揭批“四人幫”，清查“四人幫”幫派體係和與“四人幫”有聯係的人和事，是當時的中心任務。
1977年12月20日，鄧力群主持召開全院黨員大會，胡喬木在會上傳達了鄧小平、李先念副主席聽取胡喬木、鄧力群、於光遠彙報時的指示。胡喬木說，兩位副主席指示我們，要團結各種觀點的幹部和群眾，努力把揭批“四人幫”的鬥爭搞好。為了達到這個目的，要十分注意，不要糾纏曆史舊賬。以前有過這樣那樣錯誤的人，後來90%以上的人轉變好了，全國都有這種情況，要和一切犯過錯誤而改正了的同誌團結起來，集中力量揭批“四人幫”，清查與“四人幫”有牽連的幾個人，問題就容易解決。算曆史舊賬，糾纏曆史問題，會改變政治方向，這不符合毛主席的政策。揭批“四人幫”，是長期的鬥爭，社會科學院的運動要與業務結合起來進行。
胡喬木等從社科院的實際情況出發，貫徹鄧小平、李先念的指示，1978年1月作了全麵部署，除搞清查以外，主要是進行複查，解決曆史上包括“文化大革命”期間以這樣那樣理由立案審查造成的冤假錯案。1978年2月24日，由鄧力群主持召開全院大會，布置進一步開展揭批“四人幫”。4月20日，院黨組又召開各所總支書記聯席會議，布置進一步開展清查、複查工作。鄧力群在講話中強調實事求是，嚴格區分敵我。他指出：“不管是清查也好，複查也好，對每個同誌的問題，都必須堅持實事求是的方針，重證據，重調查研究，不輕信口供，嚴禁逼供信。”鄧力群說，對500多被立案審查的幹部，對他們進行複查，作出結論。凡是沒有爭論的，本人滿意了，群眾滿意了，組織也滿意了，三滿意了，問題就算解決了。給黨組寫個報告，備案性質，不必批準。
經過將近半年認真細致、實事求是的清查、複查，階級陣線分清了，曆史遺留問題得到了解決。在以往立案審查的547人中，屬於敵我矛盾的，隻有在押的5人和幾個曆史上屬於敵我矛盾性質的人。在押的5人都是“文化大革命”中王、關、戚問題揭發出來後被清查抓起來的，是已經定了案的。其他500多人即使有這樣那樣的問題，也都是人民內部問題和黨內問題。這樣，先前這一派那一派被錯劃成敵我矛盾的人都一律解脫了。1978年10月13日，鄧力群代表院黨組作了《嚴分敵我，加強團結，發展科研事業》的講話，宣布了清查、複查的上述結果，對運動作了總結。中國社會科學院四分之一的人在粉碎“四人幫”後得到真正徹底的解放。胡喬木、鄧力群等新領導班子深得人心，不僅被審查的人深懷感激之情，而且贏得了全院絕大多數人的信賴。全院上下出現了加強團結、一心一意發展科研事業的局麵。
集中力量把科研搞上去
胡喬木主持社科院工作，一開始就把科研作為社會科學院的中心工作來抓。黨的十一屆三中全會以後，1979年1月6日，胡喬木即在全院大會上作了《貫徹黨的十一屆三中全會精神，把工作中心轉移到社會科學研究方麵來》的報告。為了把科研搞上去，胡喬木從以下幾方麵不遺餘力地做工作，取得了顯著的成效。
一、搞規劃，定課題
鄧小平在恢複工作之前就強調抓科研“要搞規劃”。胡喬木等到中國社會科學院後，就提出要求。從1977年11月起，各研究所就開始製訂1978年科研計劃了。法學、經濟、曆史、考古、情報、文學等六個所在12月已經先後報送了1978年科研計劃的初稿。胡喬木的目光還看到全國。他在12月中央宣傳部召開的社會科學界人士座談會上提出，全國要有一個哲學社會科學的全麵規劃。他指出，我們應當在黨中央領導下，實行全麵規劃，加強領導，組織全國力量，下決心編寫一批馬克思主義的著作。他說：“如果我們有一百本涉及中國、外國的現在和將來的著作，我們黨內的思想水平就可以大大提高，徹底肅清‘四人幫’的流毒。”1977年12月20日，胡喬木在全院黨員大會上傳達了全國計劃會議（11月24日—12月15日）上中央領導的講話和鄧小平、李先念聽取胡喬木、鄧力群、於光遠彙報時的部分指示精神，指出：“1977年就要結束了，要把缺下的課補好，要製訂三年科研規劃，八年工作設想。規劃一經製訂，就要百分之百地完成。”
