一天，布魯諾根據《聖經》上諾亞方舟的故事，編寫了一則反對教會的新寓言故事，結果惹出一場大禍。
《聖經》上諾亞方舟的故事梗概如下。據說由於人間充滿強暴、仇恨等罪惡，上帝大為震怒。他要把這敗壞的世界一舉消滅，但他要把他認為是惟一的好人諾亞保留下來。於是他對諾亞說：“我要讓泛濫的洪水毀滅天下所有的生靈。你可帶上你的家人進入方舟，並且帶上每種有血有肉的動物公、母各一個。”諾亞依上帝之令建造方舟，並告訴人們趕快悔改，以便求得上帝寬恕，否則大禍將至。可是人們已習慣了原來的生活，認為諾亞的“洪水將至”是危言聳聽，並譏笑諾亞頭腦有病，於是照樣玩樂。120年過去了，諾亞終於造成了一隻龐大的方舟，他和全家以及一對對動物都住進了方舟。人們看到後更是大聲嘲笑諾亞有精神病。
又過去7天，人們再次集結到諾亞的方舟前去嘲笑時，傾盆大雨從天而降，持續了40個晝夜。整個人間成了水鄉澤國，萬物被洪水吞沒。洪水150天後才開始退落，諾亞才駕著方舟回到陸地。
布魯諾自編的故事如下：避難漂流在諾亞方舟上的動物們開展了一場題為“世界上誰最聖潔”的辯論。有的說上帝最聖潔，因為他創造世界，造福萬物；有的說聖母瑪利亞最聖潔，因為她生了耶穌，拯救世人；有的說諾亞最聖潔，因為他建造方舟，拯救了大家；也有的說鴿子最聖潔，因為它美麗善良，祥和平安。在爭論不已，難分高低之時，一個動物卻說：“隻有驢子最聖潔，因為它忍辱負重，粗食力大，埋頭苦幹，從不自誇。”布魯諾此時感歎地寫道：“噢，神聖的驢子一樣的愚蠢，神聖的不學無術，神聖的癡呆和虔誠啊：你使得人們的心地這樣的純良，在你麵前，簡直沒有什麼智慧與知識。”
在這篇寓言中，布魯諾不但尖銳地抨擊了那些閉著眼睛重複《聖經》教條的僧侶學者們，連羅馬教廷，連一向被人們頂禮膜拜的古希臘權威亞裏士多德也一並被譏諷或懷疑：連西方視為“最蠢”的驢子都比他們聖潔！
這還了得！一個教士竟敢不守教規，反對教義。於是羅馬教廷收到布魯諾是“異端邪說”、列有130條罪狀的控告。接著，布魯諾就被修道院監視起來。
1576年，布魯諾毅然逃出修道院，開始了流浪生活。他在意大利各地流亡了3年，但這些地方和那不勒斯別無二致，鎮壓“異端”的機構——宗教裁判所遍布全國，他沒有立錐之地。
他不得不離開自己可愛的家鄉，逃亡到舉目無親的阿爾卑斯山那一邊的外國去，尋求正義和真理。從1578～1591年這13年間，他的足跡遍布整個歐羅巴：日內瓦、土魯斯、巴黎、倫敦、馬因茨、威斯巴登、馬爾堡、威登堡、布拉格、法蘭克福……
在這13年的流亡歲月中，布魯諾發展了哥白尼學說。通過思辨得到了宇宙無限的概念，因而人們公認他是一位偉大的科學家、思想家和哲學家。其思想對後來的萊布尼茲、荷蘭著名哲學家斯賓諾莎（1632~1677）產生過很大的影響。
哥白尼的貢獻是推翻地心說，建立日心說，這已經使傳統勢力和教會不快。布魯諾則走得更遠，他認為宇宙是無限的，太陽隻不過是無數恒星之一，並不是宇宙的中心，宇宙沒有中心，宇宙中可供生物生存的星球是很多的。這當然更是罪不容誅。1583年，布魯諾開始在倫敦寫成了哲學著作《論原因、本原和太一》和《論宇宙的無限和諸世界》，於1584年出版。這兩本書都宣揚了他的上述觀點。
哥白尼的日心說摧毀了地心說，使人們擺脫了教會精神枷鎖的束縛，開辟了各門科學的新時代，布魯諾對此讚賞道，哥白尼的學說“如同一道霞光，它的出現應當使數百年來埋藏在盲目、無恥和嫉妒愚昧的黑暗山洞裏的古代真正科學的太陽也放射光明”。不但如此，他並不拘泥於哥白尼的封閉有限宇宙的天球模型，勾勒出開放無限宇宙的圖景。在大約300年後，他這一超前時代的構想，得到了科學界的公認。其標誌之一是，1889年6月9日，在百花廣場上，樹立起布魯諾的銅像，六千多名來自世界各地的人參加了揭幕典禮。
然而，布魯諾的學說嚴重觸犯了教會的教義，危及教會的利益。羅馬宗教裁判所和教會暴跳如雷，派人到處捕捉他，但卻一次次撲空。對於這種危險，布魯諾卻坦然麵對，毫不畏懼地繼續戰鬥。
由於教會和宗教裁判所對在國外鞭長莫及的布魯諾無能為力，便設下了一個罪惡的圈套，將布魯諾抓獲。