另外，從清官檔案的記載中可以看出，從十月三十日發痘到十一月二十日，痘情已經基本得到控製，痘結痂脫落。據現存於故宮的《萬歲爺天花喜進藥用藥底簿》中記載，在十一月十六日，同治身上的天花表麵“痂漸脫落，惟腎虛赤濁，餘毒挾濕、襲人筋絡。以致腰軟重痛，微腫不易轉坐，腿痛筋攣，屈而不伸，大便秘滯”。但是到了二十日，病情開始急轉直下。又突然流毒繼發，而且部位集中腰臀，潰爛流膿，繼發失眠多夢、遺精尿血等並發症狀，又並非是一般出水痘的症狀。同治帝的死因引人聯想。
人們懷疑同治帝不是死於天花，而是死於梅毒！
梅毒是一種慢性接觸性性病。起源於美洲，十五世紀哥倫布發現新大陸後，梅毒通過海員和士兵在歐亞兩洲迅速傳播，十六世紀以後傳人我國廣東嶺南一帶，後逐漸傳人內地，大多流行於社會底層，尤其是花街柳巷。因為患者皮膚上毒瘡紅腫潰爛，狀似楊梅，民間就名之為“楊梅瘡”，簡稱為“梅毒”。
人們懷疑同治帝死於梅毒並非毫無根據。
第一，人們認為他有感染梅毒的可能。
據說同治帝在選皇後的時候，與慈禧發生了意見分歧。同治以慈安太後鍾意的阿魯特氏為後，以慈禧屬意的富察氏為妃。於是，慈禧千方百計地離間帝後二人的關係，派太監阻止皇帝和皇後相見，又強迫同治帝親近慧妃。同治帝雖有一後四妃（慧妃之外還有瑜妃、瑤妃和珣妃），卻左右不是，不能自主，因此索性誰也不親近，終年獨宿乾清官。又有傳言說，不止一人在市井中親眼見過同治帝的行蹤。後來，宮中就傳出同治帝出痘病重之事。據此，人們有理由懷疑，皇帝微行時染上了梅毒。
第二，人們認為他臨死的症狀像梅毒。
同治帝從十一月二十日以後，開始出現毒瘡，而且毒瘡在腰部，潰爛如洞，流膿不斷，疼痛不止，麵頰腫硬，口噴臭氣。然後身體潰瘍，並蔓延連接在一起，最後“走馬牙疳”而死。這一症狀與梅毒患者臨終十分相像，人們便認為他是染梅毒而死。
那麼，同治帝真的死於梅毒嗎？
我們不能完全排除同治得病以前已經患有梅毒的可能。因為同治帝的微服私訪不僅僅在時人筆記、稗史中有所描述，而且在《翁同穌日記》中也有記載，因為朝野早已議論紛紛，哄傳皇帝在寵臣和太監的帶領下冶遊、私訪，隻是礙於君臣名分不敢直說。關鍵是，同治帝是否就一定死於梅毒？
根據現代醫學知識，梅毒感染發病過程非常緩慢，要經過三個發展期，如果達到全身潰爛，不治而死的程度，必須得五年以上甚至更長的時間。依據史料判斷，同治帝即使死前真的感染梅毒，病史也不應該很長。如果沒有其他材料的印證，就確認同治帝死於梅毒，這樣的說法還有待商榷。
盡管人們對同治帝的死因滿懷疑問，但看上去每人都為同治帝的喪事悲涕奔忙。然而，每個人的心中又似乎都在思考著同一個問題：同治帝雖然後宮美女如雲，竟然沒給大清皇朝留下半個可供傳承皇位的子嗣。所謂“國不可一日無君”，那麼這一國脈所係的頭等大事究竟應該如何解決？誰將是未來的皇帝？
4.選為帝嗣
據說，同治帝駕崩之時，同治皇後阿魯特氏已經懷有身孕，但是權力欲望強烈的慈禧卻以南方叛亂未平，如果他們知道朝廷無主，形勢危急，恐怕大清江山不保的借口宣布為同治帝“立嗣”。
慈禧宣布為同治帝立嗣後，圍繞著皇位繼承人這個問題，宗室親貴就開始在私下裏議論紛紛，並出現了如下幾種推測：
第一，在“溥”字輩中進行挑選。
清朝的皇統一直是父死子繼，可同治帝死後已經無法按此規矩辦事了。那麼誰有資格當皇帝呢？按照清朝的慣例和中國曆史上的皇位繼承製度，繼承人選應該從比同治帝低一輩的“溥”字輩近支宗室中挑選，算是為同治帝立嗣承祧。雖然這是一個沒有辦法的辦法，但也符合“父死子繼”的傳統。可當時“溥”字輩的人隻有兩人：溥倫和溥侃。溥倫十七歲，而溥侃隻有八個月，他們都是道光帝長子奕緯的孫子。八個月的溥侃太小，沒有繼承大統的可能，而十七歲的溥倫與八個月的溥侃相比，年齡適合，但是考慮到血緣，問題又出現了。溥倫父親是道光帝長子奕緯的嗣孫。可溥倫雖是道光帝長子長孫，但他身上並沒有流著道光帝的血液，甚至連嘉慶帝的血液都沒有：溥倫的父親載治是過繼給奕偉的，他的親祖父乃是皇族的旁係。因此“溥”字輩能否繼立，還有待商榷。最關鍵的是，如果立溥字輩的，就是為同治皇帝立嗣.一旦選定，同治皇後阿魯特氏就是皇太後，慈禧太後就是太皇太後了。如果垂簾聽證的話，那也是同治皇後阿魯特氏，而不是慈禧太後了。這對權力欲很強的慈禧太後來說是絕不能接受的。因此在溥字輩中選擇皇位繼承人，似乎成了問題。
第二，選“奕”字輩中的奕訴繼統。
盡管六王爺奕訴是道光帝生前最鍾愛的皇子，但卻陰差陽錯與皇權失之交臂。
首先，奕訴與鹹豐帝是兄弟，如果奕訴成為皇帝，那麼將鹹豐帝與同治帝父子置於何地？曆史上鮮有“叔王”繼統的先例，即使有，又將置慈禧太後於何地？難道她能以“寡嫂”的身份終老於後宮嗎？