1963年撰寫了《〈紅樓夢〉劄記》。
1966年文革爆發，一切公開的讀書寫作活動被迫中止，但私下裏治學不輟。由於他精通書法，常被造反派命令抄寫大字報。
1971年參與組織標點《二十四史》和《清史稿》的工作，與王鍾翰等負責標點《清史稿》。
1975年夫人章寶琛逝世。
1976年粉碎“四人幫”之後，師大恢複課程。
1977年《詩文聲律論稿》由中華書局出版。
1978年文革後落實政策仍被聘為教授。
1979年《古代字體論稿》由文物出版社出版。
1981年《啟功叢稿》由中華書局出版。同年，中國書法家協會成立，被推為副主席。應香港中文大學邀請赴香港講學，作關於漢語和《紅樓夢》的講演。
1982年國家古籍整理出版規劃小組成立，任該組成員。
1983年應中宣部《中國美術全集》辦公室聘請，任《中國美術全集》顧問。參與國家文物局組織的由七位專家組成的中國古代書畫鑒定組，負責甄別、鑒定北京及全國各大城市博物館收藏的古代書畫作品的真偽。
1984年被聘為博士研究生導師，被選為中國書法家協會主席。
1986年被任命為國家文物鑒定委員會主任委員。
1989年4月，任中央文史研究館副館長。《啟功韻語》由北京師範大學出版社出版。
1990年《論書絕句一百首》由香港商務印書館和北京三聯書店出版。該書以詩的形式總結了他幾十年來書法實踐的係統理論，對曆代書法家有評論，對書法的結字、用筆有獨到見解。為設立“勵耘獎學助學基金”，在香港舉辦“啟功書畫義展”。
1991年任國家古籍整理出版規劃小組顧問。《漢語現象論叢》由商務印書館（香港）有限公司出版。同年11月底，將義賣字畫所得一百六十三萬餘元全部捐給北京師範大學，設立“勵耘獎學助學基金”。9月，赴日本東京、大阪訪問，參觀大阪博物館收藏的中國書畫珍品。
1992年全國政協、北京師範大學、榮寶齋聯合舉辦“啟功書畫展”，先後在北京、廣州和日本展出。《說八股》、《啟功論書劄記》、《啟功書畫留影冊》由北京師範大學出版社出版。
1994年赴韓國進行書畫交流。榮寶齋與韓國東方畫廊聯合舉辦“啟功·金膺顯書法聯展”，先後在北京和漢城（今首爾）展出。《啟功絮語》由北京師範大學出版社出版。
1995年《啟功論書絕句一百首》、《啟功書畫作品專集》由榮寶齋出版。
1996年10月，赴美、德、法三國訪問，參觀三國國家博物館所藏中國書畫珍品。
1997年4月，中央文史研究館組織書畫代表團赴新加坡，舉辦中央文史館館員書畫作品展，啟功任團長。10月，應香港商務印書館邀請，赴香港出席慶祝香港回歸祖國暨商務印書館建館100周年活動，為香港回歸創作書畫作品多件。《啟功論書絕句一百首》日文譯本在東京出版。
1996年任北京師範大學教授、博士研究生導師。是中國人民政治協商會議全國委員會第五屆委員和第六、七、八、九屆常務委員，國家文物鑒定委員會主任委員，中央文史研究館副館長，中國書法家協會名譽主席。
2005年6月30日2時25分病逝於北京。