進入南宋，書院教育逐步恢複，至理宗朝達到鼎盛。
南宋書院教育的複興，大體取決於以下幾方麵的原因：其一，由程朱理學的發展促成。理學奠基於北宋，成熟於南宋，在南宋幾起幾落，雖曾幾度占據太學講席，但屢遭朝中權貴排抑。為了專研學術，講明義理之學，並廣泛傳播自己的思想，擴大影響，積極發展書院教育，創辦書院、宣講性理，並以書院為論壇，爭鳴學術，指論朝政。諸如：朱熹、陸九淵、陳亮、葉適、呂祖謙、真德秀、魏了翁、胡宏、張杖等著名的理學家，都是積極創辦和推進書院教育的代表人物。其二，南宋官學雖有國家資助經費，但往往流於形式，失其教學之實，士子遊學，“非圖啜以給朝夕，則假衣冠以誑流俗”，“迂闊於事，無補於時”。官學的不振，自然造成文化教育領域的空荒，而具有較高教學質量、形式靈活、學風生動的書院，便得到土子的青睞，獲得較大的發展餘地。其三，科舉製度的腐敗，導致士學風氣的墮落，一些誌趣高潔、仰慕聖學的學者厭惡仕祿功利之學。而書院提倡高風氣節、不為功名利祿折腰、自由講學，專研學問，推崇修己至誠之道，與腐敗的官學形成鮮明對照，故爾被一大批文化素養較高的士子所敬慕。
此外，佛教禪林的影響和南宋印刷術的持續發展，也為書院振興提供了客觀有利的條件。
南宋書院的振興，主要表現在以下幾個方麵：
書院數量大幅度增加、規模和分布範圍擴大。有關兩宋書院的總數，尚無確切的統計數字，但大體約200～400所之間，其中北宋和南宋的書院數量比例大體為2∶8左右，南宋超過北宋約4倍左右。書院分布的範圍也有所擴大，就連邊遠的黎州(今四川漢源北)也有書院創辦。至於書院的規模和設置，更較北宋完善，辦學條件也多有改進。
書院的內容和功能有所擴大。兩宋書院都有講學、藏書、供祀的活動，但南宋書院藏書、講學的規模遠遠超過北宋，供祀的禮儀也較北宋完備。
南宋書院形成了較完備的規章製度，其內容涉及到書院的教學內容、方法、教學目的、培養學生的方向，以及書院的日常行政管理條規。
宋代書院的構成及其內容
書院作為一種獨立的教育組織形式，具有一套相對完整的規章製度和辦學特色，這些規章製度和辦學特色，在宋代大體形成，趨於定型，並為以後曆朝書院所襲用，構成完整的書院教育模式。
宋代書院實行教學與行政合一的體製。書院的“洞主”、“山長”，既是書院最高的行政首腦，又是主要的講席教師，多由當時著名的學者擔任。如：範仲淹曾為睢陽書院山長，主持講席的同時，也為書院製定了一係列新的課業和管理規程。南宋朱熹先後主持白鹿洞書院、嶽麓書院的教務，並為白鹿洞書院製定了學規。其餘如南宋著名的學者胡宏主持嶽麓書院教席，陸九淵創辦和主教象山書院，呂祖謙主教麗澤書院等等，均屬此類。
書院的經費大多采用學田供養製。早在五代南唐時，李煜就曾割善田數十頃賜作白鹿洞書院學田，北宋仁宗朝也曾賜給部分書院學田。書院將學田租給附近農民耕種，歲收祖廩充為養費。南宋書院經費多為自我籌措，來源為私人捐助，或經官方允準，撥歸寺觀絕產和閑地充為經費。如南宋浙東一帶頗為富庶，巨商甚多，故每有出資讚助書院者。東陽(今浙江金華)郭氏累代出資創辦書院，家撥良田數百用以贍士，子孫諸代先後創立了石洞書院、西園書院和南湖書院。浙東的杜洲六先生書院，據全祖望《杜洲六先生書院記》記載，設有先聖碑亭、禮殿、講堂、養士六齋、慈湖祠、書庫、門廊庖福(浴室)，並有田租資養學者。維持這樣規模較大的書院，顯然需要雄厚的財力和田租。
