元代也相當重視文化教育事業，獎勵學校和書院的建設。不但文化興盛的江南普遍創建或複興了書院，連北方各地也相繼設立了書院。但書院管理和講學水平都很低。
到了明初，情況又有了改變。政府重點是辦理官學，提倡科舉，不重視書院，自洪武至成化100多年的情況就是這樣。成化（1465~1487）以後，書院才又得複興。至嘉靖年間（1522~1566）達到極盛。明代書院由衰到興，王守仁、湛若水等理學大師起了重要的作用。為了宣揚他們的理學，他們所到之處，創建書院。明代末年影響最大的是東林書院。在這個書院裏，師生除教學活動外，還積極參與當時的政治活動。這當然受到統治者的迫害，天啟五年（1625年），太監魏忠賢下令拆毀天下書院，首及東林，興起了中國曆史上有名的迫害東林黨人的大案。
到了清初，統治者采取了對書院抑製的政策。一直到雍正十一年（1733年）才令各省會設書院，屬官辦性質。以後發展到了2000餘所，數量大大超過前代；但多數由官方操縱，完全沒有獨立自主的權力，因而也就沒有活力。也有少數帶有私人性質的書院，晚清許多著名的學者在其中講學。
統觀中國一千多年的書院製，可以看到，書院始終是封建教育的一個重要組成部分，與統治者既有調和，又有鬥爭。書院這種形式還影響了日本、朝鮮和東南亞一些國家。
這樣的書院製有些什麼特點呢？毛禮銳主編的《中國教育史簡編》對中國書院的特點做了很好的歸納。我現在簡要地敘述一下。他認為特點共有五個：
1.教學與科研相結合
書院最初隻是學術研究機關，後來逐漸成為教學機構。教學內容多與每一個時代的學術發展，密切聯係。比如南宋理學流行，書院就多講授理學。明代王守仁等講一種新的理學“心學”，於是書院也講心學。到了清代，漢學與宋學對立，書院就重經學，講考證。
2.盛行“講會”製度，提倡百家爭鳴
在南宋，朱熹和陸九淵代表兩個不同的學派。淳熙二年（1175年），兩派在鵝湖寺進行公開辯論。淳熙八年（1181年），朱熹邀請陸九淵到自己主持的白鹿洞書院去講學，成為千古佳話。明代“講會”之風更盛。王守仁和湛若水也代表兩大學派，互相爭辯。這種提倡自由爭辯的講會製度，一直延續到清代。
3.在教學上實行門戶開放
一個書院著名學者講學，其他書院的師生均可自由來聽，不受地域限製和其他任何限製。宋、明、清三代都是如此。
4.學習以個人鑽研為主
書院十分注重培養學生的自學能力，非常重視對學生的讀書指導。宋、元、明、清一些大師提出了不少的讀書原則。有的編製讀書分年日程。有的把書院的課程分門別類，把每天的課程分成若幹節。他們都注意學生的全麵發展。導師決不提倡學生死記硬背，而是強調學生讀書要善於提出疑難，鼓勵學生爭辯，教學采用問難論辯式。朱熹特別強調：“讀書須有疑”，“疑者足以研其微”，“疑漸漸解，以致融會貫通，都無所疑，方始是學。”呂祖謙更提出求學貴創造，要自己獨立鑽研，各辟門徑，不能落古人窠臼。總的精神是要學生不斷有發明創造。