二、我國水產品加工業存在的問題。
1.水產品加工水平低。
我國水產品加工比例遠低於世界平均水平。據FAO統計，自20世紀70年代以來，世界水產品產量的75％左右是經過加工而後銷售的，鮮銷的比例隻占總產量的1/4。而目前我國水產品加工比例僅占總產量的30％左右，其中淡水水產品的加工比例更低，占我國水產品總產量60％多的淡水產品中，加工比例不足10％，而鮮銷比例超過95％。加工產品也以初加工的速凍品、罐頭、醃製品等為主，真正深加工的比例非常低。《中國漁業年鑒（2011年）》數據顯示，2010年，全國水產品總量53730024t，加工量16332457t，占30.4％，其中，冷凍水產品占加工產品的比例為18.7％、魚糜製品及幹醃製品占4.5％、罐製品占0.45％、飼料占2.78％、魚油製品占0.07％、其他加工品占2.11％。
2.企業規模小。
2010年我國水產品加工企業達9762家，但規模企業不多，從業人數超過1000人的企業屈指可數，水產品加工業仍以小規模加工企業為主。《中國漁業年鑒（2011年）》數據顯示，2010年，全國水產加工能力達23884991t，企業平均加工能力隻有2446.7t，加工數量16332457t，企業平均加工數量隻有1673.1t。
3.科技投入不足。
一是水產品加工技術創新能力不強，尤其是基礎研究和應用基礎研究薄弱，缺乏引領產業發展的原創性成果，加之集成創新和引進消化吸收再創新不夠，致使一些製約水產品加工產業的關鍵技術問題，如淡水魚土腥味重、蛋白質易冷凍變性、水產品保活保鮮技術、水產動物蛋白質高效利用技術、海洋生物活性物質高效分離技術等產業化的關鍵技術等長期得不到有效解決。
二是成果轉化率低，科技與產業發展結合不夠緊密。水產品加工技術向現實生產力轉化能力弱、技術成果產業化程度低，依然是製約中國水產業發展的一大障礙。由於一些研究內容與產業的需求關聯度不高，產學研結合不緊密，以及推廣經費短缺等原因，水產品加工技術成果的轉化率相對較低。這就需要政府的大力支持和政策扶持，國家科研院所和高校加強研究，大幅提高原始創新能力、集成創新能力和引進消化吸收再創新能力，形成以自主知識產權為核心的技術體係，進一步提升我國水產品加工業的國際競爭力。
4.綜合利用率不高近年來，隨著我國水產品加工業的發展，產生了大量的魚鱗、魚皮、魚骨以及蝦殼等加工下腳料，這些下腳料中含有豐富的蛋白質、甲殼素、鈣等有用成分。目前，利用這些下腳料雖然也開發生產了一些如膠原蛋白質、蛋白腖、添加劑、魚粉、魚油、甲殼素、殼聚糖等產品，但綜合利用程度不高，大多下腳料仍被廢棄，有些綜合利用技術又會造成環境的二次汙染。因此，迫切需要研究開發相關的低成本的、環境友好型的、切實有效的綜合利用技術。
5.出口市場集中度偏高改革開放以來，我國雖向150多個國家和地區出口水產品，但出口市場主要集中在日本、韓國、美國和歐盟等國家和地區。《中國漁業年鑒》等近幾年數據顯示，多數年份對日本、韓國、美國、歐盟等市場的出口都占出口總額的70％以上，個別年份甚至高達80％以上。出口市場集中度偏高，不利於出口市場的穩定，進而會影響水產品貿易的健康發展。
6.加工質量安全隱患依然存在水產品的質量問題已成為水產品上市和出口的最大障礙。有些企業設備簡陋、衛生條件差、工藝技術落後，產品不進行必要的檢驗即流入市場；甚至個別生產廠家為謀取不正當利益，在加工過程中摻雜使假，不正當使用添加劑甚至使用違禁的藥物和化學品進行水產品保鮮加工，導致質量參差不齊，存在嚴重的安全隱患。如2003年恩諾沙星事件、2004年孔雀石綠事件、2005年硝基呋喃代謝物事件等，不僅嚴重影響了我國水產品聲譽，也使養殖漁民和加工企業遭到重大損失。