馬相伯起居有時，飲食有定量，腦子不用於求升官和發財。他每天一早4：30起床，上午在沙發上睡半小時。早餐是一大碗牛奶、咖啡，四塊奶油蘇打餅幹，一小瓶胚胎素藥粉；中午是一碗雞汁，三隻燉雞蛋，四到五塊餅幹，飯前一小杯紅葡萄酒，飯後一小杯薄荷酒；晚上喝一碗粥，不用菜。此外，一杯清茶，天天如此，餐餐如此。
每個星期天，馬相伯寓所如不是高朋滿座，那就是孩子的天下了。馬相伯喜歡孩子們頑皮，捉迷藏，他還當指揮。他說頑皮的孩子才有健壯的身體和聰明的頭腦，他講到自己童年時頑皮勁兒，逗得大家哈哈大笑。馬相伯家裏用的菜盤都是特大號的，盤子裏的菜裝得高高的，孩子們吃得菜盤子底朝天，馬相伯就高興了，他把大師傅叫來，學著上海口音說：“今朝儂生意好來！”如果菜盤子剩的菜多，他就會把臉拉長起來，這時孩子們就知道老太爺不高興了，隻有孫女馬玉章能讓爺爺變怒為笑，他指著馬玉章說：“你這頑皮的猴子！”
馬相伯獨子君遠和邱任我結婚不到兩年，於1923年病逝。這時邱任我才18歲，女兒馬玉章才滿100天。族人認為馬相伯除了辦震旦大學外，一定還留有很多財產，因此千方百計地要兒媳邱任我和孫女玉章離開馬相伯。馬相伯沒聽信這些閑話，將親家母和兒媳母女接到北京，馬相伯不主張兒媳守寡，他要認兒媳邱任我為女兒，並另擇配偶。他征求親家母的意見，親家母不同意，邱任我也不同意。親家母認為女兒應該侍奉公爹，和撫育孤女。在馬相伯要離開北京之前，他先把兒媳邱任我家三人送返上海。
不久，馬相伯離開北京來上海後，隱居土山灣孤兒院的紅樓上。每到初九，馬相伯到孫兒馬玉章一家同吃夜飯，其他日子，他閉門不出。馬相伯在93歲前還上樓下樓跑來跑去，有一次不慎跌了一跤，他就不能上下自如了。蔡元培、於右任等集資為他裝了一座小電梯，可直達三樓。電梯門對客廳，本名“綠野堂”，後改為“樂善堂”，廳上有橫額，左右懸掛陸徵祥寫的“樂於天命，善於人同”對聯。西壁掛於右任手書王了一的《和歸去來辭》八幅，陳設簡單，他會客和吃飯都在這裏，救國會開會也常常借這裏舉行，一些愛國青年，也紛紛到樂善堂親聆他的教誨。馬相伯隱居20年，但他老是閑不住。每天接待很多來賓，醫生一再請他靜養他也不聽。在90歲前，馬相伯擔任過江蘇財政交代核算委員會會長，又做過上海天主教友辦的《天民報》的總主筆，一篇發刊詞寫成二萬多言。
他90歲壽辰時，蔡元培、於右任等發起在徐彙公學禮堂舉行祝壽會，各方壽聯很多，其中有於右任的“先生年百歲，世界一辰星”。張元濟的“博學多聞，（革是）澤寄象；修道益壽，眉梨耄鮐”。吳稚暉的“得天獨厚，應壽一萬八千齡，才經過二百倍分之一；其道大光，曾傳三千七十子，皆能位兩間壹是於三”等，馬相伯也寫了一副自壽聯：“有生可悟長生樂，今世當知後世因”。
為祖國學法語
1851年冬，寒風凜冽，冰凍山河。天剛放亮，12歲的馬相伯瞞著父母溜出家中，帶著自己積攢的幾塊錢作盤纏，獨自搭民船離開鎮江，坐了整整兩天的船，才到上海。到了上海後，經友人介紹，他到徐家彙天主堂，去法國天主教耶穌會所辦的聖依納爵公學（1927年改徐彙公學，現為徐彙中學）報名。老師打量他一番，詢問一番後又問：“你從前在鎮江私塾每天讀書幾行。”馬相伯不緊不慢地回答：“十二行。”這時，教師便也教他讀十二行，馬相伯並不誦讀，看了片刻，背起來很熟。教師覺得奇怪，便加到二十四行，後又加到六七十行，馬相伯仍可以一字不差地背得爛熟，眾人無不稱奇。
徐家彙最初是一塊荒地，明朝相國徐光啟信奉天主教，在上海第一個倡導開教，去逝後落葬築墓於此。徐家子孫住在這裏守墓，加上掃祭徐墓的人，人口逐漸多起來，成為熱鬧的徐家彙鎮。1847年天主教在徐家彙建造徐彙天主堂，成為中國天主教會的發源地。1849年5至6月間，上海淫雨成災，因徐彙教友懇請，法國傳教士在徐彙天主堂中設立聖依納爵公學，學堂為茅屋數間，開始隻有12名學生，到了馬相伯入學時，已有學生40人。