1963年，中國人民大學老校長吳玉章急請總理給他派一得力助手，中央經慎重研究，決定讓郭影秋任人民大學黨委書記、副校長。1963年5月，郭影秋隻身來到中國人民大學，拿著組織介紹信和黨的關係到黨委辦公室報到。
郭影秋到校後，親自找受過錯誤批判的同誌促膝談心，消除他們的怨氣，勉勵他們大膽地工作。他也找錯誤地批判過別人的同誌總結經驗教訓，鼓勵他們主動去做解疙瘩、講團結的工作。
由於郭影秋對中國人民大學的情況掌握得清、矛盾抓得準，身體力行，到校後半年工夫就駕馭了局麵，為中國人民大學的發展進步奠定了思想基礎和組織基礎。為了爭得這種工作局麵，郭影秋不知付出了多少心血！正如他的一首自題詩所吟：“半截林園道，遑遑夜未休，歸來兒睡足，當戶數牽牛”。
郭影秋懂得教育工作規律，明確學校的中心任務是教學。他在到職後頭一次參加的開學典禮上就指出：“學校的中心工作是繼續貫徹黨和政府關於高等教育的方針政策，把一切工作都轉到以教學為中心的軌道上來，進一步提高教學質量。”他親自兼任教務部主任，要求各專業、各學科根據學校的發展方向製訂或修訂教學計劃，強調要加強基礎知識、基本理論和基本技能的訓練。他認為基礎課學得好不好，不隻關係到專業課能否學好的問題，而且還關係到學生畢業以後在業務上能否繼續前進的問題，關係到今後若幹年內科學、學術領域繼續前進的問題，關係到攀登科學高峰的問題。因此，他不拘泥於本科學生前三年學完專業基礎課的傳統做法，要求專業基礎課學得不好、不紮實的，要在今後兩年補補課，務必把專業基礎課學得深一些、厚一些，知識麵寬一些，掌握得牢固一些。
郭影秋雖然強調要加強專業基礎課，但他又指出必須從學生的學習時間和接受能力等實際出發，不要使學生的學習負擔過重，要貫徹少而精的原則。他說，少而精關鍵不在於少，而在於精，不是教學內容簡單的削減，而是精湛得少。這樣才有助於學生獨立思考，才有助於學生生動活潑地學習，才能真正做到專業基礎打得紮實，提高教學質量。要做到少而精，主要靠教師，隻有教師水平提高了，才能做到去粗取精、深入淺出。
郭影秋在抓教學的同時，也十分重視科學研究工作。人大清史研究所就是郭影秋根據周恩來和董必武生前的願望親自領導籌建起來的。為了籌建這個所，郭影秋傾注了自己大量的心血。他親自兼任該所的前身——清史研究小組組長，確定研究方向，製訂研究規劃，參加學術討論，評價研究成果。在中國人民大學被撤銷時，為了保存這批研究力量，郭影秋費盡唇舌說服上級領導機關把中國曆史教研室改為清史研究小組，把學校相近專業的教師吸收進來，然後附設在北京師範大學。這樣，一批具有相當專業基礎和研究能力的人才便完整地保留下來了。
郭影秋虛懷若穀、禮賢下士，他剛到中國人民大學就登門拜訪了30位學有專長的教授，虛心聽取他們對辦學的意見。一些教授們回憶說：“郭影秋在聽取意見時，總是細心聽、認真記，並且也談他自己的看法，互相交流思想，就像同老朋友談心一樣。”他還參加過他召開的青年教師座談會，經常和藹可親地向與會者問長問短，了解他們的工作和學習中的困難和要求，並語重心長地向他們提出勉勵和期望，使大家受到激勵和鼓舞，增強了信心和力量。那個時期，他深入到學校的各個部門，他的身影不時出現在課堂中、操場上與夥房裏。他還重點到矛盾突出的老大難單位，逐一進行對話，找出形成矛盾的症結，鼓勵大家要團結一致向前看。
郭影秋十分關心知識分子，總是在自己力所能及的範圍內給予其保護。例如，有的上級權威人士在會議上點名批評某位教師，郭影秋聽到後，首先做的事是了解真實情況。當他發現與事實不符時就勇於向上級反映事實真相，對受到不公正批評者熱情相待。
由於郭影秋堅持黨對知識分子政策的優良傳統，深入調查研究，貫徹執行黨的正確教育方針，及時調整學校機構和領導班子，所以全校的教學、科研與行政後勤工作很快有了大的推進和提高。到1966年，整個學校的麵貌煥然一新，中國人民大學呈現出一派生機勃勃、欣欣向榮的大好局麵。郭影秋也被人們稱頌為德才兼備的好校長，受到全校師生員工的尊敬和愛戴。