1917年，複旦公學改名為複旦大學。此後，法國天主教耶穌會，仍然襲用震旦舊名辦起學校，由華籍傳教士李問漁擔任教務長。1907年10月8日，逢孔子誕辰，學生們準備舉行謁聖禮，為天主教神父所阻，晚上學生在宿舍懸燈慶祝，燈上寫了“大哉孔子”四個字。李問漁見了十分惱火，指責學生不該寫這四個字，定要揭去。學生們對此置之不理。李問漁就命校工強行把燈除去。第二天，學生們罷課以示抗議，雙方相持不下，校方蠻橫開除了幾個為首學生。同學們更為憤怒，繼1905年而再次發生學潮，全院五班學生又全部散學離校。1905年秋，清延為挽救其政治危機，派五大臣出國考察憲政。1906年7月，慈禧下詔準備“仿行立憲”，兩江總督周馥聘馬相伯到南京，講演君主民主政製的得失及憲法精神。馬相伯就辭去複旦校長職務，由嚴複繼任。為處理留日學生發生的學潮，1906年馬相伯第三次奉命東渡。他向留學生們演說，說得非常懇切，聽的人都很感動，學潮逐漸平息。在演說中有“愛國不忘讀書，讀書不忘愛國！”梁啟超作了許多記錄。張之洞看了大加讚賞，認為馬相伯是中國第一演說家。此時，梁啟超在日本組織政聞社，宣稱致力於提高國民素質，推動立憲政治，因康有為、梁啟超不能出麵，請馬相伯擔任該社總務長（相當幹事長）。
馬相伯赴日本東京、橫濱等地，出席政聞社會員大會。1907年正月，政聞社本部從日本東京遷往上海，7月，清廷下令查禁全國各地政聞社。此時，於右任、楊篤生、葉仲裕等在上海創辦《神州日報》，馬相伯為其題詞：“以熱心毅力鼓舞國民，恢複我們神州二萬餘裏之權利，完成我神州四百兆同胞之責任，掃除三代以降小康之事業，而躋斯世於大同之景遠。”馬相伯東渡日本三年之間，複旦公學幾度易人，嚴複、夏劍丞、高夢旦相繼擔任校長，馬相伯雖為國事奔走，但對學校卻時時關心過問。
1909年，高夢旦辭職，校董會認為馬相伯是學校創辦人，現已由日本回國，仍請他擔任校長，在他繼任後，請於右任來校教授國學。當時於右任從事新聞事業，鼓吹革命，遭當局之忌，所辦《民呼》、《民籲》各報相繼被封，而馬相伯卻請於右任來校任教。辛亥革命爆發，為避戰火，馬相伯率全校師生避走無錫，暫借李鴻章祠堂繼續上課。上海光複後，他又把學校搬回，因原吳淞校址已為光複軍司令部借用，清政府已倒台，經費停發，學校曆年來聚集起來的標本、儀器同時被毀，學校隻能暫停辦。
1912年春，馬相伯向孫中山求援，經孫中山批準和莊蘊寬、陳英士都督協助，撥給徐家彙李公祠為校舍，並由南京臨時政府撥給經費萬元。學校繼續開學，馬相伯興奮地說：“我十年來所夢想共和政府下的學校，今天終於如願以償了。”李鴻章之子李伯行卻向馬相伯大發脾氣：“馬公，您說什麼不該強占李公祠。”馬相伯很率直地對他說：“並不是我強占，而是政府撥下的，不過我可囑咐學校對祠中紀念碑記、塑像等不動絲毫，一律保存。”學校光複後，校址和經費已解決了，馬相伯應邀去南京臨時政府任職，仍兼複旦校長，並聘請孫中山為校董，孫中山手書“努力前程”送給複旦師生，以資鼓勵。1913年，馬相伯應教育總長蔡元培邀請北上，擔任北京大學校長，不久被袁世凱總統府聘為高等顧問，就辭去北大校長。馬相伯在京四年多，曆任參政院參政，參議院參議，平政院平政都是當時袁府的花架子，名高而無實的職位。馬相伯曾和英斂之發起成立輔仁學社，在西山講授諸子百家之學，這就是輔仁大學的前身。後來大學辦成，英斂之請馬相伯擔任校長，他因年老體衰，但對輔仁大學還是極力襄助，又讚助英斂之妹妹在北京創辦了培根女校。馬相伯本想為國做點事，和章太炎（總統府最高顧問）及梁啟超（袁府部長）發起組織“函夏考文苑”，袁世凱雖然批準了但並不真心要辦，僅敷衍一下而已，經費和地方拖延未決，終未辦成。