但是在平壤失陷、黃海重創後，日本取得了陸海兩方麵的戰爭主動權。相反，中國的抗戰卻陷入了被動的地位。這時，以慈禧太後為首的主和派占了上風。
由於光緒帝在戰和問題上態度鮮明，公開拒絕與主和派合流。慈禧便采取了殺雞做猴的手法，企圖以此來脅迫光緒帝和削弱主戰派勢力。
慈禧借口珍妃“賣官”事宜，先是用後宮的“家法”，將珍妃當眾杖責，並將其和瑾妃降為貴人，將光緒帝及珍妃身邊“涉案”的太監或殺或充軍，死者達60餘人。更嚴重的是，不準二妃在平時向光緒帝呈送物品，企圖切斷他們之間的感情紐帶。然後明旨給皇後，授意她打探光緒帝與嬪妃的一切事宜，並隨時上報。
從表麵上看，慈禧懲處珍妃，是為了維護大清的祖製家法，冠冕堂皇，實際上是“後黨”對“帝黨”的一次反撲和嚴厲打擊，是皇權鬥爭中的插曲。“帝黨”遭到這次打擊後，元氣大傷。
3．馬關條約
威海衛保衛戰的瓦解和北洋水師的全軍覆滅，使得清政府在戰略上遭到沉重打擊。以慈禧為首的主和派完全陷於失敗主義的泥潭中，認為隻有屈從日本，才能保住自己的地位。
光緒二十一年二月初九（1895年3月5日），慈禧派李鴻章作為全權代表赴日談判，三月二十三日（4月17日）李鴻章代表清政府簽訂了中日《馬關條約》。
《馬關條約》的主要內容是中國要把遼東半島和台灣全島及所有附屬各島嶼包括澎湖列島割讓給日本，賠償日本軍費白銀二億兩，添設湖北沙市、四川重慶、江蘇蘇州、浙江杭州為通商口岸。還規定日本人在各通商口岸可以自由從事工藝製造，並可以將各種機器自由裝運進口，日本在中國製造的貨物與進口貨物享受一樣優待的權利。最後一條對當時的日本來說並不是太現實的需要，但是根據列強利益均沾的原則，歐美資本主義國家可借這一條款，進一步拓展他們在中國的投資，對其極為有利。這個條約表明外國資本主義對中國的侵略已開始進入帝國主義階段，大大加深了中國的半殖民地化和民族危機。
經李鴻章草簽的《馬關條約》以最快的速度送到北京，消息傳開，在全國引起了強烈反響，要求廢約的呼聲高漲。在京參加科舉的各省舉人1300多人公推康有為執筆上書光緒，反對簽約，提出改革政治，建議以賠款為戰費，遷都再戰，這就是曆史上有名的“公車上書”。公車上書是近代中國知識分子衝破禁製，第一次參加反對帝國主義的群眾性運動。台灣人民得知台灣被割讓，痛哭流涕，堅決反對。他們紛紛組織義民軍，推舉台南守將劉永福任軍統，共同抗日。台灣軍民在極度困難的條件下仍然堅持戰鬥。最後，義軍大部分戰死。台灣軍民4個多月的抗戰，給了日軍以沉重打擊，殺傷敵人3萬多。在這以後漫長的半個世紀中，台灣人民反抗日本侵略的鬥爭始終沒有停止過。愛國詩人丘逢甲於1896年所作的《春愁》反映了台灣人民的悲憤之情：
春愁難遣強看山，
往事驚心淚欲潸。
四百萬人同一哭，
去年今日割台灣。
《馬關條約》割地麵積之大、賠款之多大大超過了當年的《南京條約》，引起了白鴉片戰爭以來清朝統治集團內部的最大震驚和痛心，連在疆臣中很有影響的洋務派頭麵人物劉坤一和張之洞也激起愛國良知，上書朝廷要求廢約再戰。
但是由於清朝統治集團的腐敗無能，內部爭論不休，光緒親自到頤和園向慈禧請求，慈禧也隻是含糊其詞，並不明確表態。四月初八，光緒揮淚批準了《馬關條約》。十四日，中日雙方代表在煙台正式換約生效。
《馬關條約》的簽訂，在中國人民的身上增加了一道沉重的枷鎖，中國社會在半殖民地的陷阱裏又加深了一步。光緒在山窮水盡的困境中揮淚簽字批準《馬關條約》，對此他一直耿耿於懷，心中常存“朕何以為天下主”的白愧。
甲午戰爭對遠東戰略格局產生了深刻的影響。日本既占台灣，又獲2.3億兩白銀的戰爭賠款，其資本主義經濟以此為契機更加迅速發展起來，並進一步擴軍備戰，遠東的主要戰爭策源地開始形成。
中國割地賠款，半殖民地化速度進一步加快，民族危機愈益深重。巨額的賠款轉嫁到廣大農民身上，人民流離失所。
同時也促使中華民族日益覺醒，資產階級維新運動和義和團反帝愛國運動迅速高漲。
4．不做亡國君
甲午戰爭中國的慘敗和《馬關條約》的簽訂，尤其對手是曆來被中國視之為“倭寇”的島國日本，這對全國上下特別對光緒是一個很大的觸動。光緒沒有被這次失敗所擊倒，而是進行了深刻的反省，決心振作精神，安定人心，重新建樹皇帝的權威，不做亡國之君。