在內外科的關係上，陳實功強調外科醫生不僅要掌握外科治療技術，同時也要掌握內科知識。在護理方麵，他強調要注意病人的飲食營養，反對無原則的飲食禁忌。他認為前代有些醫家不分青紅皂白，隻要是創傷、瘡瘍，就要病人忌食雞、鴨、魚、肉等，這不但妨礙了病人的營養吸收，也降低了病人抗禦外傷、修複瘡瘍的能力。
陳實功很重視外科手術。他反對輕視手術的保守療法，主張內服藥物療法和外治手術並重，特別對膿腫一類疾病，強調盡早手術切開引流。為了減輕病人痛苦和縮短治療時間，還在擴大治療範圍、創造手術器械和精心設計手術方法上做出了傑出的貢獻。食道異物在沒有現代食道鏡應用前是一個棘手的疾患。陳實功發明的烏龍針為解決外科醫生治療這一疾患提供了較為科學的治療器械。他指出：如果針、釘、魚骨等異物在咽部，可從口內以烏龍針取出；若已到咽部以下，則用烏龍針送到胃內，以便大便排出。他還指出病人誤吞針、釘、骨刺哽於咽部的時候，應設法從口內取出。方法是：用亂麻筋一團，搓龍眼大，以線穿係，留線頭在外，湯濕急吞下咽，頃刻扯出，其針頭必刺入亂麻團中同出。如不中，則再吞再扯，以出為度。這種方法在今天看來，是比較簡單而原始的。但在三百多年前，能創造出這種比較科學的方法，設計出這樣精巧的器械，則具有較高的科學價值。陳實功還在治療脫疽（血栓閉塞性脈管炎）和摘出鼻痔（鼻息肉）方麵進行了許多成功的探索。
陳實功所以能在外科學的發展中取得這樣偉大的成就，與他一生刻苦鑽研，重視基礎理論，重視理論聯係實際，不墨守成規等思想觀點有著密切的聯係。與他高尚的醫德也是不可分的。陳實功平時以“五戒”“十要”要求自己。“五戒”的主要內容是醫生不得計較診金的多少；對貧富病人要平等對待，醫生不得遠遊，不得離開職位，以免危急的病人因得不到及時的治療而發生意外等。“十要”主要是要求醫生勤讀先代名醫確論之書，旦夕手不釋卷，細心體會，使臨症不會發生錯誤；對藥物則一定要精選，絕不可粗製濫造等等。
陳實功是中國曆史上一位傑出的外科醫學家。清代名醫徐靈胎對他的《外科正宗》有很高的評價，推薦為學習外科的教科書。現代一般外科中醫師也都重視這部著作，把它作為必讀之書。陳實功重視醫學基礎理論，提倡“治外必本諸內”的學說，反對輕視診斷，亂投藥物，糾正外科易於內科的錯誤觀點，對疑難病例據實客觀分析，以及在外科疾病診斷、治療、手術等方麵敢於求索創新的精神，至今仍然值得我們借鑒。