法國天主教中的一些人，在創辦震旦時，對中國學生學拉丁文加以譏笑：“中國人如何學得好拉丁文？”可馬相伯沒有理睬，精選西歐名著為教材，用西塞羅演說為拉丁文課本，在教了四個月後，經過考試，學生們居然寫得出，說得出，譏笑的人也不得不暗暗佩服。等學校辦出了成效，教會又想奪取學院領導權，改變學校的性質，處處和馬相伯為難。
在招生上，教會隻願招收年輕的學生，而馬相伯則主張年輕和年長隻要誠心求學，程序相當，應一視同仁都要招收。
在教學方麵，教會引誘學生專學法文，法國傳教士將法文班的課程訂得比較完善，而英文班課程訂得很差，和馬相伯教學安排發生矛盾。教會請外國教師，月俸九百銀元，而請中國教師隻付月俸50元。1905年初，教會以不派教士來院上課，作為要挾，並向馬相伯透露清廷已和法租界捕房聯係，準備抓一部分反清學生，馬相伯堅決反對，要求教會不要助紂為虐，教會乘機提出要馬相伯讓出一部分學校管理權作為保全學生的交換條件。馬相伯出於無奈，隻好讓步，教會馬上派了南從周神父來震旦主持教務。學校在新學期開學時，新舊生報到上課，各班教授忽然叫學生呈驗學費收據，否則不準上課。新生剛到，還不了解，而舊生認為向來催辦學費是會計職責，今教授在上課時加以幹涉，與學校行政權限衝突，就推舉學生代表來見馬相伯，想詢問原委。馬相伯有口難言，閉門臥床，稱病不見。鬧了幾天，最後南從周對學生代表說：“馬相伯有病，將到醫院治療，院務由本人代理。”
學生見此情形，極為憤慨，忙開會討論辦法。當場推定沈步洲同學為會議主席，沈步洲致開會辭：“我們來此讀書，主要是因為馬相伯先生是中國人，熱心祖國教育事業，創辦震旦學院，隻為國家培養人才。目前馬先生沒有生病，法國教會卻命令他住醫院，另派法國傳教士南從周來院掌握一切，實際上是驅逐馬先生，奪取學校領導權。學院原來課程英法文並重，現在取消英文，專習法文，法國天主教的用心十分明白，要使震旦學院變成法國教會掌握的工具。由於馬相伯先生是天主教徒，不可能直接與教會爭權，目前我們學生唯一辦法是退學。”
他講完後取出信箋兩卷，置於講台兩端，一為簽留，一為簽去，聽任學生自己決定。結果132人中有130人簽名退學。學生們將退學簽名簿送給馬相伯看，馬相伯老淚縱橫，欲泣無聲道：“我是天主教徒，為教會所控製，不能自由，我同意你們退學，並將學生所交學費退還你們。”學生們將震旦校牌摘下，收拾圖書、標本和各人的行李物品，一起帶出學院。徐彙天文台內一座新建的宿舍樓因無法搬走，隻好無償送給教會了。馬相伯也暫住進醫院，一所聲譽日著的震旦學院從此停辦。震旦學院散學後，過了幾天即由滬學會推馬相伯為會長，並召集離校學生，商議複校。學生們推定葉仲裕、於右任、邵力子、王侃叔、沈步洲、張軼歐等七人為幹事，協助馬相伯共同辦理複校事宜。便租定愛文義路（今北京西路）某宅為臨時聯係地點。學生們就用震旦學校校名牌，所添的校具、圖書、標本等物品存放該處。震旦學院散學後，社會各界人士深表同情，但因震旦學生中有不少是知名的反清誌士，為滿清政府所通緝，因而不敢公開支持。在辦學經費和師資都告缺的情況下，馬相伯向各方告急。其時，周馥任兩江總督、南洋大臣，馬相伯與他有舊交，即向他借當時空著的吳淞鎮台衙門作為學校，並要求幫助些複校經費。周馥除撥鎮台公署為臨時校址，發一萬兩銀子為學校開辦臨時經費，又撥交淞營地70畝為建校舍基地。馬相伯又聘請社會名流嚴複、曾鑄、薩鎮冰、熊季廉、袁觀瀾、狄葆賢等28人為校董，並發表《複旦公學募捐公啟》，向社會廣集基金，得到響應。徐家彙天主教耶穌會得知後，從中作梗，他們利用馬相伯捐獻的家產，盜用震旦學院名稱，於5月份向《時報》洽登廣告，宣稱徐家彙震旦學院定期招生開學。《時報》館負責人狄葆賢是馬相伯聘請的校董之一，便將此事告訴馬相伯。
1905年5月27日《時報》第一頁上，同時刊出兩張廣告。一張是徐家彙天主教堂刊登的《徐家彙震旦學院廣告》：“震旦學院因學生誤會意旨解散，而本堂及各教員於中國教育之前途，熱心未懈，即院中書籍、標本等一切無恙。現擬商訂學課規則，定期招考學生，於七八月間開辦，先此廣告。”另一張廣告為《前震旦學院全體幹事、中國教員、全體學生告白》“震旦解散後，一應器具暨書籍標本早經遷出，與教會毫無糾葛。舊時院名，久已消滅，此後倘有舊基重行建設者，無論襲用舊名與否，與舊時震旦殆毫無關。現暫借吳淞提轅，定於七月下旬開學，更名為複旦公學。”1905年8月中秋節，複旦公學在馬相伯、嚴複、熊季廉、袁觀瀾先生和全體學生的努力下，終於在吳淞正式開學。馬相伯為校長，由同學葉仲裕、於右任、邵力子等分管學校行政，仍和震旦一樣實行學生自治製度。初創時，全校臨時校舍，隻有20多間舊屋，既作禮堂，又作飯廳，還要作大教室，教師都住在上海，每天大清早乘淞滬小火車趕到學校上課。馬相伯以68歲高齡，仍自告奮勇，擔任法文教授，口講指劃，不以為苦。並設演說學，作為文科的必修課，還定規則，星期日上午，學生不準外出，由他擬定演說題目，命學生輪流練習演說。以後複旦畢業生有許多政治家、演說家，這和馬相伯提倡演說有關。