1936年6月5日，軍訓官黃雲山向竺可楨報道，學生代表昨晚決定參加全國學聯救國會，定於今日8時召開全體大會。黃認為這是“反動組織”，而竺可楨隻是認為學生擅自停課開會時不能容許的，遂會同鄭曉滄、李壽恒找到學生會主席梁濤談話，後又趕至集會地點勸導學生回教室上課。竺可楨認為梁等任意停課不妥，對梁的辯解也不甚滿意，但當黃報告杭州公安局將逮捕梁濤時，竺可楨立即通知梁立即離校避風，由學校做停學一年處理。
1937年6月19日，浙大畢業考試剛結束，竺可楨正在主持畢業生招待會，省黨部編排來幾個便衣特務誘捕了土木係四年級學生侯煥昭，又從侯的宿舍收出與外文係學生陳懷白的來往信函，其中有批評政府的言論，於是便要求再找陳“談話”。竺可楨看完信函，認為“亦無甚大逆不道之處”，拒絕了省黨部的要求，隻是找來時事研究會的負責人，要他們向訓育處說明情況，並囑“以後注意勿再發生誤會”。又於24日派訓育處陳柏青陪同侯的親戚將侯保釋出來。
1940年，原浙大訓導長薑某辭職，經慎重考慮，竺可楨決定起用無黨無派、敢於仗義執言的政治學教授費鞏出任訓導長。費鞏是袁世凱長子袁克定的女婿，不過其父親費樹巍身為袁世凱親戚卻堅決反對袁世凱稱帝。費鞏所景仰的是唐德宗年間的翰林學士陸贄，所信服的是英國的文官製度。他常常用陸贄的言行啟導學生：“教以存心仁厚，舉止厚重，砥礪風節，持正不阿”。出任訓導長之前，費自言道：“本來天性泰然，乃以是否就訓導長一事而心緒紛煩。出任則可一展抱負，為學生解除痛苦……不出則懼此一席複不得人，莘莘學子拯拔何日，思維再四，夜眠不安”，在出任後的就職演講中，費又對學生言道：“訓導長有人稱為警察廳長。但吾出來做，決不是來做警察廳長或偵察長。吾是拿教授和導師的資格出來的，不過拿導師的職務擴而充之。吾願做你們的顧問、做你們的保姆，以全體同學的幸福為己任”。
費鞏在他的《就職宣言》中聲明：“吾不要訓導長的薪俸，仍要教授原薪，一年可省出四五千元錢來，要求拿這筆省出的錢用在學生物質生活的改良上麵。”此後，費身體力行，自己動手燒開水給學生燙床上的臭蟲。學生宿舍燈光太暗，費便親自設計一種亮度大而煙氣小的植物油燈，用自己的薪金購買玻璃、鉛皮等材料，製作800多盞分發各室，並言“燈火改善，足護目力，此亦有益學子終身，雖費似亦值得”。學生們為表達對他的敬重與感激之情，親切地稱之為“費鞏燈”。其間，費為保護學生學籍，免受無理開革，抱病參加會議，在細雨中撐傘緩步來到校本部開會。同學若受迫脅，或有疑難，費會就商於當時國民黨遵義地區的專員高文伯，因為他們是留英時的同學。費的仁厚，竟至於達到天真的程度。費鞏認為“思想這東西是無法統一的，我們做學生的導師，倒並不是要我們去監督學生的思想，而是要我們去積極培養學生品格”，在費的支持下正式開辟《生活壁報》，鼓勵學生暢所欲言，使《生活壁報》成為浙大學生的一個民主論壇。
昔年陳布雷就表示過訓導長需由黨部之人出任，國民黨對費擔任訓導長一職耿耿於懷，指令浙大：“早日物色繼任，不容久令非黨員攝行”，費身非國民黨員，“內外交迫，外則教部之表示，內則盡是讒言”，終於被迫於1941年1月辭職。竺可楨未曾料及數年之後，國民黨特務竟在重慶千廝門碼頭劫持費鞏，將費囚禁於重慶中美合作所，最後折磨其致死，屍體被投入歌樂山集中營的鏹水池中滅跡。
1942年，浙大學生在遵義開大會決定上街遊行，要求國民黨政府撤換貪汙腐敗的行政院長孔祥熙。這是竺可楨就任浙大校長之後碰到的第一次學生上街示威遊行，且這次遊行又發生在國民黨的“模範省”貴州，事情顯得格外嚴重。事前西南聯大已經舉行遊行，教育部電令浙大必須阻止這種遊行。竺可楨深感事態嚴重，至學生集會地點，從七點半至九點半，再三勸說學生隻在校內活動，不要出外。可是學生情緒高昂，終於還是不受勸阻，於上午十點衝出了學校，上街遊行。其時街上軍警已密集站崗，竺可楨知道國民黨軍警已準備鎮壓，可能發生流血衝突，便立即派人到專員公署和高文伯專員打招呼，請他對學生遊行有所諒解，又親自走訪步兵學校校長兼警備司令張卓，請他不要讓軍警幹涉。竺可楨想既不能阻止學生遊行，就必須在遊行時親自在場，以盡力維護參加遊行學生的安全，防止國民黨軍隊的襲擊衝突。遂又手持小旗，趕至學生隊伍前頭，參加遊行。當局果然未敢下手，讓學生遊行完全程。