書院除講學和藏書之外，供奉先聖、先師、先賢的祀典，也是重要的職能。宋代學者郭若虛認為：學校奉祖先聖、先師，先賢，並為其繪像表讚，目的在於“指鑒賢愚，發明治亂”，並具有“敦勸生徒，鷂茲大化”，“與六籍同功”的作用。宋代中央官學及州縣學校多設有祀典，供奉先聖先師，或在德行、政績、學業的某一方麵有可鑒於教化的先賢、官吏以及神靈等等，奉祀對象不拘常格。宋代書院也同樣設置祀典，除祀孔子之外，北宋書院多祀本院的初創者，如白鹿洞書院供祖李渤、石鼓書院供祀李寬、睢陽書院供奉戚同文等等。南宋書院由於多由理學家創辦，故其祀典也多奉北宋周、張、二程諸子，以彰明尊崇道統的含義。某一學派創辦的書院也往往供祀本學派的宗師，如：象山書院祀陸九淵，杜洲書院祀楊簡。由此可見，書院祀典的供設，既有表明對先聖先師先賢或先輩的尊敬之意，又具有標明本院教育宗旨的象征性作用，同時也是為了彰明本書院的辦學特色及其師門承傳的係譜。
宋代書院的教學內容與官學不盡相同，但北宋書院鼎盛時期，官學並未設置，書院與家學同樣都是講授科舉之學。南宋書院因理學家的倡導，大多講求性理自得之學，注重學生道德倫理的自我訓練和涵養，而不著意追求功名利祿。但南宋理學在很長一段時期占據了科舉和中央官學的主導地位，故爾性理之學也未必能與科舉利祿之學截然分開。不過，書院大多由著名學者主持教學，並往往成為某一學派的淵藪之地，故其教學水平遠高於一般官學，具有教學與學術研究相結合的雙重功能。
宋代書院實行自由討論學術的教學方式，並強調自學為主，師生共同研習學問，辦學風格較為開放，氣氛活躍。學生可不拘於一家一派之學，自由擇師，來去自由。故爾學生的思路也比較活躍，眼界也更加開闊。諸如浙東奉化舒磷少從張拭問學，以後又先後追隨陸九淵、朱熹、呂祖謙求學，終成大器，被丞相留正譽為“當今第一教官”。信州五山(今屬江西上饒)人汪應辰少從呂居仁讀書，以後曆拜胡安國、張拭、呂祖謙為師，求得“造道之方”，終成紹興五年(1135)殿試狀元。書院自由拜師求學的風氣，顯然是與理學家的倡導和教育實踐分不開的。宋代書院講學也頗為開放，講學之師不限於本院教師，凡當世名儒、諸家學派的代表人物，都可應邀開座講學，且不受資曆和年齡的限製。諸如：南宋理學諸派中，朱陸各立門戶，相互辯難，但朱熹主持白鹿洞書院，也邀請陸九淵前去講學，朱熹竹林精舍作成，也邀請學生黃斡代即講席。這種相對自由開放式的教學製度，使得書院往往成為名師薈萃的學術中心。
學規是宋代書院綜合治校的立法依據。學規不僅製定書院教學的宗旨、培養學生的目標，限定學生的行為準則，而且在觀念上具有塑造學生思想模式的而且在觀念上具有塑造學行思想模式的作用。以朱熹的《白鹿洞書院教條》為例。它首先規定了書院教育的目標，是使學生明了父子、君臣、夫婦、長幼、朋友之間的封建倫理關係法則，要求學生敬敷此“五教”。其次規定為學的次序：博學、審問、慎思、明辨、篤行。再次規定修身、處世、接物之要，大體不過是忠恕仁義、改過遷善、明道非利之類的倫理說教。朱熹的《白鹿洞書院學規》規定了書院教育的目的、宗旨、內容和方式，成為以後曆代書院製度模擬的範本。
