幾天後，胡適離開上海飛往北平就任北大校長時，顧毓琇與胡適的親友一道到機場送行。這些迎送，胡適也很珍惜，一一記載在他的日記裏。
9月，顧毓琇辭去上海教育局長職務，就任國立政治大學校長。他任職不到兩個月，即在10月18日邀請胡適到政治大學做題為《大學即研究院》的講演，再次顯示了他對胡適的尊重。
1949年4月和1950年9月，胡適與顧毓琇先後到了美國，前者在紐約當寓公，後者到麻省理工大學擔任教授，1952年轉至賓夕法尼亞大學擔任教授。1954年2月間，胡適與顧毓琇先後回到台灣。3月間又一道出席台北“中國文藝協會歡迎會”。會上，胡適還即席發表鼓勵青年作家努力寫作的講話。此情此景，顧毓琇觸景生情，回憶起自己30年前在留學時期，胡適看見自己的文藝作品，曾微笑著勸自己改學文學。但顧毓琇既選定了麻省理工大學，選定了電機工程，便不願意改行。可見，胡適早就肯定、賞識顧毓琇的創作才能與文學修養。
1958年11月，胡適回到台灣擔任“中央研究院”院長，翌年7月1日，胡適主持第四次院士會議並投票選出新院士，顧毓琇當選。胡適立即馳書報喜。
胡適在“中央研究院”任內，健康狀況愈來愈差，多次住院。顧毓琇從吳大猷的來信中得知胡適因此花了很多醫療費之後，立即從美國寫信給台灣文教界知名人士錢思亮與中基會董事、“中央銀行”副總裁李幹，請他們以“捐款”的名義予以援助。胡適得知此消息後，便趕快給吳大猷寫信，表示不要“捐款”。信中說：“……你上月給顧一樵的信上提到我的醫藥費問題，一樵親寫了信給思亮，給李幹，幸而他們給我的信上也略提此事。我趕快寫信給思亮、一樵，阻止此事。我的確不需此種捐款。”
顧毓琇舊詩詞有很深的修養，有人稱他的詩詞造詣亦屬一流。胡適晚年門生唐德剛教授說，顧毓琇雖是電機工程界的泰鬥，實際上也是專業詩人。《中國當代律詩精選》曾選顧毓琇五律20首，並加介紹，稱他的詩“其五律俊逸，雄渾如李杜，溫厚清新似王孟，集唐詩大家之長，創自己獨立的風格，曉暢工穩，憂樂情真”。顧毓琇不以為然，謙遜地對友人說：“俊逸、清新均係杜甫稱前賢所作評語”，現在加在他的頭上，“這些溢美之詞實不敢當也”。
胡適逝世時，顧毓琇寫了一首《沁園春·悼胡適之先生》，其構思奇特，避開沉痛心情的直接描述，從正麵表彰胡適一生的豐功偉績人品風範。這首遠非庸俗虛假的悼念詩詞，實際上是一篇撥開迷霧，為胡適正名定位，恢複胡適曆史真實麵目的撥亂反正書。在20世紀60年代初，海峽兩岸特殊政治背景下，顧毓琇敢於公開做出對胡適的客觀評價，此種情義，亦屬罕見。
在台灣，從《自由中國》（胡適是該刊名義上的發行人）被查封停刊、雷震（《自由中國》負責人）被逮捕入獄判處重刑，到從內部清除所謂胡適的“毒素思想”，聲言“毒素思想危害反共抗俄大業”、“毒素思想是我們思想上的敵人”等等直接或間接脅迫胡適的政治行動看，都有力地揭穿了蔣家父子表麵尊敬胡適的偽善麵孔。胡適逝世後，台灣當局仍不優待他。據慘遭殺害的江南先生生前說，胡適出殯之日，“國防部”中國電影製片廠負責新聞片的編導，擬派攝影師去拍《胡適哀榮》，也遭到國民黨當局的禁止拒絕。
在這種特定的異常環境裏，顧毓琇的悼詞是老友真摯感情的流露，同時也反映了顧毓琇始終如一的獨立人格。
1972年春，顧毓琇應台灣大學的邀請到台大任訪問教授。在此期間，他到南港憑吊胡適之墓，又情不自禁地寫了一首七律，題為《胡適之先生逝世十周年紀念》：箴文永在作新民，風氣開來仰哲人。
欲使文章成白話，卻離世俗出凡塵。
京華持節艱危共，南港著書學術伸。
憑吊墓門經十載，豐碑矗立伴鬆筠。
顧毓琇又一次深情地緬懷胡適非凡的一生；肯定了他倡導白話文、開創新文學所做出的劃時代貢獻，讚揚他晚年仍潛心於學術鑽研之中；而且第一次在詩詞裏提出了胡適在抗日戰爭全麵展開之際，為了挽救祖國的危亡，聽從國家的召喚，毅然放棄所喜愛的專業，出任駐美大使。曆史表明，胡適出使四年，其作風與成就，自成其“遺世獨立”的風範。
顧毓琇1972年退休，定居美國費城。他多次返國內探親、講學，先後受到周恩來、鄧小平、江澤民等黨和國家領導人的親切接見，足見他的人生閱曆十分豐富多彩。
顧毓琇在“白發千莖雪”的垂暮之年，懷念老友胡適的感情不曾減弱，更對兩岸和平統一，一直抱有信心。他富有遠見卓識，在上世紀80年代末，便建議中國應實行“三開”政策，即文化開發、經濟開放和政治開明。