沛鴻聘請來的進步人士（包含中共地下黨員）被新桂係“禮送出境”，廣西普及國民基礎教育研究院亦被解散。
抗戰勝利後，新桂係追隨蔣介石反共打內戰，雷沛鴻對此非常反感，與新桂係的關係遂日漸疏遠，先是利用民眾和社會的力量埋基層政權，作為自己爭權奪利的工具，自然要受到雷沛鴻的抵製，因而雷沛鴻受到王公度的打擊。
雷沛鴻的教育實踐和教育理論，他所創立的從初等到高等的國民教育新體係，對今天深化教育改革的重大借鑒意義。