1.動員製訂科研計劃和規劃1978年1月11日，召開了社會科學院全院製訂科研計劃和規劃動員會。胡喬木出席會議並作重要講話。於光遠在會上介紹了製訂哲學社會科學規劃的曆史情況和現實需要。
於光遠說，全國的哲學社會科學規劃1956年製訂過，並經黨中央、國務院批準，在黨的八大決議中還講到這個規劃。哲學社會科學學部各個研究所就是在這個規劃推動下成立的。1963年製訂科技發展十年規劃（1963—1972）時，毛主席指示：哲學社會科學也要製訂個規劃，也要給點錢。今天我們搞全國哲學社會科學規劃，是努力實現毛主席的一個遺願。現在，我們國家發展到一個新的時期。加強哲學社會科學工作是一件十分重要的事情，搞全麵規劃勢在必行。這個規劃應該是一個長期的規劃，三年、八年的規劃，還要對23年有個設想；同時應該是一個全麵的規劃。實施這個規劃就是要使我國的哲學社會科學事業的發展能夠適應社會主義革命和建設事業的需要，使我國哲學社會科學在本世紀內把我國建設成為現代化社會主義強國的過程中發揮它的重要作用。
胡喬木在講話中指出：“我們的規劃要跟整個國家建設、科學文化事業、經濟建設等各方麵事業的發展相適應。”當時，黨中央、國務院提出大幹三年改變麵貌，到1985年實現十年長遠規劃（1976—1985），到本世紀末實現四個現代化。並已經提出發展國民經濟的三年和八年規劃及23年設想。與此相應，胡喬木要求各研究所的計劃同全國的規劃工作配合起來。希望在今年內舉行一個全國性的分科規劃會議，然後把這些規劃綜合起來。胡喬木還指出：製訂規劃要有雄心壯誌，同時要切實可行，要有遠大理想，同時要有實際的基礎。實現規劃的措施都要想到。訂出來的規劃一定要實行。
關於社科院本身的工作，在談了三年和八年內增加新的研究所的設想之後，胡喬木指出：“社會科學研究最重要的工作，就是著書立說。”他把眼光放到全國，提出一個重要的開放的指導思想：“有一些計劃不是社會科學院一個所能進行的，但可以結合全國力量來進行它。”
胡喬木著重指出，在各所現有的計劃裏，應首先增加關於馬列主義、毛澤東思想，關於中國社會主義革命，中國社會主義建設的一些最基本的著作。關於社會主義研究，胡喬木以廣闊的視野，從曆史與現實、理論與實際的結合上，作了重要論述。他說：我們要研究社會主義，對社會主義從它最早的開端，不管是什麼樣的社會主義，我們都要研究。從奴隸社會的所謂社會主義到空想的社會主義，到科學社會主義，以及社會主義運動的各種各樣的流派，有的是打著社會主義旗號的非社會主義的派別，不管是什麼流派我們都要研究，是敵人也要研究。這樣，我們才能對世界史上所有的“社會主義”有一個完整的理解，並且對批判敵人也才有充分的根據。胡喬木對政治學和社會學的研究也發表了重要的意見。他說：無產階級專政仍然是一種科學研究的對象，資產階級專政也是科學研究的對象，無產階級政治思想，資產階級政治思想，都是科學研究的對象。無產階級專政中各種問題都需要研究。要用馬克思主義方法來研究社會的發展，研究社會生活中的各種問題。從原始社會我們就要研究。世界上有很多比較接近於原始的人種，在這方麵各國學者做過長時期的調查，產生過很多有價值的著作，我們介紹進來的非常少，在這個方麵幾乎還是一個空白。當代的社會問題，資本主義國家的，社會主義國家的，都需要進行研究。胡喬木的這些論述衝破了長期以來在哲學社會科學領域的思想禁錮，啟發大家解放思想，引領大家走到一個新的境界。
胡喬木指出，各個學科的一些最基本性的著作應該列入規劃。他認為，文學史、哲學史等基本著作，與其在原來那個規模和水平上改來改去，不如另外走一條路，出10卷本、20卷本。他希望各個研究所都有雄心壯誌，在十年、八年中間，寫出多卷本的大規模的著作。其次，各學科的基本的工具書也要編寫。他呼籲依靠集體力量盡快編出各科的大辭典，各科的百科全書。胡喬木還提出：希望各方麵的同誌能把各學科最近20年或30年中間，世界上的發展情況，能做一些比較詳細的有論證的介紹和評論；還要求各學科把最基本著作的翻譯工作列在計劃裏。他說：“我們需要把世界上一些最基本的社會科學著作翻譯進來。”
