明治二十七年（1894年） 43歲，朝鮮全羅道、忠清道爆發了大規模的農民起義，矛頭直指洋人和日寇以及本國腐朽王朝。朝鮮當局無力應付，請求清政府幫忙鎮壓。日本也借口鎮壓叛亂同時出兵，並發動中日甲午戰爭。明治天皇把大本營從東京遷到廣島，在此滯留225天。
明治二十八年（1895年） 44歲，中日甲午戰爭結束，清政府戰敗。李鴻章赴日簽訂了空前喪權辱國的《馬關條約》，日本侵占台灣省。在俄國、法國和德國的幹涉下，“歸還遼東”。
明治二十九年（1896年） 45歲，與清政府締結《日清通商航海協定書》，增設八處租界，成為列強在華獲得租界最多的國家。
明治三十年（1897年） 46歲，皇太後崩逝，諡號“英照皇太後”。
明治三十一年（1898年） 47歲，俄國迫使清政府簽訂《旅大租地條約》，俄國與日本在中國的利益爭奪漸趨激烈。
明治三十二年（1899年） 48歲，與清朝政府簽訂福州、廈門日本租界協議書及其附件。
明治三十三年（1900年） 49歲，派兵參加八國聯軍，鎮壓中國的義和團運動。嘉仁皇太子與九條範子姬成婚。
明治三十四年（1901年） 50歲，皇孫出生，即日後的裕仁天皇，生母是大正天皇的皇後良子。
明治三十五年（1902年） 51歲，清政府與俄國簽訂《中俄交收東三省條約》，讓一直垂涎中國東三省的日本憤憤不平，同時，與俄國的矛盾日趨緊張。
明治三十六年（1903年） 52歲，明治天皇前往大阪，參加“勸業博覽會”的開幕式，並討論與俄國的關係等問題，日本與俄國的戰爭危機已經潛伏下來。明治天皇親自主持了有元老及內閣主要成員參加的禦前會議，想以“滿韓交換”為條件，謀求與俄國的暫時和解，但沒有得到俄國的允許。
明治三十七年（1904年） 53歲，日本政府與俄國絕交，明治天皇曾有退縮的打算，但為侍從所勸阻。以中國為戰場，日俄戰爭爆發，清政府宣布“中立”。
明治三十八年（1905年） 54歲，向全國國民，特別是陸海軍軍人，頒布和平勝利詔敕。日俄戰爭以日本勝利、俄國失敗而宣告結束，簽訂《樸次茅斯條約》。根據條約，俄國的勢力從中國東三省和朝鮮全麵撤出，日本繼承了俄國在中國的一切特權，並成為朝鮮的保護國。
明治三十九年（1906年） 55歲，在大連設立“南滿洲鐵道株式會社”，簡稱“滿鐵”，是專門從事搜集中國情報的國策部門。
明治四十年（1907年） 56歲，明治天皇的親生母親中山慶子去世。
明治四十一年（1908年） 57歲，向全國國民頒發獎勵勤儉詔書。
明治四十二年（1909年） 58歲，公布攝政令、皇室登極令等。伊藤博文在中國哈爾濱被朝鮮誌士安重根暗殺身亡。
明治四十三年（1910年） 59歲，製定皇室財產令。
明治四十四年（1911年） 60歲，發布關於貧民救濟敕語。
明治四十五年（1912年） 即大正元年，61歲，明治天皇因患糖尿病去世。同年，嘉仁親王繼位，年號“大正”，奉明治天皇追號，在青山葬殿舉行大葬，奉葬於伏見桃山陵。明治天皇的愛將和重臣，後為裕仁天皇老師的乃木希典與妻子靜子為明治天皇殉葬。