康熙元年（1662）南明永曆帝在昆明被清政府殺死，南明滅亡，至此，黃宗羲看到恢複明朝已失去希望。就回鄉著書立說。這時他已是53歲的老人了，他決心在自己的有生之年，為後人留下自己探索的經驗。經過多年的努力，他寫出了大量著作。其主要著作有：《明夷待訪錄》、《明儒學案》、《宋元學案》等。
長期不懈的思考使他的思想日趨穩定，社會的巨變以及個人滄桑的經曆，使他的思想更加深刻，更加成熟。他為了研究明朝滅亡的原因和改革君主專製的弊端而發憤治學。
從一代代王朝興衰曆史中，黃宗羲看到，每一個王朝的傾斜，都是由於君主貪婪、殘暴，每一個王朝的興起，都始於血腥風雨中的爭鬥。他認為封建的君主專製製度是造成社會危機的總根源。他指出：“天下最大的禍害就是君主”，因為“君主把天下的利益盡歸己有，把天下的禍害全部推給別人”，君主為了得到或維護自己的統治地位，即使使天下人肝腦塗地，使天下百姓家破人亡、妻離子散，也在所不惜。他反對以君為主，以天下為客的不合理現實，讚美以天下為主，以君主為客的堯舜之世。他從民眾的利益出發，去評價治亂，他說：“天下或治或亂，不在於一姓的興亡，而在於萬民的憂樂”。並進一步提出為臣之職應該是“為天下人，不為君主；為萬民，不為一姓”，一代王朝的君主死了，作臣下的沒有必要跟從他的君主去死，沒有必要自殺為君主殉身。他還認為，法律應該是天下人的法律，朝廷君臣沒有什麼高貴，百姓也沒有什麼低賤。他主張改一家一姓之法為天下之法。他說，天子認為對的未必對，天子認為錯的未必錯。他主張提高宰相權力，由士人來公論是非，限製君主的權力，使君主不敢自以為是。這種公議國家是非的學校有些類似近代的代議機關。這是一種限製與監督君權的思想。這種民主思想為中國近代的資產階級改良派和革命派提供了曆史借鑒。
黃宗羲一反傳統的“重農抑商”思想，提出“工商皆本”。他認為世俗中愚腐的人們不稽古事，不辨事理，把工商當成末業，妄加評論，並竭力壓抑，是十分荒唐可笑的。工商兩業皆有益於社會民生，都是本業。這種思想反映了當時商品經濟和資本主義萌芽發展的要求。
黃宗羲注重實踐，不尚空談。治學態度嚴謹刻苦，嚴核考證，實事求是。他認為明朝的滅亡和明人的學風有一定的關係。他認為明人專事口耳記誦之學，學無根柢，喜歡空談。他指出，學問是用來經世的，不是用了炫耀的，他和他的弟子們形成了一個以經世思想為指導以研究史學為特點的浙東學派。他的《明儒學案》總結了明代近三百年的思想發展，包括了明代各派哲學家的學術思想和主張，是中國第一部比較係統的學術思想史專著。他實事求是的學風和經世致用思想，於今仍有教育意義。
黃宗羲一生坎坷，不斷地學習、實踐、探索。他的晚年生活比較清苦，有時以賣文糊口，但仍堅持著述，年過80，還時刻不肯怠惰。正因如此，他才以有限的生命做出了重大貢獻。