會後，各所著手製訂科研計劃和規劃，社科院也同教育部籌備聯合召開社會科學發展規劃會議，並於2月3日就此向國務院和黨中央報告請示。
2.十二條“重要情況”和一百個選題對於擬訂規劃，胡喬木除了一般號召和宏觀指導以外，還具體地考慮重要選題。他在對社科院《情況反映》特刊（隻上報不下發）“近期要反映的問題”的指示中，提出了需要向中央反映的重要情況17條，其中重要科研課題就有12條。它們是：中央編譯局薑椿芳同誌建議編輯中國大百科全書（附：關於各國大百科全書的曆史和最近趨勢）；摩爾根以來原始社會研究的主要進展（世界曆史所準備）；信息論、控製論和認識論的關係（哲學所準備）；20世紀邏輯學的發展（哲學所）；現代西歐的馬克思研究（哲學所）；幾個外國研究中國的現狀；幾個外國關於蘇聯研究的現狀；介紹“科學學”；外國經濟學界對於目前資本主義世界經濟危機的幾種看法（世經所）；西方大公司怎樣管理它們所屬的企業（世經所）；介紹外國管理作物良種的“種子法”（世經所）；關於明清檔案、滿文老檔和民國檔案的現狀和建議（曆史所、近代史所）。
同時，胡喬木還提出了馬克思主義基本著作的一百個選題。動員會後，胡喬木把去年12月中宣部社會科學界知名人士座談會上就已提出設想、會後一直在考慮的關於馬克思主義基本著作的一百個選題，經同鄧力群、於光遠研究確定後，正式提了出來。《中國社會科學院簡報》1978年第一期以《馬克思主義基本著作選題一百例》為題刊出，並報送中央宣傳部。“編者按”說：“胡喬木同誌在中宣部召開的社會科學界知名人士座談會上說：“如果我們有一百部涉及中國、外國的現在和將來的著作，我們黨內的思想水平就可以大大提高，徹底肅清“四人幫”的流毒，他和鄧力群、於光遠同誌最近提出了選題一百例的一個草案，供製訂科研規劃參考。”中央宣傳部也在《宣傳動態》1978年第一期上以《胡喬木等同誌建議組織力量下決心編寫一百本馬克思主義著作》為題刊登，供製訂理論研究規劃作參考。
這一百個選題是：毛澤東思想基礎，毛澤東的哲學思想，毛澤東的政治思想，毛澤東的經濟思想，毛澤東的軍事思想，毛澤東的文化思想（藝術思想），毛澤東傳，周恩來傳，朱德傳/中國共產黨黨史，中國人民解放軍軍史，五四運動，北伐戰爭史，土地革命戰爭史，抗日戰爭史，解放戰爭史，抗美援朝戰爭史，中華人民共和國國史，中國工人運動史，中國青年運動史，中國婦女運動史，中國無產階級“文化大革命”，中國共產黨反對“四人幫”的鬥爭，“四人幫”批判，資本主義批判，封建主義批判，馬克思主義與現代修正主義，論蘇聯社會帝國主義，論無產階級專政下的繼續革命，中國的社會主義革命，中國的社會主義建設/世界史（多卷集、簡編），世界經濟史，世界哲學史，帝國主義史，現代帝國主義，帝國主義與中國，新中國與帝國主義，人民中國外交史，中國與美國，中國與蘇聯，中蘇邊界問題的曆史，中國與第三世界，中國與日本，亞洲史，拉丁美洲史，歐洲史，東南亞史，大洋洲與太平洋史/中國土地革命史，中國農業生產合作社史，中國手工業的社會主義改造，中國社會主義工業化的道路，中國的農村人民公社，中國資本主義工商業的社會主義改造，中國的社會主義工業，中國的社會主義農業，中國的社會主義交通運輸，中國的社會主義商業，中國的社會主義文化，中國的社會主義教育，中國的社會主義科學與技術，中國的社會主義衛生、體育，中國的社會主義財政金融，偉大的社會主義祖國，中國的社會主義民族，原始社會（本書和下列兩書都要包括我國少數民族曆史調查材料），奴隸社會，封建社會，內蒙古自治區，新疆自治區，西藏自治區，中華人民共和國的政治製度，中國人民解放軍，中國革命根據地的建立和發展——從井岡山到中華人民共和國，中國婦女，人口和人口問題，大寨和學大寨運動，大慶和學大慶運動，中國近代史，世界近代史，中國近代政治史，中國近代軍事史，中國近代經濟史，中國近代文化史，中國近代哲學史，魯迅傳，魯迅思想/辯證唯物主義與曆史唯物主義（總論），唯物主義，辯證法，自然辯證法，政治經濟學（總論），政治經濟學社會主義部分，工業經濟學，農業經濟學，科學的社會主義，社會主義史，馬克思主義國家學說，論無產階級專政，論社會主義法製，共產主義，民族解放運動，國際主義，宗教與馬克思主義的宗教政策，道德學說/中國人民解放軍的政治工作，中國共產黨的統一戰線政策，黨的知識分子政策，黨的建設，黨的群眾路線，黨和國家和民主集中製，黨內鬥爭和黨的統一，黨的幹部政策，國際共產主義運動史/近代與現代哲學思想，近代與現代經濟學思想，近代與現代政治思想。
