這次召見兩天後，榮祿被授予大學士管理戶部事務，授予剛毅為協辦大學士調任兵部尚書，從而進一步提高了後黨兩大骨幹的地位，又擴大了慈禧核心班底的權勢。
就在光緒頒布《明定國是詔》的第五天，即四月二十七日（6月15日），慈禧又勒令光緒宣布了三道諭旨和一個任命：第一道諭旨是以攬權狂悖為罪名將協辦大學士、戶部尚書翁同龢革職勒令回鄉休養，第二道諭旨規定以後凡是補授二品以上大臣均須向慈禧太後具折謝恩，第三道諭旨是當年秋天光緒恭奉慈禧太後乘坐火車到天津閱操。一個任命是將王文韶調任軍機大臣，任命榮祿暫時署理直隸總督。
大學士、軍機大臣兼戶部尚書翁同龢已經是連續擔任皇帝老師二十多年的帝黨領袖，他一直在皇帝和太後之間進行調和，他也是最早接觸並向光緒推薦康有為的第一個清廷大員，在清政府的統治集團裏，他是光緒決心變法的支柱。因此反對變法的官僚已經把翁同龢看成一個眼中釘、肉中刺了，慈禧任命榮祿管理戶部事務，就是為頂替翁同龢做準備的。隨後，當光緒去頤和園向慈禧請示頒布“國是詔”時，慈禧在表示同意此詔時，提出的前提條件是必須撤掉翁同龢。
這一天，恰好是翁同龢的生日。離京之前，翁同龢急忙來到宮門希望能見光緒最後一麵，他跪在路邊向皇帝叩頭，年輕的光緒竟然沒敢召見翁同穌。很快，翁同龢被迫離開北京，回他的家鄉江蘇常熟養老，直至終老。
慈禧在光緒頒令變法之初，先將他在內部的支持者翁同龢除掉，對變法革新事業來說，無疑是一個極為沉重的打擊。當時有的評論家認為：如果翁同龢沒離開，戊戌政變可能不會發生，翁同龢一定會有辦法進行調和的。翁同龢自己也在日記中寫道：我若在，決不會讓他們決裂到那種地步。
與此同時，慈禧太後重新收回對重要官員的賞賜和任命權，從而限製了光緒任用新人推行變法的活動餘地。並把王文韶調入軍機處，加強了自己在清中央的實力陣容，將其親信榮祿安插在直隸總督北洋大臣的位置上，並以其統轄警衛京津的北洋三軍，從而進一步鞏固了後方。慈禧讓光緒陪著自己到天津檢閱全國最有戰鬥力的北洋軍隊，閱兵是兵權所屬的示威性舉措，隻有真正掌握兵權的人才有資格檢閱軍隊，這樣慈禧就向各界傳遞了一個信息，即兵權還在慈禧的手中。
榮祿當時曾懇請慈禧再垂簾訓政，但慈禧與光緒的矛盾並沒有達到水火不相容的地步，慈禧感到沒有必要直接垂簾，還是退居幕後指揮為好。所以她一方麵允許光緒實行變法，另一方麵也做好了預防發生意外情況的防範措施。
7．變法失敗
光緒二十四年七月底（1898年9月），光緒帝又加大了反擊頑固派官僚的力度，一舉罷免禮部六堂官並將李鴻章、敬信逐出總理衙門，把鬥爭矛頭明顯地指向了慈禧的班底。幾天之內，光緒連發上諭，罷免了一些不稱職的大臣，從而引起了守舊大臣的恐慌，他們集體向慈禧告狀，誣告光緒變亂祖宗法製，敦請太後出麵訓政，收拾殘局。此時慈禧雖然心懷不滿，但感到事情還不像一些舊臣渲染得那麼嚴重，不想自己出麵訓政，隻是想適當時候勸一勸光緒。
在口頭上的勸阻已不起任何作用的情況下，慈禧便密派內務府大臣懷塔布等七人乘火車到天津找榮祿商議一下對策。
雖然守舊的大臣們一直叩請慈禧再度訓政，但她卻沒答應，但後來守舊派的造謠以及維新派所做的幾件事卻徹底改變了慈禧的想法，使她痛下決心發動政變。
先是內務府大臣立山跪請慈禧訓政，慈禧沒有答應，於是他向慈禧造謠說：“皇上派太監到各國的使館，請求幫助廢去太後。”慈禧最擔心的是外國列強逼迫她下台，聽到這個消息，覺得不能容忍，非常生氣。
接著光緒召見了伊藤博文。伊藤曾經四任日本首相，三任樞密院長被認為是明治國家權力的象征。他於光緒二十四年七月二十六日（1898年9月11日）由朝鮮來到天津，當時朝廷上下一片流言，說伊藤是康有為特意安排到中國來的，將要進軍機處，恰好光緒拍來電報，想見伊藤。光緒的本意也隻是想當麵詢問伊藤，日本究竟如何改革，如何富強的，深入地了解一下日本明治維新的情況。可這一舉動似乎印證了光緒要聘用外國人為顧問官的流言。
伊藤在與康有為見麵時試探性地打探中國變法的底蘊，康有為便敘述了慈禧太後牽製、光緒無權、守舊大臣阻撓的情形，並請伊藤能夠勸說一下慈禧太後，伊藤滿口答應。得到消息，慶親王奕劻等再赴頤和園，哭請太後訓政，並說光緒於八月初五會見伊藤，到時中國的事對外泄露，權力就會不歸太後所有了。慈禧聽了這樣的話，於前一天匆匆回宮，光緒接見伊藤時，慈禧便坐在屏風後麵監聽，結果光緒嚇得隻是與伊藤寒喧了幾句，沒敢多談。