公安機關對在校學生輕微違法行為，經警告教育後應讓其盡早返回校園，因違反《治安管理處罰條例》的行為須處以行政拘留的，也盡量不要實際執行，即使需要執行的，治安行政拘留所也要嚴格執行《治安拘留所管理辦法》等有關規定，將違法的在校學生與成年人犯、屢教不改的慣犯、累犯分押、分管。
在適用強製措施上，對違法犯罪的在校學生，一般不準使用警棍、警繩、手銬等警械，對未滿16歲的在校學生一律不準收容審查。對被判處管製和被判處拘役、三年以下有期徒刑宣告緩刑的在校學生，要認真落實幫教措施，針對特點加強考察，檢察機關對於在校學生的犯罪行為，“可批捕也可不批捕，可起訴也可不起訴”的案件，要盡量不批捕或不起訴，多適用免予起訴這一檢察機關所特有的處罰手段，並堅持對被免訴的在校學生進行案後跟蹤考察，同家庭、學校形成三點一線緊密配合型的監督教育機製，對提出量刑幅度的意見，不能隻注重法定情節而忽視酌定情節。
即使在校學生犯罪情節與成年人犯罪情節在同樣情形下，也要比成年人的量刑幅度至少降低一至二檔次，對同時具有其他法定從輕、減輕處罰情節的，則減輕處罰或從輕處罰的幅度盡可能大一些，對從輕減輕處罰情節與從重、加重情節同時並存的，應當比照罪行相當具有同樣情節的成年犯而從輕減輕處罰，檢察人員在每次開庭前，必須對犯罪的在校學生的法定代理人或其他監護人的情況有所了解，並要求上述人員按時到庭，密切配合法庭搞好庭審。人民法院在處罰在校學生犯罪的法律適用上，應注重適用緩刑。
在對在校學生犯罪依法從輕處罰或減輕處罰所判處的刑罰為拘役或者三年以下有期徒刑時，一方麵考察其犯罪情節和悔罪表現，並考察其家庭學校管教和周圍環境製約條件。隻要這些綜合因素說明對其適用緩刑確實不致危害社會的，就應當盡可能地適用緩刑。
另外要注重對在校學生犯罪的免刑處理，我國刑法規定免刑的條件是“犯罪情節輕微不需要判處刑罰”，在校學生犯罪案件本就已具備了從輕或減輕處罰的年齡情節，如果再同時存在其他法定的或酌定的從寬情節，綜合各種情節看整個犯罪案件屬於“情節輕微”，對犯罪的在校學生“不需要判處刑罰”，當然應當毫不猶豫地適用免刑，並可根據案件的不同情況，對行為人適用刑法第32條規定的強製教育措施，民事強製處分或者行政處分。目前，人民法院要注意無限製擴大少年法庭的功能，要注意社會具有消化未成年人輕微犯罪行為的巨大能量，充分發揮家庭、學校、社會的力量來加強管理和幫教。
當然，上述對在校學生違法犯罪“教育為主，懲罰為輔”的原則和受到的處罰盡量不要實際執行等做法，僅指在校學生違法罪犯行為情節輕微，造成危害後果不大，影響不是很壞或是偶犯、從犯、脅從犯、幫助犯等，而對於那些主觀惡性大，屢教不改，造成嚴重後果，影響很壞的，該處罰的還是要處罰。這既體現對未成年人犯罪從寬處罰的原則，也符合罪刑相適應的原則。也隻有對在校學生的違法犯罪采取特殊的懲罰手段，才能使懲罰的目的即特殊預防和一般預防得以實現，達到既保護社會又保護未成年人的雙重目的。