3.召開批判“兩個估計”座談會為了肅清“四人幫”的流毒和影響，消除“心有餘悸”，調動廣大社會科學工作者的積極性，胡喬木把製訂規劃同批判“四人幫”結合起來。1978年1月製訂計劃與規劃的動員會後，他就提出，《情況反映》特刊要有“‘四人幫’摧殘社會科學院的一筆總賬（要列舉一些著名學者所受迫害，這些中央不甚了了）”。接著，提議召開社會科學院各學科知名人士批判“兩個估計”的座談會。2月14日，胡喬木在醫院病房裏就開好這次座談會作指示，啟發大家解放思想，大膽講話。
胡喬木說：我們這次座談會，除了必須揭發批判“四人幫”對社會科學研究工作的破壞、對社會科學工作者的迫害，還得要提出一些建議，屬於要害方麵的建議。要啟發大家在座談會上一方麵要控訴“四人幫”，一方麵要提出好多當前迫切需要解決的建議，來研究現實，研究外國，研究曆史。他指出社會科學的重要地位，說：共產黨就是講社會科學的。從某種意義上講，黨就是社會科學的產物。他又指出“四人幫”破壞的嚴重性：在“四人幫”控製下，要完全毀滅社會科學，他們公然下命令停止社會科學研究的業務工作。我們的自然科學受到很嚴重的破壞，但是還沒有達到這樣的程度，對待社會科學的研究工作是一股腦兒地根本取消，十多年停止了業務研究。
胡喬木要求大家消除“心有餘悸”，大膽講話。在這次講話中，他率先示範，以實事求是的態度，尖銳地指出我國哲學社會科學研究同西方社會科學研究的差距，表現了思想的解放和理論的勇氣。他說：關於我國自然科學比外國落後，很多人都講過了。實際上，自然科學界的同誌對國外的情況還了解些，我們社會科學界對國外的情況就很不了解，距離很遠，遠到不懂的程度，至多隻能說些皮毛的話。這也是由於很多人不承認西方有社會科學。其實摩爾根的《古代社會》，就是西方的著作，而且現在他們對古代社會的研究早就超過了這本書。可是，我們早就沒有人介紹這方麵的書了，沒有人再來翻譯一本關於人類學、古代社會方麵的新的研究著作了。他又說：我們的理論研究工作，同資本主義國家有可比、不可比這樣兩個方麵。在我們的理論、目標、方法等方麵，他們是無法與我們比的，是不可比的。但是我們和他們的工作量、工作成果方麵，是可比的，否則就無所謂落後。在這方麵，我們是落後得太遠了。胡喬木通過辯證分析，清醒地指出存在的差距，激勵大家努力縮短差距，改變落後的狀態。
胡喬木又簡要地指出當前社會科學研究方麵存在的主要問題。一是不重視。有一批人認為社會科學是可有可無的；二是許多東西被排除在研究對象之外。其實，經濟工作離不開經濟學的研究；我們還要有政治學、社會學，我們還有社會問題需要進行研究和調查；有些政策性問題也還是要研究的，不能用個別的情況反映來代替係統的研究工作；三是研究工作缺乏條件。現在聯係實際有很多困難，許多材料不能看，經濟學、法學、社會問題都很難進行研究。要給社會科學的研究工作提供必要的接觸資料、提出建議和討論問題的條件，否則社會科學很難發展。要創造研究的條件，有物質方麵的，有政治方麵的，這樣社會科學才能繁榮起來。
此外，胡喬木說，還有一個屬於研究方法方麵的問題：究竟是從事實的分析出發，還是從引證出發。他指出：“四人幫”搞篡改偽造，對他們揭發批判是必要的，但並不是要滿足於“正確的引證”和由引證進行演繹。否則還是沒有肅清“四人幫”的流毒。這不但是哲學問題，而且是整個社會科學的問題。如果把引證當做討論問題的唯一論據，就完全違反了馬克思主義。在這裏，胡喬木針對“四人幫”在社會科學領域的惡劣影響和存在的問題，鮮明地提出了必須用馬克思主義的認識論和辯證法來指導社會科學研究的問題，首先在社會科學研究領域要求恢複實事求是的思想路線。