教會學校
教會學校是中國近代教育的重要組成部分，在19世紀中下葉的清代教育領域中占有特殊的地位，影響也十分廣泛和深遠。教會學校的產生和發展，是伴隨著歐美各國對華的政治、軍事及宗教文化入侵同步進行的，是在不平等條約造成中國半殖民地化程度日益加深的情況下不斷擴展的，它帶有明顯的文化侵略性質。同時，教會學校的存在，也為中國培養了大批優秀的人材，並在介紹和引進西方先進的自然科學、社會科學方麵，發揮了積極的作用。
在華傳教士的早期辦學活動
基督教會在華創辦學校發端於倫敦布道會傳教士馬禮遜(1782～1834)的傳教活動。馬禮遜1807年來華，1818年在馬六甲創辦英華書院，教授當地的華僑子弟，被視為新教創辦的第一個專以華人為教育對象的教會學校。這個學校的宗旨，是向中國人介紹西方文化，同時也向西方(主要是英國)介紹中國。英華書院創辦時間很短，所收學生不多，而且屬於初級學校，所學課程除教義外，無非是一些粗淺的讀寫、識字內容，並不能承擔起溝通中西文化交流的使命。馬禮遜本人的教育活動，遠不如他翻譯新舊約《聖經》和編印中外第一部《華英字典》的意義重要。因為這些譯經和字典，為此後來華的傳教士提供了語言方麵的便利，使傳教活動得以起步。馬禮遜死後，在華傳教士於1835年成立了馬禮遜教育協會，這個協會在推動教會教育事業方麵發揮了明顯的作用。它以促進英文教學，使中國人取得“西方的各種知識”為宗旨，為此它發起和創辦了馬禮遜學校。
1839年，馬禮遜學校正式在澳門創立，這是基督教在華的第一所學校，被視為基督教教育事業的嚆矢。在馬禮遜學校之前，英國傳教士古特拉富夫人已於1834年在澳門創設了一所女塾，並在其後不久又附設了男塾。馬禮遜學校在1835年到1839年正式開辦以前這段時間內，便寄附於這所學校的男塾，並給予該校以經費的資助。據曾在馬禮遜學校讀書的容閎回憶，該校所收的學生，多為貧寒子弟，有的家長送子女人學，不過是為了得到教會學校的津貼以資贍養家庭，或培養子弟做個通事之類的洋差而已。學校所授課程主要為初等算術、地理、英文及國文。
1842年，馬禮遜學校遷至香港，學校規模得到較大擴展，學生由原先的5名，擴大為1845年的40餘人，新增三個班，教師也由原來的1人增至2人。馬禮遜學校創辦時間仍然很短，1850年便告解散，少數學生如容閎、黃勝、黃寬等三人，於1846年隨馬禮遜學校第一任校長美國人勃朗赴美留學。
第一次鴉片戰爭失敗後，《五口通商條約》允許外國人在廣州、福州、廈門、寧波、上海五處開放城市居住，並可修建教堂。其中，法國在1844年的《黃埔條約》中，還強迫中國承擔了保護教學的義務。當年的12月，清朝政府被迫取消了延續已達100年之久的對天主教的禁令，並於1846年宣布歸還教會財產。這一係列條約和規定，為西方各國的傳教活動開了綠燈。教會學校也在上述五口地區迅速創辦起來。
據不完全統計，以上海一地的天主教教會學校為例，在兩次鴉片戰爭之間的20年裏，便先後出現了中等教育性質的徐彙公學(亦稱聖依納爵公學，1849年創辦)、聖方濟學校(1857年創辦)、啟明女學等；小學教育性質的學校有聖若瑟學校(1847年)、六童學校(1847年)、新閘學校(1847年)、土山灣孤兒院(1849年)、聖魯意學校(1850年)、董家渡學校(1852年)，學生人數約1500餘人。由英美兩國基督教會主辦的學校則主要有聖約翰預備學校(1844年)，APM高等學校(1859年)、LMS中學校(1859年)和APM女學校(1860年)，學生人數約達600人。除此之外，英國東方婦女教育促進會的女傳教士亞爾德西在寧波創設女學，為中國本土第一所教會辦女子學校；1850年英國聖公會在香港設立的聖保羅書院、1853年公理會教士盧公明在福州設立的格致書院，均借鑒了中國傳統教育的形式，取得較好的辦學效果。
這一時期的教會學校是在特定的曆史條件下發展起來的，因而帶有明顯的配合西方列強政治、軍事入侵，借宗教與文化手段軟化中國士民的動機。對此，美國學者露懿思曾在《基督教教育在中國之情形》一文中，詳細論及：“基督教育之在中國，其起始為1842年……伊時反對外人之舉最烈，故外人用種種方法使中國人民信任，而斯時適謀教育普及，實行開放門戶主義，化除國籍界限，教會即開學校，初亦不過於宣講聖經之外，教以讀寫知識，及算術字母而已。來學者大率為貧苦兒童，學校免其學費，且有津貼書籍事物者，其後逐漸進步，學校程度提高，且介紹西方學術。”這裏所說的“開放門戶主義”、“化除國籍界限”，實際正是西方列強憑武力打開中國大門的目的所在。而“謀教育普及”則為達到此目的的輔助手段。
教會學校的擴展與流布
教會學校在華擴展的過程大體經曆了四個階段：1842年以前為嚐試性的初始階段，代表性的學校主要為前述的英華書院、馬禮遜學校及古特拉富夫人創辦的女塾，集中在澳門、香港及東南亞的馬六甲等地。1842年至1860年為第二個階段，這個時期的教會學校得到不平等條約製度的庇護，獲得較快的發展，分布範圍也擴展到開放的五個口岸城市；在辦學的規模和數量方麵，天主教差會超過了新教。1860年至1900年為第三階段。由於《天津條約》及《北京條約》不僅增開了十個通商口岸，並允許傳教士到內地自由傳教，這就使教會學校擴大到了沿海主要港口城市，同時逐步地深入到內地城鄉各地，教會學校的數量和規模均有迅速的發展。在這一階段，教會學校的辦學手段及學校類型也趨於多樣化。由於廣泛地分布於城鄉各地，因而與中國各種社會階層及其文化、禮俗接觸更為頻繁；教會學校借助條約製度所予的種種特權，積極幹涉或介入中國各級地方的行政、訴訟及文化教育事務，從而也引起了與中國士民更為頻繁的糾紛或爭瑞，有的並導致尖銳的衝突。但這一時期的教會學校也出現了教學內容及課程逐步係統化、深化，初級學校為主的學校類型逐步向中等教育增擴的趨勢；在19世紀90年代，開始出現了少量高等教育性質的學校，在介紹西方的自然科學、社會科學知識方麵，發揮了頗為重要的作用。1901《辛醜條約》簽訂後，教會學校獲得了更多的發展便利，但由於經曆了19世紀60年代以來中國各地人民頻繁激烈的反洋教風波及義和團運動的沉重打擊，教會學校開始轉向重點發展高等教育，以期培養少數高級知識人才作為代理人，實現其以華治華的戰略目標。而在中小學教育領域，為了更有效地吸收或感召中國學生，並能夠為中國士儒所認同，則進行了較大幅度的調整，在教學內容中也增加了一定比例的中國傳統知識。因此，1901年以後可視為教會學校的調整和深化階段。這一階段一直延續到辛亥革命之後。